Covid-19 : après les variants, des recombinants du SARS-CoV-2 détectés
Cette mutation découverte au Royaume-Uni est un mélange de deux variants. Mais selon les chercheurs, elle « n’aura pas immédiatement de conséquences sur la trajectoire épidémique ».
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Cela devait arriver. Après les variants qui se transmettent plus, puis ceux qui limitent l’efficacité des vaccins, voici les virus « recombinants » du SARS-CoV-2. Ces nouveaux venus sont, comme les précédents, des façons d’augmenter la diversité génétique du virus, et donc d’obtenir des comportements différents plus adaptés à leur environnement. Ce sont en fait des chimères, faites de deux segments de génomes raboutés et empruntés à deux lignées différentes du SARS-CoV-2. Ou comment créer un virus à partir de deux.
Comme pour les premiers variants, l’alerte est venue du Royaume-Uni. L’équipe chargée des séquençages et de leur analyse, le consortium COG-UK, a révélé sur le site spécialisé Virological.org, mercredi 17 mars, les onze premiers recombinants de la jeune histoire de ce virus, répartis en quatre groupes, avec, chacun, deux ou trois représentants identiques. Quatre autres recombinants, « putatifs », présents en un seul exemplaire, sont aussi décrits.
Tous ont des bouts de séquence provenant du variant identifié fin 2020 en Angleterre, baptisé « B.1.1.7 » ou « 501Y.V1 ». Le reste est fait, au choix, de deux « vieilles » lignées. Début février, une première alerte avait été émise depuis les Etats-Unis, lors d’une conférence rapportée par le magazine New Scientist, concernant un recombinant d’un variant « anglais » avec un autre local, mais sans confirmation depuis.
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« Des champions de la recombinaison intergénomique »
La nouvelle ne surprend pas Hubert Laude, vétérinaire retraité, pionnier de la recherche sur les coronavirus. « [Ce] sont des champions de la recombinaison intergénomique », constate-t-il, en rappelant que les chauves-souris hébergent, sans risque, énormément de coronavirus, qui se plaisent à se recombiner en leur sein pour acquérir de nouvelles fonctions.
Ces recombinaisons ont lieu lorsqu’une enzyme, la polymérase, « lit » le brin d’ARN viral en s’accrochant à lui pour le recopier. Ce processus peut avoir des ratés, avec une polymérase qui ralentit, s’arrête et prend un autre brin à recopier, ajoutant cette nouvelle séquence à la précédente.
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« Le SARS-CoV-2 a un génome plus long que d’autres virus, ce qui augmente les chances d’accident. Sa polymérase est aussi moins “serrée” sur les brins », complète Bruno Canard, directeur de recherche au Centre national de la recherche scientifique (CNRS), à l’université Aix-Marseille.
Recombinaisons fréquentes
Les recombinaisons sont donc fréquentes, au point que c’est sans doute par ce mécanisme que l’une des protéines-clés du SARS-CoV-2, la spicule, est apparue. En tout cas, l’analyse du génome du pangolin a montré qu’un bout de sa spicule avait été acquis par recombinaison ; sans toutefois expliquer, malgré la similitude, l’adaptation et le passage à l’humain.
Mais seule une analyse statistique fine permet de distinguer ce qui serait le résultat d’une accumulation de mutations de celui d’un raboutage brutal, comme dans les chimères. Celles-ci n’ont, par exemple, pas plus de mutations que les lignées dites « variantes ». « D’ailleurs, au moment de l’apparition du variant anglais B.1.1.7, et de ses multiples mutations, on pensait d’abord à une recombinaison », rappelle Nicolas Bierne, généticien des populations CNRS à l’Institut des sciences de l’évolution de Montpellier. Mais l’arrangement de ces mutations est différent, ouvrant encore le champ des possibles. « Des coronavirus de chauve-souris ont ainsi “emprunté” les capacités à s’accoler à un récepteur d’une autre espèce à d’autres coronavirus par recombinaison », rappelle Hubert Laude.
« Une arrivée qui était attendue »
Les chercheurs anglais excluent des erreurs dans leur analyse. Les recombinaisons peuvent très bien se faire in vitro, lors des différentes étapes du séquençage, qui amplifient et cassent les génomes. Cependant, la détection de ces recombinants dans des laboratoires différents, et avec des coupures exactement au même endroit dans les séquences, leur permet d’avoir confiance dans leur identification. Au point qu’ils n’hésitent pas à « préempter » la découverte, en suggérant déjà de baptiser ces mutants en leur adjoignant la lettre X…
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Cette émergence n’arrive pas maintenant par hasard. Pour qu’elle ait lieu, il faut des co-infections, c’est-à-dire qu’une cellule d’un même individu soit infectée par deux souches différentes en même temps. « Etant donné que plusieurs pays connaissent des incidences aussi fortes que celles au Royaume-Uni à la fin de 2020, nous prédisons que des recombinaisons seront plus souvent détectées si des efforts intenses de séquençages sont maintenus », écrivent les Britanniques. Pour trouver, il faut en effet chercher.
« L’arrivée des recombinants était attendue, mais n’aura pas immédiatement de conséquences sur la trajectoire épidémique », rassurent les chercheurs dans l’article. Leur rareté plaide pour l’absence de caractère plus transmissible, par exemple. Pour l’instant, car un recombinant peut aussi muter et engendrer un… variant problématique.
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