Publié le 19/04/2021
Face aux variants, la France renforce les contrôles aux frontières
Paris, le lundi 19 avril 2021
– Les voyageurs en provenance d’Afrique du Sud et de plusieurs pays d’Amérique latine seront soumis à une quarantaine obligatoire à leur arrivée en France.
« Le virus ne connait pas les frontières » avait déclaré Emmanuel Macron le 27 février 2020, au tout début de la crise sanitaire. Une affirmation qui s’est rapidement heurté au principe de réalité, tant les contrôles aux frontières semble être l’une des méthodes les plus efficaces pour lutter contre la propagation de l’épidémie. A l’heure où les variants sud-africain et brésilien du Sars-Cov-2 constituent une des principales menaces pour la santé publique, la France a donc décidé de renforcer ses contrôles aux frontières.
Le gouvernement a ainsi annoncé ce dimanche que de nouvelles restrictions allaient s’appliquer aux voyageurs en provenance d’Afrique du Sud, d’Argentine, du Chili et du Brésil mais aussi aux personnes se rendant de Guyane vers les Antilles où la métropole. Seuls seront autorisés à se rendre en France depuis ces pays les citoyens français et leurs familles ou les étrangers résidant en France. A l’embarquement, les passagers devront présenter un test PCR négatif de moins de 36h (contre 72h précédemment) ou un test PCR négatif de moins de 72h et un test antigénique de moins de 24h. A leur arrivée en France, ces passagers devront également se soumettre à un test antigénique.
Isolement obligatoire de 10 jours à partir de samedi prochain
Mais le principal changement annoncé par Matignon ce dimanche est la mise en place d’une quarantaine obligatoire pour toutes les personnes en provenance de ces pays. Cet isolement devra durer 10 jours, avec des horaires de sortie limités. Cet isolement pourra s’effectuer soit à domicile, soit dans un hôtel prévu à cet effet. Le gouvernement a promis que la police et la gendarmerie effectueront des contrôles renforcés pour s’assurer que les voyageurs respectent l’isolement. En cas de violation de la quarantaine, les contrevenants s’exposeront à une amende de 1 500 euros, montant amené à 3 000 euros en cas de récidive.
Si les autres mesures entrent en vigueur dès ce lundi, l’isolement obligatoire ne sera mis en place qu’à partir de ce samedi 24 avril, le temps pour le gouvernement de prendre un décret sur la base duquel les préfets pourront prendre des arrêtés préfectoraux d’isolement individuel pour chaque passager. En attendant, les vols en provenance du Brésil restent suspendus, mais pas ceux provenant du Chili, d’Argentine et d’Afrique du Sud. Matignon a justifié cette différence de traitement par le fait que la circulation des variants dans ces pays n’était pas aussi inquiétante qu’au Brésil. Le gouvernement a également expliqué qu’il était possible que l’isolement obligatoire des voyageurs soit étendu à d’autre pays dans les prochains jours.
La France s’était pour le moment refusée à toute mesure d’isolement obligatoire. Les personnes en provenance de l’étranger autorisés à entrer sur le territoire ne devaient jusqu’alors que s’engager sur l’honneur à respecter une quarantaine, mais sans aucune contrainte ou contrôle.
D’autres pays ont eu moins de scrupule. Ainsi au Royaume-Uni, depuis janvier dernier, tous les étrangers mais aussi les résidents britanniques en provenance de certains pays (notamment ceux d’Amérique du Sud) sont soumis à un isolement obligatoire de 10 jours. L’isolement à l’hôtel se fait aux frais du voyageur et peut être facturé jusqu’à 1500 livres (soit 1700 euros).
Quentin Haroche
Publié le 19/04/2021
Variant brésilien : jusqu’ici tout va bien, mais il n’est pas inutile d’anticiper !
