Covid-19 : controverse autour des tests PCR, accusés d’être trop sensibles
Les tests virologiques sont la référence dans le dépistage du virus. Ils font pourtant l’objet de vives critiques, certaines personnes positives présentant en réalité des charges virales très faibles.
Par Delphine RoucautePublié hier à 10h32, mis à jour à 06h17
Malgré l’arrivée récente des tests antigéniques, les tests RT-PCR restent considérés par l’ensemble des acteurs de santé publique comme la référence pour dépister le virus duSARS-CoV-2. D’autant plus à la veille des fêtes de fin d’année, quand près de 26 % des Français seraient prêts à se faire tester avant d’aller voir leur famille, selon un sondage Ifop.
Ce test réalisé en laboratoire est pourtant l’objet de vives critiques. Dans un avis daté du 17 novembre, le conseil scientifique écrit ainsi : « Du fait de leur sensibilité (…), [les tests PCR] peuvent amener à des isolements inutiles dans la mesure où environ 20 % des personnes dépistées PCR positifs (…) présentent une excrétion virale nulle ou faible les rendant non contagieuses. » Alors, les tests PCR sont-ils fiables, et donnent-ils une image exacte de l’épidémie ?
Traquer l’ARN
Le test RT-PCR (pour reverse transcriptase-polymerase chain reaction) se caractérise par une très grande sensibilité (donc très peu de faux négatifs) et une grande spécificité (donc très peu de faux positifs). Les erreurs de manipulation en laboratoire sont toujours possibles mais très rares. A titre d’exemple, dans une publication datée du 17 septembre, le groupe de travail sur le dépistage du Covid-19 en Ontario (Canada) a trouvé un taux de faux positifs inférieur à 0,01 %.
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Pour ce qui est des « faux négatifs », dont on a beaucoup parlé en début d’épidémie, rien ne permet de les quantifier aujourd’hui. S’ils existent, ils ne sont pas liés à la machine PCR, mais au prélèvement de sécrétions effectué sur les patients. « Les écueils qui conduisent à d’éventuels faux négatifs sont les prélèvements mal faits ou faits trop tôt ou trop tard, à des stades de la maladie où la charge virale est moins facilement détectable », explique Lionel Barrand, président du Syndicat des jeunes biologistes médicaux.
Mais que détecte précisément le test PCR ? A partir d’un prélèvement de sécrétions habituellement fait grâce à un grand écouvillon dans la zone nasopharyngée, il consiste à repérer la présence du virus en traquant des parties de son ARN, un brin unique d’acides nucléiques support de son génome. La première étape est celle de l’extraction et de la purification des molécules d’ARN grâce à des kits commerciaux vendus par les fabricants de machine PCR. La machine va ensuite répliquer ses brins d’ARN de manière exponentielle afin d’obtenir un signal suffisant pour détecter des séquences de gènes présents dans le génome du virus.
Chaque machine a toutefois son propre manuel d’utilisation, spécifiant à partir de quel seuil l’excrétion virale n’est plus jugée significative
L’enjeu du test PCR est ainsi de déterminer le nombre de cycles d’amplification nécessaire pour lire clairement la présence d’ARN du virus. Cette valeur est appelée Ct (pour cycle threshold en anglais, soit « seuil de cycles ») et c’est autour d’elle que se noue la controverse. Elle est en effet importante, même si elle ne permet pas de quantifier avec précision la charge virale. « Le nombre de cycles est un marqueur indirect de la charge virale », souligne Anne Goffard, virologue enseignant à la faculté de pharmacie de Lille. Si on voulait réellement la quantifier, il faudrait comparer la valeur de Ct d’un prélèvement à celle d’échantillons témoins dont on connaît précisément la charge virale. « Mais il s’agit d’un standard non adapté à l’urgence de l’épidémie », regrette la chercheuse, car cette technique prend du temps.
