« Le grand cafouillage français du séquençage des variants du coronavirus »
Marc Cherki constate à son tour dans Le Figaro que « la France est en retard sur le séquençage. Or cette technique qui permet de connaître l’ensemble du code génétique est cruciale pour surveiller la circulation des variants du coronavirus porteurs de mutations, notamment l’anglais (baptisé B.1.1.7), le sud-africain (B.1.351) et le brésilien (P.1). Un retard qui complique grandement la prise de décision par le gouvernement ».
Le journaliste relève ainsi que « 3 semaines après avoir lancé une « enquête flash », Santé publique France, l’ANRS maladies infectieuses émergentes et le Centre national de référence (CNR) des infections respiratoires à Lyon n’ont toujours pas annoncé un taux précis de la circulation du variant anglais ! ».
Marc Cherki souligne que « seul un séquençage du génome de tous les virus détectés lors des deux jours de l’enquête flash, les 7 et 8 janvier, permettrait d’y voir plus clair. Pour affiner l’estimation initiale, 281 prélèvements devaient d’ailleurs être séquencés. Débordé par la recherche de «clusters» en France, Bruno Lina, virologue et directeur du CNR à Lyon, n’a pas effectué rapidement les séquençages, pour comparer les génomes […] à celui du variant anglais. Une opération qui nécessite 4 jours à une semaine, selon les experts. Et pourtant, des laboratoires privés ont soulagé ses efforts ».
Stéphanie Haïm Boukobza, virologue et biologiste chez Cerba, précise ainsi : « Nous avons identifié 106 prélèvements discordants pour l’enquête flash des 7 et 8 janvier, dont les derniers résultats de séquençage ont été livrés lundi 25 janvier. Nous confirmons […] une forte disparité entre les régions. Avec une circulation plus élevée dans les Hauts de France, dans les Alpes-Maritimes et la Provence ».
Marc Cherki évoque « l’enquête flash des 7 et 8 janvier, qui devrait être renouvelée cette semaine. S’il n’y a pas d’accélération, les résultats de la deuxième enquête ne pourraient être dévoilés que vers la mi-février, soit 2 mois après le repérage du premier variant anglais dans l’Hexagone ! ».
« Il s’agira alors non seulement d’une image en retard par rapport à une situation qui ne cesse d’évoluer, mais cela pourrait même coïncider avec le moment précis où le variant anglais risque de devenir dominant dans le pays… », continue le journaliste.
Bernard Courtieu, président d’IntegraGen, « partenaire de la plateforme de séquençage en microbiologie de l’Institut Pasteur », déclare cependant que « les capacités de séquençage installées en France sont suffisantes si elles sont toutes utilisées ».
Le journaliste relève en outre que « le Pr Jean-Michel Pawlotsky, des hôpitaux universitaires Henri-Mondor de l’AP-HP, précise que dans son hôpital la capacité de 100 séquençages par semaine, a été doublée la semaine dernière. «Et nous allons essayer d’en réaliser 400 cette semaine et de 800 à 1000 les prochaines semaines», promet-il ».
« D’autres capacités existent, mais elles ne sont pas encore utilisées. Dans un courrier, samedi dernier, un conseiller d’Olivier Véran écrivait que les plateformes du laboratoire du Pr Philippe Froguel, à l’université Lille-2, et celles du Centre national en génomique humaine du CEA à Évry seraient mises en réserve pour «des projets de recherche». Puis, dimanche soir, devant l’étendue de la pandémie, le ministre de la Santé leur a finalement demandé de participer aux efforts de séquençage », continue Marc Cherki.
Philippe Froguel remarque ainsi : « Nous avons été bloqués par la bureaucratie au ministère de la Santé. Mais cela fait déjà 15 jours que nous aurions dû passer des commandes pour réaliser 1200 séquençages par semaine. Nous répétons les erreurs de mars 2020 pour les équipements pour les tests PCR ».
Le grand cafouillage français du séquençage des variants du coronavirus
DÉCRYPTAGE – Dans cet exercice, indispensable pour surveiller les modifications du coronavirus susceptibles d’aggraver la pandémie, la France a pris du retard, notamment à cause d’un manque de moyens.
Par Marc Cherki
Publié hier à 21:17, mis à jour il y a 5 heures
La France est en retard sur le séquençage. Or cette technique qui permet de connaître l’ensemble du code génétique est cruciale pour surveiller la circulation des variants du coronavirus porteurs de mutations, notamment l’anglais (baptisé B.1.1.7), le sud-africain (B.1.351) et le brésilien (P.1). Un retard qui complique grandement la prise de décision par le gouvernement. Trois semaines après avoir lancé une «enquête flash», Santé publique France, l’ANRS maladies infectieuses émergentes et le Centre national de référence (CNR) des infections respiratoires à Lyon n’ont toujours pas annoncé un taux précis de la circulation du variant anglais! Sur BFMTV, Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique a répété dimanche que la prévalence était autour de 1,4 % à 1,5 % au niveau national. Mais en fait, personne ne sait quel est le taux réel. Car seul un séquençage du génome de tous les virus détectés lors des deux jours de l’«enquête flash», les 7 et 8 janvier, permettrait d’y voir
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