Le virus qui sévit actuellement en Europe ne serait pas le même qu’au printemps
Depuis son apparition à Wuhan, le coronavirus a subi de nombreuses micromutations. Les spécialistes disent que cela est normal et qu’un virus mute progressivement. Ces mutations modifient certains détails de son génome, sans conséquences sur sa nature. Mais la brutalité de la « deuxième vague » que nous subissons actuellement, alors que la première s’est quasiment éteinte durant l’été, interroge bon nombre d’épidémiologistes. Des chercheurs suisses et espagnols tranchent cette question : ils viennent de publier les résultats d’une étude mettant clairement en évidence que le virus circulant actuellement en Europe est apparu cet été en provenance d’Espagne : il serait un variant du coronavirus d’origine. Les chercheurs se gardent toutefois d’affirmer s’il est plus ou moins méchant ; mais ce qui est sûr, c’est qu’il se propage très rapidement.
Des chercheurs suisses et espagnols viennent de publier dans la revue médicale medRxiv un article décrivant l’émergence d’un variant important du virus SARS-Cov-2. Selon eux, « Un variant du SRAS-CoV-2 est apparu au début de l’été 2020, vraisemblablement en Espagne, et s’est depuis répandu dans plusieurs pays européens. Ce variant a été observé pour la première fois en Espagne en juin et se trouve à des fréquences supérieures à 40 % depuis juillet ».
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v1.full
Les chercheurs ont retrouvé dans une proportion de 40 % à 70 % ce variant du virus dans plusieurs pays tels que la Suisse, l’Irlande, le Royaume-Uni, la Norvège, la Lettonie, les Pays-Bas et la France.
La chasse au génome
Après son apparition à Wuhan fin 2019 (Comité d’urgence de l’OMS, 2020), le SRAS-CoV-2 a provoqué une pandémie mondiale qui a entraîné des efforts sans précédent pour réduire la transmission et mettre au point des thérapies et des vaccins. La propagation du virus à travers le monde a été suivie grâce à l’analyse phylogénétique des séquences du génome viral qui ont été et sont encore générées à un rythme bien plus élevé que pour tout autre agent pathogène. Plus de 157.000 génomes complets sont disponiblesdans la base de référence GISAID à ce jour.
L’analyse systématique de ces séquences du génome du virus ont permis non seulement de suivre sa propagation dans le monde, mais aussi de surveiller les mutations qui pourraient modifier la transmission, la pathogénèse ou les propriétés antigéniques du virus. Une mutation en particulier, D614G dans la protéine du pic, a fait l’objet de beaucoup d’attention. Cette variante a été à l’origine d’importantes épidémies en Europe au début de 2020 et a ensuite dominé les épidémies en Amérique, remplaçant ainsi largement les lignées précédemment en circulation. Cette augmentation rapide a conduit à la suggestion que cette variante était plus transmissible que le virus originel détecté à Wuhan en Chine.
Une nouvelle variante
Au tout début de l’année 2020, alors que les frontières entre les pays et les voyages étaient largement ouverts, les variantes virales en circulation se sont distribuées dans le monde entier. Jusqu’à l’été 2020, les voyages intercontinentaux étaient supprimés du fait des mesures de confinement. Cette situation a permis l’émergence de variantes spécifiques à chaque continent. C’est ainsi qu’en Europe, une variante importante du virus a émergé et s’est propagée sur tout le continent européen du fait de l’ouverture des frontières décidées le 15 juin 2020.
Les nouvelles séquences génétiques de ce virus dénommé « 20A.EU1 » diffèrent des séquences ancestrales « à 6 positions ou plus, y compris la mutation A222V dans la protéine de pointe et A220V dans la nucléoprotéine ». Les chercheurs ont également observé que « la taille de 20A.EU1 a rapidement augmenté au cours de l’été et représente désormais une grande partie des séquences dans plusieurs pays européens. » Cette dynamique peut être suivie quasiment en temps réel sur nextstrain. La structure des groupes pour 20A.EU1 peut être consultée ici.
