Covid-19 : « A court terme, l’effet positif des vaccins risque de ne pas suffire pour compenser l’impact délétère des variants »
Simon Cauchemez, modélisateur à l’Institut Pasteur, doute que les mesures actuelles permettent une amélioration à la mi-avril, comme espéré par le gouvernement.
Propos recueillis par David Larousserie et Hervé MorinPublié aujourd’hui à 03h39, mis à jour à 10h26
Chercheur en épidémiologie à l’Institut Pasteur, spécialisé dans les modélisations mathématiques, Simon Cauchemez est membre du conseil scientifique mis en place il y a un an par l’exécutif pour l’éclairer sur la pandémie de Covid-19. Les projections inquiétantes qu’il avait alors présentées avaient contribué à l’instauration du premier confinement. Il revient sur l’année écoulée et sur ce que les modèles permettent d’entrevoir de l’évolution de la pandémie.
Le 15 mars 2020, vous annonciez dans Le Monde que le SARS-CoV-2 pourrait faire entre 300 000 et 500 000 morts en France. Un an plus tard, on est à moins de 100 000. Certains vous accusent de vous être trompé. Est-ce le cas ?
Non, nous ne nous sommes pas trompés car ces chiffres étaient avancés pour illustrer l’hypothèse où rien ne serait fait pour enrayer l’épidémie. Or évidemment des mesures très fortes ont été prises. Dans le premier avis du conseil scientifique, nous étions prudents et parlions de quelques centaines de milliers de morts si rien n’était fait. Dans ce scénario, on s’attendait à ce que plus de 50 % de la population soit touchée par le virus. Aujourd’hui, avec 85 000 morts pour, selon nos estimations, environ 17 % de personnes infectées, nous voyons par une simple règle de trois que le Covid aurait en effet pu causer des centaines de milliers de morts. Nous donnions aussi une létalité [la proportion de décès parmi la population infectée] située entre 0,5 % et 1 % et c’est ce qui a été confirmé depuis. Même avec les connaissances actuelles, je ne changerais pas le texte de ce premier avis
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Quelles différences ou ressemblances voyez-vous avec la situation épidémique actuelle ?
L’une des grandes différences est que désormais on connaît mieux le virus et que nous avons une image plus précise de l’épidémie grâce aux tests et à des données bien plus nombreuses et détaillées. Mi-mars 2020, les outils de surveillance n’étaient pas en place et pour calibrer nos premiers modèles, on n’avait guère qu’un ou deux points de mesure…
La ressemblance que je vois est que, même si l’on a beaucoup appris, ce virus continue à nous surprendre. Cela nous replonge dans l’incertitude, nous force à réévaluer ce qu’on croit savoir et nous oblige, nous scientifiques, à renouveler nos approches. Les variants par exemple viennent tout perturber. En décembre 2020, nous avions l’impression de sortir d’une situation difficile et avions l’espoir de pouvoir contrôler l’épidémie. Les mesures comme le couvre-feu semblaient efficaces contre le virus dit « historique », mais le variant identifié en Angleterre change la donne, inquiète et remet en question nos connaissances.
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Que savez-vous de ce variant ?
J’avoue qu’au début, j’étais sceptique sur le fait qu’il serait plus transmissible que le virus historique car ce n’était pas la première fois qu’on nous parlait de mutations inquiétantes. Puis les données se sont consolidées en Angleterre et il n’y a plus de doute. La dynamique française actuelle le confirme : la prévalence du variant britannique en France a même augmenté un peu plus vite que nos premières estimations, qui partaient de l’hypothèse que ce variant était 50 % plus contagieux. Nous venons de publier un article, à partir des données françaises des enquêtes Flash, notamment, qui confirme cette contagiosité entre 50 % et 70 % supplémentaires.
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Comment expliquer le plateau épidémique actuel ?
Une des difficultés qui persistent pour les modélisateurs est d’anticiper les effets, sur les taux de transmission, de mesures qui n’ont jamais été prises avant, comme les couvre-feux actuels. Nous sommes obligés de raisonner par analogie avec des mesures prises précédemment, comme lors des premier et deuxième confinements et les effets qu’elles ont eus sur la transmissibilité. Et même ce raisonnement par analogie trouve ses limites, car l’adhésion de la population est un facteur important qui peut changer au cours du temps.
Par exemple, en janvier, avec la mise en place des premiers couvre-feux, les données que nous avions sur la mobilité montraient que ces mesures n’avaient pas l’air de changer grand-chose. En tout cas cela changeait moins que durant les couvre-feux d’octobre 2020. On s’inquiétait donc d’un faible impact. On voit maintenant que le couvre-feu démarré en janvier a permis de réduire de façon assez importante le taux de transmission du virus historique, conduisant à un plateau des hospitalisations dans la deuxième moitié de janvier. On a même vu une légère diminution des hospitalisations pendant la première quinzaine de février. Cela suggère une réduction encore plus importante des taux de transmission sur cette période, ce qui était une surprise, car les mesures de contrôle n’ont pas vraiment changé à ce moment.
Comment l’expliquer ?