La valeur de Ct est donc un reflet – imparfait – de la charge virale : plus elle est élevée, plus la charge virale est faible. Selon la HAS, elle doit être comprise entre 35 et 40 pour qu’un test soit considéré comme positif. Au-delà, il est négatif. Chaque machine a toutefois son propre manuel d’utilisation, spécifiant à partir de quel seuil l’excrétion virale n’est plus jugée significative.
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Pour permettre les comparaisons, la Société française de microbiologie (SFM) a proposé, dans un avis rédigé à la demande de la direction générale de la santé, un tableau de correspondances entre les différentes machines utilisées en France et celle utilisée par les centres nationaux de référence. La SFM préconise ainsi que s’il faut 37 cycles ou plus pour détecter l’ARN, le résultat doit être considéré comme négatif. Il faut bien noter que des brins d’ARN peuvent être retrouvés dans les échantillons plus de soixante jours après les premiers symptômes, donc bien après la guérison des patients.
Pratiques disparates
Une autre préconisation a fait particulièrement débat : pour une Ct comprise entre 33 et 37 cycles, le résultat peut être considéré comme « positif faible », c’est-à-dire que l’ARN viral est bien présent mais le patient a « une excrétion virale modérée, voire très faible ». En appliquant les recommandations de la SFM a posteriori, la société OpenHealth a refait l’analyse d’échantillons prélevés d’avril à septembre par un laboratoire du Morbihan et a trouvé que 33 % des 786 cas déclarés « positifs » pouvaient être catégorisés « positifs faibles ». Patrick Guérin, président de la société, et Didier Sicard, ancien président du Comité consultatif national d’éthique (CCNE) pour les sciences de la vie et de la santé, en ont conclu dans une tribune au Monde que « des personnes ont été confinées par milliers inutilement, alors qu’elles n’étaient plus contagieuses, et ce pour un coût exorbitant pour les finances publiques et l’activité économique »
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Mais Sonia Burrel, qui a rédigé l’avis de la SFM, précise bien qu’« il n’y est pas énoncé de données quant à la contagiosité éventuelle, mais des informations sur l’excrétion virale uniquement ». Certes, il est admis que la contagiosité est généralement proportionnelle à la charge virale, mais il ne faut pas perdre de vue que les personnes présentant des symptômes favorisant la propagation du virus, comme la toux, seront plus enclines à transmettre le virus à d’autres, même à faible charge virale.
« Il faudrait des recommandations claires sur le nombre de cycles à partir desquels on doit considérer que l’excrétion virale est faible, et donc le sujet porteur du virus jugé non contagieux » Carole Poupon, présidente du Syndicat national des biologistes hospitaliers
Par ailleurs, si le test est fait dans la phase ascendante de la maladie, un test réalisé quelques jours plus tard révélera une excrétion virale bien plus forte. Impossible donc de conclure à la contagiosité d’un patient à partir d’un seul résultat biologique. « Sans corrélation avec l’histoire clinique du patient, la mention d’une valeur Ct ne sert pas à grand-chose », conclut Didier Trono, virologue membre de la Task force Covid-19 de la Confédération suisse.
C’est pourquoi, selon Anne Goffard, il ne faut pas « indiquer la valeur Ct sur le résultat d’un test PCR, sauf si ce résultat est adressé à un professionnel. C’est prendre le risque que le patient interprète mal le risque biologique ».Aujourd’hui, les pratiques sont disparates. « Certains laboratoires indiquent la valeur de Ct dans leurs résultats, d’autres donnent directement leur interprétation selon les recommandations de la SFM », explique Jean-Claude Azoulay, vice-président du Syndicat national des médecins biologistes. Une situation qui nécessiterait clarification. « Il faudrait des recommandations claires émanant des autorités compétentes sur le nombre de cycles à partir desquels on doit considérer que l’excrétion virale est faible, et donc le sujet porteur du virus jugé non contagieux. Pour le moment, ce choix revient à la responsabilité du biologiste », plaide Carole Poupon, présidente du Syndicat national des biologistes hospitaliers.
