Covid-19 : la stratégie « tester-tracer-isoler » à l’épreuve des variants
Pour freiner la propagation des mutants plus contagieux, en particulier sud-africain et brésilien, le dispositif de traçage des contacts et le suivi de l’isolement ont été renforcés.
Par Elisabeth Pineau
Publié le 16 février 2021 à 05h39 – Mis à jour le 16 février 2021 à 13h36
Temps de Lecture 5 min.
Depuis le premier déconfinement au printemps 2020, s’était déjà engagée une course contre la montre pour remonter et casser les chaînes de contamination du SARS-CoV-2, et ainsi reprendre le contrôle de l’épidémie de Covid-19. Avec les nouveaux variants du virus circulant sur le territoire national, plus transmissibles, c’est désormais un sprint.
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Pour freiner leur propagation, les autorités ont décidé un renforcement spécifique de la stratégie « tester-alerter-protéger », en particulier sur les mutations ayant émergé en Afrique du Sud (baptisée B.1.351) et au Brésil (B1.1.248). Si ces variants circulent moins sur le territoire métropolitain que le variant britannique (VoC 202012/01) – sur 17 000 tests positifs réalisés la semaine du 8 au 14 février, 4 % à 5 % présenteraient des mutations évocatrices de ces deux souches, a précisé le ministre de la santé, Olivier Véran, jeudi 11 février –, ils inquiètent davantage dans la mesure où ils « présentent un risque d’échappement immunitaire et vaccinal », selon la direction générale de la santé (DGS). Autrement dit, ils peuvent engendrer des réinfections chez des personnes ayant déjà contracté le Covid-19 et seraient moins sensibles à certains vaccins disponibles.
L’objectif, pour le variant britannique, est de réduire drastiquement sa circulation, alors que sa proportion parmi les cas positifs augmente de 50 % toutes les semaines. « Pour les variants sud-africain et brésilien, il faut profiter du fait qu’ils circulent encore à bas bruit pour les éradiquer, estime Mahmoud Zureik, professeur d’épidémiologie et de santé publique à l’université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. Cela passe par un séquençage rapide, un renforcement énorme du “contact tracing”, et cela exige de remonter aux sources des contaminations avec des moyens très importants. »
Cafouillages
L’enjeu est crucial : en cas de traçage et d’isolement défaillants, le risque est d’entraîner une flambée épidémique. Et potentiellement, de mettre en péril la campagne de vaccination, en particulier celle d’AstraZeneca, proposée à la totalité des soignants depuis le 6 février, alors qu’une étude, réalisée par l’université du Witwatersrand, à Johannesburg, affirme que le vaccin britannique est efficace à seulement 22 % contre les formes modérées du variant sud-africain.
« Nous n’avons rien à envier à nos voisins en matière de “tester-alerter-protéger”, pilier incontournable de notre stratégie contre l’épidémie. La France est l’un des pays qui réalisent aujourd’hui le plus de tests de dépistage : près de quatre tests sont réalisés chaque seconde », se targuait Olivier Véran le 4 février. Les scientifiques convergent pour dire que le traçage trouverait son efficacité optimale avec un nombre de contaminations modéré, de l’ordre de 5 000 par jour. Avec une moyenne actuelle de 20 000 nouveaux cas par jour et entre 40 000 et 50 000 cas contacts recensés par jour par l’Assurance-maladie, cela relève davantage de la gageure.
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« Le “contact tracing” est évidemment sous pression, mais le nombre de personnes contactées dans les vingt-quatre heures reste aujourd’hui satisfaisant (96 %), et dans le même temps, notre dispositif s’appuie sur des tests rendus plus vite »,souligne Thomas Fatôme, directeur général de la Caisse nationale de l’assurance-maladie, précisant que 9 000 équivalents temps plein sont actuellement mobilisés pour effectuer ce traçage. Après des cafouillages dans la prise de rendez-vous et des délais parfois très longs jusqu’au début de l’automne, désormais, « dans 92 % des cas », les résultats des tests PCR sont rendus dans les vingt-quatre heures, selon le ministre de la santé.
