Publié le 11/04/2022

Variants XE et XD : ce que l’on sait aujourd’hui

Genève, le lundi 11 avril 2022

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– Deux nouveaux variants recombinants sont particulièrement surveillés par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) : le XE et le XD.

Variant XE : plus contagieux

Le variant XE, qui se propage déjà au Royaume-Uni, et dont quelques cas ont été identifiés ailleurs dans le monde est un variant recombinant des deux souches Omicron désormais bien connues : BA.1 et BA.2. XE présente trois mutations qui ne sont pas présentes dans les souches BA.1 ou BA.2, selon l’United Kingdom Healt Security Agency(UKHSA). Si les chercheurs étudient encore la contagiosité de XE, des données récentes indiquent que le variant pourrait être 10 % plus transmissible qu’Omicron. A ce titre, notons qu’un rapport du 5 avril de l’OMS reprend à son compte cette évaluation en précisant qu’elle doit être confirmée.

Le premier cas connu de XE a été détecté au Royaume-Uni le 19 janvier 2022. Jusqu’à présent, plus de 600 cas de XE y ont été identifiés, selon un rapport du 25 mars de l’UKHSA, ce qui représente moins de 1 % du total des cas séquencés.

Le XE a également été observé en Inde et en Thaïlande. Un cas a été signalé le 6 avril à Mumbai et le 4 avril, le Center for Medical Genomics de Bangkok en a séquencé un.

« Jusqu’à présent, il n’y a pas assez de preuves pour tirer des conclusions sur la transmissibilité, la gravité ou l’efficacité du vaccin », a déclaré Susan Hopkins, conseillère médicale en chef de l’UKHSA, dans un communiqué.

Cependant, il est possible de déduire certaines de ses caractéristiques à partir des deux souches qui la composent. « Nous savons que les vaccins sont efficaces pour protéger contre la maladie symptomatique pour BA.1 et BA.2, et nous avons donc toutes les raisons d’estimer que les stratégies de vaccination auront une activité pour protéger contre la maladie symptomatique causée par XE », indique le Pr Andrew Badley (Mayo Clinic, Rochester) au Time magazine.

Une autre indication importante est que « les BA.1 et BA.2 peuvent tous deux échapper à certaines thérapies par anticorps monoclonaux », de sorte que ces médicaments ne sont pas susceptibles d’être aussi efficaces contre la XE, ajoute le Pr Badley. « Nous savons également que les autres thérapies utilisées en particulier dans le cadre des soins ambulatoires (le paxlovid et le molnupiravir) devraient, d’après leur mode d’action, avoir une activité contre la souche XE » poursuit-il.

L’UKHSA surveille actuellement la souche XE et deux autres lignées, XF et XD, qui sont toutes deux des recombinaisons de Delta et Omicron BA.1. Jusqu’à présent, l’UKHSA indique que moins de 40 cas de XF ont été détectés, tous au Royaume-Uni (bien qu’aucun n’ait été dépisté depuis la mi-février). Le XD, lui n’a pas été détecté au Royaume-Uni, mais une petite centaine de cas, principalement en France, a été signalée aux bases de données mondiales.

Variant XD : plus virulent qu’Omicron ?

Ce variant XD, auparavant appelé Deltacron pourrait avoir un profil plus inquiétant. Le génome de ce nouveau variant XD a été identifié dans le nord de la France à l’occasion d’une surveillance génomique de routine lors d’une enquête « Flash ».

En date du 18 mars, ce sous-lignage XD a été détecté dans plusieurs régions françaises, mais également au Danemark, aux Pays-Bas, en Belgique et en Allemagne. Dans la majorité des cas, ce virus recombinant a été identifié chez des individus qui n’avaient pas voyagé. L’un d’eux s’était cependant rendu en Italie, ce qui est en faveur d’une circulation du variant XD dans ce pays.

Selon Santé publique France, au 28 mars, 63 séquences caractéristiques du variant XD avaient été détectées dans notre pays. Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions de France métropolitaine, le variant XD représentant moins de 0,1 % des séquences génomiques interprétables.

Le lundi 4 avril, l’Institut Pasteur de Paris a publié ses premières conclusions sur ce recombinant, disponibles sur la plateforme Research Square à partir de 32 cas confirmés entre le 3 janvier et le 9 mars 2022. 

Les chercheurs indiquent que l’âge médian des patients infectés par le variant XD est de 35 ans, similaire à ce que l’on observe en général avec Omicron. On dénombre cependant un plus grand nombre de cas d’infection par XD chez les moins de 20 ans (25,7 %) en comparaison avec Omicron (11,3 %). Aucun cas d’infection par XD n’a été observé chez les personnes âgées de plus de 70 ans.

Si la majorité des cas (54 %) avait bénéficié d’une vaccination complète (deux doses), dont 24 % avec une première dose de rappel, seuls trois cas (6 %) avaient présenté une infection antérieure par le SARS-CoV-2, ce qui est plus rare qu’avec Omicron (14 % des 468 cas analysés entre novembre 2021 et janvier 2022).

En France, tous les cas d’infection par le variant XD étaient symptomatiques. Les signes cliniques les plus fréquents sont des céphalées (61 %), une asthénie (58 %), de la toux (44 %), de la fièvre (39 %), des myalgies (33 %). En comparaison avec Omicron, la proportion de cas ayant rapporté une agueusie ou une anosmie était plus importante parmi les sujets infectés par le variant XD. Deux patients ont été hospitalisés, mais aucun n’a dû être admis en réanimation.

Grâce à des expérimentations sur un modèle murin, l’équipe de l’institut Pasteur a pu également déterminer que les taux d’ARN viral dans les poumons des souris infectées par XD et le sous-variant BA.1 d’Omicron étaient comparables, à savoir 3,7 fois inférieurs à ceux observés chez les rongeurs infectés par delta. De plus, la charge virale dans les cornets nasaux des souris infectées par XD était 8,5 fois inférieure à celle observée chez les souris contaminées par le sous-variant BA.1 d’Omicron.

Les scientifiques ont également conclu qu’alors que les souris infectées par Delta présentaient une perte de poids, celles infectées par le virus XD n’ont pas perdu de poids dans les cinq premiers jours post-infection mais elles ont toutes dépéri durant les trois jours suivants. Toutes sont mortes ou ont dû être euthanasiées. Les rongeurs infectés par Omicron (BA.1) n’ont en revanche pas perdu de poids et aucun n’est mort.

Il s’avère également que XD possède des propriétés d’échappement immunitaire similaires à celle du sous-lignage BA.1 Omicron.

Pour ces deux variants, une donnée demeure rassurante, malgré leur identification il y a plusieurs semaines, les épidémiologistes n’ont pas observé une explosion de leur prévalence.

F.H.