Coronavirus : inconnues et inquiétudes autour du nouveau variant Omicron
Si l’OMS a classé le B.1.1.529 comme variant « préoccupant », de nombreuses zones d’ombre demeurent quant à sa contagiosité et ses capacités d’échappement au vaccin.
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Botswana, Hongkong, Afrique du Sud et maintenant Belgique : un nouveau variant du SARS-CoV-2, B.1.1.529, est en circulation. Il contraint déjà de nombreux pays européens (dont la France), américains et asiatiques à interdire les vols en provenance d’Afrique australe, région ayant le plus de cas à ce jour.
Et ce, malgré l’avertissement de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), martelé vendredi 26 novembre par la voix de Christian Lindmeier, porte-parole : « L’OMS recommande aux pays de continuer à appliquer une approche scientifique et fondée sur les risques (…). A ce stade, encore une fois, la mise en œuvre de mesures de restrictions aux voyages est déconseillée. » L’organisme, qui a néanmoins classé le virus comme « préoccupant » et l’a baptisé « Omicron », juge qu’il faudra « plusieurs semaines » avant de connaître les propriétés de transmissibilité et de virulence du nouveau variant.
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L’inquiétude repose néanmoins sur plusieurs indices, rappelant l’arrivée funeste de prédécesseurs, comme Alpha ou Delta. Le premier concerne le profil génétique de B.1.1.529, le second, sa diffusion. Mais les deux aspects recèlent encore beaucoup d’inconnues, notamment concernant sa contagiosité ou ses capacités d’échappement.
Côté génétique, le jaillissement d’Omicron par rapport à l’ensemble des autres variants est comparable à la sortie d’une feuille d’un buisson, au bout d’une branche qui n’aurait pas fait de rameau et que personne n’aurait vu grandir. Le virus a muté à un rythme supérieur au tempo moyen de ses congénères, qui est d’environ deux mutations par mois. Le « saut » est du même ordre que celui effectué par son prédécesseur Alpha, qui, avec une dizaine de mutations d’un coup, avait surpris. Un an plus tard, c’est une trentaine de mutations qui apparaissent dans la partie principale du virus, la spicule, par laquelle il s’accroche à son hôte pour l’infecter ; et presque une vingtaine dans les autres régions du génome qui servent, par exemple, à fabriquer l’enveloppe protectrice du virus ou les machines nécessaires à sa réplication.
Des inconnues
Outre la quantité, c’est la liste de ces mutations qui interpelle le plus les spécialistes, déterminant les modifications, ajouts ou suppressions de « perles » (les acides aminés) sur le long collier que forment les protéines du virus, en changeant ses principales propriétés : sa capacité à infecter, sa propension à échapper aux anticorps et aux vaccins et, éventuellement, sa virulence.
Beaucoup sont bien connues. En position 484 et 501 du collier formant la spicule, comme chez Alpha, Beta ou Gamma – mais pas Delta –, des perles sont substituées et on leur impute des effets augmentant, respectivement, la capacité à échapper aux anticorps induits par l’infection ou la vaccination, et aussi la transmissibilité. En 681, on trouve une modification présente chez Alpha et Delta, favorisant l’infectiosité. En revanche, la perle 452, caractéristique de Delta, très contagieux, a disparu. Au total, neuf mutations ont déjà été vues sur les variants préoccupants.
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D’autres sont plus rares, dont certaines apparues dans des simulations d’évolution accélérée du coronavirus. C’est le cas de changements en 477e, en 493eet en 498e positions, favorisant a priori son infectiosité.
Les biologistes moléculaires s’intéressent aussi à un changement particulier, où, cette fois, trois acides aminés sont ajoutés sur la spicule, « ce qui peut laisser penser que cela nuirait à la neutralisation du virus par des anticorps, mais nous devons l’étudier », estime Etienne Simon-Lorière, virologue à l’Institut Pasteur, qui ajoute une autre inconnue : « Ce que l’on ne sait pas anticiper, c’est l’effet de toutes ces combinaisons de mutations sur les propriétés du virus. »
« Surfeur » épidémique
« Une partie des mutations se situe dans des régions de la spicule ciblées par les anticorps et connues pour affaiblir leur pouvoir neutralisant, et rendant les virus plus résistants à l’immunité acquise par l’infection ou par la vaccination, souligne Darren Martin, de l’université du Cap, en Afrique du Sud. Il y a de fortes raisons que cela soit le cas aussi pour ce virus, mais cela doit être prouvé par les analyses qui vont être faites durant les semaines à venir. »
Une autre surprise permet d’établir le lien avec la seconde caractéristique potentiellement inquiétante de ce virus : sa propagation. Alors que l’Afrique du Sud, depuis fin octobre, avait une prévalence très faible de moins de 300 cas par jour, elle a bondi, le 25 novembre, à près de 2 500 cas. Par séquençage, une soixantaine de cas du nouveau variant ont été identifiés, mais localisés dans une seule région. Or, un trait du génome permet de suspecter que sa présence explose. En effet, les tests PCR utilisés sont sensibles à trois régions du virus, dont l’une d’elles a disparu dans B.1.1.529. Un test « négatif » pour cette dernière sonde, mais positif pour les deux autres, suggère qu’il s’agit de lui. « Ces tests PCR détectent ce variant dans 90 % des tests positifs dans la région du Gauteng, la plus touchée en Afrique du Sud, détaille Darren Martin, et dans 20 % à 30 % des tests positifs dans la plupart des autres régions. Ces pourcentages augmentent de manière exponentielle. »
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Il est encore trop tôt pour prédire le destin de ce nouveau variant. Par le passé, plusieurs, avec des mutations a priori inquiétantes, ont déjà émergé, puis se sont éteints ou ont été dominés par d’autres. Ainsi, la branche C.1.2, déjà identifiée en Afrique à l’été, a fait long feu. En France, on a déjà oublié le « variant breton ». Le variant d’intérêt Mu a lui aussi décliné. Il n’est pas impossible que l’on ait affaire à un « surfeur » épidémique, qui profite localement de vaguelettes de propagation favorables, mais qui ne parvienne pas à augmenter sa fréquence. En outre, c’est aussi en Afrique que le variant Beta est apparu, avec une capacité à être moins neutralisé par les anticorps. Pourtant, il n’a pas diffusé, « battu » par Delta, bien plus transmissible.
Ce variant pose aussi d’épineuses questions de santé publique globale, qui pourraient expliquer les conditions de son émergence. L’Afrique du Sud est en effet un des pays au monde combinant des taux d’infection par le VIH parmi les plus élevés et d’accès au traitement parmi les plus faibles. Or, plusieurs études ont montré que l’infection au SARS-CoV-2 peut durer plusieurs mois chez les personnes immunodéprimées, en raison d’une infection au VIH mal traitée ou d’autres maladies, telles que certains cancers sanguins.
Surveiller la vitesse de propagation d’Omicron
Des mutations permettant au virus d’échapper au système immunitaire s’accumuleraient lors de cette infection prolongée. « Mon hypothèse est que ce virus vient d’une personne infectée durant une longue période sans parvenir à éliminer le virus », confie Alex Sigal, de l’Institut africain de recherche sanitaire à Durban, en Afrique du Sud. « C’est un virus ancien avec un ensemble de mutations caractéristiques de l’échappement au système immunitaire. C’est ce qui m’inquiète le plus », précise t-il. « C’est très clair que ce virus a évolué en échappant au système immunitaire d’une personne infectée, bien qu’il ne soit pas possible de le prouver », complète Darren Martin.