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A la suite de l’avis de la SFM, le Haut Conseil de la santé publique a été saisi par le ministère de la santé pour identifier la manière dont la valeur de Ct pourrait être utilisée en pratique courante et élaborer des préconisations quant à la stratégie de prise en charge et de gestion des personnes ayant un résultat « positif » ou « positif faible ». « Ces travaux sont toujours en cours », assure la DGS. Selon Didier Trono, « dans un système de traçage idéal, il faudrait avoir systématiquement les valeurs de Ct pour pouvoir mener des études à large échelle étudiant la corrélation entre Ct et la contagion », et ainsi éclairer les politiques d’isolement des cas positifs.Notre sélection d’articles sur le coronavirus
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Covid-19 : la demande massive de tests avant les fêtes place le système en surchauffe, au risque d’effets pervers
Les professionnels de santé constatent une forte affluence des Français et s’interrogent sur l’efficacité sanitaire de ces dépistages massifs.
Par Richard Schittly(Lyon, correspondant), Laurie Moniez(Lille, correspondance) et Claire Mayer(Bordeaux, correspondante)
Publié hier à 10h50, mis à jour à 10h49
Après la vague des contaminations, celle des tests. A la veille des fêtes de Noël, laboratoires, pharmacies et centres hospitaliers se préparent à affronter une demande massive de tests de détection du Covid-19. Les premiers signaux sont là. En face de la gare de Lille Flandres, le nombre des tests antigéniques a doublé en début de semaine sur le « drive » mis en place par la Grande pharmacie de Paris. L’officine a effectué une soixantaine de tests durant la journée de lundi. Elle est passée à cent dix mardi.
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« On ne peut plus prendre de rendez-vous depuis mercredi, c’est ingérable », témoigne Camille Paolucci, secrétaire de la pharmacie lilloise. Même phénomène avant-coureur dans la région Auvergne-Rhône-Alpes. « Après une période de calme, la demande redémarre, les clients veulent absolument se rassurer pour passer les fêtes en famille, les files d’attente recommencent à se former », explique Hugues Videlier, président de l’ordre régional des pharmaciens.
« Vite surchargés »
Les laboratoires constatent une tendance similaire. « En une semaine, les demandes de rendez-vous ont doublé, à un niveau que nous n’avions pas connu depuis le début du deuxième confinement », indique Hervé Lelièvre, responsable biologiste chez Eurofins CBM-69, qui compte sept sites dans l’agglomération lyonnaise. Les appels se multiplient, les agendas commencent à saturer dans les laboratoires. A Mérignac, près de Bordeaux, le lundi 21 décembre affiche déjà complet pour le laboratoire Exalab. « On a ouvert des créneaux prioritaires pour ceux qui ont des symptômes, pour les cas contacts et ceux qui doivent prendre l’avion. Nous sommes vite surchargés », confie une laborantine. Une de ses collègues s’inquiète : « A ce rythme-là, nous n’aurons plus de places pour les malades. »
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La demande varie selon le type de tests. Les tests antigéniques enregistrent une forte hausse. La situation est différente pour les tests PCR, sans doute en raison du délai nécessaire. « Avec le confinement et l’arrivée des tests antigéniques dans les pharmacies, la demande s’est effondrée », constate Guillaume Obert, directeur de Biopath, dans les Hauts-de-France. Sur sa cinquantaine de centres de prélèvement, celui de Leers, dans le Nord, mis en place en octobre, affichait une capacité de 3 000 tests par jour : il a effectué 250 tests quotidiens la semaine dernière.
Sans vraiment connaître l’ampleur du rebond épidémique qui s’annonce, les biologistes s’organisent. « On s’attend à de l’affluence mais ce n’est pas comme en octobre avec la vague de l’épidémie », se rassure Joséphine Pierard. La directrice des laboratoires Synlab, dans les Hauts-de-France, anticipe un nouveau pic de tests : le nombre de machines a été multiplié par cinq. A Bordeaux, le centre hospitalier universitaire (CHU) a renforcé ses plages horaires, cours Mably et place Pey Berland.
