Publié le 15/12/2020
Un nouveau variant du SARS-CoV-2 sous surveillance en Grande-Bretagne
Londres, le mardi 15 décembre 2020
– Le ministre de la Santé britannique Matthew Hancock a informé hier la chambre des Communes qu’un nouveau variant de SARS-CoV-2 avait été identifiée dans plusieurs localités du pays. « Nous avons actuellement identifié plus de 1 000 cas avec ce variant principalement dans le sud de l’Angleterre, même si des cas ont été répertoriés dans 60 circonscriptions différentes » a détaillé le ministre de la Santé. Difficile de savoir si ce variant peut expliquer la flambée de cas à laquelle la Grande-Bretagne est une nouvelle fois confrontée. Matthew Hancock s’est d’une manière générale montré très prudent concernant les conséquences potentielles de l’émergence de cette nouvelle souche.
Relevant qu’elle « pourrait être associée » à une propagation plus rapide du virus et de la maladie, il insiste cependant pour rappeler que les certitudes manquent. De la même manière, les premiers éléments semblent écarter le risque que l’infection provoquée par cette nouvelle souche soit plus pathogène. Enfin, alors que la Grande-Bretagne a été le premier pays au monde la semaine dernière à commencer l’immunisation de sa population avec le vaccin Pfizer/Biontech, Matthew Hancock a tenu à rassurer en affirmant que pour l’heure il n’y avait aucun élément permettant de considérer que cette souche affaiblirait l’efficacité du vaccin.
Ne pas céder à l’alarmisme
La communauté scientifique fait majoritairement écho à l’attitude du ministre de la Santé. Elle rappelle ainsi que l’apparition de nouvelles souches virales est fréquente (concernant le coronavirus une mutation avait par exemple été repérée en Espagne à la fin de l’été) et que ce phénomène n’a pas nécessairement de conséquences majeures sur la dynamique de l’épidémie ou la gravité des infections. Aussi, beaucoup invitent à ne pas céder une fois encore à l’alarmisme ou au sensationnalisme. Ainsi, le professeur Alan McNally (Université de Birmingham), a déclaré à la BBC: « Ne soyons pas catastrophistes ou hystériques. Cela ne veut pas dire que c’est forcément davantage transmissible ou infectieux ou dangereux. Des efforts majeurs ont été déployés pour caractériser le variant et comprendre son émergence. Il est important de conserver une approche rationnelle, d’autant plus qu’il s’agit d’une évolution virale normale et nous nous attendons à ce que de nouveaux variants apparaissent et disparaissent et émergent avec le temps » commente-t-il cité par la BBC. Lui faisant écho, Jonathan Ball, professeur de virologie moléculaire à l’Université de Nottingham, remarque : « Les caractéristiques génétiques de nombreux virus peuvent changer très rapidement et parfois ces changements peuvent bénéficier au virus (…) mais de nombreux changements n’ont aucun effet (…) Par conséquent, il est important que nous étudions toutes les modifications génétiques au fur et à mesure, afin de déterminer si elles affectent le comportement du virus, et tant que nous n’aurons pas effectué ce travail important, il est prématuré de faire des déclarations sur les impacts potentiels de la mutation du virus». Ainsi, une surveillance active a été immédiatement mise en place afin notamment que l’ensemble des laboratoires du pays puissent identifier et notifier les nouvelles souches virales.
L.C.
Publié le 11/11/2020
SARS-CoV-2 : allo Houston, nous avons un nouveau SNP !
A Houston (Texas), le premier cas de Covid-19 a été diagnostiqué le 5 mars 2020 et en l’espace d’une semaine le virus a commencé à diffuser au sein de la communauté de cette métropole et de sa région qui comptent environ sept millions d’habitants. La première vague a culminé vers le 15 avril et décliné à partir du 15 mai. Cependant, fin mai il était clair qu’une seconde vague allait suivre, plus puissante et plus prolongée.
D’une vague à l’autre
La transition entre les deux vagues peut se situer autour du 11 mai. Le génome du SARS-CoV-2 a-t-il connu des variations significatives d’une vague à l’autre ? La réponse à cette question semble bien être positive d’après une étude publiée dans la revue étatsunienne mBio. Celle-ci s’appuie sur l’analyse du génome de 5 085 souches du SARS-CoV-2 recueillies respectivement au tout début de la première phase (début mars) de la pandémie et au cours de la seconde (début juillet). Elle fait appel à une méthodologie lourde et complexe propre à la génétique moléculaire couplée ici à l’intelligence artificielle pour comparer les milliers de génomes entre eux et identifier les mutations ponctuelles significatives. Par ailleurs, les résultats de l’analyse génomique ont été confrontés aux données démographiques, cliniques, biologiques et pronostiques recueillies chez les malades hospitalisés ou non.
