Covid-19 : l’arrivée de BA.4 et BA.5 en France va-t-elle entraîner une nouvelle vague de contaminations ?
Les deux sous-variants de la famille Omicron ont déjà provoqué de nouvelles vagues en Afrique du Sud et au Portugal.
Par Delphine RoucautePublié aujourd’hui à 02h00, mis à jour à 15h39
Temps de Lecture 5 min.
Avec plus de 18 860 cas par jour, l’épidémie de Covid-19 en France atteint, en ce début juin, les niveaux enregistrés fin novembre 2021. Démarrait alors la longue vague hivernale provoquée par le variant Delta, rapidement supplanté par Omicron, qui règne désormais en maître depuis six mois en France et à travers le monde. BA.1, BA.2 et enfin BA.4 et BA.5 : les différents cousins de cette branche à part de l’arbre phylogénétique de la grande famille SARS-CoV-2 s’imposent l’un après l’autre.
Chaque nouveau sous-variant prend le pas sur son prédécesseur et entraîne dans son sillon un regain de contaminations. « Chaque sous-variant a son quart d’heure de célébrité, résume Olivier Schwartz, responsable de l’unité virus et immunité de l’Institut Pasteur à Paris. Le virus reste contagieux et essaye de se faufiler dans l’immunité globale présente dans la population. » Une question s’impose donc : alors que l’immense majorité de la population française a été vaccinée et que la moitié a été infectée par Omicron, combien de temps va-t-elle être protégée contre les nouveaux venus BA.4 et BA.5 ?
Ces petits derniers de la famille Omicron ont été identifiés pour la première fois en Afrique du Sud, où ils ont provoqué une nouvelle vague de contaminations en avril-mai, de bien moindre ampleur que les précédentes qui se répétaient jusque-là tous les six mois avec une régularité de métronome. Au Portugal, c’est le sous-variant BA.5 seul qui s’est imposé en avril, entraînant un regain de contaminations très important ; au 30 mai, il représentait 87 % des cas. Malgré les milliers de kilomètres qui les séparent, ces deux pays ont un point en commun : le sous-variant BA.2 y a assez peu circulé au début de l’année.
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Des indices sur la capacité d’échappement immunitaire
Le cas portugais, à part en Europe, pose donc question. « Est-ce que la vague BA.5 au Portugal est si importante parce qu’ils n’ont pas eu de vague BA.2, contrairement à la plupart des pays européens ? Et, en conséquence, est-ce que la France, qui a eu une vague BA.2, sera mieux protégée face à l’arrivée de BA.4/BA.5 ? », s’interroge Arnaud Fontanet, médecin épidémiologiste, membre du conseil scientifique Covid-19 et directeur du département santé globale de l’Institut Pasteur.
Pour le moment, aucune donnée n’est disponible quant à la protection conférée par un antécédent d’infection par BA.2. Certes, dans les pays touchés par la vague BA.2, comme le Danemark, le Royaume-Uni, l’Allemagne ou la France, BA.4 et BA.5 commencent à circuler. « Mais ils sont encore à des niveaux trop faibles pour avoir des données robustes », précise Santé publique France au Monde. Des tests de séroneutralisation réalisés in vitro fournissent néanmoins quelques indices sur la capacité d’échappement immunitaire de BA.4 et BA.5.
Une première étude sud-africaine, non relue par les pairs et publiée le 24 avril, montre que les anticorps de patients non vaccinés précédemment infectés par BA.1 (qui a provoqué la première vague Omicron dès la fin décembre) neutralisent environ 7,5 fois moins bien BA.4 et BA.5. Chez les personnes vaccinées, cette diminution de la neutralisation est moindre : environ trois fois moins. Cela signifie qu’une personne contaminée par Omicron au début de l’année n’est pas complètement protégée contre le risque de réinfection par BA.4 ou BA.5, qu’elle soit vaccinée ou non. Les auteurs en concluent que « BA.4 et BA.5 ont le potentiel de provoquer une nouvelle vague d’infection ».
