Publié le 15/01/2021
Manaus, une expérience immunologique à ciel ouvert
Manaus, le vendredi 15 janvier 2021
– Bien que 76 % des habitants de Manaus seraient porteurs d’anticorps contre la Covid-19, la ville n’est pas épargnée par le rebond épidémique actuel.
Depuis le début de l’épidémie, une question taraude certains dirigeants: pourquoi ne pas laisser le virus circuler afin d’atteindre plus rapidement la fameuse immunité collective qui mettrait fin à l’épidémie ?
Cette solution alternative, qui aurait le mérite d’éviter de devoir mettre en œuvre des restrictions sanitaires drastiques, a été rejetée par la plupart des gouvernements du monde, en raison de son coût humain majeur probable. Dans son discours du 28 octobre dernier, le Président de la République Emmanuel Macron avait ainsi affirmé que la France n’adopterait jamais cette stratégie.
Une ville cependant a opté pour cette solution : Manaus, métropole brésilienne de 2,2 millions d’habitants au milieu de la jungle amazonienne. Une stratégie plus subie que véritablement voulue, les autorités locales estimant simplement que la ville et ses habitants ne survivraient pas économiquement et socialement à un confinement. Rien ou presque n’a donc été fait pour stopper la circulation du virus. Les transports en commun, les écoles, les commerces, les lieux culturels de la ville sont restés ouvert tout au long de la crise.
Manaus, ville martyr mais ville sauvée ?
Sans surprise, le bilan humain de cette politique a été lourd. Les hôpitaux vétustes de la ville se sont rapidement retrouvés saturés de malades et à court d’équipement et de personnel. Les cadavres se sont entassés dans les morgues et ont été enterrés à la va-vite dans des cimetières de fortune.
Malgré la jeunesse de sa population, Manaus a déploré 3 100 décès lors de la première vague, entre mai et août, soit un taux de mortalité deux fois supérieur à la moyenne nationale.
La contrepartie de ce sacrifice humain important serait donc l’immunité collective, qui permettrait (en théorie) à Manaus d’être épargnée par toute résurgence épidémique. En apparence, l’objectif est atteint.
Selon une étude publiée dans la revue américaine Science le 8 décembre dernier et réalisée par des chercheurs brésiliens, américains et britanniques, d’après des prélèvements réalisés chez des donneurs de sang 76 % des habitants de Manaus ont des anticorps contre la Covid-19. Un taux de contamination supérieur au seuil de 60 % généralement fixé par les chercheurs comme le seuil permettant d’atteindre l’immunité collective. Par comparaison, seulement 29 % des habitants de Sao Paulo possèdent des anticorps.
Une immunité collective en trompe l’œil
A partir du début de l’été, le nombre de contaminations a diminué à Manaus, passant de 4 500 hebdomadaires en mai à 1 380 en septembre, tout comme le nombre de décès (292 en mai, 33 en septembre).
Pourtant, Manaus ne semble pas tiré d’affaires et ce malgré le taux de séropositivité de ses habitants. La courbe des contaminations à Manaus n’a en réalité fait que suivre celle du Brésil, qui a connu un reflux épidémique à partir du mois de septembre. Car malgré son important niveau d’immunité collective, Manaus n’a pas épargnée par la seconde vague qui touche le pays depuis la fin novembre. Elle compte désormais environ 2 000 cas et 50 morts par semaine.
Plusieurs hypothèses sont avancées pour expliquer pourquoi Manaus n’est pas protégée de ce rebond épidémique malgré un taux de contamination apparent important. D’abord, le taux élevé de séropositivité pour le SARS-CoV-2 à Manaus qui a été mesuré chez les donneurs de sang, plus jeunes que la population générale, ne refléterait pas nécessairement celui de l’ensemble des habitants de la ville. Ensuite, le taux d’immunisation naturelle pourrait être très différent selon les quartiers de la ville et les milieux sociaux. Enfin et surtout, « on ignore encore largement les capacités protectrices réelles des anticorps, on ne sait pas si cette protection est de longue ou de courte durée » explique Guilherme Werneck, épidémiologiste à Rio de Janeiro.
La recherche d’une immunité collective naturelle ne semble donc pas une solution viable à long terme pour sortir de l’épidémie. Reste la vaccination, qui n’a toujours pas commencé au Brésil.
Quentin Haroche
Mystère à Manaus
https://www.jim.fr/medecin/debats/e-docs/mystere_a_manaus__186262/document_actu_med.phtml
Manaus, métropole brésilienne de 2,2 millions d’habitants en plein cœur de la jungle amazonienne et de la pandémie de Covid-19 pose une énigme épidémiologique qui soulève des hypothèses inquiétantes pour le reste de la planète. Le Brésil fait partie des pays qui ont plutôt mal géré l’épidémie, mais Manaus s’est particulièrement distinguée par une politique de laisser-aller, plus subie que voulue : le virus a eu ainsi la plus grande latitude pour circuler assez librement, les autorités locales ayant jugé que la ville et ses habitants ne survivraient pas économiquement et socialement à un confinement. Les gestes barrières ont été préconisés avec plus ou moins de conviction, au point que globalement étaient réunis la plupart des facteurs propres à favoriser l’immunité de groupe. C’est ce qui, semble-t-il, est arrivé : une étude de séroprévalence effectuée en octobre 2020 chez des donneurs de sang a révélé que 76 % d’entre eux avaient été infectés par le SARS-CoV-2. Un chiffre rassurant qui semblait bien indiquer l’acquisition d’une immunité collective capable de protéger la population des attaques futures du virus.
