Covid-19 : ce que l’on sait à ce stade du variant Omicron
Très contagieux, d’une dangerosité incertaine, répondant moins aux vaccins et à la plupart des médicaments disponibles, mal suivi par les tests : le portrait-robot de ce nouveau variant commence à se préciser.
Par Florence Rosier(avec Zeliha Chaffin et Catherine Mary)Publié hier à 05h36, mis à jour hier à 22h50
Le coronavirus, une fois encore, joue les trouble-fêtes de fin d’année. Mais il a changé de visage. Sous le masque du variant Omicron, ce nouvel avatar du SARS-CoV-2 se propage à une vitesse folle. « En Ile-de-France, il représente désormais près de la moitié des nouveaux cas d’infection »,relève Florence Débarre, spécialiste de biologie évolutive au Centre national de la recherche scientifique, à Paris.
« Dans quelques jours, ce virus sera dominant en France », a annoncé, jeudi 23 décembre, Jean-François Delfraissy, président du conseil scientifique sur le Covid-19, qui organisait une conférence de presse consacrée à ce nouvel ennemi public numéro un. Jeudi, le nombre de contaminations a atteint les 91 608 nouveaux cas, un record. « Sa progression est extrêmement rapide, surtout parmi les 20-29 ans. En janvier, on s’attend à des centaines de milliers de nouveaux cas par jour », a souligné Arnaud Fontanet, épidémiologiste et membre du conseil scientifique.Lire aussi Article réservé à nos abonnés Covid-19 : Emmanuel Macron s’accroche à sa stratégie vaccinale contre le variant Omicron
Bien plus contagieux que son cousin Alpha, présent à l’hiver 2020, ou que le variant Delta, déjà très transmissible et responsable de la cinquième vague en Europe, Omicron conserve une part de mystère. La question la plus aiguë, à ce stade, tient à son impact sanitaire et sociétal. « C’est un variant vraiment différent. Il faut rester prudent dans les deux sens, sans rassurer ni inquiéter à l’excès », estime Florence Débarre. Il existe, de fait, un très haut degré d’incertitude lié à ce variant, a souligné le conseil scientifique.null
La première incertitude a un air de déjà-vu : quel sera le nombre des hospitalisations et des maladies graves provoquées par ce variant, au cours des prochaines semaines ? La deuxième, elle, tient à « quelque chose de nouveau, a observé Jean-François Delfraissy : « A partir de janvier, ce variant pourrait entraîner une possible désorganisation de la société. » La multiplication des infections, des arrêts de travail et de l’absentéisme liés au déferlement d’Omicron pourrait, en effet, « poser des problèmes dans les secteurs stratégiques de notre société : distribution alimentaire, sécurité, transports, communication et santé », a listé Olivier Guérin, également membre du conseil scientifique.
Tour d’horizon de ce que l’on sait sur cet intrus qui surgit au pire moment. Juste après le pic de la vague Delta, encore très haut. Et juste avant Noël et le Nouvel An… Les lendemains de fêtes seront-ils amers ?Lire aussi Article réservé à nos abonnés Covid-19 : à la veille des fêtes, des hôpitaux sur la « corde raide »
- Un variant extrêmement transmissible
Détecté pour la première fois en Afrique du Sud le 9 novembre – mais peut-être a-t-il émergé dans une autre région d’Afrique –, Omicron a d’emblée alerté par son pouvoir de diffusion. En périphérie de Tshwane (province du Gauteng), là où il a été identifié, il est passé de moins de 1 % des tests réalisés à plus de 30 % en l’espace de trois semaines. Puis, Omicron a essaimé à travers le monde. Aux Etats-Unis, au Royaume-Uni, au Danemark d’abord, à travers toute l’Europe ensuite, son prodigieux essor sème la panique et contraint à de nouvelles restrictions. Omicron a supplanté Delta, plus rapidement encore que Delta n’avait remplacé Bêta.
Pour autant, ce nouveau variant a mis du temps à émerger. « Ce n’est pas un descendant des variants Alpha, Bêta ou Gamma, explique Bruno Lina, virologue, membre du conseil scientifique. Il a probablement eu une évolution parallèle, à partir d’un virus qui circulait en juin 2020. »
Omicron a accumulé une cinquantaine de mutations – du jamais-vu pour ce virus. Sur les 32 mutations qu’il a acquises sur sa fameuse protéine Spike, le « spicule » qui hérisse sa surface, plus de dix se trouvent sur la clé qui lui permet d’ouvrir la serrure des cellules humaines (à savoir, l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2, le récepteur ACE2). « Résultat, ce variant présente un potentiel de transmission accrue par les aérosols », explique Bruno Lina. En moyenne, une personne infectée par Omicron en contamine plus de dix autres.
