De l’Occitanie aux Hauts-de-France en passant par les espaces ultramarins, cartographie d’une biodiversité à l’agonie
18 octobre 2026 à 18h11
Sommaire
À la veille de l’ouverture de la COP17 « biodiversité » à Erevan, où 196 pays vont négocier la préservation des écosystèmes, « Mediapart » se penche sur les périls en France. Zones asséchées, espèces au bord de l’extinction, forêts décimées… Les destructions se multiplient, et les pelleteuses avancent toujours.
18 octobre 2026 à 18h11
Région par région, une carte de la biodiversité sacrifiée
Pays de la Loire : la chasse ouverte sur des marais à sec
Et la chasse a commencé. Pour la deuxième année consécutive, les marais de Brière, en Loire-Atlantique, ont pourtant connu à l’été 2026 un niveau d’eau historiquement bas, entraînant, avec les températures caniculaires, un épisode de botulisme. Près de 2 000 oiseaux sont morts de cette affection bactérienne – des canards colverts, des mouettes rieuses, des spatules et des foulques, principalement – après 7 000 décès, déjà, l’an passé.
Le 21 août, la chasse au gibier d’eau s’est ouverte dans cette vaste zone humide comme sur l’ensemble du territoire. La Ligue de protection des oiseaux (LPO) demandait aux autorités un report à cause de la sécheresse ; les chasseurs ne voyaient pas de problème. « Les zones humides souffrent. Par contre, les oiseaux, ils volent, ce sont des migrateurs. S’il n’y a pas d’eau à un endroit, ils vont aller ailleurs », a justifié Arnaud Oheix, le président de l’association des chasseurs de gibier d’eau en Loire-Atlantique.
En réalité, ce sont des écosystèmes entiers qui sont complètement chamboulés par cet étiage record. La région Pays de la Loire se trouve être la plus gravement affectée : 54 % des cours d’eau y étaient complètement asséchés à la fin du mois de septembre. Et dans l’estuaire de la Loire, tout comme plus en amont, la ressource hydrique, anormalement chaude, a manqué et de fortes mortalités de poissons ont été constatées.
Nouvelle-Aquitaine : les mégabassines contre l’outarde canepetière
Face à l’impact du dérèglement climatique sur les milieux d’eau douce se pose la question de nos usages de l’eau. Au niveau national, l’agriculture en consomme 61 %, mais certains en profitent plus que d’autres. C’est ainsi qu’en région Nouvelle-Aquitaine, et plus particulièrement en Charente-Maritime, dans la Vienne et les Deux-Sèvres, le système des mégabassines privatise l’accès à l’eau. Et qu’importe si la justice bloque, ou met le holà sur les quotas de prélèvement : les irrigant·es persistent, soutenu·es en cela par la ministre de l’agriculture, Annie Genevard, qui, avec la loi agricole de 2025, a permis la multiplication de ces stockages d’eau…
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Une politique partagée par la ministre de la transition écologique, Monique Barbut, qui, début octobre, a finalement ouvert la voie à la légalisation de la bassine de Sainte-Soline (Deux-Sèvres), laquelle avait pourtant été, avec trois autres, suspendue par la justice. Les quatre structures se trouvent en effet sur une zone d’habitat de l’outarde canepetière, oiseau de plaine agricole parmi les espèces les plus menacées de France. Depuis la fin des années 1990, près de 80 % de ses effectifs en Europe ont disparu.
Bretagne : algues vertes, l’État condamné, l’élevage intensif épargné
Partout sur le territoire, l’agriculture intensive dopée aux produits chimiques provoque des désastres écologiques. Emblématique de cette dérive : la Bretagne, avec ses algues vertes apparues sur les côtes depuis les années 1970. Le phénomène, causé par les nitrates de l’élevage intensif qui s’infiltrent dans les nappes et les cours d’eau, est connu de longue date ; il a été magistralement raconté par Inès Léraud dans sa bande dessinée devenue best-seller, et des millions ont été engloutis pour nettoyer les plages chaque année.