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Dans les prochains jours et semaines, les épidémiologistes vont donc surveiller la vitesse de propagation de ce nouveau venu, en Afrique du Sud, mais aussi dans le reste du monde, notamment pour ne pas prendre les vessies statistiques, c’est-à-dire des impressions peut-être biaisées de l’explosion des contaminations, pour des lanternes épidémiologiques, soit une prévalence effectivement globale, et estimer les paramètres caractéristiques de ce nouveau virus.
Leurs collègues biologistes vont étudier aussi les effets du virus sur des anticorps pour éventuellement adapter les cocktails thérapeutiques et, surtout, vérifier la tenue de la protection vaccinale. Il faudra aussi surveiller l’effet de ce virus sur les malades, notamment sa propension à causer plus ou moins de formes graves.
Rectificatif, samedi 27 novembre : Une première version de ce texte signalait que l’ancêtre commun à Beta et Omicron avait été trouvé en Afrique du Sud, mais cet ancêtre est en fait trop loin dans l’arbre phylogénétique pour assurer son origine géographique.
David Larousserie et Catherine Mary
Covid-19 : on vous explique pourquoi le nouveau variant détecté en Afrique du Sud est considéré comme « une menace majeure »
À ce jour, 22 cas ont été signalés, touchant principalement des jeunes. Illustration AFP
Coronavirus – Covid 19, Santé, International
Publié le 25/11/2021 à 20:47 , mis à jour à 21:10
l’essentiel
Potentiellement très contagieux, un nouveau variant du Covid-19 a été détecté en Afrique du Sud. Les scientifiques redoutent une nouvelle vague, on vous explique pourquoi.
Des mutations inquiétantes
Le variant B.1.1.529 présente un nombre « extrêmement élevé » de mutations et « nous pouvons voir qu’il a un potentiel de propagation très rapide« , a déclaré le virologue Tulio de Oliveira, lors d’une conférence de presse en ligne chapeautée par le ministère de la Santé. Son équipe de l’institut de recherche KRISP, adossé à l’Université du Kwazulu-Natal, avait déjà découvert l’année dernière le variant Beta, très contagieux.
Les métamorphoses du virus initial peuvent potentiellement le rendre plus transmissible, jusqu’à rendre le variant dominant: cela a été le cas avec le variant Delta découvert initialement en Inde, et qui selon l’OMS a réduit à 40% l’efficacité des vaccins anti-Covid contre la transmission de la maladie.
L’efficacité du vaccin non prouvée
À ce stade, les scientifiques sud-africains ne sont pas certains de l’efficacité des vaccins existants contre la nouvelle forme du virus. « Ce qui nous préoccupe, c’est que cette variante pourrait non seulement avoir une capacité de transmission accrue, mais aussi être capable de contourner certaines parties de notre système immunitaire », a déclaré un autre chercheur, le professeur Richard Lessells.
À ce jour, 22 cas ont été signalés, touchant principalement des jeunes, selon l’Institut national des maladies transmissibles (NICD). Des cas ont également été signalés au Botswana voisin et à Hong Kong, sur une personne de retour d’un voyage en Afrique du Sud. L’OMS doit se réunir ce vendredi pour déterminer la dangerosité du variant. « Il existe de nombreux variants mais certains n’ont pas de conséquence sur la progression de l’épidémie », a tempéré lors d’une conférence de presse John Nkengasong, du Centre de contrôle et de prévention des maladies de l’Union africaine (Africa CDC).
Beaucoup de tests positifs
Mais déjà, « le nombre de cas détectés et le pourcentage de tests positifs augmentent rapidement », a déclaré le NICD dans un communiqué, notamment dans la province la plus peuplée du Gauteng, qui comprend Pretoria et Johannesburg. Les structures de santé doivent s’attendre à une nouvelle vague de malades dans les prochains jours ou prochaines semaines, ont mis en garde les scientifiques.
L’Afrique du Sud, officiellement pays le plus touché du continent par le virus, a connu une nouvelle hausse des contaminations ces dernières semaines. D’abord attribuée au variant Delta, cette augmentation « exponentielle » est plutôt causée par la dernière forme mutée, qui représente « une menace majeure », a déclaré le ministre de la Santé, Joe Phaahla.
Son apparition « renforce le fait que cet ennemi invisible auquel nous avons affaire est très imprévisible », a-t-il ajouté.
ENTRETIEN.
Nouveau variant du Covid-19 : il y a une crainte qu’il puisse « contourner l’efficacité vaccinale » (Antoine Flahault, épidémiologiste et professeur de santé publique à la faculté de médecine de Genève)
Un nouveau variant a été découvert en Afrique du Sud. AFP – DOUGLAS MAGNO
Coronavirus – Covid 19, France – Monde
Publié le 26/11/2021 à 17:22 , mis à jour à 19:07
l’essentiel
Un nouveau variant, vraisemblablement plus contagieux, a été détecté ce jeudi en Afrique du Sud, pays le plus touché du continent par l’épidémie. Selon Antoine Flahault, épidémiologiste et professeur de santé publique à la faculté de médecine de Genève, des analyses doivent être faites pour étudier la contagiosité de ce nouveau variant.
Ce nouveau variant doit-il être une source de préoccupation pour les autorités sanitaires françaises ?
Ce nouveau variant reste très mal connu, car il vient d’être identifié, mais il se trouve au centre d’un rebond inattendu au Botswana il y a quelques semaines et en Afrique du Sud aujourd’hui. Il est particulièrement préoccupant parce qu’il comporte une trentaine de mutations sur sa protéine Spike. À titre de comparaison, le variant Delta n’en présentait que dix.
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Pour rappel, cette protéine permet au virus d’entrer dans les cellules du corps humain pour s’y multiplier. C’est aussi la cible des anticorps que les vaccins nous permettent de produire.
Ce variant peut-il devenir dominant en France alors que le premier cas a été détecté en Europe ?
Il est trop tôt pour le dire mais le niveau de transmissibilité de ce nouveau variant « Nu » (baptisé « Omicron » par l’Organisation Mondiale de la Santé, ndlr) est à mon sens la principale question pour laquelle on cherche une réponse aujourd’hui. On voudrait savoir si ce variant est plus transmissible que le variant Delta et de combien. À titre d’exemple, le variant Delta était 50% plus transmissible que le variant Alpha, raison pour laquelle il s’est rapidement imposé comme le variant dominant dans le monde.
Est-ce que ce sera le cas avec le variant « Nu » ? On ne le sait pas encore. Le variant appelé « Delta Plus », identifié au Royaume-Uni cet été, n’était que 10% plus transmissible que le variant Delta et cela ne lui a pas suffi à s’imposer dans la compétition évolutive des variants de cette pandémie, ni au Royaume-Uni, ni ailleurs dans le monde à ce jour.
Avez-vous des éléments sur son éventuelle résistance face aux vaccins ?