Paris, le lundi 19 avril 2021
– Le défaut d’anticipation, en dépit d’alertes précoces sérieuses, apparaît comme le trait majeur de la gestion de la crise sanitaire en France. Les exemples ont été multiples. Le séquençage en est un parmi d’autres. Alors que dès le printemps dernier, certaines voix se sont élevées pour déplorer une activité de séquençage du SARS-CoV-2 très inférieure en France à celle d’autres pays, c’est dans un certain mouvement de panique que la prise de conscience semble avoir réellement conduit au début de l’année à la mise en place d’un véritable processus de diagnostic. Si aujourd’hui le retard semble en partie comblé, le séquençage continue à pêcher par un défaut d’anticipation. C’est ce que constate dans les colonnes du Journal du Dimanche, le virologue, Jean-Michel Pawlotsky (CHU Henri-Mondor, AP-HP) coordinateur d’une des quatre plateformes de séquençage du SARS-COV-2. « La France, qui ne faisait pas beaucoup de séquençage, a réussi en quelques semaines au début de l’année à se doter d’un système de surveillance national efficace et bien organisé. Surveiller ne suffit pas, encore faut-il donner l’alerte au bon moment : le variant anglais a été découvert dans le Kent en septembre, mais l’inquiétude n’a émergé que pendant les fêtes, bien trop tard », observe-t-il.
Protégé par le variant britannique !
C’est également semble-t-il le sens de l’avis du Conseil scientifique publié hier et consacré au variant BR-P1, également dénommé B.1.1.248 et plus connu sous le nom de variant brésilien. Jusqu’ici tout va bien, confirme le Conseil scientifique qui note « Actuellement, aucun signal d’une évolution particulière du variant BR-P1 n’a été observé à ce jour. En effet, il est présent en toute petite quantité en France (…) autour de 0,3 % des nouvelles infections au 30 mars 2021. Au total, la détection de ce variant en France métropolitaine est marginale ». Pourtant, dès son titre le Conseil scientifique invite à mettre en place dès aujourd’hui les solutions permettant « d’anticiper l’été ». L’hypothèse du Conseil scientifique est en effet qu’actuellement la France soit en « partie protégée actuellement par la présence du variant UK », mais note « Un risque d’extension du variant BR-P1 doit être pris en compte durant l’été 2021, si on observe une baisse du variant UK et une couverture vaccinale avec les vaccins à ARNm en hausse, mais à un niveau encore insuffisant ».
Des données très parcellaires sur l’échappement immunitaire
Au-delà de cette orientation globale, le Conseil scientifique tente de faire le point sur les connaissances concernant le variant brésilien et relève les nombreuses zones d’ombre qui persistent.
Il conclut ainsi que son niveau de transmission bien élevé serait néanmoins « moins élevé que le variant UK » et indique encore « On ne sait pas encore s’il est plus létal ». En effet, les signaux inquiétants concernant la mortalité venant du Brésil pourraient être liés aux faibles capacités hospitalières du pays. Concernant les réinfections, le Conseil scientifique tempère également : « Probablement 15-30 % des cas à Manaus seraient des réinfections. Toutefois, les données de séroprévalence sont très discutables, ayant probablement conduit à surestimer la réelle circulation des virus historiques. Il faut considérer qu’il restait un fort potentiel pour la diffusion du virus, et que seulement pour une petite part d’entre eux, il y a eu des cas de réinfection ».
A propos, en outre, de l’échappement immunitaire du variant face aux vaccins, le Conseil scientifique signale que sur ce point, le variant dit Sud-Africain (SA) pourrait devoir susciter une inquiétude plus importante : « Le variant BR-P1 présente un risque d’échappement immunitaire comme le variant SA, mais a un moindre niveau. En effet, parmi les mutations d’échappement que ces deux virus présentent, le variant SA en a au moins une de plus, ce qui en fait celui qui présente le plus grand risque, supérieur au BR-P1. Ces données sont essentiellement in vitro fondées sur l’étude de la réponse humorale (anticorps) mais concernant la réponse cellulaire (induite également par les vaccins), Il semble que la protection croisée entre les différents variants reste excellente ».
