Publié le 21/08/2021
Vague épidémique de Covid-19 chez les non vaccinés : attention aux chiffres
Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-De-Grâce
Une nouvelle fois, le Professeur Dominique Baudon nous apporte des précisions et remets en quelque sorte « les pendules à l’heure » sur certaines définitions et données chiffrées en matière de couverture vaccinale, de taux d’incidence et de contagiosité du variant delta. Et bien sûr, il revient sur les stratégies qui lui semblent s’imposer.
Redéfinir la couverture vaccinale
La couverture vaccinale (CV) est la proportion de la population vaccinée contre la Covid-19.
A partir des statistiques de l’Insee (1), et à partir des données de Santé Publique France (SPF du 17 août 2021), nous pouvons avancer les chiffres suivants :
(Les sujets dits « vaccinés » étant ceux qui ont reçu les deux doses du vaccin / M=million) :
- Parmi les sujets de 50 ans et plus, 16 % ne sont pas vaccinés (2,9 M) et 23,8 M sont vaccinés, soit une couverture vaccinale (CV) de 84 %.
- Chez les sujets de 18 à 49 ans, 40 % ne sont pas vaccinés (9,6 M) et 14,4 M sont vaccinés (CV de 60 %).
- Enfin, 78 % des 12 à 17 ans ne sont pas vaccinés, soit 4,6 M ; 1,3 M sont vaccinés (CV de 22 %).
Au total, au 17 août 2021, dans la population cible de la vaccination (56,6 M de sujets de 12 ans et plus), nous estimons à 39,5 M le nombre de sujets vaccinés et à 17,1 M les sujets non vaccinés.
A noter que nos calculs aboutissent, sur la population de sujets vaccinés, au même nombre que celui publié par SPF le même jour (39,4 M).
Par contre la proportion de sujets vaccinés calculée par SPF, soit 59 % de la population (39,4M /67 M) ne nous paraît pas pertinente. Le pourcentage devrait être donné par rapport à la population cible définie dans la stratégie de vaccination, celle de 12 ans et plus (56,6 M) ; on obtient alors une couverture vaccinale de 69,8 % (39,4 / 56,6)
Le taux d’incidence des cas n’est pas ce qu’il semble être
Le taux d’incidence TDI est défini, selon SPF, comme le nombre de cas positif (RT PCR ou tests antigéniques) sur 7 jours pour 100 000. Il était pour la période 10-16 août de 242,3 p 100 000 (162 338 cas + pour 67 M)
J’ai déjà critiqué l’utilisation de ce taux pour suivre la dynamique de l’épidémie dans une précédente tribune (1), car il est lié au nombre de tests réalisés ; ce TDI englobe à la fois les malades de la Covid-19 mais aussi les porteurs asymptomatiques du virus.
Avec la stratégie du Passe sanitaire, le nombre de tests réalisés quotidiennement a explosé faisant ainsi « artificiellement » augmenter le TDI. Je donne un exemple : le 15 août 2021, 27 498 tests positifs ont été déclarés (806 401 tests réalisés dont 3,41 % de positifs). Le 17 juillet, 17 151 tests positifs avaient été déclarés (410 312 tests dont 4,18 % de positifs). Si le 15 août, il n’avait été pratiqué que 410 312 tests r (comme le 17 juillet), avec 3,41 % de tests positifs, le nombre de cas déclarés aurait été de 13 991, soit une baisse de 42 % par rapport au nombre déclaré le 17 juillet !
Pour juger de l’évolution de l’épidémie avec un variant delta très contagieux, il faut rapporter le nombre de cas, non pas à la population totale (67 M), mais à la population susceptible d’être infectée.
Je propose la formule simple suivante pour estimer l’importance de cette population :
Population à risque d’être infectée = Population totale – population immunisée par la maladie ou par l’infection
Nous connaissons le nombre de sujets vaccinés (39,4 M ayant reçu 2 doses) ; sachant que le taux d’efficacité des vaccins utilisés en France est de l’ordre de 95 %, on peut estimer le nombre de sujets immunisés par la vaccination à 37,5 M. Il est très difficile d’estimer le nombre de sujets immunisés par l’infection à SARS-CoV2. Selon SPF, 6,5 M de personnes ont été infectées (cas positif à la RT PCR ou au test antigénique) ; il y en a probablement beaucoup plus mais nous garderons ce chiffre pour notre formule. Nous pouvons donc estimer la population immunisée à 44 M (37,5 + 6,5) et en conséquence la population à risque d’être infectée à 23 M (67 M – 44 M)
Ainsi, le TDI, rapporté à la population à risque d’être infectée, n’est pas de 243,3 p 100 000, mais de 691 p 100 000 (162 338 cas+/ 23M), soit presque 3 fois supérieur. Cela confirme l’extrême contagiosité du variant delta.