Les éléments dont nous disposons à ce jour ne reposent pas sur des données cliniques. Que certains des patients, testés positifs au variant « Nu », aient été préalablement vaccinés ne suffit pas à affirmer que ce variant échapperait plus facilement à l’efficacité vaccinale car cela se produit déjà avec le variant Delta.
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Mais les mutations de ce nouveau variant, constatées sur la protéine Spike, laissent craindre qu’il pourrait contourner l’efficacité vaccinale. Pour le moment, cela reste théorique, et plusieurs semaines seront probablement nécessaires pour répondre à cette question avec certitude.
Comment ce variant fonctionne-t-il ?
Il n’y a pas de raison de penser que ce variant ne se transmettrait pas de la même façon que les souches précédentes du SARS-CoV-2, c’est-à-dire quasi exclusivement par voie aérosol, dans les microgouttelettes de notre respiration qui planent, plusieurs minutes ou plusieurs heures selon la qualité de la ventilation, dans l’air intérieur que nous respirons. On peut donc s’en protéger en l’important le moins possible par nos frontières, en portant un masque en lieux clos, que l’on soit vacciné ou non, et en sécurisant de toute urgence les lieux clos recevant du public.
Nouveau variant du Covid-19 : « On ne pourra pas l’empêcher de se répandre en Europe »
« Omicron »
Par Margot Brunet et Pierre Lann
Publié le 26/11/2021 à 13:15
Un nouveau variant « particulièrement préoccupant » a été détecté en Afrique du Sud et se propage très rapidement. Un cas a été détecté en Belgique. En conséquence, la France comme d’autres pays européens, vient d’annoncer la suspension des vols en provenance d’Afrique australe. Est-ce suffisant pour éviter une nouvelle flambée de la pandémie ?
D’OÙ VIENT CE VARIANT ?
Ce pourrait être la situation que redoutaient les soignants. Alors que la France fait face à un regain de l’épidémie de Covid-19, un nouveau variant « particulièrement préoccupant », nommé B.1.1 529, a été détecté par l’Afrique du Sud, dans la province du Gauteng, la plus urbanisée du pays, où se trouvent les villes de Pretoria et de Johannesburg. Il se propagerait très rapidement, un premier cas vient d’être detecté en Belgique ce vendredi 26 novembre, une première en Europe.
Si on ne sait pas encore précisément quand il a émergé, le premier cas confirmé en Afrique du Sud concerne un patient dont le prélèvement a été réalisé peu avant mi-novembre. Selon la revue scientifique Nature, la souche aurait été identifiée « pour la première fois au Botswana ».
À ce jour, 22 cas ont été signalés, touchant principalement des jeunes, selon l’Institut national des maladies transmissibles sud-africain. Après avoir connu une accalmie à l’issue d’une troisième vague très virulente cet été, l’Afrique du Sud voit désormais le nombre de cas de Covid-19 augmenter, sans qu’un lien avec ce nouveau variant ne soit pour le moment établi. Le taux de vaccination y est assez faible : 24 % de la population a reçu deux doses. D’autres analyses génétiques ont montré que ce variant « est responsable de la totalité des 77 échantillons de virus » analysés à Gauteng et collectés entre le 12 et le 20 novembre. L’analyse de centaines d’autres échantillons est en cours.
Five quick tweets on the new variant B.1.1.529
Caveat first: data here is *very* preliminary, so everything could change. Nonetheless, better safe than sorry.
1) Based on the data we have, this variant is out-competing others *far* faster than Beta and even Delta did 🚩🚩 pic.twitter.com/R2Ac4e4N6s— John Burn-Murdoch (@jburnmurdoch) November 25, 2021
La situation est susceptible d’évoluer très rapidement. En plus de la Belgique, des cas ont également été rapportés au Botswana voisin, à Hong Kong et en Israël, ce vendredi 26 novembre. « Il s’agit d’une personne revenue du Malawi », a indiqué le ministère israélien de la santé, qui craint « deux cas supplémentaires de personnes revenues de l’étranger ». Le Malawi n’est pas un pays frontalier de l’Afrique du Sud, ce qui laisse supposer que ce variant s’est diffusé dans toute l’Afrique australe.
QUE SAIT-ON DE SA DANGEROSITÉ ?
L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a classé, le nouveau venu, parmi les « variants sous surveillance ». B.1.1 529, qui devrait être rebaptisé « Omicron », porte une trentaine de mutations sur sa protéine Spike, celle qui permet au virus de se fixer à nos cellules. Les modifications à cet endroit sont particulièrement problématiques car elles peuvent le rendre plus transmissible.
Surtout, c’est sur cette protéine qu’agissent les vaccins. Des modifications peuvent donc limiter l’efficacité des formules utilisées pour la vaccination. Le laboratoire allemand BioNTech, allié à Pfizer, annonce avoir lancé des études pour déterminer si le nouveau variant détecté en Afrique du Sud est capable d’échapper à la protection vaccinale. Les conclusions sont attendues d’ici à deux semaines.
Le risque est que ce nouveau variant soit plus contaminant et plus résistant à l’immunité conférée par les vaccins. Il pourrait alors causer une nouvelle vague de l’épidémie, ce que redoutent les épidémiologistes. Cela a déjà été observé avec le variant Alpha à partir de décembre 2020, ou avec le variant Delta depuis le début de l’été 2021. « Pour le moment, il faut rester très prudent », explique l’épidémiologiste Jonathan Roux à Marianne.
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« Il n’y a que 22 cas signalés. Il faut malheureusement attendre qu’il y en ait plus pour savoir s’il est vraiment plus contaminant et s’il résiste mieux à l’immunité. On a déjà eu des alertes avec le variant Beta, au Brésil, qui ne s’est finalement pas diffusé largement en Europe », précise Jonathan Roux. L’OMS organise une réunion importante ce vendredi 26 novembre pour juger de sa dangerosité.
POURQUOI FERME-T-ON LES FRONTIÈRES ?
Comme l’Allemagne, l’Italie ou le Royaume-Uni, la France vient de décider de suspendre les arrivées en provenance d’Afrique australe, ce vendredi 26 novembre. Sept pays sont concernés par cette mesure : l’Afrique du Sud, le Lesotho, le Botswana, le Zimbabwe, le Mozambique, la Namibie et l’Eswatini (ex-Swaziland). L’Union européenne a recommandé de suspendre tous les vols en provenance et à destination de l’Afrique australe et des autres pays touchés par l’apparition du nouveau variant B.1.1.529.
Selon la revue Nature, « les études montrent que des fermetures strictes des frontières au tout début de la pandémie auraient pu aider à limiter sa propagation. Mais une fois que le virus a commencé à se diffuser largement dans plusieurs pays, la fermeture des frontières a des bénéfices restreints ». La suspension des vols ne devrait donc pas permettre d’endiguer totalement la propagation du virus en Europe. « Cela permet de gagner du temps mais on voit déjà qu’il est arrivé en Israël, donc on ne pourra pas l’empêcher de se répandre en Europe. Pour ralentir, il faudrait aussi suspendre les vols en provenance de tous les pays où il a été détecté », explique l’épidémiologiste Jonathan Roux.
