Covid-19 : le séquençage des variants du SARS-CoV-2 à la peine
Cette technique, qui lit les 30 000 « lettres » du génome du nouveau coronavirus, est la seule manière de savoir s’il a muté. Mais le matériel manque et l’organisation n’est pas au point.
Par David Larousserie Publié hier à 04h25, mis à jour hier à 16h22
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« Nous revivons ce que nous avons connu il y a un an, avec des problèmes d’approvisionnement en matériel et en réactifs chimiques. On doit harceler les fournisseurs, diversifier nos achats… Sauf que cette fois ce n’est pas pour les tests PCR mais pour le séquençage », résume Laurence Josset, professeure aux Hospices civils de Lyon, dans l’un des deux centres nationaux de référence (CNR) chargés du séquençage des génomes. Cette technique de biologie moléculaire, qui lit une à une les 30 000 « lettres » du génome du SARS-CoV-2, est la seule manière de savoir quel virus circule, s’il a muté, quelle est son origine géographique…
« La demande mondiale pour ces techniques explose. La surveillance génomique est importante dans une épidémie. Ce message que nous diffusions depuis le printemps a été entendu », rappelle Caroline Thureau, responsable marketing de la zone Europe Moyen-Orient Afrique d’Illumina, leader mondial sur ce marché. L’activité est donc sous tension. « “Nous sommes sur un délai de dix jours à réception du bon de commande, nous faisons au maximum pour avancer cette livraison” est le message que j’ai reçu d’un fournisseur le 1er février. Voilà les ravages de l’imprévision française. Cela fait un mois que nous disons qu’il faut faire des commandes groupées de kits de séquençage avant que la pénurie réelle n’apparaisse », peste Philippe Froguel, professeur à l’Imperial College de Londres et au CHU de Lille, ralenti pour séquencer.
Une demande mondiale en hausse
La tension est forte sur les réactifs chimiques, et même sur du matériel aussi banal que des gants de protection. « Il faut aussi prendre garde à ce que cette suractivité liée au Covid ne pénalise pas les autres besoins en génomique », rappelle Bruno Lina, membre du conseil scientifique et chercheur au centre international de recherche en infectiologie de Lyon. Séquencer un génome sert en effet notamment en oncologie pour le diagnostic, l’adaptation de thérapie, le dépistage…
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La demande mondiale croît depuis l’hiver et les découvertes de variants du SARS-CoV-2 circulant en Afrique du Sud, au Royaume-Uni, au Brésil ou au Danemark (dans des élevages de visons). Mais pour les trouver, encore fallait-il les chercher et disposer d’un réseau de surveillance permettant suffisamment de séquençage. Le Royaume-Uni, qui s’était organisé dès le printemps 2020, détient le record mondial de séquences partagées avec le monde entier sur la base de données Gisaid avec, au 1er février, plus de 194 600 séquences sur 456 500 au total. Le Danemark est, lui, à plus de 34 000 quand la France, avec 4 300, fait moins bien que l’Allemagne (4 600), l’Espagne (7 400) ou les Pays-Bas (7 000). « Si nous avions été prêts en novembre, nous aurions pu identifier plus tôt le variant repéré en Angleterre. Mais on l’a quand même identifié assez vite », indique Bruno Lina.
Un projet national de surveillance génomique
Pour pallier ce retard, un projet national de surveillance génomique est en cours d’élaboration. Il a été commencé la première semaine de janvier, et ses responsables devraient faire connaître son budget cette semaine aux ministères de la santé et de la recherche. « Il prévoit un volet surveillance, piloté par Santé publique France, et un autre recherche, sous la responsabilité de la nouvelle agence ANRS Maladies infectieuses émergentes », détaille Yazdan Yazdanpanah, directeur de cette agence et membre du conseil scientifique.
Plusieurs acteurs seront mobilisés pour satisfaire des besoins estimés entre 4 000 et 5 000 séquences par semaine, quand aujourd’hui la capacité atteint moins de la moitié. Les quatre plus gros centres actuels seront au cœur du réseau : les deux centres nationaux de référence de Pasteur à Paris et des Hospices civils de Lyon, l’hôpital Henri-Mondor à Créteil et l’Assistance publique-Hôpitaux de Marseille. Deux autres plates-formes pourraient les rejoindre, mais restent à déterminer. Des acteurs privés comme les laboratoires Cerba ou Eurofins Biomnis pourront également contribuer. « Il nous faut monter en charge avec une vision de court et moyen termes, mais aussi de long terme car il y aura d’autres épidémies », prévient Yazdan Yazdanpanah.
Tout n’est pas encore calé, notamment sur le rôle de la myriade de laboratoires publics qui pourraient contribuer. Celui de Lille par exemple est, selon les interlocuteurs, mis dans le volet « recherche », ou « surveillance », ou bien « en appui ». « Peu importe le nom, je souhaite contribuer à l’effort collectif », insiste Philippe Froguel, qui avait rédigé avec d’autres spécialistes une proposition d’action dès décembre 2020. « Nous avions été un peu frustrés au printemps avec les tests PCR. Nos capacités avaient été recensées plusieurs fois, pour, finalement, ne rien nous demander de faire. Pour le séquençage, nous sommes prêts également et, comme citoyens et spécialistes, on serait heureux de participer à l’effort collectif », espère Denis Milan, directeur scientifique de la plate-forme de Génomique et transcriptomique de Toulouse, prête à faire plus de 750 séquences par semaine.
« On va arriver à monter quelque chose qui s’inscrira dans la durée. Il ne faut pas raisonner en chiffre de séquences par semaine », ajoute Jean-Michel Pawlotsky, chef de service bactériologie et virologie de l’hôpital Henri-Mondor.
Initiative originale
En attendant de séquencer à la hauteur des besoins, la France a lancé une initiative originale. Les échantillons positifs des 7 et 8 janvier, soupçonnés de correspondre au variant circulant au Royaume-Uni, ont tous été séquencés.L’expérience a été renouvelée le 27 janvier, en ciblant en plus les variants repérés en Afrique du Sud et au Brésil.
Preuve que le séquençage n’est pas aisé, les résultats de cette première enquête ont été connus presque trois semaines après la collecte, pour moins de 500 séquences, alors que la lecture génome elle-même ne prend que deux jours. Et ces séquences n’ont pas encore été toutes mises en ligne dans la base Gisaid. La faute, non pas aux machines de séquençage, mais aux étapes en amont et en aval. En amont, la collecte et la saisie administrative des échantillons sont incompressibles, puis viennent des étapes de manipulations pour extraire l’ARN viral, le fragmenter en petits morceaux qui seront « lus », et enfin déposer ceux-ci dans les « cartouches » traitées par le séquenceur. Le CNR de Lyon attend cette semaine des robots pour automatiser ces tâches.
En aval, l’analyse informatique et la remontée des résultats demandent aussi du temps et des savoir-faire spécifiques. Ce qui explique pourquoi tous les laboratoires équipés de séquenceurs ne pourront pas participer, malgré le matériel disponible et leur volontarisme. La bataille du séquençage ne fait que commencer.Notre sélection d’articles sur le Covid-19
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