Face aux mutants, l’immunité des patients déjà infectés et des vaccinés en question
N. H. et D. L. avec Mathilde Boussion (Johannesburg, correspondance)
Plusieurs études semblent indiquer que certains variants commencent à échapper aux anticorps formés contre le virus d’origine
23 Janvier 2021
Un danger peut en cacher un autre. Pour les scientifques, les nouveaux variants nous menacent d’abord en raison de leur plus grande contagiosité et du risque épidémique global qu’ils font peser sur nos têtes. Mais la crainte monte de les voir franchir les barrières érigées peu à peu contre eux : l’immunité des patients déjà infectés et les vaccins en cours d’injection.
Des expériences-clés pour savoir ce qu’il en est vraiment sont en cours, aux résultats très attendus. Elles consistent à cultiver la souche d’un des variants puis à mesurer sur des cellules L’ efficacité de diverses concentrations de sérum de convalescents ou de personnes vaccinées. Mais elles demandent des conditions de sécurité particulières et sont assez lentes à conduire, d’autant qu’il faut tester plusieurs types de sérums, dépendant de l’âge des patients, de la durée de leur infection ou vaccination…
En attendant, des équipes ont déjà rendu publics des résultats recourant à des artefacts, des systèmes qui n’expriment que certaines protéines du virus en particulier la spicule, qui s’accroche aux cellules humaines voire seulement certaines parties. Ainsi, le 7 janvier, une équipe de P!zer expliquait que les anticorps de personnes vaccinées par son produit restaient ecaces contre une mutation particulière du virus celle modi!ant le 501e acide aminé – présente chez le variant anglais, connue pour augmenter la liaison du virus à son hôte. A l’inverse, trois jours auparavant, l’équipe de Jesse Bloom, à Seattle, pointait qu’une autre mutation, sur le 484e acide aminé, présente chez les variants brésiliens et sud-africains, mais pas sur le britannique, réduisait l’eet des anticorps.
Pour l’heure, c’est l’immunité des patients déjà infectés qui soulève le plus d’inquiétude. Une équipe brésilienne a rapporté un premier cas de réinfection d’un patient touché par la première vague et tombé malade à cause du nouveau variant local. De quoi mieux expliquer l’absence manifeste d’immunité de groupe dans des zones comptant plus de 70 % de personnes ayant été atteintes par le virus et censées disposer d’anticorps.
Une étude sud-africaine, publiée le 19 janvier, en preprint, dresse un tableau plus sombre encore. Quarante-quatre sérums de convalescents de la première vague ont été testés contre une spicule arti!cielle imitant au mieux celle du nouveau variant circulant dans le pays avec 9 mutations dans deux régions diérentes de la protéine. La moitié de ces cocktails n’ont pas reconnu la spicule. « C’est indicatif d’un problème à prendre au sérieux, mais ce sont des tests de laboratoire et on a besoin de données cliniques pour les con!rmer », a précisé Penny Moore, la principale auteure, lors d’un webinaire le 18 janvier. « Il est important de clari!er la perte d’activité de ces anticorps et de savoir si les niveaux restent ou non au-dessus de ceux nécessaires contre l’infection ou la réinfection », précise au Monde sa collègue Lynn Morris. Les chercheurs notent d’ailleurs que la moitié des sérums continuant d’être ecaces sont ceux de patients ayant eu un Covid sévère et des hospitalisations.
Cassure de la protéine
Comme si cela ne susait pas, une deuxième étude, également sud-africaine et publiée en preprint, con!rme ce résultat. Cette fois, les chercheurs n’ont étudié que six échantillons sanguins d’anciens malades, mais ils les ont confrontés aux vrais virus mutants. Et le résultat est clair : pour parvenir à neutraliser le pathogène, il leur a fallu 6 à 200 fois plus d’anticorps. « Cela suggère que les mutations du nouveau variant ont fait perdre au virus une grande partie de sensibilité aux anticorps d’origine », conclut le coordonnateur de l’étude, Alex Sigal, de l’Africa Health Research Institute de Durban.