Gare au Suriname
Ces différentes incertitudes ne doivent pas empêcher de se préparer. Le Conseil plaide en France métropolitaine pour une optimisation du séquençage. Concernant le contrôle des frontières, il approuve les mesures prises par le gouvernement (suspension des vols, suivie d’une quarantaine et d’une limitation des voyages aux ressortissants français et aux personnes vivant en France). Il attire cependant également l’attention sur le fait que «l’aéroport d’Amsterdam est une plateforme commune à KLM et Air France avec le lien particulier avec le Suriname » (pays qui a une frontière avec la Guyane). Enfin, il invite à « Anticiper l’arrivée possible du variant BR-P1 à l’été dans les précommandes de vaccins ciblés sur les nouveaux variants qui pourraient être disponibles à l’automne, en particulier avec Moderna ».
Renforcer les mesures en Guyane dès aujourd’hui
Des préconisations particulières concernent par ailleurs la Guyane où le variant brésilien est d’ores et déjà majoritaire. Là encore, l’amélioration du séquençage s’impose. Mais le Conseil scientifique insiste également sur la nécessité d’une progression de la vaccination (la couverture est aujourd’hui inférieure à 5 %) et estime que les frontières avec le Brésil devraient demeurer fermées. Il encourage également à des procédures strictes entre la Guyane et les Antilles. Enfin, même si l’incidence est beaucoup plus faible aujourd’hui en Guyane, qu’en métropole, le Conseil scientifique recommande un couvre-feu avancé à 17h et un confinement le dimanche.
Un taux de mutation assez faible
Bien que partageant le plus souvent les prescriptions du Conseil scientifique, certains spécialistes font cependant remarquer que la fermeture des frontières ne saurait être présentée comme seul rempart efficace. Ils rappellent en effet que l’émergence de variants est loin d’être uniquement liée aux échanges internationaux mais également liée à une forte circulation virale, à laquelle peut également s’ajouter une pression de sélection liée à une vaccination en progression mais non majoritaire. Enfin, de plus en plus de voix appellent à ne pas céder une nouvelle fois à la panique concernant les variants. Jean-Michel Pawlotsky, interrogé sur le risque d’une multiplication de mutations mettant systématiquement en échec les vaccins, relève : « Nous sommes nombreux à ne pas y croire. Ce virus a un répertoire de mutations limité : ce sont un peu les mêmes qui apparaissent partout, dans des ordres différents. La technologie des vaccins à ARN messager va permettre de les adapter très rapidement. L’idée est de surveiller les nouveaux variants, d’identifier les mutations préoccupantes afin de les introduire dans ces vaccins pour fabriquer une dose de rappel ». De fait, si aujourd’hui les variants inquiètent beaucoup, le génome de SARS-CoV-2 est relativement stable pour un virus à ARN en raison de la présence d’une « enzyme correctrice ». Ainsi, la fréquence des mutations de SARS-CoV-2 est bien inférieure à celle des virus de la grippe.
Aurélie Haroche
Publié le 13/04/2021
Le variant brésilien : nouvelle menace sur l’Europe et la France
Paris, le mardi 13 avril 2021
– La situation épidémique française est préoccupante. La tension hospitalière est très élevée (114,8 % des lits [théoriques] de soins critiques sont occupés par des patients atteints de Covid) et beaucoup craignent que les signes encourageants observés ces derniers jours ne conduisent qu’à un nouveau plateau élevé. Néanmoins, certains veulent garder l’espoir que dans les prochaines semaines, l’effet combiné de la fermeture des classes et des autres mesures de freinage, de la diminution des déplacements, de l’intensification de la vaccination et des beaux jours permettent au moins une accalmie. Mais beaucoup se montrent bien plus préoccupés des conséquences d’une nouvelle menace : le variant dit brésilien.
