Sept questions-clés sur l’origine de la pandémie de Covid-19
De la quête d’un éventuel hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme aux interrogations sur les travaux menés par l’Institut de virologie de Wuhan, retour sur les sept grandes questions ouvertes sur les débuts de la pandémie de Covid-19.
Par Stéphane FoucartPublié le 07 juin 2021 à 05h45 – Mis à jour le 07 juin 2021 à 12h12
Temps de Lecture 13 min.
Quasi absente du débat public pendant une année, l’hypothèse d’un accident de laboratoire comme origine de la pandémie de Covid-19 est de plus en plus discutée, dans la presse mais aussi dans le monde académique. L’hypothèse d’un « débordement zoonotique » naturel reste à ce jour considérée comme la plus probable par un grand nombre de scientifiques, mais le président américain, Joe Biden, a pris acte des doutes grandissant d’une part de la communauté savante en annonçant, le 26 mai, avoir demandé à ses services de renseignement un rapport circonstancié sur la question.
Si le doute s’est installé, c’est d’abord parce que près de dix-huit mois après le départ de l’épidémie, les recherches menées n’ont pas mis en évidence le plus proche ancêtre du SARS-CoV-2 sur des animaux ayant pu servir de pont entre la chauve-souris et l’homme. Il n’y a toujours pas d’hôte intermédiaire identifié. De plus, de nouveaux éléments distillés sur les réseaux sociaux par des chercheurs indépendants et des anonymes – en particulier réunis dans un collectif informel baptisé « Drastic » –, ont mis en lumière au fil des mois les non-dits et les contradictions des autorités et de chercheurs chinois, de même que l’opacité de certaines recherches conduites à Wuhan. Ces éléments, comme d’autres, soulèvent plusieurs interrogations. Le Monde dresse un tour d’horizon des principales questions ouvertes.
1. Quand l’épidémie de Covid-19 a-t-elle réellement démarré à Wuhan ?
Bien que particulièrement explosif, le communiqué était passé assez inaperçu. Le 15 janvier, aux dernières heures de l’administration Trump, le département d’Etat américain annonçait avoir « des raisons de penser que plusieurs chercheurs du WIV[Institut de virologie de Wuhan] sont tombés malades à l’automne 2019, avant le premier cas identifié de l’épidémie ». Les chercheurs en question, ajoutait le département d’Etat, présentaient « des symptômes correspondant à la fois au Covid-19 et à des maladies saisonnières courantes ». Quatre mois plus tard, le Wall Street Journal obtient l’accès à un rapport des services de renseignement américains et assure, le 23 mai, que « trois chercheurs du WIV sont tombés suffisamment malades, en novembre 2019, pour être hospitalisés ». Le quotidien ajoute toutefois que ses sources portent des appréciations divergentes sur la qualité de l’information.
Cependant, même si elle était avérée, celle-ci ne permettrait pas de conclure à un accident de laboratoire. Car si le premier cas de Covid-19 officiellement recensé à Wuhan remonte au 8 décembre 2019, des doutes subsistent sur une possible circulation du virus, en octobre et novembre, et qui serait demeurée sous le radar. Des scientifiques du WIV tombés malades en novembre auraient ainsi pu contracter la maladie hors de leur lieu de travail.
Comment savoir si le virus circulait déjà à Wuhan en octobre et novembre ? Pour le microbiologiste David Relman (université Stanford, Californie), il est nécessaire pour trancher la question « d’avoir accès aux données individuelles originales, non agrégées, des agences de santé publique et des hôpitaux sur la prévalence et les caractéristiques cliniques de syndromes grippaux à Wuhan et dans d’autres villes chinoises au cours de l’année 2019 ». Il faudrait aussi, ajoute-t-il, un accès aux résultats individuels des tests réalisés sur les personnes atteintes d’un syndrome grippal en 2019 à Wuhan, aux méthodes de test rétrospectif, aux échantillons eux-mêmes, etc. La même transparence, ajoute M. Relman, devrait prévaloir en ce qui concerne les tests conduits sur des animaux, dans des élevages ou au cours de saisies de faune sauvage vendue illégalement.