SANTÉ
Covid-19 : le nouveau variant Omicron, identifié en Afrique australe, déjà repéré en Europe
Mediapart 26 novembre 2021 | Par Caroline Coq-Chodorge
La communauté scientifique est en alerte depuis l’identification d’un nouveau variant au Botswana. Les premiers séquençages en Afrique du Sud font craindre une propagation à grande vitesse. L’Organisation mondiale de la santé vient de le classer parmi les variants préoccupants et l’a baptisé Omicron.
Depuis 48 heures, la communauté scientifique engagée dans la lutte contre le Sars-CoV-2 échange à toute vitesse. Un nouveau variant du coronavirus a été repéré au Botswana, puis à Hong Kong chez un voyageur de retour d’Afrique du Sud.
Jeudi 25 novembre, des chercheurs sud-africains ont communiqué les premiers résultats d’un séquençage de prélèvements collectés entre le 12 au 22 novembre dans la région de Johannesburg : ils ont détecté 77 nouveaux cas positifs à ce variant, baptisé dans un premier temps B.1.1.529.
« On ne sait pas beaucoup de choses, a prévenu Maria Van Kerkhove, épidémiologiste à la tête du groupe de conseil technique sur le Covid-19 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Mais on sait que ce virus présente de nombreuses mutations. La préoccupation est qu’un tel nombre de mutations peut avoir des conséquences sur la manière dont le virus se comporte. La communauté des chercheurs est en train de travailler pour déterminer où se situent ces mutations et ce qu’elles peuvent signifier sur le diagnostic, les traitements et les vaccins. »
Des scientifiques travaillent sur des cellules du virus du COVID-19 au centre pour la réponse épidémique et l’innovation de KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud, le 26 novembre 2021. © Photo EyePress News via AFP
« Il est toujours compliqué d’identifier très rapidement un variant préoccupant. Mais celui-ci soulève pas mal de questions », confirme le virologue Étienne Decroly, virologue à l’université d’Aix-Marseille et directeur de recherche au CNRS.
« Ses mutations sont nombreuses, en particulier sur la protéine Spike du virus. Elles touchent trois épitopes clés dans la réponse immunitaire face au virus. On peut en déduire un risque d’échappement de ce nouveau variant à la réponse immunitaire, qu’elle soit naturelle ou vaccinale. On constate aussi deux mutations qui modifient le site de clivage par la furine, qui joue un grand rôle dans la transmission interhumaine. »
Étienne Decroly souligne que l’émergence de ce nouveau variant préoccupant, si elle se confirmait, ne serait « pas une surprise ».
Plusieurs gouvernements ont pris les devants. La France a suspendu cet après-midi les vols en provenance d’Afrique australe. La Grande-Bretagne, l’Italie, l’Allemagne et l’Autriche refusent l’entrée aux voyageurs qui ont séjourné dans ces pays dans les quatorze derniers jours. La Commission européenne a proposé aux États membres d’activer le « frein d’urgence » sur les voyages en provenance des pays d’Afrique australe et des autres pays touchés.
Le groupe d’experts sur le Covid-19 de l’OMS s’est réuni vendredi pour se pencher sur ces nouvelles données. Il annonce, ce soir, que ce nouveau variant rejoint la catégorie des préoccupants, aux côtés de l’Alpha ou du Gamma. Dans l’ordre de l’alphabet grec, il est baptisé Omicron.
L’OMS invite tous les pays à « rehausser leur surveillance et leurs efforts de séquençage ». Elle indique aussi que « le nombre de cas dus à ce variant semble augmenter dans toutes les régions d’Afrique du Sud ».
Les données de séquençage sont encore limitées mais font craindre une croissance exponentielle des contaminations dues à ce variant. Dans le premier échantillon de prélèvements sud-africains, le nouveau variant s’est révélé largement majoritaire. « En moins de deux semaines, il domine », estime Tulio de Oliveira, directeur du Centre pour la réponse épidémique et l’innovation de KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud.
Dans une série de tweets devenus viraux, il prévient que ce variant doit être l’objet d’une « grande préoccupation ». En extrapolant à partir de ces premières données de séquençage, le chercheur a dessiné des courbes permettant de visualiser sa vitesse de propagation possible
La vague verte est celle portée par le variant Gamma, qui a émergé à l’été 2020 en Afrique du Sud ; la vague rouge correspond au Delta ; le nouveau variant B.1.1.529 serait à l’origine du pic bleu de contaminations.
Autre élément troublant : l’identification de ce variant est concomitante à une nouvelle poussée épidémique soudaine dans le pays, qui connaissait une accalmie depuis la fin du mois de septembre.
La lutte contre cette famille de virus est complexe, car l’immunité acquise n’est pas très robuste dans le temps
Étienne Decroly, virologue
Les chercheurs sud-africains, qui jouent la transparence, appellent la communauté internationale à « soutenir l’Afrique du Sud, ne pas la discriminer et l’isoler », insiste Tulio de Oliviera. Ce soutien doit être « financier, de santé publique, scientifique. Notre population ne peut pas supporter un confinement sans soutien financier », prévient-il.
Une bonne nouvelle, cependant : ce variant est détecté sans difficulté par les tests PCR. « Cela sera facile de le traquer », indique Tulio de Oliviera.
En Belgique, l’université de Louvain a déjà repéré un premier cas positif chez un voyageur de retour d’Égypte. Le Sars-CoV-2, encore une fois, a voyagé avant même d’être repéré.
Face à l’effervescence scientifique, Étienne Decroly invite à « prendre un peu de distance » : « On voit que la lutte contre cette famille de virus est complexe, que l’immunité acquise n’est pas très robuste dans le temps. Le virus a une propension à échapper à cette immunité, qu’elle soit naturelle ou acquise grâce au vaccin. »
Il précise que les vaccins ne sont pas directement en cause : « Les variants apparaissent naturellement, c’est le moteur de leur survie : quand le virus est confronté à une contrainte, les variants les mieux adaptés sont sélectionnés. La vaccination limite le risque de voir émerger de nouveaux variants, dans la mesure où elle ralentit la circulation du virus. »
Pour le virologue français, ce coronavirus interagit avec l’espèce humaine de manière similaire au virus de la grippe, qui a la particularité de muter chaque année.
Étienne Decroly pose la question de l’adaptation des vaccins aux nouveaux variants : « Si on est face à un virus qui mute régulièrement, il faut développer des rappels vaccinaux adaptés aux souches circulantes. Je regrette que le vaccin actuel n’ait pas été adapté au variant Delta. Il fonctionne, mais la modification des formules vaccinales permettrait une meilleur protection face aux variants émergents. »
Le nouveau variant Omicron assombrit l’horizon économique
Partout en Europe, les restrictions budgétaires se multiplient. La croissance devrait être presque nulle au quatrième trimestre en zone euro et les marchés boursiers s’inscrivent en forte baisse.
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Alors que les restrictions sanitaires se durcissaient partout en Europe depuis quelques jours, la découverte d’un nouveau variant venant d’Afrique australe a lourdement fait chuter les Bourses vendredi 26 novembre : − 5,02 % pour le CAC40, − 4,15 % pour le DAX en Allemagne, − 3,64 % pour le FTSE 100 au Royaume-Uni… La tendance était la même aux Etats-Unis, où tous les indices perdaient plus de 2 % en cours de séance, tandis que le baril de pétrole WTI s’effondrait de 12 %, juste sous la barre des 70 dollars.