Des conséquences en termes de stratégie de lutte
Les objectifs de la campagne de vaccination avaient été rappelés par le Premier Ministre lors de sa conférence de presse du 7 janvier 2021 : « faire baisser la mortalité et les formes graves dues à la Covid 19, protéger les français et notre système de santé, cela en toute sécurité ». L’objectif principal était de « vacciner d’abord les plus vulnérables » (3).
Avec le variant delta, la population vulnérable, à risque d’être hospitalisée et/ou de décéder, reste toujours la même (population de plus de 50 ans avec comorbidité(s), population avec comorbidité(s) quel que soit l’âge). La stratégie de vaccination qui a aussi pour objectif de diminuer la circulation du virus permettra certes d’atteindre cet objectif, et il faut la soutenir. Mais elle doit être mieux modulée et mieux ciblée.
Selon nos calculs, il y a encore 23 M de sujets non immunisés (chiffre probablement sous estimé) ; parmi eux, comme calculé plus haut, près de 3 millions de sujets de 50 ans et plus ne sont pas encore vaccinés, dont près de 1 M chez les plus de 70 ans.
Le 22 juillet l’assurance maladie estimait que « Plus de cinq millions de personnes souffrant de comorbidités n’étaient pas encore vaccinés contre la Covid-19 dont « près d’un million de plus de 75 ans » ».
Ainsi, la priorité devrait être celle de vacciner les sujets à risque susceptibles de saturer les services de réanimation, avant d’envisager, comme certains le demandent, la vaccination des enfants.
L’objectif ne doit pas être de vacciner la population pour protéger les sujets à risque non vaccinés, mais d’abord de vacciner tous les sujets à risque.
Pour cela, il faut « aller au devant » des personnes qui ont des difficultés à se déplacer, particulièrement les personnes âgées, les personnes en situation précaire, les personnes isolées…
L’assurance maladie doit être le moteur pour identifier les personnes à risque, et, à la demande des médecins, leurs fournir la liste de leurs patients à risque non encore vaccinés.
Le gouvernement réfléchirait à une vaccination obligatoire ; cela ne devrait alors concerner que les sujets de 50 ans et plus (par exemple) et toutes les personnes à risque.
RÉFÉRENCES
(1) https://fr.statista.com/statistiques/472349/repartition-population-groupe-dage-france/
(2) Tribune JIM.fr publié le 6.01.2021-Circulation du SARS-CoV-2 : le nombre de tests positifs quotidiens est un mauvais critère.* https://www.jim.fr/medecin/jimplus/tribune/e-docs/circulation_du_sars_cov_2_le_nombre_de_tests_positifs_quotidiens_est_un_mauvais_critere_185921/document_edito.phtml?reagir=1#article-reactions
Publié le 06/01/2021
*Circulation du SARS-CoV-2 : le nombre de tests positifs quotidiens est un mauvais critère
Le nombre quotidien de nouveaux cas positifs de la Covid-19 (tests RT-PCR et tests antigéniques) témoigne de la circulation du virus SARS-CoV-2. C’est l’indicateur principal et très médiatisé utilisé par le gouvernement pour moduler la stratégie de lutte contre la Covid 19. Je souhaite montrer que cet indicateur n’est pas fiable. Pour pouvoir comparer les chiffres entre eux, il faudrait que le nombre de test réalisés soit le même chaque jour.
Le 29 décembre, près de 12 000 nouveaux cas de contamination (tests positifs) ont été enregistrés en 24 heures, un nombre largement au-dessus de l’objectif de 5 000 fixé comme un des critères pour lever le confinement.
Entre le 4 et le 29 décembre 2020 (Données SPF-Base Si-DEP), le nombre de nouveaux tests positifs quotidiens (moyennes sur 7 jours glissants) a fluctué entre 9512 (le 26/12) et 18 311 (le 22/12), la moyenne s’établissant à près de 10 000 par jour. On ne peut en fait comparer ces chiffres entre eux car le nombre de tests réalisés n’est pas constant. Il a été au maximum pendant cette période de 504 313 (le 24/12) et à un minimum de 165 418 (le 4/12), avec une moyenne d’environ 380 000 tests réalisés par jour (hors dimanche où les chiffres sont normalement plus bas).
Le pourcentage de tests positifs est le bon indicateur, car il permet les comparaisons.
En présentant les résultats sous forme des pourcentages de tests positifs, les données sont ainsi présentées : entre le 4 et le 29 décembre, la proportion de tests positifs parmi l’ensemble des tests réalisés par jour a fluctué entre 2,9 % (le 29/12) et 6,2 % (le 4/12), la moyenne s’établissant à 3,9 % par jour. Rappelons que ce pourcentage était de 15,3 % le 3 novembre.