Afin d’identifier l’intégralité des patients porteurs d’un variant, toutes les personnes testées positives, qu’elles aient été dépistées par un test RT-PCR ou par un test antigénique, font systématiquement l’objet d’une RT-PCR « de criblage » réalisée jusqu’ici en laboratoire spécialisé dans un délai de trente-six heures maximum. Sans attendre ce verdict, les opérations de traçage et d’isolement sont déclenchées dès la réception du résultat positif du test initial. « Il convient de sensibiliser le patient porteur [d’un variant] au risque de contagiosité accrue et à l’importance d’un respect particulièrement strict de l’isolement et des gestes barrières », écrit la DGS.
Dans le cas des trois variants britannique, sud-africain et brésilien, la recherche de chaînes de transmission est également intensifiée : aussi bien pour identifier celles et ceux que la personne positive aurait pu infecter que ceux qui sont susceptibles de l’avoir contaminée. « Il faudrait que le traçage soit de plus en plus rétrospectif [pour remonter à la source de la transmission], ce qui est difficile lorsqu’il y a 20 000 cas par jour. Or, c’est un enjeu crucial car c’est une des manières de reprendre la main sur l’épidémie », estime Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale (ISG) à l’université de Genève (Suisse).
« Offre spécifique d’hébergement »
Les personnes « contacts à risque » d’un porteur du variant sud-africain ou brésilien sont incitées à réaliser un test PCR dès le jour de leur identification afin de démarrer le traçage des contacts complémentaires sans délai. Si le résultat est positif, il donne lieu à une PCR de criblage. En cas de test négatif, la personne se voit rappeler l’importance de respecter un isolement de sept jours depuis le dernier contact à risque et est tenue de réaliser un autre test PCR à J+7, à l’issue de cette période. Parallèlement, tous les cas contacts d’un porteur de variant sont encouragés à prévenir eux-mêmes leurs propres contacts afin que ces derniers puissent renforcer l’application des mesures barrières.
« Pour les deux variants sud-africain et brésilien, on n’attend pas qu’il y ait une suspicion de cluster, on informe systématiquement les agences régionales de santé. Cela permet de consolider les retours, et de déclencher le cas échéant des tests plus larges autour de potentiels clusters », explique Thomas Fatôme.
Enfin, le respect de l’isolement des personnes positives est désormais mieux suivi qu’à l’automne. Depuis le 20 janvier, la visite d’un infirmier libéral à domicile leur est proposée pour tester si besoin les personnes partageant leur foyer, et s’assurer que les conditions d’isolement peuvent être respectées. Au 5 février, l’Assurance-maladie dénombrait ainsi entre 15 000 et 20 000 visites effectuées.
Pour les personnes contaminées par l’un des trois variants, si la visite d’un infirmier n’a pas été programmée lors de la première prise de contact par l’Assurance-maladie, celle-ci le leur repropose à l’occasion d’un deuxième appel. « L’objectif est vraiment que cette visite soit systématique », insiste Thomas Fatôme. En outre, « les personnes concernées dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation (personnes vivant en famille, notamment avec des proches à risque, etc.) se voient systématiquement proposer une offre spécifique d’hébergement par les cellules territoriales d’appui à l’isolement »,précise la direction générale de la santé.
Dans le cas des deux variants sud-africain et brésilien, la durée d’isolement a été allongée à dix jours et non plus sept. Sa levée est désormais conditionnée pour les cas confirmés à l’obtention d’un résultat de test (PCR ou antigénique) négatif, et en l’absence de fièvre depuis plus de quarante-huit heures pour les « patients zéro » symptomatiques. En revanche, si le test revient positif, l’isolement est prolongé de sept jours après ce résultat.Bientôt des PCR multiplexes d’emblée ?
Le ministre de la santé, Olivier Véran, a annoncé, le 11 février, que des tests « PCR multiplexes » capables de détecter les variants seront amenés à remplacer les tests PCR classiques « dans les prochains jours » afin de « gagner des heures précieuses ». « Avec les réactifs de criblage dont nous disposons aujourd’hui, nous avons des amorces spécifiques dirigées vers chaque variant. Dans des tests multiplexes, quand vous passez l’amplification pour lire les séquences de votre ADN, ces amorces vont reconnaître les séquences du variant anglais, sud-africain, brésilien ou du virus traditionnel, comme s’il y avait un spot qui s’allumait devant le variant en question », explique François Blanchecotte, président national du Syndicat des biologistes. Qu’en sera-t-il demain dans le cas d’autres variants ? « Peut-être qu’il y aura un variant californien, japonais ou autre, il faudra tout simplement que les fournisseurs s’adaptent et produisent à chaque fois un nouveau réactif. »
Covid-19 : la durée d’isolement des personnes testées positives passe de 7 à 10 jours à partir de lundi, annonce Olivier Véran
La durée d’isolement pour les cas contacts, elle, reste fixée à sept jours, a précisé le ministre de la santé. La part du variant britannique dans les diagnostics positifs en France s’élève désormais à 36 %, alors qu’elle était évaluée la semaine dernière à 25 % des cas environ.