« Il apparaît de plus en plus clair que les variants portant certaines mutations comme la E484K sont moins bien neutralisés in vitro par des sérums de personnes ayant été infectées par les variants du virus ayant circulé jusqu’ici, réagit Etienne Simon-Lorière, de l’Institut Pasteur. Mais ce n’est pas 100 % des cas, et l’ampleur de la réduction est variable. Les sérums de personnes vaccinées ont généralement des titres neutralisant plus élevés que les personnes naturellement exposées, et seule une petite réduction est notée in vitro dans ce cas. »
Beaucoup de ces travaux se concentrent sur une seule protéine, la spicule, et même sur une seule région, celle qui s’attache à l’hôte. Pourtant, d’autres gènes mutent, sans que pour l’instant leur fonction soit bien connue, comme cette suppression partielle de la protéine exprimée par le gène Orf8 chez le variant anglais. De même la région terminale de la spicule, présente souvent des mutations, comme la disparition des 69e et 70e acides aminés, toujours sur ce variant, qui renforcerait la liaison. Une équipe britannique a observé l’apparition de la même mutation sur un patient immunodéprimé et traité avec du plasma de convalescent. Une autre région, située entre les deux, paraît aussi importante car c’est là que la protéine est cassée pour permettre sa pénétration dans les cellules. Or le variant anglais présente justement une modi!cation dans cette zone, sur le 681e acide aminé, qui pourrait faciliter ce clivage et donc l’infection. Mais ni le sud-africain, ni le brésilien n’en sont pourvus.
Toute la diculté tient cependant à l’apparition en paquet de mutations dans les variants. Elle laisse penser qu’il pourrait y avoir des eets collectifs, non prévisibles par la seule étude d’une mutation unique, fût-elle sur la spicule. « Les expériences actuelles ne tiennent pas compte de l’eet des mutations sur les autres protéines. Pour le moment, le rôle de ces autres protéines dans l’infectivité n’est pas démontré, mais c’est un nouveau virus, et donc c’est une possibilité ce phénomène existe chez d’autres virus », souligne Julien Lupo, du CHU de Grenoble.
La question est essentielle, car pour vaincre les anticorps, le variant dispose de deux armes : la force et la ruse. La première consiste à augmenter sa puissance de pénétration dans les cellules humaines. Même accrochés à la protéine, les anticorps risquent de ne pas faire le poids. La seconde vise à leurrer les défenses immunitaires, à changer susamment son apparence pour passer incognito. Il peut même jouer sur les deux tableaux.
« On modi!era le vaccin »
C’est pourquoi les concepteurs de vaccins multiplient les cibles, plusieurs dizaines parfois. De quoi renforcer la détection, mais aussi l’accroche. P!zer et Moderna ont assuré que leur cocktail resterait ecace. Devant l’émoi suscité par son étude, Jesse Bloom a précisé, dans une déclaration sur Twitter, qu’il demeurait convaincu que ces vaccins, à l’ecacité spectaculaire, resteraient performants encore de longs mois. Autre argument avancé : les dernières études analysent les anticorps. Mais la réponse immunitaire engendrée par les vaccins est aussi cellulaire. Rien n’indique encore que les variants la fragiliseraient.
Aussi, la plupart des chercheurs, à l’unisson des autorités sanitaires, martèlent le message : le vrai danger de ces variants reste le risque d’explosion des contaminations. La réponse doit donc être double, renforcer les mesures de protection et accélérer la vaccination. Au risque de doper la production de nouveaux variants et d’en sélectionner un vraiment résistant ? « C’est inéluctable, indique Etienne Simon-Lorière. On fera alors comme avec la grippe, on modi!era le vaccin. » Les tenants de l’ARN messager ont indiqué qu’il leur faudrait juste deux mois pour s’adapter. Certains s’y prépareraient déjà.
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