Comment le gouvernement siphonne les aides à l’agriculture bio

Les représentants du secteur déplorent que la majeure partie des crédits non utilisés pour la conversion en bio soient détournés de leur vocation écologique. Ils s’inquiètent aussi d’être moins soutenus dans la future PAC. 

Par Manon Rescan

Publié le 09 juillet 2026 à 18h40, modifié le 10 juillet 2026 à 02h17

N’allez pas dire à Annie Genevard qu’elle ne soutient pas l’agriculture biologique. La ministre de l’agriculture aimerait se débarrasser de cette image acquise en particulier depuis les menaces de disparition de l’Agence bio en 2025. « Elle ne sera pas supprimée », a-t-elle dit haut et fort lors d’un déplacement, début mai, sur l’exploitation du président de la structure, Bruno Martel. Ses propos peinent toujours à convaincre les acteurs de ce mode de production considéré, selon la Cour des comptes en 2022, comme « le meilleur moyen de réussir la transition agro-environnementale et d’entraîner les exploitations agricoles dites conventionnelles vers des pratiques plus respectueuses de l’environnement ».

Deux prises de position récentes ont enfoncé un nouveau coin dans ses relations avec les acteurs du bio. La première concerne la réallocation des fonds de la politique agricole commune (PAC) qui devaient financer des conversions en agriculture biologique. Chaque année, la France s’est dotée d’une enveloppe de 340 millions d’euros à ces fins. Cette aide est versée pour cinq ans.

Or, depuis 2021, l’agriculture biologique connaît une crise, alimentée en particulier par une chute de la consommation sur fond d’inflation. Des exploitations, dont le nombre était en plein essor, se sont trouvées en difficulté financière, au point de freiner l’élan vers la conversion. L’agriculture bio a perdu plusieurs dizaines de milliers d’hectares de surface en quelques années et, même si la consommation de bio est repartie d’environ 3 % en 2025, la filière reste fragilisée.

En 2023 et 2024, un total de 257 millions d’euros des crédits à la conversion n’avaient pas été utilisés. Pour l’année 2025, le montant final n’est pas encore connu, mais il dépasse les 130 millions d’euros. A chaque fois, le partage de cette enveloppe fait débat. La Fédération nationale d’agriculture biologique (FNAB) estime que la totalité doit revenir aux producteurs qui respectent le cahier des charges bio. « Cet argent de l’Europe appartient à l’ensemble de la ferme France, et le plus important est que ces crédits soient utilisés », rétorque Yannick Fialip, président de la commission économique de la Fédération nationale des syndicats d’exploitants agricoles (FNSEA).

Pour les fonds 2023-2024, moins de la moitié – environ 100 millions d’euros – était revenue au soutien à l’agriculture biologique, venant principalement augmenter, pour 2026 et 2027, l’« écorégime bio », qui subventionne les pratiques vertueuses pour l’environnement. A l’époque, la FNAB s’était indignée de la faiblesse des montants qui lui revenaient, dénonçant un « désengagement de l’Etat à l’égard de l’agriculture biologique ».

Assurance-récolte

Les reliquats de l’année 2025 fléchés vers le bio devraient être encore plus faibles. La ministre de l’agriculture a commencé par annoncer, en mai, qu’elle sanctuariserait 40 millions d’euros pour les « mesures agro-environnementales et climatiques » versées à des fermes qui s’engagent dans des pratiques plus écologiques, mais seulement 5 millions d’euros seront consacrés spécifiquement au bio.

Une autre part pourrait être distribuée en aides à l’investissement, en particulier par le biais des contrats d’avenir qui doivent être inscrits dans la loi d’urgence agricole en cours de discussion parlementaire. « Elles cibleront peut-être des démarches de transition ou d’adaptation au changement climatique, mais pour financer des bâtiments d’élevage industriel adaptés aux fortes chaleurs ou des pulvérisateurs de pesticides plus précis », s’inquiète Nicolas Fortin, secrétaire national de la Confédération paysanne.