La politique agricole bretonne, cependant, ne s’attaque pas aux causes : rien ne contraint les élevages, porcins en particulier, à diminuer la taille de leur cheptel ou à se tourner vers l’agroécologie. En mars 2025, l’État a même été condamné par le tribunal administratif de Rennes (Ille-et-Vilaine) à mettre fin « à la pollution par les nitrates » et à réparer « le préjudice écologique ».
Dans un rapport publié le 10 juillet, la Cour des comptes a enfoncé le clou. Les politiques publiques menées jusqu’ici sont inefficaces, écrit-elle, et il faut « fixer des objectifs évaluables de changement de pratiques agricoles » : seule « la réduction des concentrations et des flux de nitrates dans les cours d’eau » constituera un levier d’action pour « limiter significativement la prolifération des algues vertes ».
Normandie : les polluants éternels de BASF dans la Seine
En amont de la chaîne, il y a l’industrie chimique, avec ses produits à destination de l’agriculture intensive qui polluent directement sous-sols et cours d’eau. Sur le site de BASF, à Saint-Aubin-lès-Elbeuf, en Seine-Maritime, des rejets hors normes de polluants éternels (PFAS) dans la Seine ont été enregistrés, notamment un taux de TFA sept fois supérieur à la limite sanitaire indicative pour l’eau potable en France. Ce composé chimique, utilisé entre autres dans la fabrication du fipronil, un insecticide interdit en France mais exporté par le mastodonte de la chimie, se caractérise par une extrême persistance dans l’environnement.
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Après une plainte déposée par sept associations environnementales l’an dernier, la métropole de Rouen a saisi cet été la justice. Les taux de TFA relevés « causent nécessairement au territoire métropolitain un préjudice de perte de chances de créer de nouveaux points de captage d’eau potable dans la nappe des alluvions », note la collectivité dans son courrier au parquet de Rouen, lui demandant d’examiner notamment les qualifications de pollution des eaux, pollution du milieu naturel, et atteinte aux poissons.
Martinique : sous les sargasses, les coraux s’effondrent
Sur les littoraux martiniquais et guadeloupéen, les algues ne sont pas vertes, mais brunes. Depuis une quinzaine d’années, les sargasses prolifèrent. Provoquant, sur les plages, problèmes sanitaires et pollution à l’odeur insoutenable, elles pullulent avec le réchauffement de la mer des Caraïbes et l’abondance de nutriments entraînée par l’usage massif d’engrais agricoles du côté de l’Amazonie et la destruction de la mangrove d’Amérique latine.
L’une des conséquences de cette prolifération est la détérioration des récifs coralliens, déjà victimes de la montée des températures. En Martinique, où de nombreux recours en justice ont été déposés pour dénoncer la gestion des sargasses, les colonies de coraux s’effondrent. « Entre 2023 et 2025, on a 78 % de pertes totales de colonies vivantes », relevait il y a quelques mois Jessica Crillon, chargée de mission au Parc naturel marin de Martinique. Un enjeu majeur de biodiversité : les récifs coralliens abritent plus du quart des espèces marines… Les réserves naturelles et autres zones dites protégées sont censées les préserver.
Guadeloupe : la réserve Cousteau, une « protection forte » en trompe-l’œil
En Guadeloupe, c’est raté. Dans la réserve Cousteau, haut lieu de la plongée sous-marine au sein du parc national de l’île, le milieu s’est fortement dégradé ces dernières années, malgré un niveau de protection parmi les plus élevés qui existent. En cause ? Le réchauffement climatique, encore une fois, mais aussi le mauvais traitement des eaux usées rejetées en mer et la pression touristique : jusqu’à 500 personnes plongent dans la zone certains jours…
C’est précisément la Guadeloupe, avec deux autres territoires, que le gouvernement a choisie en juin pour placer de nouvelles zones maritimes sous « protection forte » – un label interdisant ou limitant strictement la pêche, l’extraction, ou encore le tourisme. « Malheureusement, cette démarche relève plus du marketing que de la science », déplore François Chartier, de Greenpeace France, s’interrogeant sur les restrictions concrètes qu’elle implique.
