Les oiseaux proches des milieux urbains touchés par des bactéries résistantes aux antibiotiques
L’analyse du microbiote intestinal de trente espèces d’oiseaux a révélé que leur risque d’être porteurs de bactéries « Campylobacter » résistantes aux antibiotiques était accru dans les zones à plus forte densité humaine.
Oiseaux et humains partagent parfois plus qu’on ne le pense… C’est le cas avec les bactéries antibiorésistantes. Une étude internationale publiée mardi 13 août dans la revue Current Biology illustre l’impact des activités anthropiques sur la diffusion de pathogènes dans les populations d’oiseaux sauvages. Elle montre que les espèces vivant à proximité des humains présentent un risque plus important de transporter des bactéries résistantes aux antibiotiques que celles qui sont plus coutumières des zones rurales.
« Le plus probable est que les oiseaux sauvages acquièrent ces souches résistantes lorsqu’ils sont exposés à des environnements contaminés par les activités humaines, comme les eaux usées ou les sites de stockage de déchets », expliquent Evangelos Mourkas (université d’Oxford, au Royaume-Uni) et José Valdebenito (université australe du Chili, à Valdivia), coauteurs de l’étude. Ils craignent que ces volatiles ne servent de réservoir de bactéries antibiorésistantes, avec un « risque de transmission à l’homme, comme cela est observé avec d’autres pathogènes comme les virus influenza ».
« Ces bactéries n’ont pas d’impact sur la santé des oiseaux, en revanche pour l’homme cela peut vraiment être problématique », souligne Thierry Boulinier, directeur de recherche CNRS au Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive, à Montpellier, qui n’a pas participé à l’étude. « Cela signifie que ces oiseaux sont des sentinelles : ils révèlent les problèmes et attirent notre attention sur le fait que l’emprise de la population humaine sur l’environnement est de plus en plus énorme », pointe l’écologue.
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Ici, les chercheurs ont concentré leur analyse sur Campylobacter jejuni, une bactérie naturellement présente dans le microbiote intestinal de nombreuses espèces, dont celui des oiseaux sauvages. Pour comprendre l’impact de l’urbanisation – mais aussi d’autres facteurs comme le type d’alimentation (carnivore, herbivore ou omnivore), d’habitat (terrestre ou aquatique) ou encore d’organisation sociale (en colonies ou solitaire) – sur le risque d’acquisition de bactéries résistantes, ils ont examiné les prélèvements cloacaux (là où sont stockées les fèces) de trente espèces d’oiseaux aux modes de vie contrastés (canards, corvidés, limicoles, merles, manchots…), dans huit pays différents.
« Agir sur la transmission »
Sur les sept cents oiseaux analysés, près de 20 % étaient porteurs de souches bactériennes présentant des mutations de résistance à au moins un antibiotique, parmi lesquels certains, comme les fluoroquinolones, sont considérés d’importance critique pour la médecine humaine. En parallèle, les chercheurs ont pu, à partir de données réelles, « mesurer de façon précise la proximité des populations d’oiseaux avec celles d’humains », expliquent Evangelos Mourkas et José Valdebenito.
« Le fait d’occuper un territoire proche des activités humaines était un facteur de risque d’antibiorésistance plus important que les autres paramètres écologiques que nous avons étudiés », précise Evangelos Mourkas. Ainsi, certaines espèces familières des zones urbaines, comme la corneille d’Amérique, l’étourneau sansonnet, le choucas des tours et la corneille mantelée, présentaient trois fois plus de marqueurs de résistance que la moyenne.
Alors, que faire pour réduire le risque de contamination des oiseaux sauvages ? « Les bactéries résistantes se trouvent principalement dans le tube digestif des hommes et des animaux, et ce sont nos déjections qui contaminent l’environnement, rappelle Jean-Yves Madec, directeur scientifique chargé de l’antibiorésistance à l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail. Donc, la première chose à faire, c’est de limiter l‘exposition des hommes et des animaux aux antibiotiques [de sorte à éviter l’émergence de résistances], grâce à des politiques publiques garantissant un meilleur contrôle de la prescription et de l’administration », estime-t-il, notant que ces produits sont encore « en accès libre » dans de nombreux pays.
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« Une fois qu’on a agi sur la source, on peut agir sur la transmission, par exemple en limitant l’accès des oiseaux aux zones à risque, comme les décharges à ciel ouvert, ajoute le microbiologiste. On ne peut pas modifier le comportement de la faune sauvage, et je pense que ce n’est pas souhaitable, mais on peut éviter, lorsqu’elle va au contact de l’homme, de lui favoriser le chemin vers les bactéries résistantes. »
La nouvelle fièvre catarrhale ovine s’étend rapidement en Allemagne
« Il y a une véritable vague qui déferle depuis le début de juillet dans les exploitations avec des animaux sensibles », a fait savoir le Friedrich-Loeffler-Institut, l’institut fédéral de recherche sur la santé animale allemand.
De 23 foyers de fièvre catarrhale ovine (FCO) l’an passé, l’Allemagne est passée, depuis le début de l’année 2024, à un total de 1 885 foyers de sérotype 3 (FCO-BTV-3). Cette propagation rapide de l’affection surnommée « maladie de la langue bleue » a été constatée, mardi 13 août, par le Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), le principal organisme de recherche sur la santé animale, en Allemagne, qui dépend du ministère de l’agriculture.
« Il y a une véritable vague qui déferle depuis le début de juillet dans les exploitations avec des animaux sensibles », a précisé à l’Agence France-Presse une porte-parole de l’institut. Le FLI, qui rappelle que cette maladie n’est pas transmissible aux humains, n’est toutefois pas en mesure de fournir à ce stade des données fiables sur le taux de mortalité dans les troupeaux, estimant que cela ne sera probablement possible qu’à la fin de l’année.
Le tout premier foyer de FCO de sérotype 3 avait été détecté en Allemagne le 12 octobre 2023. Depuis, d’autres sont apparus, concentrés dans l’ouest du pays, en Rhénanie-du-Nord-Westphalie, en Rhénanie-Palatinat, en Hesse et en Basse-Saxe. Ils commencent désormais à affecter le Nord. En France, un premier foyer de FCO-BTV-3 a été confirmé lundi 5 août par les autorités sanitaires, dans un élevage ovin installé à la frontière avec la Belgique.
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Un sérotype plus violent
Le gouvernement allemand a promulgué, en juin, une ordonnance d’urgence pour l’utilisation provisoire de trois types de vaccins contre le BTV-3 dans les régions touchées par l’épizootie (l’équivalent d’une épidémie chez les animaux). Et ce en attendant que les autorités européennes autorisent un vaccin, ce qui devrait probablement arriver à l’automne, a précisé le ministère de l’agriculture.
La fièvre catarrhale ovine est une maladie virale transmissible par un moucheron aux ovins, bovins et aux caprins. Depuis la fin de 2023, les infections apparues en Allemagne, mais aussi aux Pays-Bas, en Belgique et plus récemment en France, répondent au sérotype 3 de la FCO.
Ce dernier, plus violent que les précédents, provoque, en plus des symptômes habituels comme la fièvre, les troubles respiratoires, la langue pendante ou encore la perte de petits en gestation, des symptômes parfois très graves chez les ovins, qui peuvent causer leur mort. Bien que la détection de la maladie n’entraîne pas l’euthanasie des animaux, contrairement à la grippe aviaire, les élevages affectés peuvent constater une baisse considérable de la production laitière.
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