Covid-19 : pourquoi la France est le pays d’Europe avec le plus de cas quotidiens
Selon les spécialistes, ces contaminations sont la conséquence de la propagation du variant Omicron, mais aussi d’un certain relâchement et de l’absence des mesures de prévention efficaces en milieu scolaire.
Par Nathaniel Herzberg et Florence Rosier
Le 23 janvier 2022 à 19h49, mis à jour hier à 11h01.Lecture 8 min.
https://www.tvanouvelles.ca/2022/01/24/omicron–un-raz-de-maree-dhospitalisations-au-quebec
Sur le site Our World in Data, le graphiquestupéfie. Les auteurs de cette publication en ligne, de l’université d’Oxford, y tracent l’évolution du nombre de cas quotidiens positifs au Covid-19. A chaque pays d’Europe, sa couleur. En rouge, l’un d’eux sort du lot : la France. Avec sa pente très raide, presque constante depuis le 27 décembre 2021, elle offre un profil unique, et un nombre record de contaminations. Au 20 janvier, la moyenne hebdomadaire des nouveaux cas enregistrés chaque jour y atteint 337 446, quand le deuxième pays, l’Italie, affiche 180 373 tests positifs. Le Royaume-Uni et l’Allemagne plafonnent, quant à elles, à 92 000 et à 90 000 nouvelles contaminations quotidiennes. Les autres suivent loin derrière.
Cette représentation est quelque peu trompeuse. Pour mesurer l’impact réel de la vague Omicron qui déferle sur l’Europe, depuis la fin de l’année 2021, il faut cocher la case « par rapport à la population ». Cette fois, le Danemarkaccompagne la France parmi les pays comptant, chaque jour, plus de 5 000 nouveaux cas par million d’habitants. Depuis le 18 janvier, le pays scandinave nous a même dépassés.
Mais derrière, le trou est creusé : le Portugal, la Belgique et la Suisse comptent entre 3 000 et 4 000 cas, le Royaume-Uni poursuit sa décrue avec 1 300 cas, l’Allemagne a tout juste dépassé les 1 000. « Quelle que soit la manière dont on prend les chiffres, ce constat reste pour nous un mystère, admet Hajo Zeeb, professeur d’épidémiologie à l’université de Brême, en Allemagne. Soit cela vient des tests, soit cela vient des chances que vous laissez au virus de circuler en France. Je crains que la deuxième hypothèse ne soit la bonne. »
Plus de tests au Danemark qu’en France
La première, très mise en avant par le gouvernement, mérite d’être examinée. Le 3 janvier, sur France Inter, le ministre de la santé, Olivier Véran, l’avait assuré : « Il n’y a aucun pays, quasiment, qui teste autant que nous. » Le 6 janvier, le premier ministre, Jean Castex, avait renchéri sur BFM-TV : « La France est le deuxième pays au monde à tester. » Il s’agissait alors de relativiser les files d’attente observée devant les pharmacies.
Aujourd’hui, l’argument pourrait permettre d’expliquer le nombre record de contaminations, dont 96 % sont provoquées par le variant Omicron. On le comprend aisément, plus on teste, plus on trouve de cas positifs. Sauf que l’affirmation apparaît sans fondement. Les calculs du Monde, publiés le 7 janvier, l’avaient montré, les chiffres actuels le confirment : la France teste plus que l’Italie, la Belgique ou l’Allemagne. Mais moins que le Royaume-Uni, le Portugal et surtout le Danemark qui, lui, pourrait légitimement avancer cette explication.
« Le Danemark fait partie des pays au monde qui pratiquent le plus grand nombre de tests quotidiens, il n’est pas surprenant que l’incidence y soit très élevée », confirme Kare Molbak, professeur d’épidémiologie à l’université de Copenhague. Plutôt que les chiffres d’incidence à un instant donné, mieux vaut scruter les tendances qui se dessinent dans chaque pays, ajoute-t-il. Là encore, la flambée du nombre de nouveaux cas en France est plus rapide que partout ailleurs.