Interrogé sur le périmètre guadeloupéen concerné et les mesures à venir, le ministère de la mer et de la pêche n’a pas été en mesure de nous répondre. Politique du chiffre ? La création de ces nouvelles zones permet en tout cas au gouvernement d’atteindre 14,68 % des eaux françaises sous « protection forte », soit presque l’objectif annoncé par Emmanuel Macron lors de la Conférence des Nations unies sur l’océan, en juin 2025.
Ce sont d’ailleurs les régions et territoires ultramarins, avec la Kanaky-Nouvelle-Calédonie, la Polynésie française et les Terres australes et antarctiques françaises, qui permettent à la France d’atteindre déjà l’un des objectifs qui seront examinés pendant la COP « biodiversité » qui s’ouvre lundi 19 octobre en Arménie : d’ici à 2030, 30 % des terres et des eaux planétaires doivent être protégées. Sur le papier, les espaces français les ont déjà dépassés.
La Réunion : autour des cétacés, le vacarme de l’écotourisme
Politique du chiffre, là aussi. Ces statuts de protection empêchent rarement toutes les activités humaines sources de dérangement pour les animaux. C’est le cas à La Réunion, où le surtourisme en mer perturbe profondément les cétacés, raconte Fabienne Delfour dans La Sensibilité du cachalot. La scientifique y mène une recherche basée sur le prélèvement de l’hormone du stress sur une espèce de dauphins. « L’océan des mammifères marins n’est pas un monde de silence. Le vacarme des moteurs y est assourdissant », écrit-elle, déplorant, au large de l’île, « un ballet incessant » de « bateaux d’écotourisme » qui s’approchent au plus près des dauphins et des baleines à bosse pour « consommer la nature ».
Grand Est : le grand tétras des Vosges importé de Norvège
Très dérangé également par les allées et venues humaines : le grand tétras. Cet oiseau dont le mâle se caractérise, quand il parade, par une impressionnante queue en éventail et un chant guttural et saccadé, se trouve, dans le massif des Vosges, au bord de l’extinction.
Randonnées et VTT en été, ski de fond en hiver : l’animal forestier s’est retrouvé confronté à une fréquentation accrue, mais aussi au recul de l’enneigement et à une métamorphose de son biotope. En de nombreux endroits, les plantations d’épicéas ont remplacé les forêts de feuillus où celui que l’on appelle également coq de bruyère se nourrissait de bourgeons et de myrtilles au printemps.
Porté par l’État, le parc naturel régional des Ballons des Vosges et la région Grand Est, un programme d’introduction de grands tétras capturés en Norvège est en cours pour maintenir, malgré tout, l’espèce sur place. Au total, deux cents individus doivent être acheminés, en cinq ans, depuis le pays scandinave.
Vivement critiqué par les associations environnementales et le photographe animalier Vincent Munier, dont le dernier film, Le Chant des forêts, rend hommage à l’oiseau en voie de disparition, ce programme a reçu des avis tout aussi défavorables du Conseil national de la protection de la nature et du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel du Grand Est. Tous dénoncent une stratégie vouée à l’échec, en l’absence de restauration d’écosystèmes profondément abîmés, et sur fond de développement persistant d’activités touristiques.
Occitanie : l’ours toujours indésirable
Dans les Pyrénées, c’est au monde de l’élevage et à celui de la chasse que la stratégie de réintroduction se heurte, depuis trente ans. Là, il s’agit de l’ours qui, chassé depuis des siècles ou domestiqué en animal de foire, avait fini, dans les années 1990, par quasiment disparaître du massif. Croisée avec des ours slovènes lâchés sur place, la population compte aujourd’hui plus d’une centaine d’individus.