P1 et P2
Derrière ce terme vernaculaire de variant brésilien, se cache le variant 20J/501Y.V3 ou encore P1. Ce dernier a provoqué une flambée épidémique majeure à Manaus en décembre 2020 et a été identifié pour la première fois à l’échelon international chez des voyageurs japonais de retour du Brésil au tout début de cette année. P1 est très proche de P2, qui pour sa part sévit dans l’état de Rio de Janeiro et a été repéré par une équipe brésilienne en octobre dernier. P1 et P2 sont tous deux issus du variant B1.1.128 qui était la souche dominante au Brésil en février 2020. On relèvera encore que P1 ne cesse de muter. « On en est à 17 mutations jusqu’à présent, c’est beaucoup et c’est ce qui peut expliquer que c’est si transmissible » explique au micro de Radio France internationale (RFI), Miguel Nicolelis ancien président du comité anti-Covid de la région brésilienne du Nordeste. La particularité de P1 (qui est un « variant d’intérêt » qui est l’objet d’une surveillance active en Europe et en France) est d’être porteur des mutations E484K (à l’instar du variant sud-africain) et N501Y. La première expliquerait sa capacité à échapper aux anticorps « naturels » voire vaccinaux et la seconde, qu’il partage avec le variant dit britannique, lui confère potentiellement une plus grande transmissibilité.
Virulence et transmissibilité : des données à confirmer
Cependant, pour l’heure, beaucoup des informations concernant le variant brésilien ne sont pas consolidées et reposent sur des observations limitées. Il est tout d’abord décrit comme plus pathogène que la souche « historique » qui circulait en Europe ou que le variant britannique et susceptible d’entrainer des formes graves chez des sujets plus jeunes. De fait, selon l’Association brésilienne des soins intensifs, en mars, 52,2 % des patients covid positifs en soins intensifs dans les hôpitaux brésiliens étaient âgés de moins de 40 ans, contre 14,6 % au début de la pandémie. La mortalité aurait par ailleurs progressé de 193 % chez les moins de 45 ans. Cependant, cette évolution pourrait s’expliquer pour partie par la vaccination des plus âgés (même si le taux de vaccination est très faible au Brésil, autour de 4 %), par des comportements « à risque » plus fréquents qu’en Europe chez les jeunes et par la forte part de la population de moins de 40 ans au Brésil (comparativement à nos populations vieillissantes européennes, mais cet argument a une portée limitée compte tenu de la progression de la part de jeunes hospitalisés en réanimation). On notera à cet égard que concernant le variant britannique, qui avait un temps été suspecté de présenter une virulence accrue, des travaux récents publiés dans The Lancet infirment cette intuition première.
La transmissibilité de P1 serait également plus importante. Là encore, les données ne sont pas consolidées. Des travaux en cours de publication et disponibles sur MedRxiv (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.21252554v1) suggèrent une transmissibilité 1,4 à 2,2 fois plus importante qu’avec la souche originelle.
Vers une troisième dose ?
Autre zone d’incertitude : son niveau d’échappement à l’immunité naturelle et vaccinale. Pour Benjamin Davido (hôpital Raymond Poincaré de Garches), il s’agit de la préoccupation principale. « Ce qui le distingue vraiment du Britannique est sa capacité d’échappement immunitaire. En clair, alors qu’on sait que la vaccination marche très bien sur le mutant anglais, on voit une perte de protection avec les variants brésilien et sud-africain » signale-t-il interrogé par BFM-TV. Vincent Thibault, chef du service de virologie du CHU de Rennes interrogé par Ouest France refuse cependant d’être alarmant. Se reposant sur une étude à paraître dans Cells, le 29 avril, il indique concernant les capacités des vaccins Pfizer et Moderna vis-à-vis des nouveaux variants : « Il faut cinq à dix fois plus d’anticorps vaccinaux pour neutraliser le variant brésilien que la souche originelle. C’est 100 fois plus pour le sud-africain. Le variant anglais est lui relativement bien neutralisé ». Dans ce cadre, la piste pourrait être d’effectuer un rappel vaccinal. « Ce qu’il faut voir, c’est l’efficacité du vaccin dans la durée. Peut-être qu’au début, le niveau d’anticorps est suffisant, mais qu’il décroît au fil du temps. D’ailleurs, Pfizer travaille sur une troisième dose » note ainsi dans Le Parisien, Olivier Schwartz, directeur de l’unité virus et immunité de l’Institut Pasteur.