Le Monde avec AFP et ReutersPublié hier à 18h38, mis à jour hier à 21h22
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L’isolement de tous les patients dont le test au SARS-CoV-2 est positif passera de sept à dix jours à partir de lundi, a déclaré, jeudi 18 février, le ministre de la santé, Olivier Véran. Il « restera, en revanche, de sept jours pour les cas contacts », a-t-il précisé.
Depuis début février, la durée de l’isolement était déjà passée à dix jours pour des personnes contaminées par le variant sud-africain ou brésilien, avec un test PCR négatif nécessaire pour en sortir. Par ailleurs, le dispositif permettant d’obtenir un arrêt de travail immédiat sans jour de carence en contactant l’Assurance-maladie, pour les personnes positives, cas contact ou symptomatique « est prolongé jusqu’au 1er juin », a fait savoir Olivier Véran, s’exprimant lors d’un point de presse hebdomadaire sur la crise sanitaire.
Le ministre de la santé s’est voulu prudent malgré une légère amélioration de la situation en France. « Il est toujours nécessaire de déprogrammer un certain nombre de soins », a, en effet, rappelé Olivier Véran. « Si nous n’avons pas connu de troisième vague, nous ne sommes pas sortis de la deuxième. »
La France a enregistré 22 501 cas de Covid-19 supplémentaires en vingt-quatre heures, ont annoncé jeudi soir les autorités sanitaires. Le nombre de patients hospitalisés est en baisse (– 212), avec 25 762 cas, mais il augmente en réanimation (+ 44) avec 3 394 malades.Les chiffres des dernières 24 heures
36 % de positivité au variant britannique
Olivier Véran a souligné que les variants continuent de circuler sur le territoire. La part du variant britannique dans les diagnostics positifs s’élève désormais à 36 %, alors qu’elle était évaluée la semaine dernière à 25 % des cas environ. Les variants dits sud-africain et brésilien représentent, quant à eux, 5 % des cas.
Le ministre de la santé a précisé qu’il existait de fortes disparités selon les régions. « L’incidence est stabilisée, voire en légère baisse en Moselle. Cette vigilance département par département est la clé pour surveiller le virus. A Dunkerque, par exemple, le taux de variant britannique est de 72 % et l’incidence, en hausse régulière, dépasse les 600 cas pour 100 000 habitants par semaine. » A Mayotte, le variant sud-africain pèse « pour 59 % des cas », s’est alarmé le ministre de la santé.Lire aussi Covid-19 : le défi des nouveaux variants
« Rien ne serait pire que de lever les contraintes au mauvais moment, trop tôt. Relâcher les contraintes maintenant, ce serait prendre le risque d’avoir de nouvelles contraintes ensuite », a dit le ministre.
Dès la semaine prochaine, des tests salivaires seront mis en place, notamment dans les écoles et pour les personnels de santé, a également déclaré le ministre.
Vaccins : 2,4 millions de premières injections
Sur le front de la vaccination, meilleur espoir de retrouver une vie normale, 2,4 millions de premières injections ont été administrées depuis le début de la campagne, fin décembre, et la barre du million de deuxièmes injections vient d’être franchie.
Mais moins de 30 000 médecins libéraux, essentiellement des généralistes, se sont portés volontaires pour vacciner dans leurs cabinets à partir du 25 février avec le vaccin d’AstraZeneca. Moins cher et plus facile à stocker que ses concurrents à ARN messager, il est jugé moins efficace et suscite la méfiance dans plusieurs pays d’Europe.
« L’engouement est là », a toutefois assuré Olivier Véran, espérant pouvoir ouvrir « entre fin mars et mi-avril » la vaccination aux personnes entre 65 et 74 ans.
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