B.1.617, le « double mutant » indien qui commence à inquiéter les scientifiques

Découvert en octobre 2020 dans le centre de l’Inde, ce variant du coronavirus résulte de quinze mutations d’acides aminés et s’est déjà répandu sur tous les continents. 

Par Guillaume Delacroix(Bombay, correspondance)

Publié aujourd’hui à 05h07, mis à jour à 10h16  https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/04/19/b-1-617-le-double-mutant-indien-qui-commence-a-inquieter-les-scientifiques_6077245_3244.html

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Politiques ou scientifiques, les autorités indiennes démentent toutes que l’envolée actuelle de l’épidémie de Covid-19 observée dans le sous-continent soit due au variant indien du nouveau coronavirus. Il y contribue, mais le manque de données laisse planer un doute sur sa prévalence.

Repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur, la ville située au centre géographique de l’Inde, le « double mutant », comme l’appellent les médias, B.1.617 de son vrai nom, a été retrouvé dans 24 % des échantillons prélevés aux mois de février et mars sur des patients indiens contaminés et ayant fait l’objet d’un séquençage génétique (contre 13 % pour le variant britannique B.1.17), d’après un rapport mis en ligne jeudi 15 avril par le site outbreak.info, qui s’appuie sur les séquences partagées internationalement dans la base de données Gisaid.

« Ces données donnent un aperçu des souches en circulation dans un lieu donné mais le séquençage du SARS-CoV-2 n’étant pas réalisé sur un échantillon aléatoire de mutations, elles n’indiquent pas la véritable prévalence des mutations », prend la précaution de préciser cette source. En réalité, la prévalence du B.1.617 s’établirait autour de 11 % en Inde actuellement.

« On le retrouve dans de plus en plus d’échantillons »

« Il a fallu du temps pour comprendre que l’on était en présence d’un véritable variant. On en a eu la confirmation en décembre et, aujourd’hui, il se répand très très vite et on le retrouve dans de plus en plus d’échantillons », admet le généticien Rakesh Mishra, directeur du Centre de biologie moléculaire et cellulaire (CCMB), basé à Hyderabad.

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Dans l’Etat du Maharashtra, où se trouvent Nagpur et la capitale financière de l’Inde, Bombay, la prévalence du B.1.617 est « actuellement de 55 % environ », mais ailleurs en Inde, elle oscille « entre 2 et 10 % », indique cet expert, dont l’établissement fait partie des dix laboratoires spécialisés dans le séquençage du génome réunis, le 30 décembre 2020, au sein du Consortium indien de génomique appliquée au SARS-CoV-2 (INSACOG).

Vendredi 16 avril, cette instance a fait savoir que, depuis sa création, 13 614 échantillons lui ont été soumis. Le B.1.617 n’y a pas été recherché, pour la bonne raison qu’il n’est pas encore référencé officiellement dans la catégorie des variants « à problème ». Ainsi, l’INSACOG se contente d’indiquer avoir identifié 1 189 échantillons comportant un variant : le britannique en très grande majorité (1 109 échantillons), le sud-africain (79), et le brésilien (1).

Génomique balbutiante

Cela montre à quel point la génomique est encore balbutiante en Inde. Lors de la mise sur pied de cette structure, il y aura bientôt quatre mois, le ministère de la santé avait annoncé que 5 % des échantillons de tests PCR positifs du pays seraient dorénavant analysés génétiquement par ses soins. Si tel avait été le cas depuis lors, l’INSACOG disposerait aujourd’hui d’une base de données de plus de 226 000 échantillons, sachant que 4,5 millions de personnes ont été détectées positives depuis le 1^er janvier.

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Ce nouvel organisme se plaint d’ailleurs, à mots couverts, de ne pas avoir encore reçu le moindre financement de l’Etat alors qu’il aurait besoin, dit-il, « de plus de 900 millions de roupies » (10 millions d’euros) pour fonctionner. Il rencontre en outre des difficultés logistiques. Les échantillons positifs doivent impérativement arriver dans l’un des dix laboratoires agréés en trois ou quatre jours maximum, faute de quoi ils sont périmés. Pas simple en Inde, où les distances se comptent en milliers de kilomètres.

Ils doivent par ailleurs être conservés à une température de – 80 °C et suivre un protocole sanitaire extrêmement contraignant, pour éviter toute contagion de ceux qui les manipulent. « Personne ne connaît à ce stade la dangerosité du B.1.617, ni sa résistance ou non aux vaccins. Une étude est en cours au sein de trois laboratoires, on en saura davantage dans une huitaine de jours », confie M. Mishra.

Un appellation sujette à controverse

Aucun cas de réinfection n’a été identifié jusqu’ici en Inde, ni de patients qui auraient déjà eu le Covid-19 avec une autre souche du coronavirus ni de gens vaccinés. « A priori, l’immunité développée par une première contamination ou par le vaccin paraît à même de faire barrage à ce “double mutant”, mais cela demande confirmation », souligne le scientifique.

L’appellation « double mutant » est elle-même sujette à controverse. L’adjectif « double » renvoie au fait que le B.1.617 présente des mutations d’acides aminés sur la protéine du virus, l’une similaire à celle observée sur le variant californien (position L452R), l’autre très proche d’une variation observée sur les variants brésilien et sud-africain (E484Q, au lieu de E484K). Or la souche B.1.617 en compte plusieurs autres qui préoccupent les chercheurs, comme le variant britannique (17 mutations), le brésilien (17 également) ou le sud-africain (12).

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« Le variant indien résulte de quinze mutations spécifiques, mais ces deux positions-là semblent être particulièrement puissantes, parce qu’elles peuvent échapper aux anticorps. Pour autant, on n’est pas en présence d’une recombinaison des variants californien et sud-africain, puisque ce dernier présente une mutation d’acide aminé à la position N501Y, ce qui n’est pas le cas du variant B.1.617 », note Anurag Agrawal, directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi, qui ajoute : « Aucune disparition d’acide aminé (délétion) n’a été remarquée sur le variant indien. »

Si le B.1.617 est qualifié d’« indien », il a d’ores et déjà été repéré sur tous les continents. C’est au Royaume-Uni qu’on l’estime le plus présent, mais en Europe, il se trouve aussi en Allemagne, en Belgique et en Irlande. Il se diffuse également en Australie, en Nouvelle-Zélande et à Singapour, aux Etats-Unis et en Namibie.

Il n’échappe pas aux tests PCR, comme le prétend la rumeur. « Ces tests ont un taux de sensibilité de 70 % à 80 %, cela signifie qu’un certain nombre d’entre eux donnent lieu à de faux résultats négatifs. Pour l’instant, on n’a aucun élément pour dire que le “double mutant” indien passe à travers les mailles du filet », assure M. Mishra.

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Guillaume Delacroix(Bombay, correspondance)