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26 juillet 2026
Mais la survie de l’espèce, dans ce coin d’Occitanie, n’est toujours pas assurée. « On observe une augmentation de la consanguinité […] et une faible diversité génétique dans la population actuelle », indique, dans son dernier bilan, l’Office français de la biodiversité (OFB), qui coordonne en France le réseau Ours brun.
En dépit de cette vulnérabilité et d’un nombre d’attaques sur les brebis en estive stable depuis cinq ans, l’ursidé fait face à une hostilité persistante dans le milieu de l’élevage. En juillet 2026, Annie Genevard et son confrère délégué à la transition écologique, Mathieu Lefèvre, ont signé un arrêté permettant aux éleveuses, éleveurs et gardien·nes de troupeaux d’effectuer des « tirs d’effarouchement » pour éloigner l’animal.
Corse : la tortue d’Hermann entre promoteurs et trafiquants
La Corse est l’un des derniers endroits en France, avec le Var, où la tortue d’Hermann subsiste à l’état sauvage ; la survie de cette espèce ancestrale apparue il y a 1,8 million d’années est aujourd’hui en question. Victime des incendies, de l’urbanisation galopante et du trafic d’animaux, elle apparaît régulièrement dans les saisies de douane ou de police. En février 2026, seize spécimens ont ainsi été découverts chez un particulier à Ghisonaccia. « Protéger la biodiversité, c’est aussi faire respecter la loi », notait la gendarmerie de Corse, qui a ouvert une enquête pour « détention illicite d’une espèce animale non domestique ».
Une affaire judiciaire, ces dernières années, a par ailleurs mis en lumière l’impact de l’activité immobilière sur l’animal. En 2024, un promoteur a été condamné en appel à six mois de prison avec sursis pour « mutilation et destruction non autorisée d’une espèce animale protégée ainsi que pour l’altération et la destruction de son habitat ». Six cadavres de tortues et une mortellement blessée avaient été trouvés cinq ans plus tôt sur un chantier de 162 logements qu’il dirigeait en Corse du Sud. L’entrepreneur a dû s’acquitter, avec sa société, de 420 000 euros d’amende et de dommages et intérêts.
Centre-Val de Loire : le charnier d’Olivier Bouygues
La maltraitance animale et le trafic d’espèces sauvages se sont retrouvés récemment au cœur d’un procès hors norme à Orléans (Loiret) : une affaire de destruction en bande organisée d’oiseaux et de mammifères protégés pour laquelle était jugé… le milliardaire Olivier Bouygues. L’enquête avait notamment révélé, sur sa vaste propriété de Sologne, un charnier de carcasses d’oiseaux protégés (faucon crécerelle, grande aigrette, busard, buse variable, grand cormoran…) et un élevage de cinq cents sangliers qui ne disposait pas d’autorisation préfectorale.
Ont été requis contre le chasseur richissime une peine de cinq ans de prison avec sursis, une amende de 750 000 euros – le maximum prévu – et l’interdiction d’exercer une activité en lien avec la chasse.
Une affaire qui en dit long sur les pratiques de chasse dans cette région forestière du Centre-Val de Loire, et pour laquelle quatorze associations de défense de l’environnement se sont portées parties civiles.
Île-de-France : vingt-cinq ans de forêt partis en fumée
La faune sauvage est de plus en plus persécutée, et les écosystèmes forestiers ne sont parfois plus en mesure de lui apporter les ressources dont elle a besoin. Cet été, qui a vu plus de 120 000 hectares de forêts partir en fumée – un record – a été funeste. Avec le changement climatique, les incendies se font plus intenses et ne se cantonnent plus au pourtour méditerranéen ou aux landes de la côte atlantique. Ils touchent désormais l’ensemble du territoire, et en Île-de-France, ils ont détruit 10 % de ce qui est considéré comme la forêt de plaine la plus riche en biodiversité de l’Ouest européen : les massifs de Fontainebleau et des Trois-Pignons.