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Une autre étude, chinoise, publiée le 2 mai, vient confirmer que le plasma de personnes ayant reçu trois doses de vaccin, tout comme celui de convalescents BA.1 vaccinés, neutralise moins bien BA.4 et BA.5. Les auteurs vont encore plus loin dans leurs conclusions, avertissant : « L’évolution continue d’Omicron pose de grands défis à l’immunité collective du SARS-CoV-2 et suggère que les vaccins de rappel dérivés du BA.1 ne sont peut-être pas idéaux pour obtenir une protection à large spectre. » Un vaste débat qui sera sûrement rouvert à la rentrée, avec la perspective d’une vague hivernale.
La vaccination semble tenir ses promesses
D’ici-là, comment cela va-t-il se passer pour les personnes contaminées par BA.2, donc essentiellement depuis mars ? BA.4 et BA.5 sont génétiquement proches de leur prédécesseur, ce qui participe à l’hypothèse selon laquelle une contamination par BA.2 protégerait d’une réinfection. Quelques mutations les en distinguent toutefois, notamment la mutation L452R sur leur protéine de spicule, qui sert de clé pour entrer dans les cellules humaines. « Cette mutation est bien connue, elle était déjà présente chez Delta, ce qui a rendu ce variant plus transmissible et plus résistant à certains anticorps », rappelle Olivier Schwartz. En outre, BA.4 et BA.5 disposent de mutations supplémentaires dans leur arsenal, accentuant encore leur résistance aux anticorps.
Toutes ces caractéristiques, auxquelles il faut ajouter le contexte épidémiologique propre à chaque pays, expliquent en partie pourquoi ces sous-variants vont s’imposer peu à peu dans le monde. En France, ils représentent déjà 12 % des contaminations et on s’attend à ce qu’ils deviennent majoritaires en juin, étant donné le taux de croissance de + 10 % par jour observé dans plusieurs pays. « Cela s’accompagnera probablement d’une petite augmentation des cas, mais l’amplitude de cette vague est très difficile à anticiper, analyse Arnaud Fontanet. Concernant les hospitalisations, les signaux en provenance du Portugal et d’Afrique du Sud sont plutôt rassurants : on ne s’attend pas à une vague importante dans les hôpitaux. » Pour le moment, rien ne peut laisser penser que BA.4 et BA.5 sont plus sévères que les autres sous-lignages Omicron.
La vaccination semble donc tenir ses promesses : malgré les réinfections, les formes graves sont moins nombreuses que lors de précédentes vagues. « Il ne faut pas non plus minimiser le problème, nuance Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale (université de Genève). S’il y a une forte vague en termes de contaminations, la mortalité associée, en nombre absolu, reste assez élevée : au Portugal, en ce moment, il y a environ 30 décès par jour, soit – en termes de nombre d’habitants – l’équivalent de 200 personnes par jour en France. » Pour l’épidémiologiste, l’Europe pourrait se diriger vers un scénario proche de celui de 2021, lorsque le variant Delta s’était imposé en juin : « Cette vague pourrait se répartir sur deux saisons, une petite à l’été et une plus importante à l’automne. »
« Apparus de manière inattendue »
En France, la diminution des cas entamée depuis le pic de début avril semble s’être d’ores et déjà enrayée. Depuis quelques jours, les nouvelles contaminations repartent légèrement à la hausse, sans que l’on puisse encore dire si l’on se dirige vers une nouvelle vague. Les jours fériés du mois de mai compliquant les remontées de cas dansla base de données des contaminations SI-DEP, le suivi de l’incidence peut avoir été perturbé ces dernières semaines. Dans tous les cas, les nouvelles admissions à l’hôpital sont toujours en diminution, tout comme la mortalité. Il faudra attendre quelques semaines pour voir si la tendance se confirme.
Au-delà d’Omicron, il ne faut pas perdre de vue la possibilité que d’autres variants, avec leurs propres caractéristiques, surgissent dans les mois à venir, bousculant encore nos connaissances et les stratégies face au virus. « Nous devons garder à l’esprit que tous les variants dominants du SARS-CoV-2 (Alpha, Delta et Omicron) sont apparus de manière inattendue », observent ainsi des chercheurs américains dans une étude parue le 26 mai. « Notre effort collectif de surveillance doit être maintenu. »
Delphine Roucaute
*Au Portugal, le sous-variant BA.5 d’Omicron inquiète
Alors que les restrictions viennent d’être levées, les contaminations repartent à la hausse. Des experts recommandent le retour du masque en intérieur.