Les pourcentages, eux, peuvent être comparés et sont plus fiables que le nombre de tests positifs. Ils ne cessent de baisser depuis novembre passant de 15,3 % à 2,9 % le 29 décembre. Pourquoi ne pas communiquer sur ces données très positives ?
Pour montrer l’absence de fiabilité de l’indicateur « nombre de cas positifs quotidiens », il suffit, par une simple opération mathématique, avec les chiffres disponibles, de calculer les résultats si le nombre de tests quotidien avait été constant, par exemple de 100 000 par jour ou de 300 000 par jour. Avec 100 000 tests par jour, le confinement aurait été levé car la moyenne sur les 4 derniers jours aurait été de 3000 cas positifs ; avec 300 000 tests par jour, on aurait eu près de 9000 cas positifs par jour.
Les résultats des campagnes de dépistage qui ont été faites dans 4 villes et agglomérations françaises, ont été un véritable échec ; s’il y avait eu un dépistage massif, il y aurait eu naturellement un nombre de test positifs très augmenté ce qui aurait encore plus élevé le nombre de test positifs et donc la communication du gouvernement en faveur d’un renforcement de la lutte.
Une ineptie épidémiologique
J’aimerais savoir qui a fixé ce seuil de 5000 pour éventuellement lever le confinement ; en terme épidémiologique c’est une ineptie car le nombre de tests faits par jour varie. Après les fêtes de fin d’année, il faut s’attendre à une diminution du nombre de sujets souhaitant se faire dépister. Il va y avoir naturellement une baisse du nombre de tests quotidiens positifs.
En conclusion, le seuil de « 5000 » semble être un outil politique qui permet au gouvernement de justifier ses choix. Il suffit pour lui de promouvoir des dépistages massifs pour maintenir ce seuil au-dessus de 5000.
J’ai été étonné qu’il n’y ait eu aucune discussion ou critique par les médias et les « experts scientifiques » sur la fiabilité de ce seuil.
Pour moi, deux indicateurs principaux permettent de suivre l’évolution de l’épidémie (circulation du virus) : le pourcentage de tests positifs et le nombre quotidien de cas de malades. Les données fournies par les hôpitaux (Saturation de la réanimation; pourcentage de lits occupés par les malades de la Covid 19), le nombre de décès (milieu hospitalier, EHPADs, domiciles) montrent l’impact de cette circulation du virus. C’est tout cela qui doit être pris en compte pour moduler la stratégie de lutte contre l’épidémie.
Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-de-Grâce en épidémiologie et santé publique, biologiste des Hôpitaux
Publié le 30/01/2021
**Comment évaluer la stratégie de la vaccination contre la Covid-19 ?
La campagne de vaccination a été lancée fin décembre en France. Comme le rappelle le professeur Dominique Baudon dans cette tribune, pour évaluer l’efficacité de la stratégie de vaccination, et éventuellement la corriger, il importe d’en fixer les objectifs précis, d’utiliser des indicateurs fiables, et d’avoir une communication gouvernementale claire et transparente.
Des objectifs précis : vacciner d’abord les plus vulnérables
Les objectifs de cette campagne de vaccination ont été rappelés par le Premier Ministre lors de sa conférence de presse du 7 janvier 2021 : faire baisser la mortalité et les formes graves dues à la Covid 19, protéger les français et notre système de santé, cela en toute sécurité.
La stratégie initialement définie par le Gouvernement en décembre était celle recommandée par la Haute Autorité de Santé (HAS) ; elle prévoyait de vacciner les personnes les plus à risques, selon un calendrier bien défini en cinq phases. La première concernait les résidents en établissements en particulier les Établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (EHPADs) et les Unités de soins de longue durée (USLD), soit environ 750 000 personnes ; l’objectif était d’obtenir rapidement un effondrement de la mortalité puisque près de 45 % des décès enregistrés lors de l’épidémie (Données HAS fin décembre) proviennent de ces établissements, et en conséquence d’éviter la saturation hospitalière. L’objectif pouvait être atteint puisque la France disposait de près de 1,5 millions de doses (vaccin Pfizer BionTech) pour le mois de janvier. La seconde phase prévoyait d’étendre la vaccination aux plus de 75 ans, puis aux personnes de 65 à 74 ans, ainsi qu’à certains personnels soignants ; elle concernait environ 15 millions de personnes qu’il fallait selon le Premier Ministre « vacciner le plus vite possible ». Enfin, trois autres phases sont prévues pour la vaccination de la population le moins à risque : les 18 ans et plus.