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20 septembre 2026
De longues années seront nécessaires pour que ce milieu se reconstitue et l’inconnue demeure, à ce jour, sur l’état de certaines espèces qui vivaient là. « Le feu a détruit la forêt d’aujourd’hui, mais aussi, en brûlant les semis, les jeunes arbres, et l’ensemble de la végétation, celle de demain, nous expliquait en septembre la responsable locale de l’Office national des forêts (ONF), Claire Nowak. On a perdu vingt-cinq années d’un coup. Un trou de classe d’âge dans la démographie de la forêt. »
Le débat est vif aujourd’hui autour de ce qu’il faudrait faire pour favoriser la repousse et éviter l’enrésinement – les pins, déjà très répandus à Fontainebleau, étant beaucoup plus inflammables que les feuillus. Ailleurs en France, la plantation de résineux, au détriment parfois de forêts anciennes rasées à blanc, a souvent été privilégiée.
Bourgogne-Franche-Comté : le Morvan saigné par les coupes rases
Dans le Morvan, historiquement peuplé de hêtres et de chênes, les résineux sont dominants, quand les parcelles ne sont pas zébrées par de vastes trouées. Car les coupes rases, dans ce massif, sont deux fois plus importantes qu’au niveau national, selon le rapport de l’association Canopée publié début 2026. Certes, il a fallu, ces dernières années, enrayer la propagation des scolytes, qui s’étaient attaqués massivement aux douglas, sapins et autres épicéas affaiblis par les sécheresses successives. Mais n’y a-t-il pas d’autre stratégie possible ?
La Bourgogne-Franche-Comté fait partie, avec la Nouvelle-Aquitaine et le Grand Est, des trois régions les plus touchées par les coupes rases entre 2018 et 2024, estime Canopée. Opérations qui entraînent « un déstockage immédiat du carbone », écrit l’association, qui souligne l’aberration à l’heure du dérèglement climatique et évalue la perte à près de 11 millions de tonnes de CO2 par an.
Hauts-de-France : le « mégacanal » taille dans la forêt d’Ytres
En septembre, c’est dans la forêt d’Ytres (Pas-de-Calais) que des coupes ont commencé. Sept hectares doivent y être défrichés pour faire place au chantier du « mégacanal », un vieux projet fortement contesté qui doit doubler le canal déjà existant, qui traverse les Hauts-de-France du nord au sud.
Des militantes ont tenté, brièvement, d’occuper le terrain en se hissant sur les branches d’un chêne centenaire avant d’être délogées par les forces de l’ordre, omniprésentes depuis et bloquant tous les accès du chantier. « Depuis le village, on commence à voir à travers le bois, l’axe de la trouée est orienté vers nous, cela donne comme l’impression de voir le monstre s’avancer, c’est assez terrifiant », témoigne auprès de Mediapart Yves Courtaux, un agriculteur qui vit sur la commune.
Le projet, destiné à mettre la région sur la carte européenne du transport fluvial XXL, est taillé pour faire circuler des péniches jusqu’à 180 mètres de long. Pas moins de 3 300 hectares de terres agricoles et d’espaces naturels, dont 240 de zones humides, doivent disparaître sous les tractopelles.
Mayotte : un aéroport sur le grenier de l’île
Projet d’un autre temps lui aussi, celui d’un nouvel aéroport à Mayotte. Le sujet est sur la table depuis une quarantaine d’années, et il y a deux ans, il a pris une nouvelle dimension : l’option initiale d’allonger la piste existante sur Petite-Terre s’est transformée en projet ex nihilo sur Grande-Terre, où près de 500 hectares de terres agricoles doivent être sacrifiés. Un site considéré comme l’un des greniers de l’île, crucial pour son autosuffisance alimentaire, déjà fragile. Et la procédure, cette fois, s’accélère : le début des travaux est annoncé pour 2027.