L’épidémiologie génomique en temps réel permet aux scientifiques du monde entier de suivre la propagation d’un agent pathogène grâce aux mutations qui se sont accumulées dans le génome au cours de la réplication virale. La grande majorité de ces mutations sont peu pertinentes sur le plan fonctionnel et servent simplement de marqueurs neutres qui peuvent être utilisés pour relier des variantes apparentées. Cette caractéristique conduit à estimer que les mutations sont mineures et n’ont aucune incidence sur la nature intrinsèque du virus et de la maladie qu’il porte. Contrairement à ce que se plaisent à dire certains médias, nous ne devrions pas craindre de « virus mutant » ou de « Frankenvirus »* rendant le coronavirus encore plus dangereux. L’Inserm s’est ainsi attaché à publier un communiqué pour calmer ces inquiétudes et fantasmes.
Propagation rapide de la nouvelle variante
Pourtant les chercheurs suisses et espagnols qui ont publié la dernière recherche insistent sur l’importance des mutations qu’ils ont observées. Selon eux, certaines mutations sont adaptatives et augmentent en fréquence parce qu’elles augmentent le taux auquel le virus se transmet. De telles adaptations sont normalement attendues après une zoonose lorsqu’un agent pathogène n’est pas encore totalement adapté à son nouvel hôte ou chez les agents pathogènes endémiques qui échappent à une immunité préexistante, comme c’est le cas par exemple des virus de la grippe saisonnière.
Mais lors d’une épidémie dynamique, il est particulièrement difficile de dire sans ambiguïté si une variante particulière augmente en fréquence parce qu’elle présente un avantage intrinsèque ou en raison de facteurs épidémiologiques. En fait, écrivent les chercheurs, « selon une tautologie, tout nouveau grand groupe doit avoir grandi récemment et de multiples sources de preuves indépendantes sont nécessaires pour étayer un potentiel de transmission intrinsèquement élevé ».
Malgré ces difficultés, les auteurs de l’étude de MedXRiv relèvent une fréquence élevée de cette variante dans plusieurs pays européens qu’ils attribuent en premier lieu aux voyages entre pays. Mais ils observent aussi « une croissance constante et rapide de cette variante dans plusieurs pays avec une fréquence supérieure à 50 % dans certaines localités. » Ils observent même que « sa fréquence au Royaume-Uni a continué à augmenter même après l’arrêt des voyages sans quarantaine et la fin de la principale période de voyage en été ». Dès lors, tout porte à croire que cette variante du virus a pris un avantage concurrentiel sur les autres et se transmet beaucoup plus rapidement.
Cette hypothèse devra être corroborée par des études complémentaires car on peut aussi penser que l’accélération de la propagation de cette variante ait pu coïncider avec l’arrivée de nouveaux facteurs saisonniers. Ceci constituerait alors une explication alternative ou complémentaire.
Dans le même ordre d’idées, les chercheurs rappellent qu’il est impératif de comprendre si la nouvelle variante a une incidence sur la gravité de la maladie. « Jusqu’à présent, nous ne disposons d’aucune preuve d’un tel effet » affirment-ils. La faible mortalité pendant l’été en Europe s’explique principalement par un changement marqué dans la répartition par âge des cas confirmés et cette variante n’était pas encore suffisamment répandue en juillet et août pour avoir eu un effet important. Au fur et à mesure que les séquences et les résultats cliniques des patients infectés par cette variante seront disponibles, il sera possible de mieux déduire si cette lignée a un impact sur le pronostic de la maladie.
Deuxième vague ou attaque nouvelle ?
Tout le monde a été surpris de la « brutalité » de la « deuxième vague ». Certains épidémiologistes avaient prédit cette arrivée mais rares sont ceux qui envisageaient qu’elle soit aussi importante. De plus, les scientifiques spécialisés dans les épidémies de coronavirus avaient insisté sur la nature des courbes de propagation de ce type de virus qui montrent toujours, après un pic sévère, une chute brutale voire une disparition des contaminations. La « deuxième vague » les a laissés perplexes car la dynamique de l’épidémie n’était pas habituelle. L’étude de medRxiv pourrait être une explication. Et s’il ne s’agissait pas d’une « deuxième vague » mais plutôt d’une attaque nouvelle, celle d’un virus qui aurait acquis des variantes lui permettant de se distinguer de son modèle originel ?