Quel risque pour la France ?
Si on le voit, les inconnues sont encore très nombreuses concernant le variant brésilien, la vigilance s’impose quoi qu’il en soit. Aujourd’hui, le variant brésilien circule très faiblement dans notre pays. Sur la semaine 13 (29 mars-4 avril), sur l’ensemble des tests criblés (43 % de tous les tests positifs) 4.2% correspondaient au variant sud-africain ou brésilien. Le variant brésilien, seul, représenterait 0.1% des souches détectées en mars 2021. « Aujourd’hui, le variant brésilien est quasiment inexistant, aux alentours de 0,5 %, selon notre dernière enquête Flash » complète le professeur Lina. Sa présence, dans le monde est également faible, il est retrouvé dans 4,95 % des tests positifs faisant l’objet d’un criblage. Cependant, ces résultats pourraient être biaisés par le fait que les pays qui pourraient être les plus touchés (en Amérique du Sud notamment) ont des capacités de séquençage potentiellement plus modestes.
On retrouve concernant cette question la même diversité habituelle d’opinions des scientifiques « Au début, cela peut paraître anodin, puis il peut monter très vite. Le (variant) brésilien, on le sait, est désormais très bien installé en Amérique du Sud, au Chili, évidemment, mais ça y est, on voit aussi qu’il remonte. Il y a près de 800 cas en Colombie-Britannique, et il arrive aux États-Unis, dans le Massachusetts, en Floride… La leçon à en tirer est que ça peut partir très vite, y compris en Europe! » alerte ainsi dans Le Parisien, l’épidémiologiste Antoine Flahaut. La rapidité de diffusion au Brésil conforte une telle alerte. Aujourd’hui, P1 représente 65 % des nouvelles contaminations contre 22 % début janvier. Le généticien Philippe Froguel confirme : « Le variant anglais court plus vite, il est majoritaire mais les autres sont là. Dans mon laboratoire, ils [les variants brésiliens et sud-africains] représentent deux ou trois échantillons sur 400. Ils circulent en dessous des radars jusqu’au moment où ça explose, après un rassemblement par exemple. »
Mais d’autres se montrent moins préoccupés. Vincent Thibault (chef du service de virologie du CHU de Rennes) considère que le variant P1 n’a « pas d’atout majeur pour supplanter les autres variants qui circulent aujourd’hui. Ma crainte irait plus vers le variant sud-africain qui échappera beaucoup plus à l’immunité naturelle (infection antérieure) ou vaccinale ». Il note encore que la question de sa diffusion est « multiparamétrique. Il faut une bonne symbiose entre l’hôte et le virus. Peut-être que la différence de fond génétique entre un Brésilien et un Français joue aussi». De la même manière, Bruno Lina, remarque dans La Croix : « il s’efface face au variant britannique car il n’a une transmissibilité que de 20 à 30 % supérieure au virus originel, contre 60 % pour le britannique », relève-t-il. Mais quelles que soient leurs divergences, les spécialistes convergent pour signaler que la vigilance doit nécessairement s’exercer, notamment lors des contrôles aux frontières, mais au-delà d’une manière générale car les situations de circulation virale intense (comme actuellement en France) représentent un risque important d’émergence de variants.
Aurélie Haroche
Publié le 29/03/2021
Anglais, sud-africain ou brésilien, les 3 variants qui inquiètent
De multiples variants du SARS-CoV-2 circulent désormais à travers le monde. Trois d’entre eux, classés comme préoccupants par les CDC (Centres de contrôle et de prévention des maladies) sont rapidement devenus dominants dans leurs pays d’émergence : le B.1.1.7 (variant anglais), le 501Y.V2 (variant sud-africain) et le P.1 (variant brésilien). Fin février, le variant anglais était signalé dans 93 pays, le sud-africain dans 45 pays et le brésilien dans 21 pays. Tous ont en commun la mutation N501Y, qui consiste en un changement de l’acide aminé asparagine (N) en tyrosine (Y), en position 501 au niveau du domaine de liaison au récepteur de la protéine S (la fameuse protéine Spike qui permet au SARS-CoV-2 de pénétrer dans les cellules en se liant aux récepteurs ACE-2). Cette mutation augmente l’affinité du domaine de liaison à ces récepteurs, ce qui explique la plus grande contagiosité de ces variants.
