PUBLIÉ LE PAR MARC GOZLAN
Covid-19 : ce qu’on sait et ce qu’on ignore sur le variant indien
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Après le B.1.1.7 anglais, le B.1.351 sud-africain, le P.1 brésilien, c’est au tour d’un autre variant du SARS-CoV-2, cette fois identifié en Inde, de faire les gros titres de la presse internationale. Depuis quelques semaines, l’Inde connaît en effet une flambée épidémique. Dès lors le rapprochement a été vite fait avec l’émergence de ce nouveau variant, plus connu sous le nom de variant indien et que les virologues et généticiens moléculaires désignent sous l’appellation B.1.617.
La première apparition de la séquence du génome du variant B.1.617 dans la base de données génétiques GISAID remonte pourtant au 5 octobre 2020. Cette séquence a par ensuite été identifiée le 2 février 2021 parmi celles déposées par les généticiens britanniques et le 23 février 2021 par des virologues américains.

Détecté au Royaume-Uni, en Allemagne, en Guadeloupe
Le 22 avril, 686 séquences génomiques du variant B.1.617 avaient été détectées dans le monde, selon le site outbreak.info. À ce jour, le variant B.1.617 a été identifié dans une vingtaine de pays, notamment à Singapour, en Guadeloupe (deux cas*), à Saint-Martin, en Nouvelle-Zélande, au Nigeria, mais également en Australie, Corée du sud, Turquie, Royaume-Uni, Irlande, Belgique, États-Unis, Allemagne, Suisse, Italie, Espagne.
Aujourd’hui, en Inde, deux états sont particulièrement concernés par la diffusion du variant B.1.617 : le Bengale-Occidental (est) et le Maharashtra (centre-ouest).

Mutations dans la protéine spike
Le B.1.617 a rapidement été baptisé par la presse de « double mutant » du fait qu’il possède notamment deux mutations sur la protéine spike (encore appelée protéine S ou spicule) qui sert au virus à se fixer au récepteur ACE2, présent sur les cellules qu’il infecte. Ces deux mutations sont E484Q et L452R.
Elles ne résument cependant pas l’ensemble des modifications de ce variant. En effet, B.1.617 est porteur d’au moins treize mutations résultant par un changement en acides aminés, dont certains ont déjà été décrits dans d’autres variants qualifiés de préoccupants (Variant Of Concern ou VOC en anglais) ou d’intérêt (Variants Of Interest ou VOI en anglais).
La mutation E484Q est différente de la mutation E484K qui, elle, est présente dans d’autres variants, notamment dans les variants brésiliens P.1 et P.2, le variant sud-africain, ainsi que le variant B.1.525, détecté initialement au Nigeria et aux États-Unis. La mutation E484K se traduit par le remplacement de l’acide aminé E (acide glutamique) par l’acide aminé K (lysine). Elle a été associée à une diminution de l’activité neutralisante des anticorps et donc à un échappement immunitaire.
Contrairement à la mutation E484K, on sait en revanche à ce jour peu de choses sur la mutation E484Q qui, elle, remplace l’acide aminé E (acide glutamique) par l’acide aminé Q (glutamine). Publiée le 10 mars 2021 dans la revue Cell Host & Microbe, une étude américaine a montré que la mutation E484Q peut être associée, chez certains individus, à une réduction d’un facteur dix du pouvoir neutralisant des anticorps de patients Covid-19 convalescents.
La mutation L452R, également présente sur la protéine spike du variant indien, entraîne la substitution de l’acide aminé leucine (L) par l’arginine (R). Cette mutation est également présente dans d’autres variants, notamment B.1.429 identifié en Californie. Il a été montré que L452R est, elle aussi, associée à une plus faible neutralisation du virus par le plasma de sujets Covid-19 convalescents ou par des anticorps monoclonaux en laboratoire.
