Compensation écologique : comment la mise en œuvre différée des mesures devient possible

Une mise en œuvre différée des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité est rendue possible par la loi de simplification de la vie économique. Le projet de décret d’application est soumis à la consultation du public.

Biodiversité |  21.10.2026  | L. Radisson

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© Jenny ThompsonDes travaux d’aménagement sur un site naturel illustrent les enjeux de la compensation différée, entre contraintes foncières, cycles biologiques et exigences réglementaires.

LES POINTS À RETENIR

• La loi de simplification du 26 mai 2026 autorise le différé des mesures de compensation écologique.
• Le projet de décret précise les critères objectifs encadrant le calendrier de mise en œuvre différée.
• La loi d’urgence agricole introduit des dérogations supplémentaires à la compensation en proximité fonctionnelle.

C’est l’un des grands principes de la compensation écologique. Elle doit être effective pendant toute la durée des atteintes à l’environnement occasionnées par un projet et présenter une garantie de résultat.

Mais la loi de simplification de la vie économique du 26 mai 2026 a introduit la possibilité, à l’initiative du Gouvernement, de différer les mesures de compensation sous certaines conditions et a supprimé l’obligation de résultats. Le ministère de l’Économie estimait que l’obligation de compensation au moment où les travaux démarrent pouvait entraîner des retards importants dans la réalisation des projets.

Saisi sur ces dispositions par les groupes socialistes et écologistes de l’Assemblée nationale, le Conseil constitutionnel les avait validées, estimant qu’elles n’avaient « ni pour objet ni pour effet de remettre en cause l’existence d’une obligation de compensation pesant sur le maître d’ouvrage afin de garantir l’absence de perte nette de biodiversité ».

Le ministère de la Transition écologique met aujourd’hui en ligne le projet de décret d’application de ces dispositions législatives dans le cadre d’une consultation publique (1) qui prendra fin le 15 novembre.

Conditions de recours à la mise en œuvre différée

L’article L. 163-1 du code de l’environnement (2) , dans sa rédaction résultant de la loi de simplification de la vie économique, prévoit que les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent « à éviter les pertes nettes de biodiversité pendant toute la durée des atteintes ou, à défaut, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, à compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et indiqué dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet, en visant, à l’expiration de ce délai le cas échéant, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité ».

Le projet de décret, explique le ministère de la Transition écologique, précise les modalités d’application de cette disposition, « notamment les conditions de recours à la mise en œuvre différée, les éléments à fournir à l’appui de la demande et les modalités d’encadrement et de suivi des mesures de compensation ». Ces modalités de mise en œuvre différée s’appliquent aux autorisations environnementales ainsi qu’à toute décision administrative autorisant un projet et lui prescrivant des obligations de compensation (dérogations espèces protégées, défrichement, etc.).

Concernant le recours à la mise en œuvre différée, le dispositif doit permettre à l’autorité administrative « d’apprécier les contraintes invoquées par le maître d’ouvrage, notamment celles liées à la maîtrise foncière, à la réalisation d’actes juridiques ou aux cycles biologiques des espèces et des habitats concernés ». Le texte précise les critères objectifs qui doivent guider l’autorité administrative pour apprécier le caractère raisonnable du calendrier sollicité. Il prend en compte, explique le ministère, « les caractéristiques des atteintes, la résilience des espèces et des habitats, ainsi que les contraintes techniques du génie écologique ». Il garantit « la sécurisation foncière en couvrant la finalisation des actes ou l’acquisition d’unités de compensation (UCRR) sur des emprises préalablement identifiées, tout en excluant formellement toute phase de prospection foncière postérieure à l’autorisation ».

L’arrêté d’autorisation, explique le ministère, doit fixer le délai accordé et les obligations applicables au maître d’ouvrage, « notamment les échéances et, le cas échéant, les étapes intermédiaires nécessaires au suivi de la mise en œuvre des mesures de compensation ». Le projet de décret prévoit également les modalités de suivi permettant à l’autorité administrative de « vérifier la réalisation des mesures prescrites et le respect des obligations fixées dans l’autorisation ».

Garanties écologiques ?

Le ministère de la Transition écologique met en avant les garanties écologiques qui sont apportées en face de cet assouplissement. « La possibilité de différer la mise en œuvre des mesures de compensation ne remet pas en cause les exigences applicables à la séquence « éviter, réduire, compenser » ni l’objectif de compensation des atteintes résiduelles à la biodiversité », explique-t-il.

« La compensation intervient pour les atteintes qui n’ont pu être évitées ou suffisamment réduites », rappelle ainsi l’hôtel de Roquelaure.

Le retour d’expérience montre toutefois que les mesures d’évitement et de réduction sont très souvent oubliées par les maîtres d’ouvrage.

Le ministère assure par ailleurs que l’obligation de résultat est maintenue, bien que celle-ci ne figure plus dans la loi. « Le Conseil constitutionnel et le droit européen (directives Habitats et Oiseaux) garantissent que l’objectif final d’absence de perte nette, voire de gain de biodiversité, reste impératif à l’expiration du délai accordé », ajoute-t-il. Mais, là aussi, des travaux parlementaires et des études scientifiques ont montré la faiblesse des mesures de compensation mises en œuvre, et le signal adressé par cette mesure d’assouplissement risque de ne pas contribuer à leur amélioration.

D’autant que d’autres assouplissements ont été introduits dans l’obligation de compensation environnementale à travers la loi d’urgence agricole du 18 août 2026. Cette loi, d’une part, assouplit les obligations de compensation en cas d’atteinte à une zone humide et, d’autre part, introduit une dérogation à l’obligation de compensation en proximité fonctionnelle avec le site endommagé lorsque les mesures de compensation portent sur des terres agricoles.

1. Accéder à la consultation publique
https://www.consultations-publiques.developpement-durable.gouv.fr/projet-de-decret-relatif-aux-modalites-de-mise-en-a3461.html

2. Consulter l’article L. 163-1 du code de l’environnement
https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000054715884