La HAS, lors de l’élaboration de la stratégie n’a pas suffisamment pris en compte les contraintes logistiques, en particulier pour la mise en œuvre de la vaccination dans les EHPADs et USLDs ce qui explique la lenteur du démarrage.
Ces difficultés logistiques ont conduit le gouvernement à modifier l’objectif initial en élargissant la population cible à vacciner (31 décembre avec les Personnels de santé de plus de 50 ans, puis les personnels pompiers – 18 janvier, les plus de 75 ans), et pour cela à déployer des Centres de vaccinations (vaccinodromes). Le nouvel objectif fixé et « médiatisé » était celui d’atteindre le million de personnes à vacciner d’ici fin janvier ; il sera atteint et même dépassé, car, hormis pour les EHPAD, les USLD et les personnes âgées vivant à domicile, la logistique est plus simple à mettre en œuvre puisque ce sont les sujets qui viennent à la vaccination.
Des indicateurs d’efficacité fiables : morbimortalité et circulation du virus
Il est bien sûr nécessaire et fondamental de mettre en place une évaluation de l’efficacité de la vaccination à travers des indicateurs fiables concernant le nombre de cas, le nombre de décès, mais aussi évaluant la « performance logistique ».
Des indicateurs classiques sont déjà utilisés pour évaluer la morbidité et la mortalité liées à la Covid 19 : le nombre de décès quotidiens, le pourcentage de lits d’hospitalisation occupés par des malades de la Covid, le nombre de lits de réanimation occupés par ces malades, le nombre d’arrêts maladies liés à la Covid, le nombre d’appels à SOS ou au 15 pour suspicion de la Covid-19..…Ce sont ces indicateurs qui dans un premier temps permettront de montrer l’impact de la vaccination sur la mortalité et le nombre de formes graves.
Parallèlement il faudra continuer à étudier la circulation du virus pour juger de l’efficacité de la stratégie classique (Gestes de protection, couvre-feu et éventuel confinement), puis de l’efficacité éventuelle de la vaccination de masse lorsque toute les populations cibles seront vaccinées.
Le nombre de tests positifs, avec le « fameux seuil de 5 000 », n’est pas un indicateur fiable car il dépend du nombre de tests réalisés ; plus on teste et plus il y a de cas positifs, et inversement. Le pourcentage de tests positifs est un meilleur indicateur pour suivre la circulation du virus ; certes, il n’est pas parfait, car à ce jour, nous n’avons pas la connaissance des pourcentages de malades et de porteurs asymptomatiques parmi les tests positifs. Dans les dépistages de masses, ce pourcentage baisse car beaucoup de sujets asymptomatiques sont détectés.
La charge virale (extraits d’ARN m) peut être étudiée dans les eaux usées ; c’est un bon indicateur de la circulation du virus ; elle peut permettre une adaptation des stratégies selon les zones géo-graphiques.
Évaluer aussi la logistique et les effets secondaires
Certains indicateurs logistiques sont classiques comme le nombre de doses de vaccins utilisés, le nombre de sujets totalement vaccinés, le nombre de doses perdues (gaspillage), la couverture vaccinale (pourcentage de sujets vaccinés) selon les populations cibles, les ressources humaines matérielles et financières mobilisées.
Mais il faut aller au-delà et mettre en place des indicateurs permettant de suivre par exemple les délais d’acheminement des vaccins vers les centres de vaccinations, le suivi de la chaîne du froid, le fonctionnement des centres de vaccination.
L’évaluation des effets secondaires liés à la vaccination est faite à travers les données de pharmacovigilance. Il faudra différencier les effets indésirables liés à la vaccination de ce que j’ai appelé les effets « ping pong ».
Par exemple, dans les EHPADs, la vaccination n’aura pas d’impact sur les autres maladies susceptibles de survenir chez les résidents, souvent atteints de comorbidités. Il y aura malheureusement des décès sans aucune relation avec la Covid 19. Nous avons là un effet ping pong : attribuer à la vaccination (ping) les pathologies et les éventuels décès (pong). L’étude de ces effets secondaires permettra, comme l’a écrit Aurélie Haroche dans une tribune du JIM.fr « d’éviter le poison de la suspicion ».
Enfin, des enquêtes épidémiologiques sur des échantillons aléatoires de la population, conduites par des organismes de recherche ou des DRASS (Direction régionales des affaires sanitaires et sociales), pourraient aussi, dans un deuxième temps, comparer les nombres de tests positifs selon que les sujets aient été ou non vaccinés. Lorsque la situation épidémiologique sera stabilisée, des enquêtes devront évaluer la part des différentes mesures (vaccination, gestes protecteurs, mesures de confinement…) dans la réduction de la mortalité et dans la diminution de la circulation virale. Il faudra aussi mesurer l’impact des mesures de restriction (confinement, fermetures de certains commerces, universités et écoles, reports d’interventions chirurgicales et de traitement de cancer et autres maladies chroniques), sur la santé physique et psychique de la population.