Autre mutation dans la protéine spike de ce variant : P681R. On connaît une autre mutation située au même emplacement mais qui n’implique pas le même changement en acide aminé : la P681H. Cette dernière est présente dans le variant anglais et dans un variant identifié aux Philippines (P.3)**. Cette mutation est située à proximité du site de clivage de la furine au sein de la protéine spike. Le site joue un rôle essentiel lors du processus d’entrée du virus dans les cellules. Cette mutation génétique pourrait donc potentiellement modifier le comportement du virus et se traduire par ce que les biologistes appellent un changement phénotypique, en l’occurrence une augmentation de l’infectiosité du virus.

Il est à noter que le variant indien ne renferme pas la mutation N501Y qui, elle, est présente dans les variants britannique, sud-africain, brésilien, et est associée à une plus forte affinité du virus à se lier au récepteur ACE2 et à une plus grande transmissibilité.
On ignore encore les conséquences de la présence de la quinzaine mutations identifiées dans le variant indien. Plus que tout, on ne sait pas clairement si la flambée épidémique qui sévit actuellement en Inde est ou non liée à B.1.617. En effet, l’envolée actuelle du nombre de cas d’infections par le SARS-CoV-2 en Inde pourrait être associée au variant B.1.617, être la conséquence de grands rassemblements avec abandon ou relâchement des mesures barrières (port du masque, distanciation sociale, lavage des mains), ou encore si elle résulte d’une combinaison de ces deux facteurs.
Une relation de cause à effet entre le variant B.1.617 et la situation sanitaire inquiétante est possible, mais il est impossible de l’affirmer, d’autant que l’on ne dispose aujourd’hui que d’environ un millier de séquences génomiques alors que l’Inde dénombre environ quatre millions de cas de Covid-19 depuis la mi-février.
Jeudi 22 avril, le ministère indien de la santé a fait état de 314 835 nouvelles contaminations, un bilan quotidien qu’aucun pays au monde n’avait jusqu’alors enregistré. Le bilan officiel de l’épidémie en Inde est d’environ 185 000 morts, avec 2 074 décès recensés sur les 24 heures.
Il importe également de souligner, à l’instar du Dr Jeffrey Barrett, directeur de l’initiative génomique Covid-19 du Wellcome Sanger Institute (Cambridge), que dans l’hypothèse où le B.1.617 serait responsable de l’actuelle flambée épidémique en Inde, il se serait donc écoulé plusieurs mois avant que la présence de ce variant ait des conséquences majeures sur le plan épidémiologique. Ceci fait dire à ce spécialiste britannique, que « B.1.617 est probablement moins transmissible que le variant apparu dans le Kent et qui est maintenant dominant au Royaume-Uni ». Il n’avait mis que quelques semaines (entre la mi-octobre et décembre) avant de s’imposer. Selon Jeffrey Barrett, « le variant indien pourrait ne pas être aussi problématique que d’autres variants préoccupants, comme ceux initialement identifiés en Afrique du Sud et au Brésil ».

Environ 70 % des séquences génomiques de SARS-CoV-2 déposées par les chercheurs indiens dans la base de données GISAID correspondent à celles du variant B.1.617. Ceci montre simplement que ce variant circule largement dans les états indiens qui y déposent des séquences génomiques. De fait, la plupart des isolats viraux séquencés en Inde proviennent du Bengale-Occidental et du Maharashtra.
L’importance accordée à ce variant indien doit donc tenir compte de la capacité de séquençage génomique entre régions, qui s’avère très différente d’un état à un autre. De fait, le 24 mars 2021, le ministre indien de la santé a précisé que 15 % à 20 % des coronavirus séquencés provenaient du Maharashtra, région initialement touchée par la seconde vague épidémique. Ce chiffre a depuis augmenté et se situe aujourd’hui à plus de 60 %. On estime qu’en Inde la prévalence globale du variant B.1.617 se situe probablement à 15 %.
Cent-trois cas de variant indien identifiés au Royaume-Uni
Le variant indien a beaucoup fait parler de lui outre-Manche ces derniers jours. En effet, vendredi 16 avril, Public Health England a annoncé avoir identifié 73 cas de Covid-19 associés au variant indien en Angleterre. Quatre cas liés au B.1.617 ont été recensés en Écosse. Le nombre de génomes viraux correspondant au variant B.1.617 a augmenté au Royaume-Uni au cours des trois dernières semaines, passant de 0,2 % à 1 % des génomes séquencés dans le pays.
