Omicron : quelles capacités de séquençage en France ?
La France a accru ses efforts dans la surveillance des variants du Covid-19 depuis début 2021, mais le séquençage n’y est pas systématique.
Par David LarousseriePublié le 29 novembre 2021 à 11h00 – Mis à jour le 30 novembre 2021 à 09h02
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La circulation du nouveau variant Omicron, dont huit « cas possibles » ont été repérés dimanche soir 28 novembre en France, remet sous pression les différents laboratoires chargés du séquençage, seule technique à pouvoir formellement identifier la nature d’un virus. Il s’agit de lire une à une les quelque 30 000 « lettres » du génome et de déterminer lesquelles sont différentes de la liste d’origine et qui causent les mutations conférant de nouvelles propriétés au virus.
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La France, longtemps en retrait concernant ce mode de surveillance, a cependant augmenté ses efforts depuis le début de l’année en mobilisant plusieurs laboratoires, autres que les quatre centres principaux situés à Paris, à Lyon, à Marseille et à Créteil. La première semaine de novembre, 6 000 séquences ont été déterminées, ce qui représentait environ 10 % des cas recensés alors. En août, deux fois plus de génomes avaient néanmoins été « lus », montrant les marges de progression possibles. Le Royaume-Uni, champion du séquençage avec dix fois plus de séquences collectées que la France, couvre actuellement environ 20 % de ses cas positifs.
Ce système laisse donc des trous, faussant le suivi sur la prévalence, voire la présence, de nouveaux variants. C’est pourquoi, en France, chaque semaine, une opération dite « flash » est conduite, afin de disposer d’une photographie plus représentative de la situation génomique. Mais la collecte, l’analyse et le traitement prennent du temps. La dernière « photographie » consolidée date du 19 octobre. Et elle ne détaille pas la part d’un variant du variant Delta, le AY.4.2, que les Britanniques ont pourtant placé sous surveillance depuis le 20 octobre et qui comptait, à la troisième semaine de novembre, pour 20 % des cas outre-Manche.
Détection grâce aux tests PCR
Le séquençage n’est cependant pas la seule arme de surveillance : certains tests PCR peuvent indirectement suggérer la présence d’Omicron. Ils possèdent en effet trois sondes chargées de reconnaître trois portions du génome viral. Or, Omicron possède une mutation qui n’allume pas l’une des trois sondes. C’était d’ailleurs le cas pour le variant Alpha, ce qui avait permis de suspecter que sa propagation augmentait, avant les confirmations par séquençage. Ces tests PCR, dits ThermoFisher, partiellement positifs, montrent déjà que le variant circule sans doute en Afrique du Sud ailleurs que dans la région où il a été initialement découvert.
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Mais en France, les tests ont été changés au printemps, pour mieux cibler les variants Delta, Beta ou Gamma, et n’ont pas cette propriété. Ils peuvent néanmoins indiquer une suspicion de présence, car Omicron ne possède aucune des trois mutations d’intérêt actuellement recherchées par les PCR de criblage. La direction générale de la santé a donc envoyé des consignes, vendredi au soir, pour que les tests positifs mais « triplement négatifs » à ces mutations fassent l’objet d’un séquençage, afin de confirmer qu’il s’agit bien d’une contamination par Omicron.
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