Comment les tests antigéniques compliquent les calculs d’indicateurs-clés de l’épidémie de Covid-19
Publié le 27 novembre 2020 à 18h57 – Mis à jour le 27 novembre 2020 à 19h31Lecture 2 min.
Pour enclencher la deuxième étape du déconfinement le 15 décembre, il faut rester en dessous ou « autour des 5 000 contaminations par jour », a martelé Emmanuel Macron, lors de son allocution télévisée mardi 24 novembre. Ce nombre quotidien de nouvelles personnes atteintes du Covid-19 a déjà considérablement baissé ces dernières semaines.
Jeudi 26 novembre, moins de 14 000 nouveaux cas ont ainsi été remontés à l’agence Santé publique France (SPF), chargée de la surveillance épidémiologique. Parmi ces cas détectés, 12 % ont été confirmés grâce à des tests antigéniques, ces procédures de dépistage rapide qui peuvent être effectués par des pharmaciens, des infirmiers et des médecins depuis octobre, mais qui sont jugés moins fiables que les tests PCR effectués en laboratoire.
Cependant, ce nombre de nouvelles contaminations doit être analysé avec prudence, car il agrège des données issues de deux bases différentes.
Depuis le mois de mai, la totalité des résultats des tests PCR est intégrée dans la base nominative Sidep (pour service intégré de dépistage et de prévention). Mais les soignants qui pratiquent les tests antigéniques rapides, hors laboratoires, n’ont pu renseigner ce fichierqu’à partir du 16 novembre, et ont parfois rencontré des difficultés. Depuis, SPF observe les données remplies sans les utiliser, le temps de s’assurer de leur qualité : c’est une phase « tout à fait normale », expliquait dans un point presse le 20 novembre, Yann Le Strat, responsable de la direction appui, traitements et analyses des données de SPF.
Impossible d’identifier d’éventuels doublons
En attendant, SPF utilise les données issues du fichier Contact Covid qui permet à l’Assurance-maladie d’assurer le suivi des cas contacts des malades, pour décompter les nouveaux cas confirmés via les tests antigéniques.
Cette méthode comporte plusieurs limites. Il est pour l’instant impossible, par exemple, d’identifier d’éventuels doublons. Si un patient positif a passé un test RT-PCR et un test antigénique, il risque d’être comptabilisé deux fois même si ce cas de figure est a priori peu répandu.
« Il n’est pas non plus possible d’évaluer l’exhaustivité de la remontée des tests antigéniques dans la base Contact Covid », note SPF dans son point hebdomadaire le 26 novembre. En clair, on ne compte que les personnes qui ont le virus, et non pas toutes celles qui se sont fait tester.
Conséquence : les indicateurs relatifs à la circulation du virus, très scrutés par les autorités sanitaires et politiques, sont fragiles. Impossible, par exemple, de calculer le taux de positivité sur l’ensemble des tests, puisqu’on connaît le nombre de cas positifs par des tests antigéniques, mais pas le nombre total de tests antigéniques pratiqués. Il faut aussi prendre ses précautions en analysant les taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) par département ou par région présentés sur Géodes, ou calculés à partir des données de Data.gouv.fr Ils sont exclusivement calculés sur la base des résultats des tests RT-PCR et donc légèrement sous-estimés.
SPF a fait le calcul : sur la période du 16 au 22 novembre, en comptabilisant les tests antigéniques, le taux d’incidence de Covid-19 en France est 12 % supérieur à un décompte réalisé uniquement à partir des tests PCR.L’écart est encore plus important dans certaines régions, comme l’Ile-de-France (+ 26 % avec les tests antigéniques) ou l’Auvergne-Rhône-Alpes (+ 13 %). SPF précise toutefois que cela ne modifie pas « la tendance qui reste à la diminution » de la circulation du virus.
Quand pourra-t-on avoir accès aux données des tests antigéniques renseignées dans Sidep, pour avoir un aperçu plus exhaustif du dépistage ? « Très prochainement », assure SPF dans son point hebdomadaire, sans toutefois indiquer de date précise.
Santé-Environnement-Politique 