Baisse de l’adhésion aux gestes barrières
Certains experts évoquent une autre hypothèse : celle des autotests. « Si le recours récent aux autotests s’est accentué, cela peut participer à augmenter les taux de positivité dans les bases de données. Mais ce n’est pas la cause principale de la hausse de l’incidence », relève Mahmoud Zureik, professeur d’épidémiologie et de santé publique à l’université de Versailles-Saint-Quentin-en-Yvelines. La France, en effet, recommande de confirmer un autotest positif par un test antigénique ou PCR (seuls ceux-ci étant enregistrés dans la base de données SI-Dep), ce qui, de facto, augmente le taux de positivité national.Lire aussiCovid-19 : la propagation d’Omicron en France bouscule la stratégie de dépistage
Mais la France utilise-t-elle plus d’autotests qu’ailleurs ? Une telle explication devrait s’accompagner d’un taux de positivité clairement plus important. Or, à 22,7 %, il est similaire en France et en Allemagne, supérieur aux taux britannique, portugais ou danois, mais largement inférieur à ceux enregistrés en Belgique ou en Suisse.
Aussi, c’est bien vers le contexte sanitaire français, le profil vaccinal de la population, mais surtout la réalité des mesures barrières, que la plupart des experts invitent à se tourner. Chef du service des maladies infectieuses à l’hôpital Tenon, à Paris, le professeur Gilles Pialoux voit trois explications à cette récente explosion de cas positifs, qui conduit son service à « voir le stock de malades continuer d’augmenter, malgré toutes les paroles lénifiantes. D’abord, il y a une baisse de l’adhésion aux gestes barrières, enregistrée dans toutes les enquêtes. Le masque, le lavage de mains, la distanciation, le télétravail : dès le troisième trimestre 2021, on avait vu un relâchement des comportements, il se poursuit ». La politique du gouvernement de tout miser sur le vaccin, encore illustrée par les annonces de Jean Castex, jeudi 20 janvier, pourrait amplifier un mouvement particulièrement fort en France.
Deux indicateurs, collectés grâce aux données de mobilité de Google, en témoignent avec force. Le premier a mesuré la fréquentation des principales stations de transports collectifs : des six pays observés (France, Espagne, Suisse, Allemagne, Royaume-Uni et Suède), l’Hexagone est celui dans lequel la baisse est la plus faible. Les experts ont également suivi l’évolution du temps passé à domicile – de quoi observer les changements de pratiques vis-à-vis du travail, des loisirs et des courses. Les Espagnols, avec + 6,14 % au 17 janvier, ont moins modifié leurs comportements que nous (6,86 %). Mais tous les autres pays font mieux.
Circulation du virus chez les enfants
Deuxième explication avancée par le professeur Pialoux : « Le taux hallucinant de circulation observé chez les enfants, avec une augmentation de 56 % en semaine 2, juste après la rentrée, et des taux quotidiens de nouveaux cas de 5,5 % chez les 10-19 ans et de 4 % chez les 0-9 ans. C’est considérable. Leurs parents sont ensuite les premiers touchés, par l’intermédiaire des clusters familiaux. Puis, tous les autres. »
Une explication privilégiée par le conseil scientifique, dans son dernier avis, daté du 19 janvier. « La cinquième vague, liée au variant Omicron, demeure à un niveau très élevé au niveau national, avec un regain épidémique possiblement lié à la reprise de la vie scolaire », écrit cette instance.
Troisième hypothèse du professeur Pialoux, « l’incapacité à entendre autre chose que l’idée rassurante qu’Omicron n’est pas si méchant, que ce “gros rhume” va nous offrir l’immunité collective, et qu’on a évité le pire ». « Il est vrai qu’on avait envisagé, dans notre groupe hospitalier, de transformer le réfectoire en salle de soins critiques et qu’on n’aura pas à le faire, mais la tension hospitalière demeure forte, poursuit-il. La réanimation est encore essentiellement occupée par des patients [atteints du] Covid, Delta et Omicron, dont certains meurent, des opérations ont été reportées. Et ça restera comme ça, tant qu’on gardera un tel niveau de contamination. Mais c’est inaudible pour la population. Et donc je crains que l’on reste pendant quelques semaines encore sur ce haut plateau. »
Pas de mesures fortes en France
A ces explications, l’écologue de l’évolution Samuel Alizon en ajoute quelques autres. D’abord, « la forte couverture vaccinale. Elle permet de “tolérer” un fardeau plus élevé en termes d’incidence, car le nombre d’hospitalisations associées est plus faible ». Ensuite, et à l’inverse, le niveau limité d’injections de rappel en France, par rapport à plusieurs autres pays européens, qui pourrait entraîner « une immunité plus ancienne en France que dans les pays voisins avec, du coup, un effet encore robuste sur les formes sévères, mais très limité sur la protection contre l’infection ». « Enfin, il y a les différences de politiques sanitaires entre pays », souligne-t-il à son tour, avec, selon lui, un choix de l’exécutif français de « laisser filer l’épidémie », particulièrement chez les plus jeunes.