La majeure partie de l’enveloppe – 93 millions d’euros – reviendra, elle, à l’assurance-récolte. Cette fois, le partage a fait unanimement bondir les représentants du monde agricole, de la Confédération paysanne à la FNSEA. Ils jugent que l’argent de la PAC est ainsi détourné pour un dispositif devant être financé par le budget de l’Etat. L’arbitrage n’a pas non plus été accueilli avec des vivats au ministère de l’agriculture, privé d’une manne par Bercy en période de disette. Mais on s’y résout au fait que les besoins de financements assurantiels, en particulier après la succession de canicules, vont être importants en 2026.

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La ministre a cependant une position affirmée sur l’attribution des reliquats. « Je ne connais pas une politique publique qui perçoit toutes ses subventions quand elle ne remplit pas ses objectifs », déclare-t-elle au Monde. En arrière-plan, le fait que les crédits à la conversion ont été calibrés pour atteindre l’objectif législatif ambitieux de 21 % de surface en agriculture bio en 2027, alors que celle-ci ne dépasse pas aujourd’hui 10 %.

Les acteurs du bio ont une autre lecture : pour eux, la stagnation des surfaces s’explique par le fait que l’Etat a arrêté,depuis 2018, de financer l’aide au maintien. Celle-ci prenait le relais pour cinq ans de l’aide à la conversion, pour continuer à soutenir l’effort économique lié au changement de mode de production. Elle a été abandonnée au motif que le modèle économique de l’agriculture biologique devait se développer en trouvant son marché hors subventions. A l’époque, ce choix avait été questionné par l’Union européenne, qui y voyait « un risque de déconversion à partir de 2023 ». Un rapport de la Cour des comptes publié en juin 2022 avait alerté sur le même risque. Ils ont vu juste : pour la première fois en 2025, le nombre de fermes a reculé de 1,3 %.

« Le seul instrument crédible et efficace »

Si la suppression de l’aide au maintien a commencé à être compensée à travers l’écorégime bio et un crédit d’impôt porté à 4 500 euros dans le budget 2026, ces aides restent « extrêmement faibles par rapport aux efforts à réaliser en bio et à l’ancienne aide au maintien », estime Sophia Majnoni d’Intignano, déléguée générale de la FNAB, qui s’inquiète de la pérennisation de ces dispositifs dans les prochains budgets.

C’est précisément sur cette orientation qu’un nouveau front d’opposition a été ouvert ces derniers jours avec le ministère de l’agriculture. Il concerne la future PAC, actuellement en négociation et qui doit entrer en vigueur au 1^er janvier 2028. Le 23 juin, devant les ministres de l’agriculture européens, Annie Genevard a défendu une modification de la proposition de texte de la Commission européenne, afin que « les Etats membres [puissent] choisir de simplifier les mesures agro-environnementales en supprimant les distinctions entre gestion et transition ».

Les acteurs du bio, et à Paris et à Bruxelles, y ont vu une volonté d’« exporter » la politique française d’arrêt de l’aide au maintien. « Le soutien à l’agriculture biologique est le seul instrument crédible et efficace qui reste dans la PAC proposée pour rendre l’agriculture plus durable », s’inquiète la FNAB. « Cette politique a été un échec en France, déplore Loïc Madeline, coprésident de la fédération. La ministre, qui ne cesse pourtant de vanter la filière d’excellence de l’agriculture bio, n’a pas cru bon d’aller dans le sens de la Commission, alors que c’était une bonne occasion de nous soutenir. »

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« A la demande de la FNAB, nous avons augmenté l’écorégime bio, maintenu le crédit d’impôt, orienté des fonds pour aider la filière du lait bio, obtenu des crédits de communication », rappelle Annie Genevard. « Mais on ne peut pas tout résoudre avec de l’argent public – qui manque. Il faut un équilibre dans les répartitions pour que tout le monde y trouve son compte », estime celle qui « n’oppose pas les modes d’agriculture entre eux » quand les acteurs du bio lui reprochent de favoriser l’agriculture conventionnelle.

Manon Rescan