La découverte du variant dit B.1.1.529, d’abord au Botswana puis en Afrique du Sud, est encore très récente mais son profil semble inquiétant, avec un potentiel de propagation très rapide et une possible résistance aux vaccins. Des cas ont aussi été détectés à Hongkong, en Israël et en Belgique.
Rapidement, la plupart des pays ont suspendu les vols en provenance d’Afrique australe. Le Royaume-Uni a été le premier à l’annoncer jeudi soir. La France a fait de même vendredi, interdisant « pour une durée minimale de quarante-huit heures » les arrivées d’Afrique du Sud, du Lesotho, du Botswana, du Zimbabwe, de Mozambique, de Namibie et d’Eswatini (nouveau nom du Swaziland). La Commission européenne a proposé à l’ensemble de l’Union européenne (UE) de faire de même.
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Vendredi, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a tenté de modérer l’inquiétude, jugeant qu’il était trop tôt pour évaluer le danger de ce variant. Mais les marchés financiers n’en ont pas tenu compte.
Il faut dire que la situation était mûre. « Les marchés ont beaucoup augmenté ces huit dernières semaines, en plus d’une année qui était déjà bonne, et ils attendaient la première excuse pour corriger », estime Chris Beauchamp, analyste à IG, une société de courtage. Après cette journée, le CAC 40 reste en hausse de 20 % depuis le début de l’année.
Récession évitée de peu
Par ailleurs, depuis quelques semaines, à travers l’Europe du Nord, les mauvaises nouvelles économiques se multiplient. Belgique, Pays-Bas, Allemagne, Autriche… Un à un, les gouvernements imposent de nouvelles mesures de restrictions sanitaires. L’Autriche est en confinement pour vingt jours. Vendredi, le gouvernement belge a durci les restrictions sanitaires pour la deuxième fois en une semaine : bars et restaurants doivent fermer à 23 heures, tandis que les boîtes de nuit doivent tirer le rideau de fer pour trois semaines.
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L’Allemagne, qui compte pour un cinquième de l’économie de la zone euro, oscille également au bord d’un confinement. Les restrictions changent suivant les Länder, mais partout elles se durcissent, entre imposition du passe sanitaire, annulation des marchés de Noël et limitation du nombre de personnes par magasin.
Oliver Rakau, du cabinet Oxford Economics, basé à Francfort, suit de près l’indice de mobilité fourni par Google, qui est reparti à la baisse depuis quelques semaines : « On assiste à une sorte de distanciation sociale volontaire. » Les gens se déplacent un peu moins, évitent les lieux bondés, choisissent le télétravail… « La vérité est que la pandémie est encore avec nous, pour plus longtemps qu’on ne l’espérait », ajoute-t-il.
Pour l’instant, le phénomène ne s’étend pas à l’Europe du Sud. Contrairement aux pays germanophones, le Portugal et l’Espagne ont de très forts niveaux de vaccination. En France, la pandémie est repartie à la hausse mais les hôpitaux ne sont pas encore débordés.
En graphiques : Autriche, Allemagne, Pays-Bas… visualisez l’ampleur de la vague dans certains pays d’Europe
Reste que les restrictions dans le nord de l’Europe vont fortement ralentir l’économie. De combien ? « En Allemagne, il est plausible que le produit intérieur brut [PIB] se contracte au quatrième trimestre », estime M. Rakau. Andrew Kenningham, du cabinet Capital Economics, prédit quelque chose de similaire : « Pour l’Allemagne, on peut imaginer perdre un demi-point de croissance au quatrième trimestre, ou quelque chose du genre. » Or, sa prévision avant la nouvelle vague de la pandémie était d’une croissance de 0,5 %… Selon lui, l’ensemble de la zone euro devrait éviter la récession au quatrième trimestre, mais de peu. « La croissance sera peut-être de 0,2 % », estime-t-il.
Production automobile en recul
Ce coup de frein soudain sur la reprise est amplifié par les goulets d’étranglement dans la production industrielle. Les chaînes logistiques ont été complètement désorganisées par la pandémie et les pièces détachées manquent un peu partout.
Le problème est particulièrement violent dans l’automobile, où la pénurie de semi-conducteurs immobilise les usines. « En Allemagne, elles tournent à la moitié de leur capacité, alors que c’est un secteur qui pèse pour 4 % du PIB, souligne M. Kenningham. Le problème est majeur. » Il en est de même au Royaume-Uni, où la production automobile était en recul de 41 % en octobre, à son plus bas niveau depuis 1956.
L’autre grande inquiétude vient de l’inflation, désormais à + 4,1 % en zone euro. Pour Fabio Panetta, membre du directoire de la Banque centrale européenne (BCE), il s’agit d’une véritable « taxe sur la consommation ».
Lire aussi l’analyse : Le grand retour du spectre de l’inflation
Selon lui, la hausse des prix est un phénomène qui est essentiellement importé de l’étranger : flambée des cours du pétrole (+ 60 % en un an), des matières premières, du transport de conteneurs… Il estime que la BCE ne peut pas faire grand-chose contre ce problème exogène, qu’il juge transitoire. « La politique monétaire doit rester patiente », expliquait-il dans un discours mardi à Sciences Po. En clair, pas question de réduire trop vite le soutien à l’économie. Les achats d’actifs – plus de 2 000 milliards d’euros dépensés par la BCE depuis le début de la pandémie – vont encore continuer longtemps.
Si la situation s’est brusquement assombrie, elle est cependant loin d’être catastrophique. « L’impact économique des différentes vagues de la pandémie est à chaque fois un peu moins fort », note M. Rakau. Les programmes de vaccination permettent de partiellement briser le lien entre les contaminations et les hospitalisations. L’économie s’est également adaptée, le recours au télétravail étant devenu courant. « La vague actuelle n’affecte pas notre prévision économique de moyen terme, conclut M. Rakau. On sait qu’on enregistre un rebond assez rapide après chaque vague. »
Eric Albert(Londres, correspondance)Contribuer
Nouveau variant identifié en Afrique du Sud : la « panique » mondiale est-elle justifiée ?
Le cap, le vendredi 26 novembre 2021
– Le 22 novembre 2021, le National Institute for Communicable Diseases(NICD) d’Afrique du Sud constatait une forte augmentation de l’incidence du SARS-CoV-2 dans le pays qui avait doublé en une semaine.
Depuis, en quatre jours, elle a été multipliée par 7 ! Il est vrai qu’elle était à un niveau très faible jusque-là et qu’au dernier relevé elle n’est que de 6 cas/100 000 habitants.
Dans son communiqué, le NICD écrivait être à la recherche d’un nouveau variant pour expliquer le phénomène.
Variant Nu ?
Or, hier, le NICD annonçait que la veille, les laboratoires de génomique sud-africains ont mis en évidence un « nouveau variant de COVID-19, le B.1.1.529 (…). Vingt-deux cas positifs du variant B.1.1.529 ont été enregistrés dans le pays ». Selon les premières estimations des épidémiologistes, ce variant pourrait, en fait, déjà représenter la majorité des 3 à 4000 nouveaux cas de Covid détectés chaque jour dans ce pays d’Afrique Australe. « La croissance est devenue exponentielle, en particulier chez les jeunes », a indiqué Joe Phaahla, le ministre de la Santé sud-africain, lors d’une conférence de presse. Il a également prévenu « les structures de santé qui doivent s’attendre à une nouvelle vague de malades dans les prochains jours ou prochaines semaines ».