Aller au-delà du nombre de vaccinations par jour
La communication du gouvernement doit être claire et transparente concernant l’évaluation de la stratégie de vaccination en fournissant régulièrement les résultats.
Actuellement cette communication est fondée essentiellement sur le nombre de « vaccinations » réalisées par jour. Il faut aller au-delà et par exemple préciser le nombre de sujets vaccinés (2 doses pour les vaccin ARNm), les pourcentages selon les différentes populations cibles et en particulier selon les populations prioritaires. Il faudra aussi, régulièrement donner les résultats concernant les autres indicateurs que nous avons cités, et en particulier ceux qui évaluent la logistique.
Ainsi la transparence dans la communication permettra d’établir un climat de confiance dans la population vis à vis de nos autorités.
Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-De-Grâce
Voir aussi:
Publié le 03/07/2021
L’éradication du SARS-CoV-2 est impossible…comme pour toutes les zoonoses infectieuses
En dehors de l’hypothèse encore en cours d’investigation d’un accident de laboratoire, il semble que la Covid-19 soit une anthropo-zoonose émergente pour laquelle une éradication n’est pas envisageable. Le Pr Dominique Baudon revient pour nous sur quelques notions souvent oubliées sur ce type de maladies transmissibles, explicite de façon claire les conséquences à court terme de cette constatation sur nos politiques de prévention et évoque quelques pistes de réflexions pour l’avenir.
Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-De-Grâce (le 30 juin 2021)
Concernant la Covid 19, le mot éradication est parfois employé par les médias mais aussi par des scientifiques. Or elle ne peut être réalisée. Nous présentons ci-dessous des définitions utiles pour expliquer et comprendre cette impossibilité.
Définition de l’éradication
L’éradication est la disparition complète et mondiale d’une maladie ; l’agent responsable de sa transmission (virus, bactéries, parasites, champignons) ne circule plus sur la planète. Plus personne ne peut donc être infecté et les mesures de lutte et de prévention peuvent être stoppées. A ce jour, une seule maladie est déclarée éradiquée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), la variole, depuis mai 1980 ; cela explique que la vaccination ne soit plus réalisée. Deux autres maladies virales sont en voie d’éradication, la poliomyélite et la rougeole. Dans ces maladies, l’arme absolue est la vaccination.
La notion de réservoirs d’agents transmissibles (AT), potentiellement pathogène pour l’homme
Le réservoir de l’AT est défini par un écosystème dans lequel il peut survivre et se transmettre. Il y a deux grands types principaux de réservoirs, le réservoir humain et le réservoir animal.
Dans le cas du réservoir humain, l’AT se maintient en circulant entre les individus, le plus souvent porteurs asymptomatiques, parfois développant la maladie ; ainsi, c’est l’homme qui héberge l’AT. Citons par exemple des maladies virales comme la rougeole, la rubéole, la poliomyélite, des maladies bactériennes comme la méningite à méningocoques ou la leptospirose ; il s’agit de maladies dites cosmopolites car pouvant toucher le monde entier.
Dans le cas du réservoir animal, l’agent transmissible est hébergé par des animaux ; il se maintient en circulant entre les animaux, parfois en faisant intervenir un moustique ou d’autres arthropodes. Le plus souvent, la maladie ne s’exprime pas ou peu chez l’animal réservoir grâce à l’efficacité de ses défenses immunitaire. Il peut y avoir une transmission de l’animal à l’homme avec parfois développement d’une maladie ; on parle alors de zoonoses infectieuses.
La chauve-souris est le réservoir naturel de nombreux virus comme par exemple des coronavirus, des souches du virus de la grippe A, du virus Ebola, du virus West Nile, des virus Nipah et Hendra, du virus de Marburg. Les chauves-souris s’échangent le virus entre elles et, par leurs déjections, contaminent l’environnement. Des « hôtes intermédiaires » (singes, antilopes, rongeurs dans le cas du virus Ebola) peuvent être infectés et transmettre le virus à l’Homme.
Dans le cas des coronavirus, différents « hôtes intermédiaires » ont été incriminés. Dans la Covid 19 (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2), le pangolin puis le vison ont été suspectés ; dans le cas du SRAS-CoV-1 (syndrome respiratoire aigu sévère), c’est la civette palmiste qui fait le relais entre la chauve-souris et l’Homme ; pour le MERS-CoV (Middle East respiratory syndrome CoronaVirus), c’est le dromadaire (camélidés).
