Le troisième cycle des études de médecine – octobre 2026 – Propositions de la cour des comptes

Ecos, stages, spécialités : comment la Cour des comptes veut réformer l’internat de médecine

Depuis dix ans, l’internat de médecine a connu de grands bouleversements. Le bilan des réformes qui se sont succédé est pourtant « mitigé », selon la Cour des comptes qui publie, ce mercredi, une enquête sur le 3e cycle des études médicales. Simplifier les Ecos, réviser les maquettes de formation, favoriser les stages dans les territoires pour toutes les spécialités… Les Sages avancent de nombreuses pistes pour améliorer la formation et l’offre de soins.

14/10/2026  https://www.egora.fr/etudiants/etudes-de-medecine/ecos-stages-specialites-comment-la-cour-des-comptes-veut-reformer

Par Chloé Subileau

Hyperspécialisation, répartition inégale des internes sur le territoire, concentration des stages dans les CHU, lourdeur de l’organisation des Ecos… Ce sont quelques-uns des nombreux constats formulés par la Cour des comptes dans son enquête sur le 3e cycle des études de médecine, présentée ce mercredi 14 octobre devant la commission des Affaires sociales du Sénat. Ce rapport fait suite à la remise en décembre 2024 d’un travail de la Cour des comptes sur l’accès aux études de santé.

Cette fois, les Sages de la rue Cambon se sont intéressés à l’internat de médecine et, en particulier, aux réformes qui l’ont transformé ces dernières années. En passant par la réforme majeure de 2016 – appliquée en 2017 – qui a permis une refonte totale de l’internat de médecine, la transformation du concours de l’internat en 2023, et la mise en œuvre de la quatrième année d’internat de médecine générale, qui débute en novembre 2026.

Lire aussi : Quatrième année de médecine générale : les docteurs juniors et MSU pourront signaler leurs difficultés sur une plateforme

Le bilan de ces réformes est « mitigé », selon la présidente de la 3e chambre de la Cour des comptes, Nathalie Casas, qui avance toutefois plusieurs points positifs. Parmi eux, le « changement de paradigme dans la formation des médecins en faveur de l’évaluation des compétences et non [plus seulement] des théories », a-t-elle affirmé ce mercredi, devant les sénateurs de la commission des Affaires sociales. Ce changement a été notamment permis par l’instauration des Ecos au printemps 2024.

Autre évolution positive : l’affectation « successive » des internes à des stages de six mois durant le 3e cycle de formation. Cette modalité « rend la formation à la fois très pratique, progressive et professionnalisante, adaptée en quelque sorte au choix du praticien », a expliqué la présidente de la 3e chambre, qui a par ailleurs salué l’instauration du statut de docteur junior et des DES uniques en 2017. « Ce diplôme unique permet d’unifier le parcours des [futurs] médecins et d’améliorer la lisibilité de la formation », a-t-elle glissé.

Concernant les conditions de travail des internes, que Nathalie Casas juge« éprouvantes », des « avancées » sont à noter, comme la « systématisation de l’application du repos de garde » et le « déploiement progressif d’outils de mesure du temps de travail », parfois encore difficile dans certains établissements.

Revoir l’organisation des Ecos

Malgré ces éclaircies, « il y a encore un certain nombre de limites et de progrès à réaliser, notamment […] sur la lourdeur d’organisation des Ecos, qui conduit à une forme de mise sous tension des universités », a expliqué Nathalie Casas. Alors qu’un peu plus de 11 000 étudiants devraient plancher sur ces épreuves orales au printemps prochain, la Cour recommande de réduire le nombre de mises en situation – actuellement de dix – passées par les étudiants à « sept voire à six ».

Le rapport avance aussi la possibilité de « désynchroniser [c]es épreuves sur l’ensemble du territoire, en tirant au sort des épreuves dans une banque d’épreuves nationale afin de préserver l’égalité entre les candidats et d’alléger la pression sur les universités en cas d’incident ». Autre hypothèse avancée : limiter à une échelle plus locale la tenue d’épreuves de rattrapage lorsqu’un tel incident se produit.

