Covid-19 : le Brésil sous la menace du variant P.1, un mutant du SARS-CoV-2
Trois études suggèrent que ce variant local apparu à Manaus pourrait favoriser les réinfections et aggraver la charge virale des malades. La ville amazonienne est depuis devenue un terrain de recherche pour comprendre ce qui attend le reste du pays.
Par Anne Vigna(Rio de Janeiro, correspondance)Publié hier à 10h30, mis à jour hier à 14h36
La consternation domine au Brésil devant le nombre de victimes annoncé chaque soir dans les médias : 1 726 morts mardi 2 mars, 1 910 morts le lendemain et le pays passait jeudi la barre des 261 000 morts, avec 1 781 nouveaux décès. « On assiste à une détérioration générale des indicateurs », a alerté, dans un communiqué, le centre de recherches médicales public Fiocruz, constatant « une augmentation des contaminations et des décès et une occupation en soins intensifs supérieure à 80 % dans dix-neuf des vingt-sept Etats du pays ».
Comme lors de la première vague en mars 2020, ce sont les gouverneurs et les maires qui ont mis en place restrictions et couvre-feux cette semaine, en désaccord avec le pouvoir fédéral. Le président, Jair Bolsonaro, a une nouvelle fois critiqué les autorités locales jeudi 4 mars, les priant « d’arrêter de geindre ». Les restrictions sont pourtant bien timides, alors que seulement 7,4 millions de personnes ont été vaccinées, soit moins de 4 % de la population.
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A Manaus, les spécialistes ne sont guère surpris de la dégradation des indicateurs épidémiques. « Comme l’an dernier, c’est le même film qui se répète. La situation à Manaus devient hors de contrôle et, un mois plus tard, le reste du pays connaît le même sort », estime Felipe Naveca, virologue au centre Fiocruz à Manaus.
La capitale de l’Etat de l’Amazonas (2,2 millions d’habitants), qui a connu en décembre et en janvier une explosion de cas et l’apparition d’un variant local dénommé P.1, commence à peine à respirer. Manaus est devenue un terrain de recherche pour les scientifiques qui cherchent à comprendre ce qui attend le reste du pays, et en particulier à mieux cerner le comportement du variant. Ces dernières semaines, trois études apportent quelques enseignements à ce sujet. Elles ne sont encore disponibles qu’en prépublication (c’est-à-dire qu’elles n’ont pas passé le filtre de la relecture par les pairs), mais leurs résultats sont très discutés dans la communauté scientifique.
« Quelques cas isolés en réinfection »
Dans la première étude, présentée le 26 février sur le site Research Square, les chercheurs ont analysé 250 échantillons de matériel génétique de patients infectés par le SARS-CoV-2 dans l’Etat de l’Amazonas. Ils en ont conclu à une nette augmentation de la charge virale avec le variant P.1 – jusqu’à dix fois plus importante –, chez les adultes entre 18 et 59 ans et les femmes âgées. « Pour les hommes âgés, nous n’avons pas trouvé de différence. Notre hypothèse est qu’ils sont vulnérables à toutes les souches avec une charge virale déjà très élevée », explique le virologue Felipe Naveca. Les chercheurs ont également montré la prédominance de cas du variant P.1, lors de cette seconde vague à Manaus. Un phénomène qui risque de se répéter dans tout le Brésil, où sa présence a déjà été détectée dans dix-sept Etats.
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Une deuxième étude du groupe Cadde (Brazil-UK Centre for Arbovirus Discovery, Diagnosis, Genomics and Epidemiology), en prépublication fin février sur le site MedRxiv, a analysé les caractéristiques du variant amazonien, à partir de données génomiques et épidémiologiques. La conclusion des chercheurs est que ce variant est 1,4 à 2,2 fois plus transmissible que les autres souches.
Mais la conclusion la plus discutée de cette étude concerne les réinfections : « Sur une moyenne de 100 personnes qui auraient été infectées à Manaus l’année dernière, entre 25 et 61 d’entre elles sont susceptibles d’être réinfectées par le P.1. Nous alertons bien sur le fait que nos conclusions concernent uniquement Manaus et ne doivent pas être extrapolées à d’autres contextes épidémiologiques », prévient Ester Sabino, professeure de médecine à l’institut de médecine tropicale de l’université de Sao Paulo.
Pour l’instant, seuls trois cas de réinfection à Manaus ont été identifiés par le Fiocruz. « Il est certain qu’il existe plus de cas de réinfection, mais pas dans les proportions estimées par cette étude », estime Felipe Naveca, qui se base sur l’observation constante des 250 travailleurs du Fiocruz depuis plus d’un an. Le médecin urgentiste Cledison Lima, qui est en première ligne à Manaus, considère également que les cas de réinfection ont été rares : « On a eu quelques cas isolés en réinfection. Mais l’immense majorité de cette deuxième vague était des nouveaux patients, plus jeunes, du reste, qu’en mars dernier. » Ce n’est pas la première fois que les chercheurs n’arrivent pas à la même conclusion : en 2020, le groupe Cadde avait estimé à 76 % la population de Manaus infectée par le SARS-CoV-2, quand le Fiocruz évaluait ce chiffre à 40 %.
Urgent d’accélérer la vaccination
Enfin, la dernière étude, présentée ce lundi en prépublication sur le site de la revue The Lancet, est celle qui a reçu le plus de réserves du milieu universitaire, en raison de la petite taille de son échantillon. Son coordinateur, José Luiz Proença, virologue à l’institut de biologie de l’université de Campinas (Unicamp), en est bien conscient. Mais il insiste sur la nécessité de « diffuser ses conclusions, afin de donner une meilleure direction à la stratégie de lutte contre le Covid ». A partir de l’analyse de dix-neuf plasmas de convalescents, les chercheurs ont noté que les anticorps avaient une activité neutralisante six fois moins importante face au variant P.1. « Cela indique que les personnes déjà infectées doivent continuer à se protéger », estime le chercheur
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Les scientifiques ont également analysé les plasmas de huit volontaires ayant participé aux essais cliniques du vaccin CoronaVac, le plus courant au Brésil. Conclusion : cinq mois après l’injection des deux doses, l’activité neutralisante des anticorps serait faible contre le variant P.1, comme contre la souche originale du SARS-CoV-2. « On reconnaît que le vaccin diminue l’incidence des cas graves, mais on alerte sur le risque de réinfection, devant la faiblesse des anticorps », conclut le chercheur.
Pour l’instant, l’Institut de recherche Butantan, qui fabrique ce vaccin au Brésil, n’a pas commenté cette étude. Mais pour l’épidémiologiste Guilherme Werneck,« l’autre problème de cette étude, c’est qu’elle limite la réponse immunitaire aux anticorps. Or, c’est bien plus complexe que cela » : la vaccination engendre aussi une réponse cellulaire. Les chercheurs sont, cependant, tous d’accord sur la nécessité urgente d’accélérer la vaccination et de mettre en place des mesures plus strictes d’isolement, afin d’éviter l’apparition de nouveaux variants. Un risque réel, étant donné la grande circulation du virus au Brésil.
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