Trois jours plus tard, lundi 19 avril, Matt Hancock, ministre de la santé britannique, a indiqué que 103 cas associés au variant indien ont été identifiés, précisant que « la grande majorité ont des liens avec les voyages internationaux et ont été détectés par [des] tests à la frontière ».
La notion d’un séjour en Inde a en effet été retrouvée chez la plupart des personnes infectées par le B.1.617. En revanche, d’autres cas ont été rapportés chez des individus n’ayant pas voyagé. Le même jour, le gouvernement britannique a interdit l’entrée au Royaume-Uni des voyageurs en provenance d’Inde, n’autorisant l’accès qu’aux résidents britanniques qui devront observer, à leurs frais, un isolement obligatoire de dix jours dans un établissement hôtelier approuvé par les autorités.
En raison de la situation épidémique actuelle en Inde, les services du premier ministre Boris Johnson ont annoncé, lundi 19 avril, l’annulation d’un voyage prévu fin avril dans ce pays. Le locataire de Downing Street prévoyait déjà se rendre en Inde courant janvier, mais ce déplacement avait été repoussé en raison de l’aggravation de la pandémie de Covid-19 au Royaume-Uni.
La France a, quant à elle, indiqué souhaiter suspendre l’ensemble des vols en provenance d’Inde. Ces vols représentent 1 900 passagers par semaine.
Au Canada, trente-neuf cas du variant indien ont été recensés en Colombie-Britannique. Le 22 avril 2021, un premier cas de variant indien B.1.617 a été identifié au Québec (Mauricie-Centre-du-Québec), selon le ministère de la santé et des services sociaux. Cette personne avait reçu une première dose de vaccin contre la Covid-19. Elle est maintenant rétablie.
B.1.617, « variant à suivre »
Le variant indien est considéré comme un « variant à suivre » (VUI, Variant Under Investigation, en anglais), encore appelé variant d’intérêt. Il a été temporairement désigné VUI-21APR-01. Il n’a donc pas, à ce jour, été qualifié de variant préoccupant (Variant Of Concern). La nuance est d’importance.
On rappelle qu’un « variant à suivre » ou VOI (Variant Of Interest, en anglais) correspond à un variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence, dont la biologie est donc modifiée par rapport à cette dernière. Un VOI est également responsable d’une transmission communautaire, de multiples cas groupés (clusters), ou a été détecté dans de nombreux pays. En revanche, un variant préoccupant (VOC) est défini, par comparaison avec un ou plusieurs virus de référence, par une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l’épidémiologie des infections, une augmentation de la gravité de la maladie Covid-19 ou un changement des symptômes cliniques, ou encore par une diminution de l’efficacité des mesures contrôles (mesures barrières, tests diagnostiques, efficacité médicamenteuse ou vaccinale).
Des expériences sont en cours pour déterminer si B.1.617 mériterait ou pas d’être considéré comme un variant préoccupant. Celles-ci consistent à utiliser des pseudovirus, autrement dit des virus artificiels se comportant comme de « faux coronavirus » car porteurs à leur surface d’une protéine spike renfermant les mutations observées dans le variant indien. Les chercheurs « déguisent » donc des virus en coronavirus pour ce qui est de leur enveloppe. Cela permet d’étudier indirectement l’effet de ces mutations et de contourner la difficulté de ne pas toujours pouvoir disposer d’échantillons biologiques prélevés récemment et contenant le virus actif.
Plasticité du génome viral
La circulation continue du SARS-CoV-2 constitue une opportunité pour le virus d’acquérir, au hasard, des changements génétiques aussi bien dans la protéine spike que dans d’autres régions tout le long de son génome. Ces modifications consistent en la substitution d’un nucléotide par un autre dans la séquence génétique (mutation) ou de la perte de matériel génétique (délétion).
Alors qu’un faible nombre de mutations sont apparues dans le SARS-CoV-2 durant la majeure partie de l’année 2020 (la principale étant la mutation D614G), trois variants majeurs ont depuis été décrits : l’anglais B.1.1.7, le sud-africain B.1.351 et le brésilien P.1. Leur émergence tient sans doute au fait des pressions de sélection immunitaire ainsi qu’à l’évolution du virus chez des patients immunodéprimés présentant une infection prolongée.