Provence-Alpes-Côte d’Azur : des pylônes sur la route des oiseaux
En ce double quinquennat finissant, les grands projets écocidaires semblent pousser tous azimuts. En Provence-Alpes-Côte d’Azur, le contournement autoroutier d’Arles, qui pourrait bétonner un bout de Camargue, est ressorti des fonds de tiroirs à l’heure où l’urgence climatique nécessite de réduire le trafic routier. Et c’est sur la création d’une ligne à très haute tension (THT) à travers la plus vaste zone humide de France que l’Élysée veut à présent aller au plus vite.
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6 juin 2026
Sur place, toutefois, le projet fait l’unanimité contre lui, de la frange la plus réactionnaire du monde agricole aux associations environnementales en passant par le maire de la ville, Patrick de Carolis (Horizons). Il faut dire que des câbles tirés par 180 pylônes de 60 mètres de hauteur font un peu tache sur la carte postale… Et constituent de sacrés obstacles pour les oiseaux de ce corridor migratoire étudié par des scientifiques du monde entier.
Parmi les nombreuses espèces menacées, notons le ganga cata, qui va et vient entre Camargue et plaine de la Crau, et que l’on ne trouve nulle part ailleurs en France. « La perte d’une espèce, ce n’est pas compensable ! », pointait, en juin, le biologiste de la conservation Laurent Tatin.
Auvergne-Rhône-Alpes : la narse de Nouvialle convoitée pour sa diatomite
Autre zone humide menacée, cette fois par l’extractivisme : la narse de Nouvialle, dans le Cantal. Cet écosystème d’altitude remarquable de la région Auvergne-Rhône-Alpes est, depuis une trentaine d’années, convoité pour ses ressources en diatomite – une roche utilisée pour filtrer liquides alimentaires et produits pharmaceutiques, mais aussi comme composant dans la fabrication de béton, d’isolants, d’insecticides, ou encore de litières pour animaux domestiques.
Relancé il y a cinq ans par le groupe Imerys qui, d’après ce qu’il a indiqué à Mediapart, prévoit de déposer sa demande d’autorisation d’exploitation courant 2027, le projet fait l’objet d’une vive contestation sur place où se tient, chaque année, un rassemblement à la fin de l’été. Lors de la dernière édition a été présenté un projet économique alternatif à la carrière, qui permettrait de valoriser agriculture, secteur du bois et tourisme, et de créer plusieurs dizaines d’emplois durables.
« Les zones humides sont essentielles à notre avenir car elles sont la clef de voûte permettant de répondre aux enjeux environnementaux actuels », faisaient valoir plusieurs scientifiques en janvier 2025 dans Mediapart. Montant au créneau pour défendre le territoire cantalien classé Natura 2000, ils et elles soulignaient ses multiples apports : stockage du carbone, lutte contre la sécheresse, absorption des crues, habitat pour de nombreuses espèces de fleurs et d’oiseaux.
Guyane : l’or, le mercure et l’Amazonie empoisonnée
Si l’extractivisme menace des zones encore préservées de l’Hexagone, en Guyane, c’est un fléau généralisé. Dans ce territoire couvert à 90 % par la forêt amazonienne et qui constitue, de ce fait, le plus grand réservoir français de biodiversité, on compte une centaine de mines d’or légales – soit 82 % des mines de France – et près de 600 sites illégaux.
Déforestation et pollution sont massives, en particulier parce que l’orpaillage illégal recourt encore au mercure pour l’extraction de l’or. Le métal a largement contaminé les poissons du fleuve Maroni, mais aussi les populations autochtones, qui présentent des taux d’exposition supérieurs aux seuils de référence de l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
Le massacre n’est pas près de s’arrêter. Entrée en vigueur en mai dernier, la loi de « simplification économique » est venue donner un nouveau coup de pouce à l’activité aurifère de Guyane : elle a supprimé l’étape de l’accord de l’ONF dans la procédure d’autorisation de recherche minière.