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Quelle que soit la réalité de la circulation du virus à Wuhan à l’automne 2019, les déclarations des responsables du WIV interrogent la communauté scientifique. « Les docteurs Shi Zhengli et Yuan Zhiming [deux cadres du WIV] ont tous deux déclaré que “tous les membres du personnel ont été testés négatifs pour les anticorps du SARS-CoV- 2” au WIV en mars 2020, écrivent une trentaine de scientifiques et d’observateurs, dans une lettre à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) datée du 30 avril. Or, cette affirmation est statistiquement improbable (moins de 1 chance sur 1 milliard) étant donné que le WIV compte plus de 590 employés et étudiants et qu’environ 4,4 % de la population urbaine de Wuhan a été testée positive à cette époque. »
2. Le virus circulait-il déjà hors de Chine dès l’automne 2019 ?
En Italie, aux Etats-Unis ou en France, des chercheurs ont mené des études sur des eaux usées ou des échantillons sanguins, suggérant que le nouveau coronavirus circulait déjà dans ces pays en novembre 2019, avant que les premiers cas officiels ne soient enregistrés à Wuhan. Ces travaux – en particulier ceux conduits en Italie – sont toutefois accueillis avec scepticisme par certains spécialistes. De ces études, celle qui est considérée comme la mieux conduite a consisté en l’analyse de 9 144 échantillons sanguins prélevés sur des membres de la cohorte « Constances », la plus grande cohorte épidémiologique française. Les auteurs ont conduit des tests sérologiques sur ces échantillons pour y déceler des anticorps neutralisant le SARS-CoV-2 et, selon leurs résultats, le virus circulait sans doute déjà assez largement en novembre sur le territoire métropolitain – à un taux d’environ 1 Français pour 1 000.
Une telle circulation, si tôt, si intense, est toutefois jugée improbable par certains chercheurs. Ceux-ci suspectent des phénomènes d’immunité croisée : les tests sérologiques peuvent en effet générer des faux positifs, en particulier si les sujets ont été infectés par d’autres coronavirus provoquant une réponse immunitaire proche de celle du SARS-CoV-2. « Pour achever de convaincre la communauté scientifique, il faudrait disposer d’échantillons permettant de retrouver le virus lui-même, et non seulement la trace de la réaction immunitaire qu’il aurait provoquée, dit Florence Debarre, chercheuse (CNRS) en biologie évolutive. Seule l’obtention de sa séquence génétique permettrait d’être certain de sa circulation hors de Chine en novembre 2019, ou même avant. »
Cette question est cruciale. Parmi les membres de la cohorte « Constances » présumés positifs au SARS-CoV-2 dès novembre 2019, se trouve une personne ayant séjourné en Chine, en octobre et novembre 2019. Selon une enquête de la cellule investigation de Radio France, diffusée le 26 mars, l’intéressé n’est pas passé par Wuhan. Mais il a notamment séjourné dans le Yunnan, passant à quelque 200 kilomètres seulement des lieux où les plus proches cousins du SARS-CoV-2 ont été prélevés sur des chauves-souris. Selon l’enquête des journalistes de Radio France, il a dormi chez l’habitant et a visité une grotte célèbre – la grotte aux Martinets. A-t-il contracté sans développer de symptômes le SARS-CoV-2 ou un autre virus très proche ? Si sa contamination par le nouveau coronavirus responsable du Covid-19 était avérée, cela plaiderait pour un début de circulation à bas bruit de l’agent pathogène, loin de Wuhan, et mettrait hors de cause le WIV.
3. Qui est vraiment RaTG13, le plus proche cousin du SARS-CoV-2 ?
Le 3 février 2020, les chercheurs du WIV publient dans la revue Nature la description du plus proche analogue au SARS-CoV-2. C’est un coronavirus baptisé « RaTG13 », dont les scientifiques chinois disent qu’ils l’ont prélevé sur une chauve-souris rhinolophe, dans la province du Yunnan, sans plus de précisions sur le lieu. RaTG13 est semblable à 96,2 % au virus responsable du Covid-19 : proche, mais pas assez pour être son ancêtre direct. Environ trente ans à cinquante ans d’évolution naturelle séparent en effet les deux virus.
Le 16 mars 2020, six semaines après la publication de ce proche cousin du nouveau coronavirus, Rossana Segreto, une microbiologiste de l’université d’Innsbruck (Autriche), fait état, sur un forum de virologie, d’une découverte inattendue : un petit morceau du génome de RaTG13 avait déjà été publié en 2016 par les chercheurs du WIV, sur une base de données publique. Le virus portait alors un autre nom de code : RaBtCoV/4991, ou Ra4991. Toutefois, l’intégrité de la séquence publiée en février 2020 est interrogée par plusieurs scientifiques.
Le 12 mai, The Seeker, un compte Twitter anonyme à l’origine de plusieurs informations-clés sur l’affaire, révèle sur les réseaux sociaux trois mémoires universitaires inédits, réalisés au WIV entre 2014 et 2019. L’un d’eux évoque Ra4991. Il dresse un tableau du taux d’identité génétique avec d’autres coronavirus. En se fondant sur cette table, le virologue Etienne Decroly (CNRS) estime qu’il existe une différence d’une dizaine à une quinzaine de mutations entre la séquence publiée en février 2020 par les chercheurs du WIV et celle dont ils disposaient partiellement depuis 2016.