Il est très probable que de nouvelles mutations continueront d’émerger dans différentes régions du monde où le virus circule activement et que de tels variants se diffuseront. De fait, outre les trois variants majeurs préalablement cités, d’autres variants, porteurs de mutations sur la protéine spike, ont déjà fait leur apparition, tels que le B.1.526 détecté à New-York, le B.1.429 identifié en Californie, ou encore les B.1.525 et A.23.1 originaires respectivement du Nigeria*** et d’Ouganda. Certains chercheurs redoutent l’émergence d’un nouveau variant issu d’une recombinaison entre les variants anglais et indien.
« C’est en réduisant la propagation du SARS-CoV-2 que l’on a le plus de chance d’éviter de sélectionner des variants d’échappement immunitaire. Cela nécessitera une stratégie mondiale, coordonnée et complète, de vaccination et de prévention », déclarent Kevin McCormick, Jana Jacobs et John Mellors de l’université de Pittsburgh (Pennsylvanie) dans une mise au point récemment publiée dans Science et consacrée à la plasticité émergente du génome du SARS-CoV-2.
Selon eux, un déploiement partiel de la vaccination et donc une immunisation incomplète des individus, qui entraînent des taux d’anticorps neutralisants sous-optimaux, pourraient favoriser la sélection de variants d’échappement, ce qui réduirait l’efficacité des vaccins.

Indispensable séquençage génomique
Ces chercheurs estiment qu’il est capital d’accroître, dans le monde entier, les capacités d’analyse génotypique et phénotypique, qui décrivent la carte d’identité génétique et les propriétés biologiques du virus, pour détecter et caractériser les variants circulants du SARS-CoV-2 qui pourraient émerger sous l’effet de la pression de sélection exercée par le système immunitaire lors l’infection naturelle ou après vaccination.
« La propagation explosive du SARS-CoV-2 dans le monde devrait servir d’avertissement sévère quant à la possibilité que de nouveaux variants compliquent davantage le contrôle de la pandémie. Les fabricants de vaccins évaluent actuellement de potentiels vaccins contre les variants circulants, en même temps que des anticorps monoclonaux à plus large spectre sont en développement. Ces approches proactives seront probablement nécessaires pour assurer le contrôle et l’élimination de la pandémie », concluent-ils.
Marc Gozlan (Suivez-moi sur Twitter, Facebook, LinkedIn)
* Le variant indien a été détecté chez deux voyageurs en provenance d’Inde et en transit par la Guadeloupe, mais aucun cas autochtone n’a été identifié en France à ce jour, indique Santé publique France
** Le variant P.3, qui aurait émergé aux Philippines, a été détecté en Norvège, Allemagne, Royaume-Uni, Japon, Australie, Nouvelle-Zélande.
*** Le variant B.1.525, porteur de la mutation E484K, a été détecté initialement au Nigeria et aux États-Unis et sporadiquement en France jusqu’à présent.
Pour en savoir plus :
Deng X, Garcia-Knight MA, Khalid MM. et al. Transmission, infectivity, and neutralization of a spike L452R SARS-CoV-2 variant. Cell. Published:April 20, 2021. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.025
McCormick KD, Jacobs JL, Mellors JW. The emerging plasticity of SARS-CoV-2. Science. 2021 Mar 26;371(6536):1306-1308. doi: 10.1126/science.abg4493
Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al. Comprehensive mapping of mutations in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human plasma antibodies. Cell Host Microbe. 2021 Mar 10;29(3):463-476.e6. doi: 10.1016/j.chom.2021.02.003Sur le web :
COVID-19 : point épidémiologique du 22 avril 2021 (Santé publique France)
Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2 (Santé publique France, 21 avril 2021)
SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC)
Covid-19 : le variant indien détecté en Belgique chez des étudiants passés par la France et vaccinés
Les étudiants, qui avaient eu un test négatif au départ et à l’arrivée, auraient pu être contaminés lors de leur voyage en bus entre l’aéroport de Paris et la Belgique.