Ces dernières 24 heures, le variant a déjà été identifiés au Botswana voisin chez 4 patients et à Hongkong, chez un voyageur en provenance d’Afrique du Sud.
« Nous attendons dans les prochains jours un nom grec pour ce nouveau variant », a estimé le Pr Tulio de Oliveira, virologue et bio-informaticien au Krisp, un des centres de surveillance d’Afrique du Sud. Il s’agira probablement de la lettre « nu », qui n’a pas encore été attribuée par l’OMS (Organisation mondiale de la santé) pour désigner un variant du Sars-CoV-2.
Selon les chercheurs ce variant est particulièrement préoccupant puisqu’il présente 32 mutations sur sa protéine Spike. D’après ce qui est connu sur d’autres souches, certaines de ces mutations pourraient rendre le virus plus pathogène, accroître son taux de transmissibilité (ce que corroborerait les données épidémiologiques sud-africaines) et le rendre plus résistant aux vaccins et aux traitements par anticorps.
« Il porte au moins trois mutations d’inquiétudes », précise au Figaro Mehdi Derhourhi, bio-informaticien à l’université de Lille et chercheur au CNRS. « L’une (N501Y) est portée par les variants Alpha (anglais), Bêta (sud-africain) et Gamma (brésilien). Une autre qui avait été repérée sur un variant mutant du variant Delta (E484A). Et une troisième qui renforce l’infection et augmente la transmission (P681H), et qui est portée également par les variants Alpha et Êta. Mais ce qui fait la dangerosité d’un variant c’est finalement la combinaison de toutes ses mutations. Ainsi, on peut difficilement en juger en les prenant individuellement. »
Chute des bourses
Déjà la fièvre s’empare du monde.
Ainsi, le Royaume-Uni a fait part dès hier dans la soirée de sa décision d’interdire l’entrée des voyageurs en provenance de six pays d’Afrique : l’Afrique du Sud, la Namibie, le Lesotho, l’Eswatini (ex-Swaziland), le Zimbabwe et le Botswana.
La Commission européenne, par la voix de sa présidente Ursula von der Leyen a également proposé de suspendre les vols depuis l’Afrique australe. L’Allemagne et l’Italie ont également annoncé ce vendredi matin refuser à court terme les voyageurs étrangers en provenance d’Afrique du Sud.
Notons également, que ce matin, les bourses du monde enregistrent de forte baisse (- 3 %, par exemple, à Paris).
La France temporise puis suit le mouvement
Ce matin, Gabriel Attal déclarait que la France déciderait « dans les tous prochains jours » et qu’il ne fallait pas oublier que l’on sait aujourd’hui peu de chose sur ce mutant.
Moins de 3 heures plus tard, face à la montée de l’inquiétude à travers le monde, le gouvernement a décidé de suspendre les vols en provenance de 7 pays d’Afrique australe, ceux déjà visés par la Grande-Bretagne plus la Namibie.
En outre, les personnes ayant voyagé au cours des 14 derniers jours dans l’un de ces pays sont invitées à se signaler aux autorités et à réaliser dans les meilleurs délais un test de dépistage RT-PCR.
Seules les surveillances génomiques et épidémiologiques permettront de savoir si l’inquiétude qui s’empare du monde ce vendredi est ou non justifiée.
F.H.
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Covid-19 : ce que l’on sait du nouveau variant baptisé Omicron, qui pousse l’Europe à fermer ses frontières
Plus contagieux que le variant Delta, selon les scientifiques sud-africains, ce nouveau variant inquiète la communauté scientifique et les gouvernements, qui commencent à fermer leurs frontières aux vols en provenance d’Afrique australe. Article rédigé par
France TélévisionsPublié le 26/11/2021 18:02Mis à jour le 26/11/2021 19:39 Temps de lecture : 6 min.
A peine identifié, il fait déjà grand bruit. Le nouveau variant B.1.1.529, qui devrait être nommé prochainement Omicron (la 15e lettre de l’alphabet grec) par l’OMS, a été détecté en Afrique du Sud en début de semaine. Il inquiète les autorités scientifiques car, selon les premières études menées sur lui, il est plus contagieux que le variant Delta qui sévit actuellement en Europe.
Submergé par une cinquième vague, le Vieux continent est déjà redevenu l’épicentre de la pandémie et craint une éventuelle arrivée de ce variant sud-africain. Le ministre de la Santé, Olivier Véran, en déplacement à Brest (Finistère) vendredi 26 novembre, invite « tous les ressortissants qui sont arrivés en France en provenance des pays d’Afrique australe au cours des deux dernières semaines à contacter sans tarder les autorités sanitaires – l’Agence régionale de santé, le médecin, le pharmacien – afin qu’ils puissent bénéficier sans délai d’un test PCR et que, si nécessaire, des mesures d’isolement puissent être mises en place », rapporte BFMTV.
Franceinfo revient sur ce que l’on sait de ce nouveau variant.
Il semble plus contagieux
Sa présence a été identifiée dans la province du Gauteng, où sont situées Pretoria et Johannesburg, les deux plus grandes villes d’Afrique du Sud. C’est sur des prélèvements effectués sur des personnes contaminées et collectés entre le 14 et le 22 novembre que ce nouveau variant a été formellement identifié, rapporte l’Institut national des maladies transmissibles (NICD) sur son site (en anglais). Le ministère de la Santé sud-africain ainsi que l’Organisation mondiale de la santé ont été prévenus dans la foulée.
Ce variant présente un nombre « extrêmement élevé » de mutations et « nous pouvons voir qu’il a un potentiel de propagation très rapide », a déclaré le virologue Tulio de Oliveira, de l’institut de recherche Krisp, adossé à l’université du Kwazulu-Natal, lors d’une conférence de presse en ligne chapeautée par le ministère de la Santé sud-africain. « Certaines mutations sur le profil génétique de ce variant peuvent toucher la protéine Spike qui est la clé d’entrée du virus dans l’organisme », a détaillé le ministre de la Santé français, Olivier Véran, vendredi, à Brest.
Sa résistance aux vaccins est inconnue
Ces deux caractéristiques − nombreuses mutations et grande transmissibilité − mettent la communauté internationale en alerte. En Afrique du Sud, « les cas détectés et le pourcentage de tests positifs augmentent rapidement, en particulier dans le Gauteng, le Nord-Ouest et le Limpopo », a détaillé le NICD. Ces deux particularités peuvent potentiellement rendre le variant dominant. Comme cela a été le cas avec le variant Delta découvert en Inde et qui, selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), a réduit à 40% l’efficacité des vaccins contre la transmission de la maladie.