Par Sandrine Morel(Madrid, correspondante) Publié aujourd’hui à 12h14
Temps de Lecture 2 min.
Les plages de l’Algarve voient revenir les premiers vacanciers, les ruelles escarpées de Lisbonne renouent avec les nuées de touristes et les festivals de musique font résonner leurs amplis. Au Portugal, le tourisme a retrouvé son niveau prépandémique et la plupart des restrictions ont été levées. Mais la dernière vague de Covid-19, attribuée à la propagation du sous-variant BA.5 d’Omicron, inquiète de plus en plus les autorités sanitaires. Au point que de nombreux experts plaident désormais pour le retour du masque en intérieur, voire en extérieur s’il y a foule.
Avec près de 30 000 nouveaux cas par jour, 592 décès en avril et 863 en mai, les chiffres de l’épidémie rappellent ceux du mois de février. Le 1er juin, 47 personnes sont mortes du Covid-19 en une seule journée.
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De très loin le pays de l’Union européenne le plus touché par la pandémie, selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, et le deuxième au monde après Taïwan, le Portugal affiche une incidence de 3 559 cas par 100 000 habitants sur 14 jours (contre 405 en France), une positivité des tests de 54,4 %, et une mortalité de 43,6 par million d’habitants sur 14 jours (contre 12,1 en France). Les hôpitaux, eux, sont davantage épargnés que lors de vagues précédentes.
Les Portugais ont à peine eu le temps de savourer la levée de la plupart des mesures anti-Covid que les courbes se sont de nouveau affolées. Alors que l’obligation de porter le masque a été levée le 22 avril – à l’exception des transports en commun, des centres de santé et des résidences pour personnes âgées –, le 19 mai, la directrice générale de la santé publique, Graça Freitas, recommandait déjà son retour dans les bureaux et lors des événements en plein air. « Si je suis seule dans mon bureau, la fenêtre ouverte, je ne mets pas de masque. Si quelqu’un entre dans mon bureau, je mets un masque », a-t-elle expliqué de façon très schématique lors d’une interview sur la chaîne de télévision TVI.
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Face à l’incompréhension des habitants, la ministre de la santé, Marta Temido, a exclu le retour au port obligatoire et généralisé du masque, et Mme Freitas a estimé qu’« à ce stade, une recommandation [était] suffisante ». Le Portugal fait en effet partie du peloton de tête des pays les plus vaccinés d’Europe – près de 95 % de la population adulte a reçu deux doses, et 76 % en ont reçu trois. Mais la directrice de la santé publique a souligné que le nouveau sous-variant se transmettait « encore plus que vite » et avait « la capacité d’échapper à notre système immunitaire », tout en précisant qu’il ne semblait pas plus grave.
Pas de quatrième dose
Alors que près de 78 % des décès liés au Covid-19 concernent des personnes de plus de 80 ans, elle a en outre exclu l’administration d’une quatrième dose à l’ensemble de la population et remis à l’automne la présentation du prochain calendrier vaccinal.
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Le groupe de surveillance de la pandémie de Covid-19 de l’Institut supérieur technique de Lisbonne a publié un rapport, le 24 mai, dans lequel il estime que la hausse de la mortalité devrait se poursuivre tout le mois de juin. Lui aussi recommande le retour du port du masque lors des concerts et des événements en plein air et en intérieur si une distance de deux mètres ne peut pas être respectée entre deux personnes. Selon les chercheurs, l’augmentation brusque de l’incidence « est probablement due au retrait brutal de l’utilisation du masque dans presque toutes les circonstances et à la nouvelle lignée BA.5 du variant Omicron ». L’un des coauteurs du rapport, le mathématicien Henrique Oliveira, considère que « les hospitalisations, les placements en soins intensifs et les décès resteront élevés jusqu’au 25 juin ». Quelque 200 000 personnes sont actuellement contaminées dans ce pays d’à peine 10 millions d’habitants.
Les craintes, ces derniers jours, se fondent sur une prolongation possible de cette vague. Le 26 mai, la ministre de la présidence, Mariana Vieira da Silva, a déclaré que le pic d’infections au BA.5 semblait avoir été franchi dans le pays. Mais la courbe, qui n’a pas fléchi, a même repris une direction ascendante.
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Sandrine Morel(Madrid, correspondante)
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