Quatre questions se posent face à l’émergence de ces variants : leur effet sur la contagiosité du virus, sur la gravité de la maladie, sur le taux de réinfection (c’est-à-dire sur un éventuel échappement à l’immunité naturelle acquise) et enfin sur un échappement à l’immunité vaccinale.
Les variants plus contagieux mettent en péril les systèmes de soins
Sur la contagiosité, l’on sait déjà que le variant sud-africain, qui représentait 11 % des virus séquencés au cours de la première semaine d’octobre 2020 dans certaines régions d’Afrique du sud, y était retrouvé dans 87 % des séquençages la première semaine de décembre. Il est considéré désormais que sa contagiosité surpasse de 50 % celle des variants préexistants. Quant au variant anglais, son taux de transmissibilité serait augmenté de 43 % à 82 % par rapport aux autres variants préexistants au Royaume-Uni. Les données ne permettent pas de préciser ce point pour le variant brésilien.
En ce qui concerne l’impact du variant sud-africain sur la gravité de la maladie, il n’est pas associé à un taux d’hospitalisation plus élevé, ni à des profils cliniques plus graves. Toutefois, une augmentation de 20 % de la mortalité lors de la deuxième vague en Afrique du Sud a été rapportée. Cette augmentation serait plutôt en lien avec la rapidité de la propagation du virus qui a vite « débordé » le système de soins. Le variant anglais est lui aussi associé à un accroissement de la mortalité au Royaume-Uni qui pourrait être en lien avec une réduction de l’efficacité des traitements par le serum de convalescent et les anticorps monoclonaux.
L’immunité en question
Si le variant anglais ne semble échapper à l’immunité naturelle que dans une faible mesure (diminution de l’activité de neutralisation réduite d’un facteur de 1,5), le variant sud-africain en revanche montre un échappement complet aux anticorps neutralisants dans près de la moitié des sérums de convalescents et les travaux semblent indiquer qu’une infection antérieure par les variants préexistants ne confère qu’une faible protection.
Concernant l’immunité vaccinale, elle apparaît peu compromise en cas d’infection par le variant anglais. Pour le variant sud-africain, l’efficacité vaccinale dépend du type de vaccin. L’activité neutralisante est réduite d’un facteur de 1,6 à 8,6 avec le vaccin chinois et les vaccins à ARNm BioNTech-Pfizer et Moderna mais est très fortement réduite voire annulée avec le vaccin AstraZeneca. L’immunité vaccinale est abaissée aussi avec face au variant brésilien, pour les vaccins à ARNm BioNTech-Pfizer et Moderna (d’un facteur 6,7 et 4,5 respectivement). La traduction clinique de cette baisse de l’activité neutralisante des vaccins, sur les formes modérées à sévères de la Covid-19, n’est pas encore clairement démontrée, mais les essais semblent bien indiquer que l’efficacité des vaccins est réduite en cas d’infection par le variant sud-africain, variable toutefois selon les pays.
Récemment 2 autres variants, B.1.427 et B.1.429 ont été détectés en Californie, avec une contagiosité supérieure de 20 % à celle des variants préexistants et ont eux aussi été classés comme préoccupants par les CDC.
Le développement d’une nouvelle génération de vaccins qui produiraient une activité neutralisante plus large contre les variants actuels et futurs est maintenant une priorité. En attendant, la suppression de la réplication virale par les mesures sanitaires et une distribution équitable des vaccins paraît cruciale pour éviter l’émergence de nouveaux variants.
Dr Roseline Péluchon
RÉFÉRENCES
Abdool Karim SS et coll. : New SARS-CoV-2 Variants — Clinical, Public Health, and Vaccine Implications.
N Engl J Med., 2021, publication avancée en ligne le 24 mars. DOI: 10.1056/NEJMc2100362
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