Une vérification indépendante semble improbable. « Les chercheurs du WIV disent qu’ils ne disposent plus de l’échantillon biologique correspondant, il n’est donc plus possible de reproduire le travail de séquençage », explique la généticienne Virginie Courtier (CNRS). Une information importante manquait en outre à l’article de présentation de RaTG13 : le lieu précis de sa collecte.
4. Pourquoi les autorités chinoises interdisent-elles d’accès la mine de Mojiang ?
En 2016, lorsqu’ils évoquent pour la première fois Ra4991 (ou RaTG13) dans la revue Virologica Sinica, les chercheurs du WIV précisent qu’ils ont collecté ce virus, parmi d’autres, dans une mine de cuivre abandonnée du comté de Mojiang, dans le Yunnan. Soit à près de 1 500 km au sud-ouest de Wuhan. Les galeries sont fréquentées par des colonies de chauves-souris et des prélèvements y ont été opérés régulièrement par des chercheurs chinois affiliés au WIV ou à d’autres institutions.
Or, depuis le début de la pandémie, les autorités chinoises ont mis le lieu au secret. Le collectif Drastic a permis l’identification, grâce à l’analyse de photographies satellites, de l’entrée de la mine et, depuis octobre 2020, des journalistes d’Associated Press et de la BBC ont tenté de s’y rendre. Tous ont été empêchés. Filature par des voitures banalisées, routes bloquées par des véhicules prétendument en panne, voire interventions de militaires pour leur barrer la route : tous ont témoigné des moyens importants mis en œuvre pour les empêcher de rejoindre l’entrée des galeries.
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Seul un reporter du Wall Street Journal y est parvenu, mais il a dû pour cela passer discrètement à vélo dans les montagnes, par des chemins de traverse. « Il a ensuite été détenu et interrogé pendant environ cinq heures par la police, qui a effacé une photo de la mine prise avec son téléphone portable, rapporte le quotidien économique dans son édition du 24 mai. Les villageois ont dit au journaliste que les autorités locales les avaient avertis de ne pas discuter de la mine avec des étrangers. » L’une des raisons à cette obstruction des autorités chinoises tient probablement à un événement vieux de près d’une décennie : la pneumopathie sévère contractée par plusieurs ouvriers dans cette même mine, au printemps 2012.
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5. Quelle maladie les mineurs de Mojiang ont-ils contractée au printemps 2012 ?
Le fait est connu de longue date : la revue Science en avait rendu compte brièvement en mars 2014. En avril 2012, six ouvriers travaillant dans les galeries de la mine de Mojiang sont hospitalisés à l’hôpital de Kunming. Ils souffrent d’une pneumopathie sévère, trois en meurent. La version aujourd’hui soutenue par les responsables du WIV et les autorités chinoises est que ces six ouvriers ont contracté une infection due à un champignon pathogène. Cette version est reprise dans les annexes du rapport de la mission commune OMS-Chine, rendu le 30 mars. « Les maladies signalées chez les mineurs s’expliquent plus probablement par des infections fongiques acquises lors de l’élimination d’une épaisse couche de guano », peut-on y lire.
Un champignon pathogène, plutôt qu’un virus, peut-être apparenté au SARS-CoV-2 ?
Deux mémoires universitaires chinois inédits, retrouvés par The Seeker et rendus publics au printemps 2020 sur les réseaux sociaux, contredisent cette version. Le premier, daté de 2013, est un mémoire de master mené à l’hôpital de Kunming, où les six mineurs malades avaient été hospitalisés. Le second, postérieur de trois ans, est une thèse de doctorat conduite sous la supervision de George Gao, l’actuel patron du Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies (Center for Disease Control, CDC).
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Deux chercheurs indiens, Monali Rahalkar (Agharkar Research Institute) et Rahul Bahulikar (BAIF Research Foundation), feront une analyse détaillée de ces documents dans un article publié en octobre 2020 dans la revue Frontiers in Public Health. Le mémoire de 2013 est une étude des six cas cliniques : il indique une forte similarité des symptômes des mineurs avec ceux du Covid-19 ou du SRAS. Il conclut à une infection probable par un ou plusieurs coronavirus de chauve-souris. Quant à la thèse de 2016, elle mentionne l’histoire des mineurs de Mojiang et assure qu’au moins quatre d’entre eux présentaient des anticorps neutralisants (IgG) contre les coronavirus de type SARS.