Bien qu’il soit encore trop tôt pour connaître la réelle efficacité des vaccins existants contre ce nouveau variant, les scientifiques sud-africains se disent préoccupés par la capacité du virus à « contourner certaines parties de notre système immunitaire », a déclaré un autre chercheur de l’équipe, le professeur Richard Lessells. Quant à la gravité des symptômes que le virus pourrait provoquer, « nous n’avons pas, à date, de connaissance sur la pathogénicité de ce variant parce qu’il n’y a que peu de cas encore », a souligné Olivier Véran, à Brest.
Il a été détecté au Botswana, à Hong Kong et en Israël
Depuis le séquençage de ce nouveau variant, « vingt-deux cas positifs ont été enregistrés » en Afrique du Sud, a répertorié le NICD le 25 novembre. Mais au fur et à mesure que les laboratoires analysent les tests Covid reçus, ils « confirment davantage de cas ». Au Botswana voisin, quatre personnes ont ainsi été identifiées comme étant infectées par le variant dans le courant de la semaine.
Des voyageurs infectés ont été signalés dans le monde. A Hong Kong, un cas a été identifié. La personne revenait d’un voyage en Afrique du Sud. Le journal Les Echosparle d’une deuxième personne qui aurait été contaminée dans des circonstances qui restent à définir. Cette seconde contamination par le nouveau variant n’a pas été confirmée officiellement pour l’instant.
Un cas a aussi été détecté en Israël, a annoncé vendredi le ministère de la Santé israélien dans un communiqué. « Il s’agit d’une personne revenue du Malawi », a précisé le ministère, disant craindre « deux cas supplémentaires de personnes revenues de l’étranger » et placées en isolement. Ces trois personnes étaient vaccinées contre le Covid-19, a révélé le ministère de la Santé israélien, sans toutefois préciser le nombre de doses ou le type de vaccin.
Il a aussi été identifié en Belgique
Le ministre de la Santé français, Olivier Véran, a assuré que ce nouveau variant sud-africain « n’a pas été diagnostiqué en Europe » pour le moment. « Et nous ne voulons pas être amenés à [le] diagnostiquer sur le territoire national et européen, ne serait-ce tant qu’on n’en sait pas plus sur sa dangerosité », a-t-il souligné. Il a également assuré que tous les passagers du dernier vol en provenance d’Afrique australe qui a atterri vendredi matin à Paris avant la fermeture des frontières ont été testés.
Peu de temps après la prise de parole d’Olivier Véran, un cas du nouveau variant a été identifié en Belgique. « On a un cas qui est maintenant confirmé de ce variant. Il s’agit de quelqu’un qui venait de l’étranger. Qui a été testé positivement le 22 novembre. Qui n’était pas vacciné », a détaillé le ministre de la Santé belge, Frank Vandenbroucke, lors d’une conférence de presse. Ce cas fait partie des deux échantillons suspects qui étaient en cours d’examen et pouvaient être potentiellement liés à ce variant, a expliqué Marc Van Ranst, virologue à l’université de Louvain, au quotidien Het Laatste Nieuws (article en néerlandais).
Il pousse l’Europe à se fermer à l’Afrique australe
La Commission européenne a proposé, vendredi, de suspendre les vols en provenance d’Afrique australe, plus précisément d’Afrique du Sud, du Lesotho, du Botswana, du Zimbabwe, du Mozambique, de la Namibie et de l’Eswatini (le nouveau nom du Swaziland). « La situation est en train d’évoluer très vite, nous voulons nous assurer de faire le maximum pour ralentir la diffusion de ce variant », a assuré un porte-parole de la Commission. Plusieurs pays, notamment le Royaume-Uni, l’Allemagne, l’Italie et la France, ont déjà réagi en interdisant les voyageurs venant d’Afrique australe.
Il est surveillé de près par l’OMS
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) déconseille pour l’instant de fermer les frontières, car elle estime qu’il faudra encore quelques semaines pour comprendre le niveau de transmissibilité et de virulence du nouveau variant B.1.1.529.
En attendant, l’OMS suit « de près » ce nouveau variant et se réunit vendredi pour déterminer sa dangerosité, a expliqué Christian Lindmeier lors d’un point de presse régulier des agences de l’ONU. « Il nous faudra quelques semaines pour comprendre l’impact de ce variant. Les chercheurs travaillent pour mieux comprendre les mutations et ce qu’elles pourraient signifier en termes de transmissibilité ou de virulence du variant, et quels pourraient être les effets sur les outils de diagnostics, les traitements et les vaccins », a-t-il précisé.
C’est dans l’actu
Covid-19 : face au nouveau variant baptisé Omicron, l’Europe et la France se calfeutrent
La France et le Royaume-Uni ont suspendu les vols depuis la région d’Afrique australe où l’inquiétant variant B.1.1.529 a été détecté. Un premier cas a été signalé ce vendredi en Belgique.
Des voyageurs arrivant à l’aéroport Paris Charles de Gaulle (illustration)
AFPM.R. avec AFPPublié le 26/11/2021 à 12:48, mis à jour à 19:39
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Le Sept
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Le dénommé B.1.1.529 n’est pas le bienvenu en Europe. Son profil de « super-variant » – il serait porteur selon les premières analyses d’une trentaine de mutations de sa protéine Spike, ce qui laisse supposer une résistance aux vaccins contre le Covid-19 – inquiète les autorités sanitaires du continent. Un cas a été signalé ce vendredi en Belgique, une première en Europe.
Ce nouveau variant du Covid, détecté pour la première fois en Afrique australe, a été classé ce vendredi « préoccupant » par les experts de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), et baptisé « Omicron ». « Variant préoccupant », ou « variant of concern », est également la catégorie des variants Alpha (initialement identifié en Grande-Bretagne), Bêta (initialement identifié en Afrique du Sud) et Delta (initialement identifié en Inde, actuellement majoritaire).
L’OMS a, vendredi, appelé à la prudence, et rappelé que l’analyse de la nouvelle souche du Covid-19 prendrait du temps. Elle a en outre déconseillé de prendre des mesures de restriction aux voyages. L’application L’ExpressPour suivre l’analyse et le décryptage où que vous soyezTélécharger l’app
Trop tard. Les expériences de propagation rapide vécues avec les dangereux variants Alpha à l’hiver dernier et Delta, au printemps, poussent les États à agir vite. Le Royaume-Uni a été le tout premier à interdire les vols en provenance d’Afrique du Sud et cinq autres pays voisins à compter de ce vendredi midi. LIRE AUSSI >> Covid-19 : B.1.1.529, ce variant au profil (très) inquiétant repéré en Afrique
Vendredi soir, la Commission européenne a recommandé aux 27 pays de l’Union européenne de suspendre les voyages en provenance de la région d’où vient Omicron. « Les Etats membres se sont entendus pour imposer rapidement des restrictions sur tous les voyages vers l’UE en provenance de sept pays de la région d’Afrique australe : Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Afrique du Sud, Zimbabwe », a tweeté Eric Mamer, porte-parole de la Commission européenne. Certains de ses pays membres, dont la France, avaient déjà pris les devants.
France, Pays-Bas, Allemagne, Italie…
La France a emboîté le pas du Royaume-Uni, ce vendredi, en prononçant la suspension immédiate des arrivées en provenance de sept pays d’Afrique australe : l’Afrique du Sud, le Lesotho, le Botswana, le Zimbabwe, le Mozambique, la Namibie et l’Eswatini. « Les personnes ayant voyagé au cours des quatorze derniers jours dans l’un de ces pays sont invitées à se signaler aux autorités et à réaliser dans les meilleurs délais un test de dépistage RT-PCR », a ajouté le bureau du Premier ministre à Matignon.