Par Le Parisien Le 22 avril 2021 à 22h04
Le variant indien, qui plonge l’Inde dans la crise, « est probablement déjà en France », disait mercredi l’infectiologue Karine Lacombe. Elle ne s’est peut-être pas trompée : arrivés d’Inde dans les dernières semaines, et passés par Paris, plusieurs étudiants se sont révélés positifs à ce variant du Covid-19. Au total, 20 étudiants indiens ont été testés positifs au nouveau variant et placés en quarantaine dans les villes flamandes d’Alost et Louvain.
Selon plusieurs experts, ils auraient été victimes d’un « super contaminateur », peut-être au sein même de leur groupe, lors du trajet en bus qui les a amenés de la région parisienne en Belgique. « Ces étudiants respectent un isolement strict depuis leur arrivée. 20 des 43 étudiants sont à ce jour infectés par le variant indien », a tweeté le microbiologiste Emmanuel André, de l’université catholique de Louvain.
Un super-spreading event a eu lieu durant le voyage vers la Belgique d’un groupe d’étudiants infirmiers en provenance d’Inde. Ces étudiants respectent un isolement strict depuis leur arrivée. 20 des 43 étudiants sont à ce jour infectés par le variant « Indien ».— Emmanuel André (@Emmanuel_microb) April 22, 2021
Le virologue Marc Van Ranst, autre expert belge très en vue dans la crise, a expliqué à une radio flamande que le groupe avait atterri à Roissy le 12 avril, et que cinq jours plus tard plusieurs étudiants étaient tombés malades, avec des symptômes du virus. « Un super contaminateur les a infectés dans le bus puisque les premiers étudiants sont tombés malades cinq jours plus tard, le 17 avril », a-t-il expliqué, selon des propos rapportés par La Libre.
Des étudiants qui avaient été vaccinés
La quarantaine de ces étudiants se poursuit. « Elle est bien entendu strictement surveillée par la police. Les étudiants ne sont en aucun cas autorisés à quitter leur domicile », a précisé le maire d’Alost, Christoph D’Haese, à l’agence de presse belge Belga. « La police locale surveille la situation et notre équipe de crise suit également les étudiants de près », a signalé de son côté Mohamed Ridouani, le maire de Louvain.
Selon la RTBF, plusieurs de ces étudiants, qui suivent des études en soins infirmiers, avaient été vaccinés avec le vaccin indien et AstraZeneca. « Cela ne semble pas les protéger complètement de l’infection et du développement des symptômes », a observé Marc Van Ranst. La plupart des étudiants contaminés présentent des symptômes bénins, mais aucun n’a été hospitalisé.
Les médias belges, qui révèlent l’information, ne détaillent pas l’itinéraire suivi par les étudiants en France. La RTBF explique que le chauffeur du bus a été testé, mais son résultat est revenu négatif. On ne sait pas non plus si ces étudiants ont eu des contacts avec d’autres personnes lors de leur arrivée en France. Ils avaient dû subir un test PCR dans leur pays avant de prendre l’avion, puis de nouveau un test rapide à leur arrivée à Roissy, d’après les médias belges.
VIDÉO. B.1.617, le variant « double mutant » qui fait exploser l’épidémie en Inde
Ce variant indien inquiète le monde. Il a plongé l’Inde dans une crise inédite depuis le début de la pandémie, avec plus de 200 000 cas par jour. Ce variant, qui est le fruit de plusieurs mutations de la souche du Covid-19, se révèle plus contagieux que les autres variants, sans que l’on sache s’il est plus dangereux ou plus létal. La France a mis en place, à compter de samedi, une quarantaine obligatoire à tous les voyageurs en provenance de l’Inde. Santé publique France, dans son point épidémiologique, ce jeudi, révélait qu’aucun cas du variant indien n’avait déjà été détecté en France métropolitaine.
Covid-19 dans le monde : le variant indien détecté en Belgique, chez des étudiants passés par Roissy
Vingt étudiants indiens ont été testés positifs à ce mutant du SARS-CoV-2. Ils ont été placés en quarantaine dans les villes flamandes d’Alost et de Louvain, où ils étaient arrivés mi-avril.