Cette hypothèse n’est pas validée scientifiquement, il s’agit d’une intuition spéculative que des médecins comme le fameux professeur Raoult n’hésitent pas à avancer. Lors d’une longue interview accordée ce 27 octobre au journaliste David Pujadas sur LCI, il affirmait que nous étions en présence d’une deuxième épidémie avec un virus variant. C’est la raison pour laquelle, selon lui, certaines personnes pouvaient être infectées deux fois, chose impossible normalement car cela remettrait en cause le principe même de la vaccination, mais qui est pourtant observé. Il en tire la conclusion que nous sommes en présence d’un autre variant du virus qui le rend différent. L’étude des chercheurs suisses et espagnols semble commencer à lui donner raison.
Des mutations rendant le SARS-CoV-2 plus dangereux, vraiment ?
https://presse.inserm.fr/des-mutations-rendant-le-sars-cov-2-plus-dangereux-vraiment/41099/
Que sait-on aujourd’hui sur les mutations du coronavirus à l’origine de la Covid-19 ? Et que peuvent-elles nous apprendre sur l’évolution possible de la pandémie ? Canal Détox coupe court aux fausses infos.#Detox immunologie | #Détox Santé Publique Le 12 oct. 2020 – 15h59 | Par INSERM (Salle de presse)
Coronavirus SARS-CoV-2 responsables de la maladie COVID-19 accrochés aux cellules épithéliales respiratoires humaines ©M.Rosa-Calatraval/O.Terrier/A.Pizzorno/E.Errazuriz-cerda
À plusieurs reprises depuis le début de la pandémie, l’idée que des mutations auraient rendu le virus plus dangereux a régulièrement été évoquée. Tout au long du mois de septembre, l’affirmation inverse, selon laquelle le SARS-CoV-2 serait devenu moins dangereux suite à des mutations survenues au cours de l’été, circulait aussi sur les réseaux sociaux.
Que sait-on aujourd’hui sur les mutations du coronavirus à l’origine de la Covid-19 ? Et que peuvent-elles nous apprendre sur l’évolution possible de la pandémie ? Canal Détox coupe court aux fausses infos.
Tous les virus peuvent muter. Après avoir infecté nos cellules, ceux-ci se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des « erreurs » : les fameuses mutations. Le matériel génétique des copies virales diffère alors du matériel génétique du virus de départ.
Si ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, elles peuvent dans certains cas avoir un impact, par exemple sur la transmissibilité ou sur la virulence du virus. Les mutations expliquent aussi le passage d’un virus d’une espèce à une autre : elles jouent un rôle dans l’adaptation du virus au nouvel hôte.
En comparaison avec les virus à ADN, les virus à ARN (comme par exemple le virus de la grippe ou le VIH) ont tendance à muter plus rapidement et plus fréquemment. Les coronavirus, qui sont également des virus à ARN, sont néanmoins plutôt stables car ils produisent une enzyme correctrice d’erreurs, appelée « exoribonucléase ». Le SARS-CoV-2 muterait ainsi environ deux fois moins rapidement que les virus grippaux.
Erreurs dans la réplication virale
Cela dit, des erreurs lors de la réplication virale restent possibles, ce qui pousse les virologues à surveiller la manière dont ce nouveau coronavirus évolue. L’enjeu n’est pas seulement de réussir à identifier d’éventuelles mutations, mais surtout de réussir à les interpréter et à évaluer leurs potentielles implications cliniques.