Les Pays-Bas ont également interdit les vols de cinq pays d’Afrique australe. En Allemagne, seuls les citoyens allemands seront autorisés à rentrer d’Afrique du Sud à partir de vendredi soir, et à condition de respecter une quarantaine de quatorze jours, même s’ils sont vaccinés, a annoncé le ministre sortant allemand de la Santé Jens Spahn. « La dernière chose dont nous avons besoin maintenant, c’est l’introduction d’un nouveau variant qui cause encore plus de problèmes », a-t-il justifié. LIRE AUSSI >> Le Covid-19 disparaîtra-t-il un jour ? Quatre scientifiques nous répondent
L’Italie a enfin, elle aussi, interdit ce vendredi son territoire à toute personne ayant séjourné en Afrique australe « au cours des 14 derniers jours ».
Dans le monde, en Asie, Singapour a annoncé une interdiction similaire à celle du Royaume-Uni à compter de dimanche, sauf pour ses ressortissants et résidents. Le Japon sévit également. Les personnes arrivant d’Afrique australe à partir de samedi seront soumises à une quarantaine de dix jours dans un lieu choisi par le gouvernement. Ils devront se soumettre à un test de Covid à leur arrivée au Japon, et à trois autres durant cette quarantaine. Drastique. Au fil de la journée, d’autres pays comme le Maroc ou les Philippines ont annoncé suspendre les vols.
Un préjudice pour l’Afrique du Sud
Réagissant à la seule restriction londonienne dans un premier temps, le gouvernement sud-africain a dénoncé une décision « hâtive ». « Notre préoccupation immédiate est le préjudice que cette décision va causer aux industries du tourisme et aux entreprises des deux pays », a poursuivi la ministre sud-africaine des Affaires étrangères Naledi Pandor dans un communiqué. « Certaines réactions sont injustifiées », a ensuite déclaré le ministre de la Santé Joe Phaahla lors d’une conférence de presse dans la soirée. « Certains dirigeants cherchent des boucs émissaires pour résoudre un problème qui est mondial », a-t-il poursuivi évoquant « des réactions instinctives de panique ».
Les craintes liées à ce nouveau variant, décelé à un moment où les restrictions sanitaires suscitent des tensions sociales et où la défiance envers la vaccination persiste, ont fait chuter les prix du pétrole et entraîné de fortes baisses des bourses mondiales. La Bourse de Paris a clôturé, vendredi soir, en très forte baisse de 4,75%. Quant à la Bourse de New York, elle a connu sa plus forte chute de l’année, à 2,53%.
« Un variant inquiétant identifié en Afrique du Sud »
Date de publication : 26 novembre 2021 Le Figaro Libération
Marc Cherki constate en effet dans Le Figaro que « le variant Delta, responsable de 99% des nouveaux cas en France et de la majorité des nouvelles infections dans le monde, ne semble plus faire la loi en Afrique du Sud. Un nouveau variant, nom de code B.1.1.529, y connaît une progression très rapide, même face au très contagieux Delta ».
Joe Phaahla, ministre de la Santé sud-africain, a annoncé que « depuis une dizaine de jours nous avons constaté une nette hausse des cas et depuis 5 jours, la croissance est devenue exponentielle, en particulier chez les jeunes. […] Plus de 80% des 1200 nouvelles infections quotidiennes enregistrées le 23 novembre proviennent de la région de Gauteng ».
Marc Cherki précise qu’« il s’agit de la partie la plus peuplée du pays, avec notamment les villes de Pretoria et de Johannesburg ».
Le journaliste note ainsi que « le pays est en état d’alerte face au Covid. Et 2 des 7 centres de surveillance de l’épidémie en Afrique du Sud […] ont enchaîné les études pour identifier le nouveau variant du Sars-CoV-2. Une centaine de séquençages de son code génétique ont été réalisés, dont 77 sur des prélèvements en Afrique du Sud et 4 au Botswana voisin. […] Le même variant a aussi été détecté sur une personne arrivée à Hongkong, en provenance d’Afrique du Sud ».
« Les chercheurs ont trouvé plus de 30 mutations sur sa protéine Spike, les pics qui hérissent sa surface. D’après sur ce qui est connu sur d’autres souches, certaines des mutations pourraient rendre le virus plus infectieux, accroître son taux de transmissibilité et le rendre plus résistant aux vaccins et aux traitements par anticorps », relève Marc Cherki.
Le Pr Tulio de Oliveira, virologue et bio-informaticien au Krisp, un centre de surveillance en Afrique du Sud, fait savoir : « Nous attendons dans les prochains jours un nom grec pour ce nouveau variant ». Il s’agira probablement de la lettre « nu » ».
Mehdi Derhourhi, bio-informaticien à l’université de Lille et chercheur au CNRS, indique pour sa part que ce variant « porte au moins trois mutations d’inquiétudes. L’une (N501Y) est portée par les variants Alpha (anglais), Bêta (sud-africain) et Gamma (brésilien). Une autre qui avait été repérée sur un variant mutant du variant Delta (E484A). Et une troisième qui renforce l’infection et augmente la transmission (P681H), et qui est portée également par les variants Alpha et Êta. Mais ce qui fait la dangerosité d’un variant c’est finalement la combinaison de toutes ses mutations. Ainsi, on peut difficilement en juger en les prenant individuellement ».
Libération remarque également : « Potentiellement très contagieux et aux mutations multiples, un nouveau variant du Covid-19 a été détecté en Afrique du Sud, qui voit les signes d’une nouvelle vague de pandémie. Ce variant baptisé B.1.1.529 présente un nombre «extrêmement élevé» de mutations et «nous pouvons voir qu’il a un potentiel de propagation très rapide», a déclaré […] le virologue Tulio de Oliveira ».
Le quotidien ajoute qu’« à ce stade, les scientifiques sud-africains ne sont pas certains de l’efficacité des vaccins existants contre la nouvelle forme du virus », puis relève que « l’OMS a déclaré «suivre de près» ce nouveau variant et doit se réunir vendredi pour déterminer sa dangerosité ».
Libération explique notamment qu’« à ce jour, 22 cas ont été signalés, touchant principalement des jeunes, selon l’Institut national des maladies transmissibles (NICD). […] Après l’annonce de l’Afrique du Sud, le Royaume-Uni a indiqué interdire l’entrée aux voyageurs en provenance de 6 pays d’Afrique. Tous les vols en provenance d’Afrique du Sud, de Namibie, du Lesotho, d’Eswatini, du Zimbabwe et du Botswana seront suspendus à compter de vendredi ».
« Selon les scientifiques, le nouveau variant B.1.1.529 présente au moins 10 mutations, contre deux pour le Delta », ajoute le journal. Maria Van Kerkhove, responsable technique de l’OMS pour le Covid-19, a observé : « Le souci, c’est que lorsque vous avez autant de mutations, cela peut avoir un impact sur la façon dont le virus se comporte. Il nous faudra quelques semaines pour comprendre l’impact de ce variant sur tout vaccin potentiel »
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