Dans la borréliose de Lyme (maladie de Lyme), répandue en France, le réservoir est constitué par de très nombreux animaux dont des rongeurs et cervidés. Le relais entre l’homme et l’animal se fait par l’intermédiaire d’une tique (Ixodes ricinus) qui demande des biotopes humides et frais (forêts).
Une maladie dont le réservoir est animal avec une possibilité de transmission à l’homme est donc définie comme une « zoonose infectieuse »: elle ne peut être éradiquée, même si l’on dispose de moyens de lutte très efficace pour traiter et/ou protéger les humains.
L’exemple de la fièvre jaune est emblématique. Le réservoir est constitué par le couple « Singe, moustique (un Aedes) » ; le virus amaril circule entre le singe et le moustique dans un écosystème particulier, les forêts intertropicales d’Afrique et d’Amérique.
Or nous disposons d’une arme très efficace pour nous protéger de la fièvre jaune, la vaccination ; c’est probablement la meilleure des vaccinations car elle protège toute la vie avec une seule injection (dans le cas de la fièvre jaune aucun variant n’est apparu). Mais, même si tous les sujets étaient vaccinés et donc protégés, le virus continuerait à circuler dans son réservoir naturel ; au moindre relâchement dans la stratégie de vaccination, la maladie réapparait ; c’est ce que l’on observe en particulier en Afrique intertropicale avec la présence régulière d’épidémies de fièvre jaune dans les zones où il y a un relâchement de la vaccination.
Qu’en est-il de la Covid 19
Nous possédons en particulier avec les vaccins ARN messagers d’une arme très efficace. Malgré ceci, en supposant que « le monde entier » soit vacciné, le virus continuerait à circuler dans son réservoir animal et pourrait donc réémerger en cas de relâchement ou d’inefficacité (variant) de la vaccination.
L’éradication est donc impossible. Par contre la stratégie de vaccination telle qu’elle est mise en œuvre aujourd’hui permet de diminuer la circulation du virus à un niveau « acceptable » pour minimiser le nombre de cas de maladies et le nombre de décès et éviter une surcharge des services médicaux et hospitaliers ; c’est la stratégie qui est déjà utilisée dans la grippe saisonnière, en ciblant les personnes à risque (personnes âgées, comorbidités).
Affronter les zoonoses émergentes
Les zoonoses infectieuses, la Covid 19 en est une, représentent une menace actuelle et pour les prochaines années. Environ 60 % des agents pathogènes affectant l’humain proviennent d’un réservoir animal et les trois quart des maladies infectieuses émergentes sont des zoonoses qui touchent principalement les zones inter tropicales, surtout l’Afrique et le Sud-Est asiatique ; elles peuvent s’exprimer parfois sous forme de pandémie.
L’Homme a modifié sans y prendre garde beaucoup d’écosystèmes, facilitant l’émergence des zoonoses le plus souvent cantonnées à un espace géographique limité. De plus, le développement du trafic aérien international, l’importance des échanges commerciaux et les déplacements de populations sont des éléments expliquant la diffusion des agents transmissibles. Ainsi, la mondialisation est un facteur favorisant les émergences infectieuses. C’est ce qui explique la pandémie actuelle de la Covid 19.
Cette « éradication impossible » des zoonoses infectieuses doit être prise en compte dans les stratégies de lutte. Le concept « Une santé » (One health) souligne la nécessité d’une collaboration entre médecins et vétérinaires, d’une approche unifiée des santés humaines et animales et des politiques environnementales pour contrôler la diffusion des agents infectieux, affronter les zoonoses émergentes. Il s’agit en particulier de mettre en place des systèmes de surveillance épidémiologique permettant de détecter rapidement les premiers cas, de diffuser mondialement les informations et de rechercher les stratégies les plus efficaces à mettre en œuvre (vaccinations, traitement, mesures de prévention).
Publié le 28/05/2021
L’immunité collective dans la Covid 19 ne pourra être atteinte
L’immunité collective est le Graal qui pourrait nous libérer de cette pandémie. Mais au fil des publications virologiques et épidémiologiques sur le Sars-CoV-2 et ses variants et sur les vaccins mis au point dans le monde cet objectif apparaît comme de plus en plus lointain.
C’est du moins le point de vue que nous expose ici le Pr Dominique Baudon arguments mathématiques, épidémiologique et sociologiques à l’appui.
Par Dominique Baudon, Professeur du Val-de-Grâce
L’immunité collective (IC) dans la Covid 19 est le pourcentage nécessaire de la population immunisée contre le SARS-CoV-2 pour permettre l’arrêt de l’épidémie. Immunité collective ne signifie pas disparition du virus ; dans cette situation, le virus continue à circuler mais à « bas bruit » ; il peut exister encore quelques cas de la maladie, mais le risque épidémique n’existe plus.