Le MondePublié hier à 23h07, mis à jour à 08h01
Temps de Lecture 4 min.
La pandémie due au SARS-CoV-2 a fait plus de 3 millions de morts dans le monde depuis que le bureau de l’Organisation mondiale de la santé en Chine a fait état de l’apparition de la maladie fin décembre 2019.
Si les campagnes de vaccination commencent à porter leurs fruits dans plusieurs pays, d’autres doivent faire face à une recrudescence des contaminations. C’est notamment le cas de l’Inde, qui a recensé près de 315 000 nouveaux cas de Covid-19 en l’espace de vingt-quatre heures, soit le bilan le plus élevé jamais enregistré dans le monde sur une seule journée. Dans les hôpitaux de New Delhi, confrontés à une pénurie d’oxygène, la situation est extrêmement tendue.
Cette deuxième vague épidémique est imputée à une « double mutation » du virus, mais aussi au maintien de divers rassemblements de masse, qui ont favorisé les contaminations.
Lire aussi « Please help » : en Inde, les messages désespérés des habitants de New Delhi
- Vingt étudiants testés positifs au variant indien en Belgique
Le variant indien du SARS-CoV-2 a été détecté pour la première fois en Belgique, au sein d’un groupe d’étudiants arrivé ce mois-ci d’Inde via l’aéroport parisien de Roissy, ainsi que l’ont confirmé, jeudi 22 avril à l’Agence France-Presse, les services de Pedro Facon, commissaire du gouvernement belge chargé de la crise sanitaire.
Au total, vingt étudiants indiens ont été testés positifs à ce mutant du SARS-CoV-2. Ils ont été placés en quarantaine dans les villes flamandes d’Alost et de Louvain, où ils étaient arrivés mi-avril pour suivre une formation en soins infirmiers.
Selon plusieurs experts, les étudiants auraient été victimes d’un « supercontaminateur », peut-être au sein même de leur groupe, lors du trajet en bus qui les a emmenés de la région parisienne vers la Belgique.
Le virologue Marc Van Ranst, autre expert belge très en vue pour ce qui concerne la crise, a expliqué à une radio flamande que le groupe avait atterri à Roissy le 12 avril, et que cinq jours plus tard plusieurs étudiants étaient tombés malades, tous présentant des symptômes du Covid-19.Article réservé à nos abonnés Lire aussi Covid-19 : B.1.617, le variant indien qui commence à inquiéter les scientifiques
- Face à la crainte du variant indien, plusieurs pays prennent des mesures
Les Emirats arabes unis ont annoncé qu’ils allaient suspendre tous les vols en provenance d’Inde à partir du 25 avril pour une durée de dix jours. Cette période « pourra être prolongée », a précisé l’Autorité générale de l’aviation civile. Les voyageurs arrivant d’Inde et transitant par un autre pays devront quant à eux rester dans ce pays tiers au moins quatorze jours avant de rejoindre les Emirats.
Le Canada a également décidé de suspendre, pendant trente jours, les vols en provenance de l’Inde et du Pakistan en raison d’une hausse des cas de Covid-19 chez des passagers arrivant de ces deux pays. Cette interdiction, qui entre en vigueur dès jeudi soir, ne concerne pas les vols de fret, a précisé le ministre des transports, Omar Alghabra.
La France a de son côté durci les restrictions d’entrée sur le territoire des voyageurs en provenance de cinq pays (Brésil, Chili, Afrique du Sud, Argentine et Inde) en raison du risque sanitaire que font courir les variants. Les passagers concernés feront l’objet d’une quarantaine « de dix jours », indépendamment des résultats des tests auxquels chacun sera tenu de se soumettre, au départ du pays ainsi qu’à l’arrivée.
Le Royaume-Uni avait également restreint, lundi, les vols en provenance d’Inde, les cantonnant à ses seuls résidents, après que 103 cas de ce variant ont été confirmés sur son territoire.Lire aussi Covid-19 : ce que l’on sait et ce que l’on ignore sur le variant indien
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