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Depuis le début de la crise, les Hospices civils de Lyon (HCL) et la mairie ont mis en place un centre de dépistage dans le palais des sports de Gerland, d’une capacité de 2 200 tests PCR par jour. « Nous sommes préparés. Nous avons près de 100 000 tests en réserve, la mécanique est rôdée. Mais nous sommes dans l’expectative », reconnaît le professeur Frédéric Laurent, responsable du site de Gerland. Cette semaine, le site-phare des HCL a enregistré 250 tests mardi 15 décembre, 350 mercredi et 400 jeudi. La courbe monte, même si elle reste encore éloignée du pic de 1700 tests, au plus fort de la crise. Les délais des résultats des tests PCR ont beau baisser (la moitié en moins de huit heures, 90 % en moins de douze heures), le public semble privilégier les tests antigéniques, au résultat quasi immédiat.
« On rate un positif sur deux »
Les professionnels craignent tous un emballement de dernière minute. « A la fin de l’été, le langage des pouvoirs publics n’était pas clair. Il poussait tout le monde à se faire tester systématiquement avant la reprise du travail. On a été complètement assailli, il y avait des incivilités dans les files d’attente », se souvient le docteur Henry-Pierre Doermann. Le président de l’Union régionale des professionnels de santé (URPS – biologistes) de Nouvelle-Aquitaine pressent le retour d’un mauvais scénario, où l’on multiplie les tests pour se rassurer, sans véritable efficacité sanitaire à la clé
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« Les pouvoirs publics veulent montrer à la population qu’ils sont en mesure de tester en déployant des tests antigéniques qui sont très mauvais chez les gens qui n’ont pas de symptômes. On rate un positif sur deux avec ces tests, ce sont des bombes car les gens vont se croire non contagieux » prévient Henry-Pierre Doermann. Le médecin redoute aussi de mauvaises pratiques dans la précipitation. Sentiment partagé par Hugues Videlier, président des pharmaciens d’Auvergne-Rhône-Alpes : « Le test antigénique est facile à faire, mais il faut des règles strictes d’hygiène et une organisation précise. La pression du public est forte, les patients sont stressés, ils nous prennent à partie parce qu’ils ont entendu des spécialistes parler à la télévision, c’est compliqué. »
« Le test antigénique n’a pas une sensibilité très bonne, de l’ordre de 50 % des cas détectés. Il est très bien pour relever les cas positifs. Avant Noël, pourquoi pas. Mais ce n’est pas du tout une assurance, des patients positifs et non détectés risquent de repartir dans la nature. Les gens risquent d’être moins vigilants », estime Frédéric Laurent, à Lyon.
Vaccins contre le Covid-19 : médecins et scientifiques demandent plus de transparence
Dans la région Auvergne-Rhône-Alpes, de nombreux professionnels de santé s’interrogent sur les effets de la campagne lancée par Laurent Wauquiez, entre les 16 et 23 décembre. Le président (LR) du conseil régional a déployé un millier de sites et commandé plus de deux millions de tests antigéniques. Son objectif : « Offrir à tous les habitants la possibilité de se tester avant les fêtes de Noël », en promettant de délivrer une information fiable à chaque visiteur. Au lancement de l’opération, mercredi, une centaine de personnes ont rejoint la tente au logo de la région, place Carnot, à Lyon, et autant près de la gare de la Part Dieu. « La plus-value sur le plan de la santé publique n’est pas avérée », a réagi Grégory Doucet, le lendemain. Le maire de Lyon (EELV) affirme avoir reçu un courrier du professeur Jean-François Delfraissy, dans lequel le président du conseil scientifique préconise une campagne de dépistage début janvier, pour véritablement mesurer la circulation du virus.Notre sélection d’articles sur le coronavirus
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