Selon Nathalie Casas, la Cour porte également un regard critique sur l’allongement des études et sur la spécialisation des internes, qu’elle juge « trop précoce, excessive et peu adaptée aux besoins de santé émergents ». « Dès 2016 [suite à la réforme, NDLR],dans le cadre des arbitrages arrêtant la liste et le contenu des spécialités, certaines ont obtenu un allongement de leur durée de formation », écrivent les sages de la rue Cambon dans leur rapport, citant notamment la pédiatrie, la pneumologie et l’ophtalmologie. « D’autres DES ont été allongés ultérieurement. »

Lire aussi : Internat : top 3 des spécialités les plus prisées par les meilleurs candidats en 2025

La Cour formule donc une série de recommandations, à commencer par la suppression du classement en 13 groupes de spécialités afin de revenir à « un classement unique à l’entrée en 3e cycle », système existant avant la réforme du concours de l’internat. Pour les Sages, le classement par groupe conduirait les carabins « à faire trop tôt leur choix de spécialité dans un seul objectif stratégique : orienter leurs révisions pour obtenir le meilleur classement dans le groupe » de la spécialité qu’ils visent, et à choisir des stages orientés en amont des Ecos, détaillent-ils, ce qui accroîtrait le « risque de remords ».

L’enquête propose, en outre, d’augmenter le nombre d’internes ayant un exercice « généraliste » de leur spécialité, « en mobilisant les contrats de formation, les stages libres, les stages en CH de proximité et en régulant les options et formations spécialisées transversales ». Et de réviser « plus périodiquement » les maquettes de formation dans le cadre d’une concertation interdisciplinaire afin de prendre en compte « de manière prospective les besoins de santé et d’organisation des soins », a développé Nathalie Casas, devant la commission des Affaires sociales.

Plus de 50 000 internes attendus

Au-delà des conséquences des réformes, la Cour des comptes s’est penchée sur l’augmentation des effectifs d’internes. « [Leur] nombre a plus que doublé en vingt ans »,et « devrait fortement augmenter dans les années qui viennent en passant de 39 000 [en 2024] à plus de 50 000 » en 2029, a explicité Nathalie Casas, ce mercredi. Cet accroissement est une « opportunité unique d’un rééquilibrage territorial et sectoriel des internes, si on parvient à l’anticiper ».

Or, malgré cette hausse, la procédure actuelle d’affectation des futurs praticiens par subdivision et par spécialité ne permet pas d’accroître suffisamment le nombre d’internes dans les spécialités « qui correspondent à des priorités de santé publique (gériatrie, psychiatrie, santé publique et médecine du travail) », a pointé la présidente de la 3e chambre. Elle a également déploré que la répartition des postes d’internat se fasse surtout à partir des besoins existants dans les CHU plutôt que des besoins de santé projetés.

Pour y remédier, la Cour des comptes recommande donc de « planifier de façon pluriannuelle le nombre de médecins à former en tenant compte des besoins en santé par spécialité et par territoire, et [de] répartir en conséquence les postes d’internes en opérant chaque année les redéploiements nécessaires ».

Lire aussi : Médecins enseignants : les chiffres qui inquiètent

« Cela suppose évidemment d’adapter les capacités d’encadrement pédagogique », qui sont disparates selon les régions, selon Nathalie Casas. « Il nous paraît indispensable d’avoir une gestion prévisionnelle des emplois des enseignants en médecine de tout statut, cohérente en nombre avec les objectifs de professionnels de santé à former [et] de redéployer en conséquence les postes entre les filières universitaires, les territoires et les spécialités. »

Un coût de 2,6 milliards d’euros

Mais cela doit se faire tout en tenant compte de l’impact financier de ces changements. Selon la Cour des comptes, le coût de la formation en 3e cycle, constitué pour l’essentiel par les salaires des internes, est estimé à 2,6 milliards d’euros (+ 800 millions d’euros depuis 2019). Il pourrait croître de 700 millions à 1 milliard d’euros d’ici 2033 en raison de l’allongement de la durée des formations de médecine générale et de psychiatrie, et de la hausse du nombre d’étudiants.

Il est indispensable qu’un tel surcoût, pesant principalement sur les hôpitaux, se traduise par une amélioration sensible de l’offre de soins partout sur le territoire, estiment les Sages, qui proposent de mieux anticiper les dépenses à venir en invitant les ministères à « établir une méthodologie de calcul du coût total » de l’internat, « et plus largement des études de santé ».