Pour mener à bien ce type de recherche, les scientifiques s’appuient sur des technologies de séquençage haut débit pour décrypter le génome entier du SARS-CoV-2. Ces technologies, développées pour le séquençage du génome humain, permettent d’obtenir un grand nombre de données afin de caractériser finement le génome viral. Elles sont plus précises et plus performantes que la technique « ancestrale » de séquençage appelée méthode Sanger (du nom de son inventeur). Ces techniques, assez lourdes et coûteuses, sont à l’ordinaire peu utilisées pour l’analyse des mutations virales, mais s’avèrent nécessaires dans le cas de ce nouveau coronavirus en raison de la taille de son génome viral, le plus gros retrouvé chez l’humain.
Ces travaux doivent donc s’appuyer sur une collaboration étroite entre virologues et bio-informaticiens afin de pouvoir analyser et organiser de manière cohérente les très nombreuses données qui sont issues d’un séquençage complet du SARS-CoV-2, puis d’identifier les éventuelles mutations.
Autre outil crucial ayant montré son utilité pendant cette pandémie : GISAID, la plateforme de collecte et d’analyse des données de séquences du SARS-CoV-2. Mise en place à l’origine pour rassembler à un endroit et analyser les séquences du virus de la grippe, GISAID permet aux chercheurs d’avoir accès rapidement à plus de 130 000 séquences complètes du virus provenant de 122 pays. Cette plateforme est donc très importante pour suivre les évolutions du SARS-CoV-2 et de la pandémie.
Mutations et épidémie
Plusieurs dizaines de mutations du SARS-CoV-2 ont déjà été décrites, sans que des conséquences sur l’épidémie aient été mises en évidence.
Certaines ont néanmoins fait l’objet de travaux plus poussés, publiés dans des revues scientifiques. C’est le cas notamment de la mutation D614G au niveau de la protéine Spike du virus, qui a d’abord fait l’objet d’une publication dans le journal Cell. Cette mutation s’est largement diffusée et est rapidement devenue dominante parmi les isolats de virus circulants.
D’autres études ont ensuite été publiées à son sujet, montrant que cette mutation a eu pour effet de rendre le virus plus facilement transmissible. Néanmoins, les implications de cette transmissibilité accrue du coronavirus en matière de sévérité de l’infection et de mortalité sont encore loin d’être claires. Il n’existe pour le moment aucune donnée pour soutenir l’idée que cette mutation aurait rendu le virus plus virulent.
D’autres travaux récents publiés dans The Lancet et menés en Asie sur des échantillons collectés auprès de patients ont montré que, chez 25 % d’entre eux, une délétion est présente. Autrement dit, un morceau de matériel génétique est absent. Cette délétion, appelée Δ382, concerne une région du génome qui interagit avec le système immunitaire des hôtes, modulant notamment la réponse antivirale. Étant donné cette interaction, les scientifiques vont continuer à étudier avec précision les conséquences potentielles de cette mutation.
Les auteurs de l’étude supposent pour le moment qu’elle serait associée à une infection moins sévère mais les données manquent encore pour étayer cette hypothèse. En l’état actuel des connaissances, aucune preuve concluante n’a été apportée sur les implications cliniques potentielles de cette délétion. Il n’est pas non plus encore certain que cette souche du virus circule déjà en Europe.
Dans tous les contextes épidémiques, par exemple lors des épidémies de grippe ou de polio, les mutations des virus responsables ont toujours fini par aboutir à une atténuation de leur virulence. Les virologues espèrent que ce sera aussi le cas pour l’épidémie de SARS-CoV-2.
Etudier les mutations de ce virus est essentiel pour comprendre comment mieux traiter les patients, mais aussi pour accompagner la recherche thérapeutique et vaccinale. En effet, en fonction de l’apparition de nouvelles mutations, les traitements et les candidats vaccins pourraient être plus ou moins efficaces contre le virus. Les équipes de virologues qui surveillent les mutations doivent donc continuer à travailler de concert avec les autres disciplines afin que la recherche puisse progresser.
Texte rédigé avec le soutien d’Anne Goffard, virologue au Centre d’infection et d’immunité de Lille (Inserm/Université de Lille/Institut Pasteur de Lille/CHU de Lille) et de Marie-Paule Kieny, directrice de recherche à l’Inserm.