Janvier 2021 : un rebond épidémique inattendu
Or, au cours du mois de janvier 2021, l’augmentation brutale et massive des hospitalisations pour cause de Covid-19 est venue déjouer tous les pronostics : en un mois, le nombre des admissions a été multiplié par six après être resté parfaitement stable et relativement bas pendant les mois (mai- novembre 2020) qui ont suivi la première vague de l’épidémie dont le pic s’est situé en avril 2020.
Mystère à Manaus ? Oui, ce rebond épidémique surprend et amène à formuler, pour l’expliquer, au moins quatre théories qui d’ailleurs peuvent se combiner tout en laissant la porte ouverte à d’autres hypothèses.
En premier lieu, il se pourrait que l’intensité de la première vague épidémique ait été surestimée et que l’immunité de groupe n’ait pas été finalement atteinte. De plus, les donneurs de sang ne seraient pas vraiment représentatifs de la population générale de la ville et il existerait des incertitudes sur la valeur réelle de la séroprévalence qui est susceptible de varier significativement d’un quartier à l’autre en fonction de la situation sanitaire locale le plus souvent médiocre.
Baisse de l’immunité de groupe et/ou émergence de variants
Autre hypothèse : il se pourrait que l’immunité individuelle développée au moins six mois auparavant ait commencé à décroître en décembre 2020 suffisamment pour s’éloigner de l’immunité de groupe. Les changements de comportement ont-ils aussi joué un rôle ? Cela semble peu probable, car la mobilité des habitants a plutôt diminué à la fin de l’année 2020.
En troisième lieu, faut-il y voir les effets des nouveaux variants du SARS-CoV-2 qui mettraient en échec l’immunité de groupe développée au contact du virus originel ? Trois lignées récemment détectées (B.1.1.7, B.1.351 et P.1) pourraient y prétendre du fait que chacune d’entre elles présente une constellation de mutations potentiellement importantes d’un point de vue biologique. Deux d’entre elles circulent activement au Brésil (B.1.1.7 et P.1) dont l’une (P.1) a été détectée le 12 janvier 2021 à Manaus.
Le génome de cette dernière lignée abrite au moins une dizaine de mutations intéressant les gènes qui codent pour la protéine spike, dont E484K et N501K et la lignée P.2 d’identification encore plus récente a un profil génétique qui n’inspire pas plus de confiance. Or ces génomes ont été détectés chez des patients réinfectés par le virus, alors même qu’in vitro, les mutations semblent bien réduire le pouvoir neutralisant des anticorps de convalescents. La valse des variants qui s’abat désormais sur le monde inspire à juste titre les plus vives inquiétudes, même si sa répercussion sur l’efficacité des vaccins n’est pas connue.
Des lignées nouvelles envahissantes et préoccupantes
Enfin, les lignées du SARS-CoV-2 qui circulent avec la deuxième vague de l’épidémie seraient plus aisément transmissibles que les lignées qui se sont manifestées lors de la première vague. La lignée P.1 a d’abord été identifiée à Manaus et dans une étude préliminaire, il semble bien qu’en décembre 2020, sur un effectif restreint (n = 31), elle corresponde à 42 % des génomes identifiés, alors qu’elle était absente entre mars et novembre 2020 au sein de 26 prélèvements. Sa transmissibilité est mal connue, mais elle serait élevée en raison de la présence de plusieurs mutations partagées avec les mutants identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud et déjà réputés pour leur contagiosité.
Ces lignées nouvelles de SARS-CoV-2 sont à l’évidence préoccupantes à Manaus comme ailleurs, car elles peuvent alimenter des rebonds épidémiques brutaux et pires que les précédents du fait de leur contagiosité accrue et de leur résistance potentielle à une immunité de groupe acquise au contact d’antigènes différents. Sans parler d’une mise en échec potentielle des vaccins qui arrivent actuellement sur le marché et d’une virulence supérieure à l’origine d’une mortalité supérieure à celle induite par les premières lignées du virus.
Angoisse et perplexité
L’expérience immunologique à ciel ouvert de Manaus incite à préciser le plus rapidement possible les caractéristiques génétiques, immunologiques, cliniques et épidémiologiques des nouveaux variants du SARS-CoV-2 qui plongent la planète dans la perplexité et l’angoisse, aucun pays n’étant à l’abri du scénario brésilien. La surveillance sérologique et génomique généralisée est plus que jamais à l’ordre du jour à un moment où la pandémie reprend du poil de la bête, aidée en cela par la flexibilité que lui offrent les nouveaux variants et leur résistance potentielle face à tous les moyens mis en œuvre dans l’extrême urgence pour la contrer. Le succès de la vaccination dans l’induction éventuelle d’une immunité de groupe pourrait être sérieusement remis en question si certaines des hypothèses suscitées par l’énigme de Manaus se confirmaient.
L’efficacité vaccinale se limiterait alors à protéger les sujets les plus fragiles ou les plus vulnérables ce qui permettrait d’éviter la saturation des hôpitaux. Ce ne serait déjà pas si mal en attendant de pouvoir faire mieux…mais le mystère plane encore sur la métropole amazonienne confrontée à un désastre sanitaire d’une incroyable ampleur qui renvoie aux ravages des grandes épidémies du passé…alors qu’il n’existait ni médicaments ni vaccination.
Dr Philippe Tellier
RÉFÉRENCE
Sabino EC et coll. : Resurgence of COVID-19 in Manaus, Brazil, despite high seroprevalence. Lancet 2021 (27 janvier) : publication avancée en ligne.doi.org/10.1016/ S0140-6736(21)00183-5.
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