Peut-être par l’effet combiné du couvre-feu, des vacances, d’un effet « grand froid » ou bien une reprise des précautions et un réajustement des comportements, car on parlait alors beaucoup de reconfinement « dur ». Malheureusement, les taux de transmission sont depuis repartis à la hausse.
Qu’anticipez-vous désormais ?
Je veux clarifier ce que l’on peut attendre ou pas des modèles dans le contexte actuel, car il continue à y avoir beaucoup de confusion sur ce point. La dynamique de l’épidémie dans les prochains mois va dépendre de trois facteurs-clés. Tout d’abord, il y a ce variant dit britannique, qui est 50 %-70 % plus transmissible que les virus historiques et peut donc rendre l’épidémie encore plus explosive. Il y a aussi l’espoir énorme qui vient avec ces vaccins efficaces et sûrs, qui devraient à terme conduire à une réduction importante des hospitalisations. Et puis il y a le timing, l’intensité et la durée des mesures de contrôle. On voit bien que tout cela constitue une équation très complexe avec de très nombreuses incertitudes. Dans ce contexte, il est illusoire d’essayer de faire des prédictions.
A quoi servent vos modèles, dans ces circonstances ?
Ils peuvent être utiles pour construire des scénarios et mieux comprendre comment les pièces de ce puzzle peuvent s’emboîter pour influencer la dynamique de l’épidémie dans les mois qui viennent. Avec les modèles, nous proposons de nombreux scénarios avec diverses hypothèses pour mieux comprendre les déterminants de cette course entre vaccins et variants.
Quand on compare les projections dans les différents scénarios, on voit bien qu’il y a beaucoup d’incertitudes, par exemple sur le timing et la rapidité de la reprise, sur la taille du pic. Mais dans la majorité des scénarios, on observe une augmentation importante des hospitalisations si l’on ne réussit pas à réduire davantage les taux de transmission. Il existe des scénarios où « ça passe », par exemple si les taux de transmission restent identiques à ceux du début des vacances de février. Mais nous prévoyons plutôt des situations difficiles, qui appelleraient sans doute de nouvelles mesures pour réduire les taux de transmission. C’est d’ailleurs ce qu’on commence à observer dans certaines régions. Si on relâche les mesures et que les taux de transmission augmentent, on s’attend à ce que l’épidémie reparte rapidement.
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Ne peut-on compter sur les vaccins ?
Initialement, les vaccins ne devraient pas avoir un impact très important sur le nombre d’infections, vu que la couverture vaccinale sera faible. En revanche, l’impact des vaccins devrait rapidement être important sur le nombre d’hospitalisations, étant donné qu’on vaccine en priorité les plus fragiles qui ont le plus de risque d’être hospitalisés lorsqu’ils sont infectés.
Par exemple, dans notre scénario de référence, on s’attend à ce que le nombre d’hospitalisations soit 28 % plus faible le 1er avril que ce qu’il aurait été dans un scénario sans vaccin et 46 % plus faible le 1er mai. C’est bien entendu une nouvelle très positive. Malheureusement, cet effet positif des vaccins risque de ne pas être suffisant pour compenser dans les deux-trois mois qui viennent l’impact délétère des variants. Pour le plus long terme, nous sommes en train d’évaluer quels niveaux de couverture vaccinale permettront de retrouver une vie plus ou moins normale à l’automne.
Pas d’amélioration à attendre pour mi-avril alors, comme le suggère l’exécutif ?
Je ne sais pas sur quels éléments se base le gouvernement pour évoquer cet horizon. Nous, nous apportons des éclairages épidémiologiques et nous comprenons qu’il puisse y avoir d’autres enjeux que sanitaires. C’est aux politiques de décider. Ce que nos modèles indiquent est qu’au mieux, sans réduction supplémentaire des taux de transmission, dans un mois et demi, on resterait sur un plateau très haut en termes d’occupation des lits d’hôpitaux et de décès quotidiens. C’est très différent de la situation de la sortie du premier confinement.
Quel regard portez-vous sur le débat sur l’objectif zéro Covid proposé par certains, qui passe par un confinement strict suivi d’une application drastique de la stratégie tester-tracer-isoler ?
Je ne suis pas certain qu’il s’agisse d’une question pour les modélisateurs. Certains pays ont eu de très bons résultats avec cette stratégie et il faut s’en inspirer. La question est de savoir si cette approche serait transposable dans le contexte français. Pour l’instant, je n’ai pas l’impression qu’on ait réussi à mettre en place les capacités pour avoir ce type d’approche en France.
Il y a un an, les projections que vous avez présentées à l’exécutif ont contribué au basculement dans le confinement. Comment avez-vous vécu ces douze mois ?
Cela a été une année très dense. En tant que scientifique, être projeté au cœur de cette crise sanitaire, sans précédent pour la France, a été intéressant, mais surtout stressant, particulièrement dans la première période de cette pandémie. Je pense que professionnellement, le Covid va continuer à m’occuper pendant les années qui viennent. Mais concernant la pandémie, j’espère qu’à l’automne ou à l’hiver prochain, si on parvient à une bonne couverture vaccinale, on sera entré dans une situation très différente de ce qu’on vit actuellement.Notre sélection d’articles sur le Covid-19
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