Un peu d’arithmétique
La formule donnée par les épidémiologistes pour le calcul de la population à vacciner afin d’atteindre l’IC est : (1 – 1/Ro), R0 étant le taux de reproduction de base (nombre de personnes qu’un porteur du virus contamine au début de l’épidémie pendant la période où il est contagieux, soit en moyenne une semaine). Avec un R0 de l’ordre de 4,5 pour le variant anglais (20I/501Y.V1-lignée B.1.1.7), représentant 79,5 % de l’ensemble des SARS-CoV-2 (1), la formule donne 78 % de la population. Mais Il faut tenir compte de l’efficacité de la vaccination. Elle est de l’ordre de 90 à 95 % pour les vaccins utilisés aujourd’hui en France. La formule devient alors : ( 1 – 1/R0) / 0,95 soit 82 %. A noter que pour un vaccin efficace à 70 %, il faudrait vacciner 100 % de la population.
Il faut aussi tenir compte de la population « naturellement» immunisée (les sujets ayant été, malades de la Covid 19 ou porteurs asymptomatiques du virus). Selon l’Institut Pasteur, la proportion de la population française infectée par le SARS-CoV-2 a atteint 14,9 % au 15 janvier 2021 (2).
On peut cependant estimer que la couverture vaccinale (le pourcentage de sujets vaccinés) donne une bonne estimation du niveau de l’IC ; en effet, conseil est donné aux sujets ayant été dépistés positifs de se faire vacciner (malades ou asymptomatiques). La seule inconnue porterait sur les sujets ayant été porteurs asymptomatiques sans le savoir, car non testés ; mais ces sujets entrent dans la population cible à vacciner.
Est-ce utile d’atteindre l’immunité collective ?
Bien sûr, car dans ce cas la circulation du virus est très faible, avec pour conséquences un effondrement du nombre de malades et en particulier du nombre de sujets devant bénéficier de la réanimation en milieu hospitalier ; enfin le pourcentage de tests positifs, excellent indicateur de la circulation du virus, devient très faible (il était selon Santé Publique France de 3,5 % au 26 mai et a été au maximum de 15,5 % le 30 octobre 2020).
Est- ce réalisable ?
Oui théoriquement aujourd’hui, avec : une logistique opérationnelle efficace (vaccinodromes, vaccinations par les médecins généralistes, les pharmaciens et d’autres professionnels de la santé), un nombre suffisant de vaccins, et la population cible de la vaccination élargie aux sujets de 18 ans et plus. En effet si tous les adultes étaient vaccinés cela représenterait près de 80 % de la population française (3).
Peut-on atteindre cette immunité collective ?
Avec la stratégie de vaccination actuelle, ma réponse est négative et cela pour les deux raisons principales suivantes :
– Il est illusoire de penser que 100 % de la population des 18 ans et plus se feront vacciner. Selon un sondage Opinionway réalisé en mai, seuls 20 % des Français n’auraient pas l’intention de se faire vacciner, contre 30% il y a trois mois (4). Selon l’Académie de Médecine, environ 30 % de la population seraient hésitants à se faire vacciner ou opposés à la vaccination, soit 20 millions (5). Le pourcentage de sujets opposés à la vaccination a cependant diminué depuis le début de la campagne de masse ; il était en effet de 58 % en janvier 2021.
– On estime aujourd’hui que 20 % des sujets de plus de 70 ans pourtant en majorité favorables à la vaccination ne sont pas encore vaccinés ; cela représente environ 1 million de personnes (1,5 % de la population).
Mais est-ce vraiment nécessaire d’atteindre l’immunité collective ?
Si l’on prend comme hypothèse que malgré l’apparition de variants, les vaccins utilisés restent efficaces plusieurs années, l’immunité collective pourra être atteinte dans le temps, en vaccinant chaque année les sujets non encore immunisés et en particulier les sujets de moins de 18 ans (à condition de démontrer l’efficacité des vaccins dans cette tranche d’âge, et d’évaluer le risque d’effets secondaires chez les plus jeunes).
L’hypothèse la plus probable est que des variants contre lesquels la vaccination est inefficace apparaissent (tous les ans ou tous les deux trois ans) ; il faudra alors revacciner la population régulièrement. Il est difficile d’envisager une vaccination de masse touchant la quasi totalité de la population chaque année dans un court laps de temps (problèmes de coût et de faisabilité) ; dans ce cas, il faudra choisir les populations cibles à risque (par exemple les sujets de 60 ans et plus, les sujets de moins de 60 ans présentant des comorbidités, les professions médicales et paramédicales etc…).