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Tous les épidémiologistes le soulignent : la France n’a pas pris de mesures véritablement fortes, ni pendant la vague Delta, ni même lorsque Omicron est venu s’y ajouter, sans laisser le moindre répit. Pour l’épidémiologiste Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale (université de Genève), le constat est pourtant assez simple : le virus SARS-CoV-2 –
et le variant Omicron par-dessus tout – se transmet dans les lieux clos, fréquentés, mal aérés ou mal ventilés. « Il faudrait donc les rendre aussi sûrs que les milieux extérieurs », en les équipant de capteurs de CO2, de ventilateurs ou de purificateurs d’air.
Menace du sous-variant BA.2
Les écoles n’échappent pas à cette règle. C’est d’ailleurs une recommandation forte du conseil scientifique : « S’il s’avère que la reprise épidémique constatée depuis le 18 janvier 2022 est bien liée à une circulation très active du virus dans les écoles primaires, les maternelles, et les crèches, il conviendra d’y allouer au plus vite des moyens supplémentaires pour renforcer les protocoles sanitaires de prévention et dépistage des infections en milieu scolaire et dans les crèches. »
Les couches d’immunité protectrice accumulées, grâce aux doses de vaccins et aux infections passées, finiront-elles par faire barrage au virus ? C’est ce sur quoi, à l’évidence, misent les pouvoirs publics. Tout en pariant sur la responsabilité des Français, que préconise le conseil scientifique. Un pari non dénué de risques, si l’on en croit le relâchement déjà observé.
D’autant qu’une nouvelle menace plane, incertaine : l’arrivée d’un nouvel intrus, le sous-variant d’Omicron BA.2, au visage encore flou. En France, le séquençage n’a permis de détecter, au total, que 17 cas de BA.2 sur l’ensemble du territoire. Un nombre sous-estimé : le criblage ne permet pas de distinguer les différents sous-variants d’Omicron, et les remontées du séquençage sont lentes.
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Une fois encore, le virus déjoue les certitudes. « Va-t-on vivre le scénario favorable espéré par tous : une décrue des nouvelles contaminations, s’accompagnant d’une décrue des hospitalisations à partir de février-mars ?, s’interroge Antoine Flahault. Ou bien allons-nous revivre une dynamique analogue à celle de la mi-décembre, avec une nouvelle flambée liée à l’arrivée d’un nouveau variant, qui échappe en partie à l’immunité laissée par le précédent ? » Vertigineuses questions.
Nathaniel Herzberg et Florence Rosier
Covid-19 : BA.2, le sous-variant d’Omicron dont les traits se dessinent peu à peu
Plus transmissible et de même virulence ? Ce « petit frère » d’Omicron, devenu vite majoritaire au Danemark, sème le trouble. La séquence de son génome vient d’être déchiffrée.
Par Florence Rosier
Hier à 11h23, mis à jour à 08h47.Lecture 4 min.
« L’évolution d’une espèce vivante ne s’arrête jamais, sauf en cas d’éradication », rappelait Florence Débarre, spécialiste de biologie évolutive au CNRS, dans Le Monde du 11 janvier. Cette leçon de biologie, un certain virus nous la rabâche depuis deux ans, au risque de lasser. Jusqu’où devrons-nous décliner l’alphabet grec pour qualifier les variants du SARS-CoV-2 qui ne cessent d’émerger ? Jusqu’où compléter cette litanie par des sigles latins pour désigner les « petits frères » de ces variants ?
C’est un « petit frère » d’Omicron qui sème aujourd’hui le trouble. Nommé BA.2, il est le cadet de la souche majoritaire de ce variant, dite « BA.1 », qui circule très activement en Europe depuis un à deux mois. Si BA.2 inquiète, c’est à cause de deux observations. Au Danemark, il a très rapidement supplanté son aîné : il y représente désormais 66 % des souches de SARS-CoV-2.