C’est un effet attendu de l’évolution darwinienne : les variants qui émergent se propagent plus vite. « De nombreux variants apparaissent sans cesse et disparaissent tout aussi vite, rappelle Florence Débarre. Ceux qui deviennent dominants sont ceux qui ont acquis un avantage évolutif par rapport aux autres. »« Omicron se transmet deux fois plus vite que le variant Delta », souligne l’épidémiologiste Mircea Sofonea, qui a mesuré cet écart entre la mi-novembre et la mi-décembre avec Samuel Alizon, à partir des données du laboratoire Cerba – qui réalise un tiers des tests permettant de distinguer les variants en France.
Mais, par rapport à l’irruption d’Alpha, la situation a changé : « Aujourd’hui, la majeure partie de la population est immunisée en Occident, notamment grâce à la vaccination. Du coup, la pression de sélection qui s’exerce sur le virus a changé », note Florence Débarre. Pour l’emporter dans la compétition entre variants, Omicron a dû acquérir la capacité de réinfecter des personnes déjà infectées ou vaccinées. « Cette capacité lui confère un avantage : elle lui donne accès à un nouveau réservoir de personnes », ajoute la chercheuse.
- Une grande inconnue : la dangerosité de ce nouveau variant
C’est la grande interrogation du moment : quelle est la gravité des formes cliniques de la maladie liée à Omicron ? Signe de l’intérêt extrême que suscite cette question, trois études sur le sujet ont été rendues publiques en prépublication, le 22 septembre. Toutes ont comparé la sévérité intrinsèque du nouveau variant à celle du Delta. Verdict : à Londres, cette sévérité a baissé de 35 % ; en Ecosse, de 68 % (l’étude n’incluait qu’un très petit nombre de cas) ; et en Afrique du Sud, de 80 %. « Ces différences sont très importantes. Il faut donc interpréter ces résultats avec une grande prudence », avertit Arnaud Fontanet.
D’autant que les observations faites en Afrique du Sud sont difficilement transposables à la situation européenne : dans ce pays, la population possède une immunité naturelle élevée, car le virus a beaucoup circulé en provoquant surtout des formes bénignes (à Johannesburg, 50 % des habitants auraient été touchés lors de chaque vague passée). La population est aussi plus jeune qu’en Europe. Enfin, c’est la saison estivale, moins favorable à la circulation du virus.
« L’impact sanitaire d’Omicron sera évidemment très différent selon le niveau de baisse du nombre de formes graves qu’il occasionne », explique Arnaud Fontanet. Finalement, le « juge de paix » sera ce qui se passera au Royaume-Uni, la semaine prochaine. « Tous les yeux seront rivés sur Londres : c’est là que l’épidémie flambe le plus. » Elle a d’abord touché les 20-29 ans, mais, depuis la deuxième semaine de décembre, le virus circule chez les plus de 60 ans, plus à risque de formes sévères. C’est pourquoi l’évolution des hospitalisations, dans la capitale britannique, sera scrutée.
Un point essentiel : un variant plus contagieux mais moins mortel fera, finalement, plus de victimes. « Même si Omicron provoque une maladie moins grave, le nombre de cas pourrait, une fois de plus, submerger les systèmes de santé non préparés », a déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, secrétaire général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
- Tracer Omicron en temps réel, un pari manqué
Depuis la mi-décembre, l’agence nationale Santé publique France (SPF), chargée du suivi de l’épidémie, semble peiner à jauger l’évolution de la vague Omicron. Saisissant paradoxe : ce sont les personnalités politiques elles-mêmes qui annoncent les derniers chiffres de cette flambée.
Selon la dernière « enquête flash », scrutant la circulation des variants, Omicron représentait 2,1 % des cas séquencés la semaine du 6 décembre. Samedi 18 décembre, le ministre de la santé, Olivier Véran, sur France Inter, annonçait une part de cas de variant Omicron à 10 % : « Ça veut dire que, la semaine prochaine, c’est 25 % ou 30 %, et ça veut dire que dans quinze jours il est majoritaire. » Faisons un bref calcul : le 23 décembre, 91 608 nouveaux cas ont été recensés. Si 11 %, un tiers ou la moitié d’entre eux sont dus à Omicron, cela porterait, respectivement, leur nombre à 10 076, à 30 230 ou à 45 804 nouvelles infections liées à ce variant. Pourtant, ce même jour, SPF annonçait, sur son site, 1 440 cas seulement de variant Omicron sur l’ensemble du territoire, confirmés par le séquençage (la lecture complète du génome du virus).