Les chercheurs du WIV affirment le contraire. Ils reconnaissent avoir reçu treize échantillons sanguins prélevés sur les ouvriers tombés malades, mais disent n’y avoir décelé aucune trace d’infection par un coronavirus de chauve-souris. Là encore, un autre mémoire universitaire chinois inédit, mis au jour le 12 mai par The Seeker, donne une information différente : les chercheurs du WIV auraient, selon ce document, reçu trente échantillons des six mineurs malades, et non treize.
6. Quels virus sont conservés à l’Institut de virologie de Wuhan (WIV) ?
Le nombre et la nature des virus conservés par deux institutions de Wuhan – le WIV et le CDC – sont au cœur de nombreuses interrogations. Celles-ci se cristallisent autour de la disparition de la base de données du WIV indexant les virus, vivants ou sous forme de séquences génétiques, conservés dans les réfrigérateurs ou les ordinateurs de l’institution.
Quand a-t-elle été mise hors ligne ? En ratissant les serveurs chinois, les membres du collectif Drastic ont identifié le système de supervision des bases de données scientifiques maintenues par l’Académie des sciences chinoise : celui-ci indiqueque la base de données en question aurait été débranchée le 12 septembre 2019. Mais les versions divergent. Interrogée en décembre par la BBC, la virologue Shi Zhengli, l’une des responsables du WIV, assurait que la déconnexion n’avait été faite qu’après le départ de l’épidémie, pour des raisons de sécurité, à la suite des attaques informatiques contre le WIV.
Mais la base de données du WIV n’est pas seule à avoir disparu : le bref article décrivant ses principales caractéristiques s’est également volatilisé. Publié à l’été 2019 dans la revue China Science Data (aux côtés de nombreux articles détaillant des jeux de données divers colligés par des chercheurs chinois), il a été supprimé de l’index du journal. Il n’en subsiste qu’une page conservée par un site d’archivage ; son identifiant unique (associé à tout contenu publié dans une revue scientifique) pointe vers une page fantôme. Une disparition qui trahit une volonté de faire disparaître les preuves de l’existence même de la fameuse base de données.
Dans une précision publiée par Nature en novembre 2020, les chercheurs chinois assurent qu’ils n’ont recueilli de la mine de Mojiang, outre RaTG13, que huit autres coronavirus de chauve-souris. Mais là encore, les mémoires universitaires inédits récupérés jettent le trouble. L’un d’eux, en particulier, mentionne au moins un autre coronavirus que les chercheurs du WIV n’auraient pas rendu public.
7. Quels types de travaux étaient en cours au WIV en 2019 ?
Fin 2015, le WIV mettait en émoi une part de la communauté scientifique en copubliant, avec des chercheurs américains de l’université de Caroline du Nord, à Chapel Hill, les résultats d’une étude controversée. Les expérimentations avaient été conduites aux Etats-Unis avec le concours du WIV et ont consisté à créer un virus chimérique adapté aux cellules humaines, à partir d’un coronavirus de chauve-souris.
Pour ce faire, les chercheurs ont infecté des souris transgéniques, modifiées afin d’exprimer le même récepteur ACE2 – la porte d’entrée du virus dans les cellules – que les humains. A l’époque, ces travaux avaient généré des critiques, certains scientifiques estimant que les risques présentés par ces travaux étaient élevés.
Des travaux comparables ont-ils été menés in situ, au WIV, dans les mois qui ont précédé le départ de l’épidémie ? Une note officielle, conservée sur un site d’archivage du Web, détaille le lancement d’un programme de recherche en 2018, financé à hauteur de 250 000 yuans (environ 32 000 euros) et ayant pour objet « l’étude de la pathogénicité de deux nouveaux coronavirus de chauve-souris de type SARS, sur des souris transgéniques exprimant le récepteur ACE2 humain ». Une seconde note du gouvernement chinois exhumée par Charles Small, un autre enquêteur indépendant, suggère en outre que de tels travaux ont été poursuivis en 2019 sur au moins cinq autres virus – sans plus de précisions.
Une partie des réponses se trouve peut-être aux Etats-Unis. Le WIV a en effet reçu des financements des National Institutes of Health (NIH), par le truchement d’une ONG, EcoHealth Alliance. Des parlementaires américains soupçonnent l’institution publique d’avoir ainsi financé des travaux risqués conduits à Wuhan, loin de sa supervision – ce que dément le NIH. Mais selon des mémos confidentiels consultés par Vanity Fair, une part de l’administration américaine semble craindre que l’attention ne soit portée sur les financements américains du WIV. Dans l’un des messages internes cités par le magazine le 3 juin, un haut responsable du département d’Etat enjoint même aux membres de ses services de ne pas pousser l’enquête sur les origines du Covid-19, car cela « pourrait ouvrir la boîte de Pandore ».
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