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On a souvent comparé le Danemark au Royaume-Uni, deux pays où la vague Omicron a déferlé début décembre 2021. Dans ces deux pays, cette vague a d’abord suivi des courbes parallèles. Mais le 5 janvier, un décrochage s’est produit. Au Danemark, elle a poursuivi son ascension vertigineuse, tandis qu’au Royaume-Uni, elle s’est aplatie avant de redescendre rapidement. Fait notable, depuis le 17 janvier, cette baisse marque le pas. Au Royaume-Uni, le sous-variant BA.2 reste très minoritaire (de l’ordre de 3 %), mais il aurait, depuis quelques jours, commencé à grignoter la part de son aîné. D’où cette interrogation légitime : la diffusion accélérée de BA.2 au Danemark, où les nouvelles contaminations flambent, serait-elle un signe de sa transmissibilité accrue ?
Très présent au Danemark
En France, une interrogation similaire a vu le jour. Pourquoi le pic de la vague Omicron, dont l’arrivée était annoncée vers la mi-janvier, tarde-t-il tant ? Si la vague reprend une nouvelle vigueur, son accélération peut-elle être liée, en partie du moins, à l’arrivée de BA.2 ? Impossible à ce stade de répondre.
D’une part, nos systèmes de détection des variants ne sont pas adaptés à un suivi de ce sous-variant. « La détection des mutations du SARS-CoV-2 par criblage ne permet pas, dans la plupart des laboratoires, de distinguer BA.1 de BA.2 », explique Florence Débarre. Pour faire ce distinguo, il faudra modifier les cibles de criblage. L’autre méthode est de séquencer la totalité du génome viral. Or, « la remontée des données du séquençage en France n’est pas immédiate », ajoute la biologiste. Par conséquent, on ne peut pas savoir à quel niveau ce sous-variant circule en France. A ce jour, moins d’une vingtaine de cas ont été certifiés par séquençage sur l’ensemble du territoire. Un nombre probablement sous-estimé.
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D’autre part, le portrait de ce petit frère d’Omicron reste flou. « Il n’y a pas à ce stade de connaissances de risque de contagiosité [du sous-variant BA.2] vis-à-vis de celles et ceux qui ont déjà contracté le variant Omicron », estimait le ministre de la santé, Olivier Véran, jeudi 20 janvier.
Quelques traits de l’intrus se dessinent tout de même. Sa naissance, d’abord. Si la plus ancienne séquence génomique de BA.1 date du 23 octobre 2021, celle de BA.2 date du 1er novembre. Mais il a fallu attendre le 7 décembre pour que le sous-variant correspondant soit baptisé « BA.2 ». Il semble aujourd’hui très présent au Danemark, assez présent en Norvège, et il a été trouvé dans de nombreux pays d’Asie – mais encore faut-il pouvoir le détecter.
Une étude danoise suggère par ailleurs que BA.2 ne provoque pas plus d’hospitalisations. En outre, « il est attendu que les vaccins conservent leur efficacité contre les formes sévères liées aux infections par BA.2 »,écrivent les auteurs.
Incompréhension
La séquence de son génome a été déchiffrée. « BA.2 porte moins de mutations que BA.1, notamment sur la protéine Spike », indique Etienne Decroly, virologue au CNRS (université Aix-Marseille). Sur cette protéine qui hérisse la surface du virus, trois sites stratégiques sont scrutés de près. Le « site de clivage de la furine », d’abord : il augmente la capacité du virus à infecter les cellules humaines. « Ce site n’est pas modifié sur BA.2, par rapport à BA.1 », précise Etienne Decroly.
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Ensuite, il y a le site qui sert au virus de clé pour entrer dans les cellules humaines. Nommé RBD (« receptor binding domain »), il ne présente pas non plus de différences majeures sur BA.2. Une bonne nouvelle, car c’est aussi un site majeur pour déclencher l’activité neutralisante des anticorps.
Enfin, il y a le domaine NTD (« domaine N-terminal »), un second domaine reconnu par des anticorps neutralisants. Sur BA.2, il présente des divergences notables par rapport à son aîné. Cela pourrait-il expliquer qu’une partie des anticorps capables de neutraliser BA.1 ne parviennent plus à neutraliser BA.2 ? « C’est beaucoup trop tôt pour le dire, estime Etienne Decroly. On ne comprend pas pourquoi ce sous-variant, apparu il y a plus de deux mois, devient tout à coup prépondérant au Danemark. » Mais l’impressionnante progression de BA.2 au Danemark « suggère qu’il a un avantage évolutif sur BA.1 », conclut Florence Débarre.
Florence Rosier
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