Seconde vague : 99,9 % de souches Gly614 parmi bien d’autres génotypes
Une majorité des souches identifiées lors de la seconde vague (99,9 %) a été caractérisée par la présence d’un SNP (single nucleotide polymorphism) en l’occurrence le variant Gly614 correspondant au remplacement d’un acide aminé par un autre, la glycine (Gly) à la place de l’asparagine (Asp). Lors de la première vague, ce SNP n’était rencontré que dans 82 % des cas (p<0,0001). Il existait par ailleurs une grande hétérogénéité des génotypes témoignant de l’intervention de clades multiples, ceux qui ont présidé à la propagation de l’épidémie en Asie puis en Europe par le biais des voyages et des transferts intercontinentaux, mais aussi d’un état à l’autre à l’échelon des Etats-Unis.
Les génotypes de la seconde vague sont apparus un peu moins diversifiés, en tout cas largement dominés par le variant Gly614, témoignant sans doute d’une autre vie pour le virus installé dans la métropole texane, lequel aurait déposé ses valises pour prospérer in situ et reprendre son souffle…
Le domaine RBD : région sensible du génome viral
C’est d’ailleurs dans une région bien précise du génome viral que siègent la plupart des mutations connues ou hypothétiques, notamment celle qui correspond au variant Gly614, en l’occurrence un assemblage de gènes qui codent pour la protéine spike largement impliquée dans la contagiosité de la maladie et la cible de la plupart des vaccins. C’est ce site du génome qui conditionne également le potentiel infectieux du virus dans les cultures cellulaires et qui est le plus critique dans l’adaptation du virus à son environnement. Le domaine de liaison au récepteur – le RBD ou receptor binding domain– est concerné en priorité par la plupart des mutations vitales pour le virus. D’ailleurs, la présence du variant Gly164 diminue la réactivité vis-à-vis d’un anticorps monoclonal neutralisant tel le CR322 : la pression immunitaire exercée par l’hôte favoriserait l’apparition des variants.
Corrélation entre le variant Gly614 et la charge virale
Les données génomiques ont été très partiellement corrélées aux caractéristiques des patients infectés : la souche mutante semblait associée à une charge virale plus élevée dans le nasopharynx au moment du diagnostic. En revanche, aucune relation étroite n’a été établie entre le génome viral et la sévérité de la maladie. Ces résultats qui sont propres à la métropole de Houston n’en sont pas moins précieux pour d’autres régions du globe. En effet, ils suggèrent que le SARS-CoV-2 est bel et bien capable de muter rapidement- en quelques mois- pour s’adapter à la pression immunitaire de l’hôte et aux réactions les plus diverses émanant des systèmes auxquels il s’attaque.
Cette adaptation du virus qui est pressentie de longue date n’est pas sans conséquence : elle risque d’interférer avec les médicaments antiviraux en lice qui n’ont du reste pas fait preuve d’une grande efficacité à l’heure actuelle. Elle amène aussi à réfléchir sur les vaccins en cours de développement qui n’intègrent pas et, pour cause, les mutations ni présentes ni à venir. En tout cas, elle peut expliquer une augmentation de la contagiosité de l’infection, le virus se transmettant plus facilement pour assurer sa survie, sans pour autant augmenter la mortalité ou la sévérité de la maladie.
D’autres études dans d’autres métropoles seraient bien utiles pour donner plus de poids à ces résultats et se faire une idée des mutations en cours d’un point de vue qualitatif et quantitatif : les SNPs méritent d’être inventoriés et décrits, mais aussi appréhendés en termes de prévalence et de signification clinique, épidémiologique ou encore pronostique. L’étude citée en référence peut faire office de modèle difficile à répliquer à moins de disposer en réserve des souches virales de la première vague …
Dr Philippe Tellier
RÉFÉRENCE
Long SW et coll. : Molecular Architecture of Early Dissemination and Massive Second Wave of the SARS-CoV-2 Virus in a Major Metropolitan Area. mBio 2020 ;11 :e02707-20. doi.org/10.1128/mBio.
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