Enfin, le dernier point abordé par la Cour dans cette enquête est la nécessité de développer les stages en dehors des villes universitaires. D’après une analyse menée entre 2024 et 2025, 97 % des stages ambulatoires sont réalisés par des internes en médecine générale. Pour les autres spécialités, les stages ambulatoires sont exceptionnels, avec près de 97 % des stages qui se déroulent en milieu hospitalier. De plus, en 2023, parmi les internes et DJ en stage dans un établissement de santé, 59 % l’étaient dans un CHU. Or, cette trop forte concentration des carabins dans les CHU – au détriment des CH de proximité et de l’ambulatoire – « contribue à perpétuer la sous-densité médicale dans les zones rurales et les villes moyennes », peut-on lire dans le rapport.

Lire aussi : Deux stages en libéral dans toutes les spécialités d’internat ? La proposition de la CSMF pour encourager les installations

Les Sages avancent donc trois préconisations. D’une part, profiter de la révision des maquettes pour augmenter le nombre de stages réalisés hors d’un CHU et, pour certaines spécialités (gynécologie, dermatologie…), en ambulatoire. D’autre part, modifier la procédure de répartition des stages afin que figure dans ses objectifs réglementaires la prise en compte des besoins de santé des territoires et offrir un nombre de terrains de stage strictement égal au nombre d’internes. « Cela doit permettre d’éviter que les stages proposés par des hôpitaux plus éloignés ne soient jamais pourvus », a précisé Nathalie Casas.

Enfin, la dernière recommandation porte sur la nécessité de « définir à l’échelle régionale, en concertation avec les collectivités locales, des stratégies de déploiement territorial d’enseignants et d’internes ». Et ce, sur la base « des expérimentations et démarches » déjà mises en œuvre localement, a souligné la présidente de la 3e chambre, pour qui l’ensemble de ces mesures doit « garantir la qualité de formation [des carabins], y compris en leur offrant de meilleures conditions de vie » et améliorer « l’offre de soins » sur tout le territoire.

Auteur de l’article

Chloé Subileau

Cheffe de la rubrique étudiants

15 commentaires

Recommandations

1. Supprimer le classement par groupes de spécialités en faveur d’un classement unique à l’entrée en troisième cycle (2029, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et del’espace, CNG).

2. Accroître le nombre d’étudiants ayant un exercice généraliste de leur spécialité, en mobilisant les contrats de formation, les stages libres, les stages en centres hospitaliers de proximité et en régulant les options et formations spécialisées transversales (à partir de la promotion entrant en troisième cycle en 2027, universités, ARS).

3. Évaluer régulièrement les maquettes de formation et les réviser dans le cadre d’une concertation interdisciplinaire permettant de mieux prendre en compte les besoins futurs de santé et d’organisation des soins (2027, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace, HCERES).

4. Réduire le nombre de stations obligatoires aux examens cliniques objectifs structurés (ECOS) et prévoir la tenue d’épreuves locales de rattrapage en cas d’incident (session d’examens 2029, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace, CNG).

5. Planifier de façon pluriannuelle le nombre de médecins à former en tenant compte des besoins en santé par spécialité et par territoire, et répartir en conséquence les postes d’internes en opérant chaque année les redéploiements nécessaires (2028, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace, ONDPS, ARS, universités).

6. Mettre en place une gestion prévisionnelle des emplois des enseignants en médecine de tout statut, cohérente avec les objectifs de nombre de professionnels de santé à former et redéployer en conséquence les postes entre les filières universitaires, ainsi qu’entre les territoires et les spécialités (2027, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace).

7. Établir une méthodologie de calcul du coût total de la formation du troisième cycle des études de médecine (et plus largement des études de santé) pour mieux programmer et maîtriser les financements nécessaires à la réalisation des objectifs pluriannuels de professionnels de santé à former (2027, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace).

8. Dans le cadre de la révision des maquettes de formation par spécialité, augmenter le nombre minimum de stages réalisés hors d’un centre hospitalier universitaire et, pour les spécialités concernées, en ambulatoire (2028, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et despersonnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace).

9. Modifier la procédure de répartition des stages afin de faire figurer dans ses objectifs réglementaires la prise en compte des besoins de santé des territoires et offrir un nombre de stages strictement égal au nombre d’internes (à partir de la campagne d’ouverture des stages de novembre 2027, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace, ARS).