Ce texte rend compte des connaissances disponibles au 12 octobre 2020, qui sont susceptibles d’évoluer en fonction des avancées scientifiques.
REPLAY – Didier Raoult sur LCI : « Je ne suis pas Nostradamus »
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INTERVIEW – Invité de David Pujadas ce mardi 27 octobre, le professeur Raoult a défendu son évaluation de l’épidémie de Covid-19, alors que la France subit de plein fouet une deuxième vague.
27 oct. 2020 20:32 – Y.R
« J’ai passé ma vie à dire que je ne prédisais jamais rien. » À plusieurs reprises pendant l’été, Didier Raoult avait plusieurs considéré qu’il était très probable que le Covid-19 disparaisse, minimisant les risques liés à deuxième vague. Auditionné par la commission d’enquête du Sénat le 14 septembre dernier, le directeur de l’IHU Méditerranée avait affirmé que « le virus a muté et parait lié à des formes moins graves », le rendant donc moins dangereux qu’au printemps. Or, l’explosion des cas en France, avec 52.010 nouvelles contaminations dimanche 25 octobre, un record, va à l’encontre de ses déclarations.
Pour autant, le virologue ne considère pas s’être trompé dans son évaluation de l’épidémie. « Je ne suis pas Nostradamus », s’est défendu le professeur Raoult, invité de David Pujadas sur LCI ce mardi 27 octobre. « Pourquoi croyez-vous qu’on m’écoute ? C’est parce que je dis toujours ce qui se passe au moment où ça se passe. Je ne fais pas de prédiction. Je prends les gens qui prédisent pour des sorciers. (…) Quand les gens me demandent ce qui se passe, je commence toujours par dire je ne sais pas. »
« Une autre situation que je n’avais pas prévue »
« C’est la réalité. Ce n’est pas du tout un sentiment », a expliqué le professeur marseillais au sujet de son diagnostic. « On vient de sortir une publication en ligne sur toute la saison juillet-août dans laquelle la gravité est infiniment plus faible que celle que nous avions vu avant. »
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« Tout ce que je vous ai dit, je l’ai écrit, je l’ai publié et c’est vrai », a-t-il fait valoir. « Mais clairement, en juillet et août, il s’est passé quelque chose de radicalement différent de ce que nous avions, qui était incroyablement moins sévère. (…) Maintenant, nous sommes encore dans une autre situation que je n’avais pas prévue et donc celle-là a fait une courbe en cloche. »
Le 24 septembre dernier, le scientifique reprochait aux médecins des hôpitaux de Marseille de diffuser « des messages alarmistes qui ne (reflétaient) pas la réalité ». Un mois plus tard, juge-t-il avoir pêché par optimisme ? « Ce qui s’est passé, c’est qu’au bout d’une semaine, tout le monde s’est rendu compte que nous n’étions pas à ce moment-là dans cette situation-là. Ce n’était pas la peine de prendre des décisions anticipées pour dire, une semaine après, que finalement ce n’était pas la peine. »
« Je ne vois pas de raison d’être pessimiste »
« Moi, je ne veux pas faire peur aux gens. Je ne manie pas la peur pour effrayer les gens. Je pense que ce pays vit une erreur dramatique qui est la dramatisation perpétuelle », a-t-il estimé sur LCI. « Qu’est-ce qu’on va suggérer ? Que tout le monde reste enfermé toute sa vie parce qu’il y a un virus ? (…) Je suis optimiste, mais je ne vois pas de raison d’être pessimiste. »
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Pour Didier Raoult, alors que le niveau de contamination suit une courbe ascendante, passant de 10.000 cas début septembre à plus de 50.000 ce dimanche, « il n’y a d’explosion exponentielle ». « Il y a une augmentation exponentielle des cas », a-t-il précisé. « Il n’y a pas une explosion exponentielle des hospitalisations en réanimation ni à l’hôpital. Ce n’est pas vrai. »
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