Ainsi la stratégie serait comparable à celle de la lutte contre la grippe où l’objectif de la vaccination annuelle est la protection de la population à risque et non l’atteinte d’une immunité collective. Rappelons que pour la grippe saisonnière, avant la Covid 19, il y avait selon les années une épidémie faisant entre 5 à 10 000 morts, parfois plus. Cela, malgré une vaccination avec une efficacité de 70 % (mais ne touchant qu’environ 50 % de la population cible).
Que faire dans la situation actuelle?
Les objectifs principaux aujourd’hui devraient être :
– De vacciner tous les sujets à risque et pour cela « aller chercher » ceux qui ne sont pas encore vaccinés, qui ont de grandes difficultés à se déplacer, qui vivent souvent isolés ou qui sont éloignés du système de santé ; cela, pour ne pas fragiliser le fonctionnement des hôpitaux.
– Il faut une meilleure communication vers les sujets réticents à la vaccination, il faut les inciter à se faire vacciner. Les pays où la campagne de vaccinations est très avancée (par exemple les USA, la Grande Bretagne, Israël, l’Allemagne…) voient le rythme de la vaccination se ralentir et sont confrontés à ce « plafond de verre ». Certains États des USA proposent des incitations sous formes de gratifications ; l’Ohio, par exemple, offre cinq prix d’un million de dollars chacun dans une loterie à laquelle les gens peuvent participer s’ils se font vacciner (6).
D’autres états promettent des sommes d’argent, des bons de réduction et même de la nourriture. C’est la stratégie des « incentives » (7). En France ces incitations ne correspondent pas à notre culture.
On peut espérer que la Passe sanitaire (8) sera un élément très incitatif à la vaccination.
– Enfin Il faut rendre la vaccination obligatoire pour les personnels de santé et tous les professionnels en contact avec les sujets à risque, que ce soit en milieu médical ou à domicile. L’Académie de médecine, dans son dernier communiqué du 25 mai 2021 (5) demande même que la vaccination soit rendue « exigible » pour tous les personnels exerçant des activités essentielles.
Références
(1) https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-13-mai-2021de Santé publique France (SPF), daté du 13 mai 2021
(2) https://www.thelancet.com/public-health Published online April 8, 2021- Publication Nathanaël Hozé et collaborateurs.
(3) https://www.insee.fr/fr/statistiques/2381474
(4) https://www.lemonde.fr/politique/article/2021/05/21/covid-19-les-francais-ont-de-plus-en-plus-confiance-dans-la-vaccination_6080954_823448.html. Publié le 21 mai 2021-Matthieu Goar.
(5) https://www.academie-medecine.fr/wp-content/uploads/2021/05/21.5.25-Obligation-vaccinale-contre-Covid.pdf. Communiqué Académie nationale de médecine 25 mai 2021
(6) Winning Idea: Ohio Vaccine Lottery Shows Some Incentives May Work. https://www.medscape.com/viewarticle/951410
(7) https://www.jim.fr/medecin/jimplus/posts/e-docs/faut_il_payer_les_gens_pour_quils_se_vaccinent__187747/document_jim_plus.phtml. publié le 22/05/2021- Aurélie Haroche
(8) Communiqué de l’Académie nationale de médecine « Certificat de vaccination contre la Covid-19 : un « passe » transitoire pour relancer l’activité du pays et faire adhérer à la vaccination », 29 avril 2021
Voir aussi:
20 Août 2021 – Publié par Bernard Pradines
Limites de l’efficacité vaccinale : savoir lire les chiffres
Extrait de la revue de bibliographie de ce jour :
Morris J. Israeli data: How can efficacy vs. severe disease be strong when 60% of hospitalized are vaccinated? Covid-19 Data Science 2021, posted 17 August. Full text: https://www.covid-datascience.com/post/israeli-data-how-can-efficacy-vs-severe-disease-be-strong-when-60-of-hospitalized-are-vaccinated
Israël : «Il est important d’utiliser les taux d’infection et de maladie (pour 100 000, par exemple) et non les nombres bruts pour comparer les groupes non vaccinés et vaccinés afin d’évaluer la proportion de vaccinés. L’utilisation de comptes bruts exagère l’efficacité du vaccin lorsque la proportion de vaccins est faible et atténue l’efficacité du vaccin lorsque, comme en Israël, les proportions de vaccins sont élevées.
Voir tableau ci-dessous (cliquer dessus pour l’agrandir).
“It is important to use infection and disease rates (per 100k, e.g.) and not raw counts to compare unvaccinated and vaccinated groups to adjust for the proportion vaccinated. Use of raw counts exaggerates the vaccine efficacy when vaccinated proportion is low and attenuates the vaccine efficacy when, like in Israel, vaccines proportions are high.”
/image%2F4556338%2F20210820%2Fob_be710b_morris2021b.jpg)
Santé-Environnement-Politique 