10. Définir à l’échelle régionale, en concertation avec les collectivités locales, des stratégies de déploiement territorial d’enseignants et d’internes (2027, ministère de la santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées, ministère de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’espace, Régions de France, Départements de France, Association des Maires de France et des présidents d’intercommunalité, universités, ARS)

Synthèse

La réforme du troisième cycle des études de médecine et de l’accès à l’internat : de réelles avancées pédagogiques, un changement de paradigmeen faveur de l’évaluation des compétences

Les réformes combinées du troisième cycle des études de médecine (« internat ») en 2016, puis des épreuves permettant d’y accéder en 2019, ont permis des avancées pédagogiques majeures. L’évolution la plus notable est une professionnalisation accrue des étudiants, avec l’introduction d’une approche par les compétences. L’instauration d’un diplôme unique validant la fin des études de troisième cycle – le diplôme d’études spécialisées (DES) – a permis d’unifier le parcours de l’interne, quelle que soit sa spécialité et son lieu d’études, et de définir les compétences attendues à chaque phase d’apprentissage. La mise en place d’« examens cliniques objectifs structurés » (ECOS) pour l’accès au troisième cycle, dont l’organisation mériterait d’être allégée, constitue un véritable changement de paradigme, avec la prise en compte dans le rang de classement des compétences cliniques testées par des mises en situation, là ou prévalait auparavant l’évaluation des seules connaissances théoriques.

Une réforme qui n’a pas permis de limiter la durée des études et la spécialisation excessive de la formation des futurs professionnels, peu adaptée aux besoins de santé émergents

Certaines mesures annoncées initialement n’ont toutefois pas atteint leurs objectifs alors même qu’elles auraient permis une adaptation de l’offre de formation aux évolutions des besoins de santé.

La création d’une année d’internat sous statut de docteur junior, exerçant en situation d’autonomie supervisée, devait permettre au jeune diplômé d’être immédiatement opérationnel et prêt à s’installer à l’issue de sa formation. Cet objectif n’ayant pas été atteint, la réforme du troisième cycle a favorisé un allongement de la durée des études, allant ainsi à l’encontre des ambitions affichées.

Surtout, les modalités de mise en œuvre de la réforme sont venues renforcer la tendance à la spécialisation des médecins, corollaire d’une organisation des soins traditionnellement fondée sur l’excellence et construite autour des centres hospitalo-universitaires (CHU), dont les services sont spécialisés par organe. Cette spécialisation va à l’encontre d’une approche transversale et pluridisciplinaire, laissant davantage de place aux hôpitaux de proximité et à la médecine de ville, plus à même de répondre aux nouveaux défis liés au vieillissement de lapopulation et à l’augmentation de la prévalence des maladies chroniques et des patients pluri-pathologiques.

L’augmentation du nombre de spécialités (44) a favorisé un exercice plus pointu de chacune d’entre elles. Les maquettes de formation ont été construites avec des stages fléchés en fonction des spécialités, imposant souvent un encadrement universitaire. Les possibilités d’options et de formations transversales contribuent également à une spécialisation excessive des internes et à leur concentration au sein des CHU. Les nouvelles modalités d’accès au troisième cycle accentuent encore la précocité de cette tendance, avec des pondérations des rangs de classement par blocs de spécialités dont la plus-value réelle n’est pas démontrée.

Cette spécialisation accrue est d’autant plus dommageable que la procédure de répartition annuelle des postes d’internat à l’issue du concours d’accès échoue à augmenter le nombre d’internes formés dans les spécialités médicales correspondant à des priorités de santé publique (médecine générale, gériatrie, psychiatrie, spécialités permettant de développer la prévention telles que santé publique ou santé au travail), même si la situation s’améliore pour la médecine générale.

De fait, la procédure actuelle de répartition des postes d’internes conduit à préserver l’offre de soins existante, plutôt qu’à décliner une vision prospective fine, partagée et pluriannuelle des besoins à venir en professionnels de santé par spécialité et par territoire.