Pourquoi une telle discordance ? « C’est ahurissant », témoigne un expert. « Il sera sans doute utile d’avoir un retour d’expérience sur ce sujet », glisse un autre. Dans les faits, il existe deux outils de suivi des variants : le séquençage, qui lit les 30 000 lettres du génome du virus – très précis, il est long et assez onéreux – ; et le « criblage », qui cible une poignée de mutations du virus pour orienter vers tel ou tel variant – moins précis, puisque plusieurs variants peuvent porter la même mutation, il est plus rapide et moins cher. « Le séquençage est trop lent pour assurer un suivi en temps réel, estime Florence Débarre. Pour suivre un variant qui se propage rapidement, le criblage est plus pertinent. »
SPF explique, dans son bulletin du 23 décembre, que, si 11 % des tests criblés entre le 13 et le 19 décembre montraient un profil compatible avec Omicron, cette proportion atteignait 30 % en début de semaine.
- Les vaccins conservent-ils leur efficacité face à Omicron ?
Ce variant inquiète aussi car il tend à échapper à nos défenses immunitaires et à la protection vaccinale. Les études de laboratoire, d’abord, ont révélé qu’Omicron est très peu sensible aux anticorps anti-SARS-CoV-2 développés après une infection naturelle ou après deux doses de vaccin. Une étude de l’Institut Pasteur publiée le 15 décembre en préprint montre ainsi que le sang de patients ayant eu un Covid-19, recueilli jusqu’à douze mois après les symptômes, ne neutralise quasiment plus le variant Omicron. Même chose pour celui des personnes ayant reçu les deux doses du vaccin de Pfizer-BioNTech ou d’AstraZeneca, cinq mois après la vaccination.Lire le décryptage : Article réservé à nos abonnés Le variant Omicron peut contourner les défenses vaccinales
En revanche, les individus ayant reçu une troisième dose de Pfizer ont des défenses efficaces contre Omicron, un mois après l’injection. « Il faut de 5 à 31 fois plus d’anticorps pour neutraliser Omicron que pour neutraliser Delta », précise Olivier Schwartz, de l’Institut Pasteur, qui a coordonné ce travail avec Emmanuel André, de l’Université catholique de Louvain (Belgique).
Reste que nos défenses immunitaires mobilisent deux grandes lignes protectrices contre l’assaillant microbien : les anticorps (les premiers à monter au front), mais aussi l’immunité cellulaire, plus lente à opérer mais plus durable. Bonne nouvelle, « l’immunité cellulaire obtenue après une infection ou après une vaccination reste efficace contre Omicron », explique Bruno Lina. Nos cellules immunitaires, en effet, reconnaissent des fragments qui n’ont pas changé sur ce variant.
Quid des enquêtes de terrain réalisées avec le rappel vaccinal ? Une première étude, en Afrique du Sud, montre qu’avec le vaccin de Pfizer deux doses conservent une efficacité de 70 % contre les formes sévères liées à Omicron – moins, donc, que l’efficacité de 93 % mesurée face à Delta. Cette protection reste importante à tous les âges, avec 60 % d’efficacité dans la tranche 70-79 ans.
Deux études britanniques, quant à elles, ont récemment souligné une efficacité qui chute après deux doses des vaccins de Pfizer ou d’AstraZeneca : contre les infections et les formes bénignes liées à Omicron, elle n’est plus que de 20 % (voire moins) à 40 %. Mais les personnes ayant reçu une troisième dose du vaccin de Pfizer (après deux doses de Pfizer ou d’AstraZeneca) retrouvaient une protection de 71 % à 75,5 % contre les formes symptomatiques liées à Omicron – par comparaison, elle est de 87 % à 94 % contre le variant Delta. Ce corpus d’études plaide donc en faveur d’une campagne de rappel renforcée.
- Faudra-t-il développer une nouvelle formule vaccinale ?
Il n’est pas encore démontré, comme l’ont rappelé cette semaine l’Agence européenne des médicaments (AEM) et l’OMS, qu’un nouveau vaccin spécifiquement adapté au variant Omicron soit nécessaire.
