Covid-19 : en Afrique du Sud, la chasse aux variants au défi de la lutte contre le VIH
A l’orée d’une violente quatrième vague, les patients séropositifs annulent de nouveau leurs consultations. Une rupture de soins qui « pourrait mener à l’émergence de variants plus transmissibles ou rendant les vaccins moins efficaces », selon des chercheurs.
Par Mathilde Boussion(Johannesburg, correspondance) et Catherine Mary
Publié aujourd’hui à 02h27, mis à jour à 10h40
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Alors que l’Afrique du Sud est entrée dans une quatrième vague qui progresse à un rythme « jamais vu » selon les autorités, les patients séropositifs annulent de nouveau leurs consultations de suivi, comme ils l’ont déjà fait à chaque vague depuis le début de la pandémie de Covid-19. « Dans les cliniques avec lesquelles nous travaillons, le nombre de personnes diagnostiquées positives au VIH a été divisé par deux. Le nombre de patients sous traitement a diminué aussi et le nombre de personnes qui ne viennent pas aux consultations augmente », explique la docteure Moyahabo Mabitsi, directrice exécutive de l’organisation sud-africaine Anova, qui accompagne le gouvernement dans le dépistage et la prise en charge du VIH au sein de plus de 500 cliniques.
Avec près de huit millions de personnes séropositives, l’Afrique du Sud est le premier foyer de l’épidémie de VIH au monde. Si près de cinq millions d’entre elles sont suivies efficacement et présentent une charge virale indétectable, au moins deux millions ne sont pas sous traitement et il est à craindre que le chiffre soit sous-estimé.
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Dans une tribune publiée le 2 décembre dans la revue Nature, quatre scientifiques sud-africains, dont deux membres de l’équipe à l’origine de la découverte des variants Beta et Omicron, interpellent la communauté internationale sur le risque que pourrait faire peser sur l’évolution de la pandémie cette rupture dans l’accès aux soins des personnes atteintes par le VIH : « Ne pas combattre la pandémie à hauteur de l’urgence dans les pays à taux élevés de personnes infectées par le VIH à un stade avancé et insuffisamment traitées pourrait mener à l’émergence de variants du coronavirus SARS-CoV-2 plus transmissibles ou rendant les vaccins moins efficaces. »
L’hypothèse de l’infection prolongée chez les immunodéprimés
Un propos soigneusement dosé pour communiquer sur l’une des hypothèses les plus sensibles sur l’émergence brutale de variants hautement mutés. L’infection prolongée au SARS-CoV-2 chez les personnes immunodéprimées tant en raison d’un traitement par chimiothérapie anticancéreuse que par l’infection au VIH pourrait être en cause dans l’émergence du variant Alpha, découvert au Royaume-Uni en novembre 2020, du variant Beta, découvert en Afrique du Sud en octobre 2020, du variant Gamma, découvert à Manaus, au Brésil, en janvier, et maintenant, du variant Omicron.
Cosignataire de cette tribune, la professeure Koleka Mlisana, directrice exécutive du National Health Laboratory Service, le réseau d’analyses médicales public sud-africain, précise d’emblée que « les personnes séropositives qui suivent un traitement efficace et ne présentent pas de charge virale détectable réagissent au Covid-19 comme les autres ». Les choses semblent plus complexes chez les patients immunodéprimés, en raison d’une charge virale mal contrôlée faute d’un accès adéquat aux traitements antirétroviraux.
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Plusieurs études scientifiques publiées au cours des derniers mois ont montré que l’infection au SARS-CoV-2 perdure chez des personnes immunodéprimées dont le système immunitaire échoue à éliminer le virus. Cette infection prolongée se traduit par l’émergence progressive de variants cumulant un nombre croissant de mutations. Une étude publiée dans la revue Nature en février rapporte le cas d’un patient britannique atteint d’un lymphome chez lequel l’infection a perduré durant plus de trois mois. Des observations comparables ont été observées chez des personnes atteintes par le VIH et mal traitées.
Certaines mutations apparaissent de manière récurrente et sont également retrouvées dans les variants Alpha, Beta, Gamma et Omicron. C’est le cas notamment de la mutation E484K, ayant pour effet une diminution du pouvoir neutralisant des anticorps, et de la mutation N501Y qui, en plus, se traduit par une transmissibilité accrue du virus. Pour certains scientifiques, de telles mutations pourraient signer une adaptation du coronavirus aux personnes immunodéprimées.