L’augmentation à venir du nombre d’internes à former : une opportunitéde rééquilibrage de l’offre de soins, des moyens humains et financiers à anticiper


L’enjeu de la répartition des étudiants est d’autant plus aigu qu’une augmentation importante du nombre d’internes à former va accentuer la pression sur l’offre de stages. Sous l’effet de l’allongement de la durée des études de médecine générale et de psychiatrie, et de l’arrivée en troisième cycle de promotions ayant bénéficié du numerus apertus (promotions de près de 11 000 étudiants contre 8 700 actuellement), le nombre d’internes va passer d’un peu plus de 39 000 à plus de 50 000 dans les six années à venir.

En matière d’offre de stages, si cette augmentation était correctement anticipée, elle pourrait permettre de moins concentrer les internes dans les centres hospitaliers universitaires et de mieux les distribuer sur tout le territoire.

Toutefois, cela implique d’adapter la capacité d’encadrement pédagogique au volume croissant d’internes. Or, les effectifs d’enseignants sont restés stables depuis de nombreuses années en dépit de l’augmentation déjà engagée du nombre d’étudiants. Ils sont en outre fortement concentrés en Île-de-France. Une gestion prévisionnelle des emplois est donc indispensable. Elle doit être cohérente avec les objectifs nationaux pluriannuels de professionnels de santé, et prendre en compte les possibilités de redéploiement entre filières universitaires et entre spécialités et régions.

L’impact financier de l’allongement des études et de l’accroissement des effectifs doit également être anticipé. Le coût de la formation du troisième cycle, constitué pour l’essentiel par les salaires des internes et estimé au minimum à 2,6 Md€ pourrait croître de 700 M€ à un milliard d’euros, du fait de l’augmentation de la taille des cohortes, à un horizon de quelques années. Il est indispensable qu’un tel surcoût, pesant principalement sur les hôpitaux, se traduise par une amélioration sensible de l’offre de soins partout sur le territoire.

L’affectation des internes en stage sur tout le territoire : de multiples leviers à activer simultanément


Le défi de l’attractivité des territoires éloignés des villes universitaires pour les internes et les jeunes professionnels ne pourra être relevé qu’au prix d’une action résolue des pouvoirs publics, s’appuyant sur une analyse pluriannuelle, fine et concertée des besoins en santé et des leviers disponibles localement.

L’offre de stage, largement structurée par des coordonnateurs de spécialité majoritairement hospitalo-universitaires, est aujourd’hui fortement concentrée dans les CHU au détriment des centres hospitaliers de proximité et des stages ambulatoires. Or, l’installation future de jeunes médecins sur l’ensemble du territoire nécessite de mieux faire connaître ces modes et lieux d’exercice aux internes en mobilisant la diversité des terrains de stages possibles.

Des actions ont été mises en place pour renforcer l’attractivité de ces lieux de stages, et notamment l’organisation de stages mixtes (CHU-ville ou CHU-centre hospitalier), l’organisation de coopérations entre les centres hospitaliers universitaires et les centres hospitaliers de proximité, la formation et la mise en réseau de maîtres de stages universitaires, etc. Elles doivent toutefois être développées pour être à l’échelle de l’augmentation du nombre d’internes à venir.

Les maquettes de spécialité devraient également être revues afin de rééquilibrer la répartition géographique des stages et les diversifier, en augmentant le nombre minimum de stages à réaliser en dehors des CHU et, pour les spécialités concernées (dermatologie, gynécologie, etc.), en ambulatoire.

Le déploiement de ces actions nécessite une concertation à l’échelle de chaque territoire pour définir la stratégie et les modalités opérationnelles à décliner afin de renforcer son attractivité. Une telle concertation pourrait être menée par les agences régionales de santé, en lien étroit avec les universités et les CHU. Elle devrait être déclinée avec les collectivités territoriales et par groupement hospitalier de territoire, en incluant l’examen des modalités d’accessibilité des lieux de stage et des solutions de logement des internes.

Publié par jscheffer81

Cardiologue ancien chef de service au CH d'Albi et ancien administrateur Ancien membre de Conseil de Faculté Toulouse-Purpan et du bureau de la fédération des internes de région sanitaire Cofondateur de syndicats de praticiens hospitaliers et d'associations sur l'hôpital public et l'accès au soins - Comité de Défense de l'Hopital et de la Santé d'Albi Auteur du pacte écologique pour l'Albigeois en 2007 Candidat aux municipales sur les listes des verts et d'EELV avant 2020 Membre du Collectif Citoyen Albi

Votre commentaire