SANTÉ ENQUÊTE
Santé publique France menacée, la veille sanitaire en danger
Selon nos informations, une lettre de mission du ministère de la santé demande à des inspecteurs d’envisager un possible démantèlement de Santé publique France, cinq ans après le début de la crise du covid-19. L’agence a pourtant le rôle crucial de surveiller les épidémies.
LesLes attaques de l’administration Trump contre les agences scientifiques affolent les chercheurs et chercheuses états-uniennes et du monde entier. Les épidémiologistes de l’agence Santé publique France (SPF) sont aussi très inquiets : une lettre de mission du ministère de la santé révélée par Le Monde et que Mediapart s’est procurée, demande à des inspecteurs et inspectrices d’envisager un possible démantèlement de Santé publique France, cinq ans après le début de la crise du covid-19.
Il leur est demandé noir sur blanc d’« établir plusieurs scénarios d’évolution organisationnelle de l’accomplissement des missions exercées par SPF, qui pourront tout aussi bien envisager de réorganiser les différentes directions de l’agence, que de transférer tout ou partie des missions à d’autres entités publiques ».
Or Santé publique France a le rôle essentiel de surveiller l’évolution des maladies pour alerter le ministère de la santé, dont SPF dépend, en cas d’apparition d’un nouveau virus ou de pic de grippe, de bronchiolite ou de covid-19, ou encore de la dengue dans l’Hexagone, du chikungunya à La Réunion, du choléra à Mayotte.

SPF est née en 2016 de la fusion de quatre agences pour englober leurs missions, en l’occurrence la surveillance de la propagation des maladies, l’élaboration de mesures de prévention et la gestion des crises sanitaires. Le ministère et localement les agences régionales de santé peuvent alors décider de lancer des investigations épidémiologiques, des campagnes d’information, de prévention ou de vaccination, par exemple. Elle compte 596 agent⸱es.
Pendant le covid-19, ses bulletins recensaient ainsi le nombre d’hospitalisations et de décès. Elle était aussi chargée des stocks d’État des produits de santé comme les masques et les vaccins, dont les commandes dépendent de son ministère de tutelle, en l’occurrence, de la santé.
En interne, les professionnel·les des chiffres craignent la suppression ou du moins la réorganisation de leur agence depuis que l’Inspection générale des affaires sociales (Igas) a débarqué dans leurs locaux le 12 mars 2025 pour les auditionner. La lettre de mission signée par Catherine Vautrin, ministre du travail et de la santé, et Yannick Neuder, ministre chargé de la santé et de l’accès aux soins, envoyée à l’Igas à la mi-février, a commencé à circuler à bas bruit.
Une régression sur l’indépendance
Entre les lignes, les agent⸱es de SPF comprennent qu’ils et elles pourraient directement réintégrer le ministère de la santé. Or, les agences sanitaires ont été créées à la suite du scandale du sang contaminé, justement « pour éviter les errements du passé connus avec la transmission du VIH ou l’amiante, afin de séparer l’expertise de la décision publique. Ce serait une régression terrible », commente un ancien haut responsable dudit ministère.
Même écho du côté d’Agnès Buzyn, ministre de la santé de mai 2017 à février 2020 : « Dans la période actuelle, tout ce qui permet de garantir l’indépendance scientifique est primordial, d’autant plus que l’on ne sait pas qui l’on aura au gouvernement à l’avenir », appuie-t-elle.
François Bourdillon, tout premier directeur de Santé publique France, confie « ne pas pouvoir croire à une possible suppression de SPF ». « Et si le ministère de la santé intégrait en son sein les épidémiologistes pour les mettre sous sa coupe dans une volonté de toute-puissance, ce serait attaquer la science », ajoute-t-il. « La menace contre l’intégrité scientifique » est la peur qui remonte le plus de la part des épidémiologistes interrogé⸱es en interne qui ont tous et toutes demandé de préserver leur anonymat.
Le 27 mars, le ministère de la santé américain, dirigé par Robert F. Kennedy Jr., a annoncé la suppression de 10 000 emplois dans les agences qui dépendent de lui, soit un quart des effectifs, notamment dans celles chargées de la réponse aux épidémies. Leur suivi risque d’en pâtir aux États-Unis. D’où l’importance de préserver une veille de qualité ailleurs, au risque de manquer d’informations, ce qui pénaliserait la prise de mesures en cas d’aggravation de la circulation d’un virus.
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« Nous regardons avec condescendance ce qui se passe aux États-Unis mais si la séparation des pouvoirs, si cruciale, était mise en cause, ce serait très grave. SPF réalise un travail de lanceur d’alerte, et ensuite le ministère fait ses choix pour répondre aux signaux remontés. On pourrait même imaginer que des données soient cachées si elles n’allaient pas dans le sens des actions du ministère », anticipe François Bourdillon.
D’ores et déjà, le poids des lobbys a à plusieurs reprises empêché ou retardé des actions de santé publique, telles que la campagne envisagée par SPF sur le Dry January (« janvier sobre ») en 2019, comme l’avait révélé Radio France, ou encore l’entrée en vigueur de la nouvelle version du Nutri-Score qui pénalise davantage les boissons sucrées, signée le 14 mars 2025 après un an de blocage.
SPF a indiqué à Mediapart qu’elle ne ferait pas de commentaire, « la mission de l’Igas étant en cours ». Elle se sait sur la sellette. Le 20 mars, sa directrice générale, Caroline Semaille, a également dû défendre son existence devant la commission d’enquête du Sénat sur les agences de l’État. Elle a admis des axes d’amélioration possibles s’agissant de la coordination des campagnes de prévention : l’assurance-maladie et l’Institut national du cancer (Inca) en mènent aussi.
Que se passerait-il si, dans quelques semaines, un virus sortait de nulle part ? On désorganise une agence censée suivre les épidémies et gérer l’urgence.
Un employé de Santé publique France
D’ailleurs, la lettre de mission demande aux inspecteurs et inspectrices de relever les « chevauchements », autrement dit les doublons. Ils et elles doivent aussi « préciser les jalons et calendriers de chaque option, ainsi que les évolutions réglementaires, budgétaires, opérationnelles nécessaires à leur réalisation ». Ainsi, dès le rapport sur la table des ministres, attendu « d’ici le 15 juin », le gouvernement serait en mesure d’agir, selon le scénario retenu.
L’un d’entre eux pourrait consister à répartir le personnel au sein d’autres agences sanitaires aux rôles complémentaires comme l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) ou l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM). « Que se passerait-il si, dans quelques semaines, un virus sortait de nulle part ? On désorganise une agence censée suivre les épidémies et gérer l’urgence », déplore un employé.
Le cabinet de Yannick Neuder a répondu à Mediapart que « cette mission d’évaluation s’inscrit dans une démarche d’analyse des forces et des faiblesses. Il est normal d’évaluer nos politiques publiques notamment dix ans après la création de SPF et cinq ans après la crise sanitaire du covid ».
Dans la lettre de mission, les ministres soulignent « les limites d’intervention opérationnelle de l’agence en réponse aux crises de grande ampleur ». Or elless’expliquent aussi par le manque d’effectifs et de moyens en son sein, comme l’a souligné la Cour des comptes dans son rapport post-covid, en 2022.
Communiqué du syndicat des médecins de PMI
https://toute-la.veille-acteurs-sante.fr/232137/lagence-sante-publique-france-menacee-communique/