« Lorsque le virus [SARS-CoV-2] se multiplie très longuement chez une personne immunodéprimée, que ce soit en raison d’une chimiothérapie ou de l’infection au VIH, les variants issus de l’évolution du virus ne sont plus sélectionnés selon leur capacité à être transmis entre différentes personnes, mais selon leur capacité à survivre dans le corps de cette personne, explique le bio-informaticien Darren Martin, de l’université du Cap en Afrique du Sud. Un cycle d’échappement du virus et de neutralisation par les anticorps s’amorce alors. Le virus est ciblé par les anticorps et va peut-être acquérir une mutation lui permettant de leur échapper. En réponse à cette mutation, de nouveaux anticorps sont produits, mais le virus va échapper à nouveau et ainsi de suite. Si l’infection dure plusieurs mois, de nombreuses mutations s’accumulent », précise-t-il.
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Si la présence de ces mutations dans le variant Omicron intrigue, les scientifiques restent prudents. « Le rôle des personnes immunodéprimées dans l’évolution du virus par le biais d’une infection persistante pourrait potentiellement être un facteur mais c’est difficile, sinon impossible, de le déterminer de manière précise », a ainsi mis en garde le virologue Tulio de Oliveira, à la tête du laboratoire sud-africain qui a identifié Omicron.
L’émergence d’Omicron, énigmatique
L’émergence d’Omicron demeure d’autant plus énigmatique que, si les scientifiques sont familiers de certaines mutations du virus, d’autres leur sont inconnues. « Omicron a le même profil que les variants Beta, Alpha et Gamma avec un nombre élevé de mutations, une émergence soudaine et plusieurs mutations attribuées à l’échappement au système immunitaire, souligne Darren Martin. Mais il a aussi d’autres mutations, dont l’apparition ne s’explique pas par ce mécanisme d’évasion. »
A l’Institut Pasteur, Etienne Simon-Lorière estime qu’« on ne s’explique pas l’apparition de ces variants dans des pays où la surveillance épidémiologique est importante. Il y a une inconnue d’évolution que l’on aurait dû voir apparaître progressivement comme c’est le cas classiquement pour les virus suivis par la surveillance génomique ».
L’Institut Pasteur explore ainsi d’autres hypothèses susceptibles d’expliquer ces sauts génétiques, dont l’infection par le virus de certaines espèces sauvages telles le cerf à queue blanche et le vison où il a été détecté et qui pourraient lui servir de réservoir. Ses études menées chez la souris montrent que le virus s’y adapte par l’acquisition de mutations, dont certaines sont partagées par les nouveaux variants du SARS-CoV-2.
De leur côté, les scientifiques sud-africains jugent la menace assez sérieuse pour mettre en garde : « Nous ne voulons pas être confrontés à une situation où les gens qui sont infectés par le VIH ne peuvent pas être diagnostiqués, d’une part, et ne peuvent pas avoir accès au traitement, d’autre part », souligne la professeure Koleka Mlisana. Elle insiste également sur la nécessité de maintenir le suivi des patients sous traitement malgré la pandémie de Covid-19.
Crainte de stigmatisation des personnes séropositives
La démarche des signataires de la tribune de Nature est d’autant plus significative qu’ils craignent par ailleurs la stigmatisation des personnes séropositives : « Notre responsabilité est de communiquer sur ce qui se passe, mais l’idée n’est pas de dire : “Les pays qui ont une forte proportion de personnes séropositives sont susceptibles de générer des variants.” Le VIH ne génère pas de mutations, ce sont les personnes immunodéprimées qui peuvent les générer et nous avons une solution : augmenter le nombre de patients qui présentent une charge virale indétectable. »
D’où l’urgence, pour les chercheurs, de remobiliser les bailleurs de fonds alors que les coupes dans le budget de l’aide internationale du gouvernement britannique ont par exemple entraîné une réduction de 80 % des dépenses consacrées aux organisations impliquées dans la réponse globale contre le VIH. La professeure Mlisana souligne également la nécessité d’intégrer la lutte contre le Covid-19 à l’ensemble des services de santé de manière à permettre par exemple de tester les patients qui se présentent au Covid-19 et au VIH au cours d’une même visite.Lire aussi Article réservé à nos abonnésPourquoi n’existe-t-il pas de vaccin contre le sida alors qu’un an a suffi pour en développer plusieurs contre le Covid-19 ?
Dans leur tribune, les chercheurs reviennent également sur la nécessité de vacciner la population africaine, au sein de laquelle se trouvent deux malades du VIH sur trois. « Plus que les arguments éthiques visant à mettre fin au nationalisme vaccinal afin de réduire le nombre de morts à travers le monde, les données disponibles suggèrent fortement que vacciner la population africaine aidera à réduire le rythme des contaminations globales, à limiter l’émergence de variants et à accélérer le contrôle de la pandémie au niveau mondial. »
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