Malgré tout, les firmes pharmaceutiques s’affairent déjà à la mise au point de nouvelles formulations ciblant Omicron. Pfizer-BioNTech a ainsi annoncé que des essais cliniques en ce sens devraient commencer au début 2022 ; en cas de besoin, cette nouvelle déclinaison du vaccin, sous réserve d’obtenir l’aval des autorités réglementaires, pourrait être prête dès le mois de mars. Moderna, AstraZeneca, Johnson & Johnson et Novavax sont sur la même ligne, œuvrant à la fois à la conception de ces formules et à la réorganisation de leurs réseaux de production, pour pouvoir lancer au plus vite la fabrication de ces doses adaptées.Lire aussi Article réservé à nos abonnés Ugur Sahin, PDG de BioNTech : « Après la troisième injection, notre vaccin semble fournir une protection de 70 % ou 75 % » contre le Covid-19
- Quels sont les traitements qui restent efficaces ?
Ce n’est pas une bonne nouvelle : Omicron se dérobe à l’action de la plupart des médicaments développés contre le SARS-CoV-2 – pas à tous, heureusement. Ainsi des anticorps monoclonaux utilisés en traitement curatif ou préventif, chez les personnes à risque de développer des formes graves. « Les anticorps monoclonaux disponibles actuellement sont, pour la plupart, inactifs »,résume Olivier Schwartz, de l’Institut Pasteur.
Son équipe a testé neuf anticorps monoclonaux ou cocktails d’anticorps déjà utilisés à l’hôpital ou en phase de développement préclinique. Verdict, six d’entre eux ont totalement perdu leur activité antivirale contre Omicron, tel le cocktail d’anticorps Ronapreve (Roche-Regeneron). Trois autres ont gardé une certaine efficacité. Par exemple, le cocktail Evusheld (AstraZeneca) est 80 fois moins efficace contre Omicron que contre Delta. Malgré tout, « il pourrait être utilisé pour protéger les personnes immunodéprimées, en traitement préventif », explique Yazdan Yazdanpanah, infectiologue et membre du conseil scientifique. C’est l’anticorps de la firme GSK qui conserve la meilleure efficacité – divisée par trois cependant. « Il devrait être disponible mi-janvier en France », ajoute l’infectiologue.
Une autre arme thérapeutique est attendue pour bientôt. C’est la pilule de Pfizer, le Paxlovid. Après l’AEM le 17 décembre, l’agence américaine des médicaments lui a donné une autorisation d’urgence le 22 décembre. Cet antiviral oral permettrait de réduire de 88 % le nombre d’hospitalisations et de décès chez les personnes à risque, s’il est pris dans les cinq jours après l’apparition des symptômes. Il resterait efficace contre Omicron, car il cible une enzyme intracellulaire (une protéase) du virus SARS-CoV-2, inhibant ainsi sa multiplication.
- En Afrique du Sud, la vague Omicron redescend
Reste cette autre énigme. « En Afrique du Sud, la moyenne sur sept jours des nouveaux cas de Covid-19 a atteint un pic d’un peu plus de 22 000 cas par jour le 12 décembre. Le chiffre actuel est d’environ 19 500 par jour », faisait savoir Louis Rossouw, chef de la division recherches et analyses de Gen Re, une société de réassurance, le 22 décembre, sur Twitter.
Sur l’ensemble du pays, le « taux de reproduction » du virus, qui mesure le nombre de personnes qu’un individu contaminé peut infecter, est désormais inférieur à 1. En clair, cela signifie une décrue de l’épidémie. Pourquoi ?« C’est assez surprenant, admet Arnaud Fontanet, qui imagine un lien possible avec la période estivale. A l’été dernier, en France, nous avions pu contrôler sans trop d’efforts la quatrième vague liée à Delta. »
Rarement l’incertitude aura autant plané sur les effets sanitaires et sociétaux de cette créature microbienne qui, du haut de son diamètre mille fois plus petit que celui d’un cheveu, ébranle l’édifice des sociétés humaines.
Notre sélection d’articles sur le Covid-19 et la vaccination :Chiffres & cartesExplicationsVérificationsLes derniers chiffres de la pandémie (cas, hospitalisations, morts…)Le point sur la vaccination en France et dans le monde
Lire aussi :
Retrouvez les dernières actualités dans nos rubriques sur la pandémie et la vaccination.
Florence Rosier(avec Zeliha Chaffin et Catherine Mary)
Santé-Environnement-Politique 