Publié le 15/01/2021
Indicateurs dans le rouge, variants, R en hausse : une année qui commence mal en France
Paris, le vendredi 15 janvier 2021
– En semaine 1 (du 04 au 10 janvier 2021), les indicateurs épidémiologiques de la Covid-19 virent tous au rouge selon les dernières données de Santé Publique France (tableau 1).
Tableau 1
Indicateurs dans le rouge
L’agence sanitaire impute ce phénomène « aux rassemblements festifs de fin d’année » alors qu’hier, en conférence de presse, Jean Castex saluait, lui, l’esprit de « responsabilité» des Français durant cette période.
Cette remontée épidémique est d’ailleurs confirmée par la surveillance effectuée par l’Observatoire épidémiologique des eaux usées (Obépine) qui effectue des analyses deux fois par semaine dans 90 stations d’épuration de l’Hexagone. Le réseau signale ainsi une remontée de l’épidémie « au niveau national. On note cependant que le rythme de la hausse a ralenti cette semaine » explique Laurent Moulin. Le phénomène serait particulièrement préoccupant en île de France et en région ou PACA où « une marche a été franchie d’un coup », rapportent aux Echos les Marins Pompiers de la cité phocéenne.
« On travaille actuellement sur des techniques qui nous permettraient de détecter les variants en général [dans les eaux usées], et d’évaluer éventuellement leur dynamique au cours du temps dans la population » rapportait aussi au JIM il y a 48 heures, le Pr Marechal qui participe également au réseau Obépine.
Alarme sur les variants
Outre cette remontée épidémique, l’autre motif d’inquiétude est bien sûr l’apparition sur le sol français du nouveau variant britannique, plus contagieux.
Dans ce bulletin hebdomadaire, SPF collige 66 cas d’infections au variant britannique (VOC 202012/01) et trois cas d’infections au variant sud-africain.
SPF détaille également les résultats d’une « enquête Flash » sur le variant anglais menée les 7 et 8 janvier 2021 afin d’établir une première cartographie du niveau de diffusion du variant VOC 202012/01 en France.
Cette recherche a reposé sur une approche en deux étapes appliquée aux prélèvements pour RT-PCR COVID-19 traités lors de ces deux journées par les laboratoires participants. Dans un premier temps, l’utilisation d’un kit RT-PCR commercialisé par la sociétéThermo Fisher Scientific*. Dans un second temps les échantillons avec résultats discordants étaient analysés par séquençage pour confirmation (tous ces séquençages ne sont pas terminés à ce jour…).
La proportion de résultats de RT-PCR discordants, rapportée au total des RT-PCR positives, est de 3,8 %. « Par ailleurs les données actuelles du CNR, dans le cadre de la surveillance des variants sur le territoire français, ont montré que 38 % des résultats discordants étaient ensuite confirmés par séquençage. Sur la base de ces données, il est ainsi possible d’estimer que le variant VOC 202012/01 serait responsable de 1 à 2% des cas de COVID-19 actuellement diagnostiqués en France » estime SPF.
La proportion de résultats de RT-PCR discordants varie par ailleurs d’une région à l’autre, suggérant une présence hétérogène du variant VOC 202012/01 sur le territoire (Tableau 2).
Tableau 2
Cette enquête sera répétée à intervalles réguliers promet l’agence.
Un R de lendemains qui déchantent
Dernier signe inquiétant en France métropolitaine, les estimations du R-effectif établies à partir de trois sources sont supérieures à 1 de façon significative (1,19 pour les données virologiques [tests PCR et tests antigéniques, SI-DEP], 1,06 pour les données d’hospitalisations [SI-VIC] et 1,02 pour les passages aux urgences [OSCOUR®] pour suspicion de COVID-19) et en augmentation pour deux d’entre eux (figure).
Figure
Ces différentes données promettent aux Français des lendemains qui déchantent, déjà symbolisés par le couvre-feu à 18 h établi sur tout le territoire national.
* la perte du signal pour l’une des trois cibles détectables par le kit Thermo Fisher Scientific, générant des résultats de RT-PCR dits « discordants »
F.H.
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