Publié le 23/02/2021
Covid-19 en Afrique : un paradoxe, mais quel paradoxe ?
Si beaucoup de questions restent sans réponse au sujet de la pandémie de Covid-19, l’une d’elles est particulièrement intrigante. Il s’agit de la raison pour laquelle une partie de l’Afrique semble avoir été épargnée par le virus. Alors que la Covid-19 serait au 12e rang des causes de décès au niveau mondial, elle se situerait au 45e rang en Afrique. Aucune raison évidente ne permet d’expliquer pourquoi le SARS-CoV-2 ne se propagerait pas de la même façon à Nairobi, Accra ou Lagos qu’à New York, Londres ou Mumbai. Les données les plus nombreuses concernant l’impact de la Covid-19 en Afrique viennent d’Afrique du sud, qui a documenté plus de 750 000 cas, au moins 20 000 décès et un taux de létalité de 2,7 %.
Ce « paradoxe africain » a inspiré de nombreux articles et plusieurs hypothèses. Parmi celles-ci : l’exposition à d’autres coronavirus, à l’origine d’une immunité croisée ; le jeune âge de la majorité de la population africaine, lui permettant de mieux supporter la maladie ; l’expérience acquise par les services de santé au cours de l’épidémie d’Ebola ; ou encore de possibles effets non spécifiques des vaccins BCG, polio oral et rougeole, qui amélioreraient l’immunité. Une explication plus simple est aussi avancée : il s’agit du manque de recueil de données. La surveillance systématique d’une pandémie nécessite de considérables ressources, ce dont ne disposent pas de nombreux pays africains.
Test post-mortem positif dans près de 16 % des cas
A Lusaka en Zambie, un système de surveillance post-mortem pour les pathogènes respiratoires en pédiatrie était en place bien avant la survenue de la pandémie. Il a été adapté à la surveillance de la Covid-19, en l’étendant à tous les groupes d’âges. Les résultats pour les 3 premiers mois de surveillance (juin à septembre 2020) sont présentés dans le British Medical Journal.
Les données portent sur 364 tests PCR réalisés dans les 48 heures post-mortem. Et les auteurs sont surpris de constater une prévalence élevée de mortalité en lien avec la Covid-19. Le SARS-CoV-2 est retrouvé dans 58 cas (15,9 %) pour la valeur seuil de cycles d’amplification (Ct) inférieure à 40, et dans 70 cas (19,2 %) pour n’importe quel nombre de cycles. La majorité des décès sont survenus à domicile, en dehors de toute structure de soins (51/70) et aucun de ces patients n’avait été testé avant le décès.
Cela est sans doute un facteur important de sous-estimation de l’impact de la Covid-19 à Lusaka. Mais force est de constater que le test est également rarement réalisé dans les structures de soins, puisque sur les 19 personnes décédées à l’hôpital, seules 6 avaient été testées, alors que presque toutes présentaient des symptômes typiques de la Covid-19.
10 % des décès ont concerné des enfants
Les données montrent aussi que les décès surviennent dans toutes les catégories d’âges, mais que, contrairement à ce qui est décrit en Europe, aux USA ou en Chine, 76 % des personnes décédées avaient moins de 60 ans. Enfin, 10 % des décès sont survenus chez des enfants (n = 7) dont 3 chez des nourrissons. Cela pourrait s’expliquer par la prédominance des symptômes gastro-intestinaux dans cette classe d’âge. Un enfant seulement avait été testé.
L’analyse des facteurs de risque montre quelques spécificités propres à l’Afrique : les comorbidités les plus fréquentes sont la tuberculose (31 %), l’hypertension (27 %), l’infection par le VIH (23 %), l’abus d’alcool (17 %) et le diabète (13 %).
En octobre 2020, le Centre africain de contrôle des maladies rapportait un total cumulé de 21 millions de tests pour le SARS-CoV-2 réalisés sur le continent, dont environ 60 % dans seulement 5 pays : l’Afrique du sud, le Maroc, l’Égypte, le Kenya et l’Éthiopie. A titre de comparaison, les Etats-Unis, où la population compte pour moins d’un tiers de celle de l’Afrique, ont réalisé plus de 192 millions de tests.
Dr Roseline Péluchon
RÉFÉRENCES
Mwananyanda L et coll. : Covid-19 deaths in Africa: prospective systematic postmortem surveillance study. BMJ 2021;372:n334
Santé-Environnement-Politique 