Covid-19 : les données incomplètes de Santé publique France pour le bon suivi de l’épidémie
Analyse des chaînes de contamination, détail des « clusters », taux de tests effectués par les cas contacts : autant de données cruciales que réclament, en vain, citoyens, chercheurs et journalistes.
Par Chloé Hecketsweiler, Maxime Ferrer et Léa Sanchez Publié aujourd’hui à 14h00, mis à jour à 15h53
Combien de personnes âgées sont réellement décédées du Covid-19 dans les maisons de retraite cet été ? La question travaille Jean-Marie Robine, chercheur à l’Institut national d’études démographiques (INED). A plusieurs reprises, il a constaté que Santé publique France (SPF), l’établissement chargé notamment de collecter les données relatives à la santé des Français, avait revu à la baisse le bilan des décès survenus en Ehpad. En cause : des erreurs de saisie dans le système de déclaration des cas et des décès en maisons de retraite mis en place dans l’urgence fin mars.Lire aussi Covid-19 en France : dans l’attente de nouvelles restrictions qui pourraient concerner Lille, Lyon, Grenoble, Saint-Etienne et Toulouse
Le 4 septembre, après plusieurs autres modifications cet été, l’agence retranche ainsi 38 victimes du total des décès sans que les données antérieures soient pour autant corrigées. De quand datent ces morts comptabilisées « en trop » ? Santé publique France, qui se contente de publier le nombre de décès cumulés, ne l’indique pas. Dès lors, faute de données journalières fiables, « impossible de suivre la situation dans le temps et de savoir combien de personnes sont décédées dans les Ehpad cet été », se désole Jean-Marie Robine.
Des progrès depuis le début de la crise
Ces informations manquantes – pourtant cruciales pour éclairer les décisions publiques – font partie d’une longue liste de données que réclament citoyens, chercheurs et journalistes aux autorités sanitaires. Des progrès ont été effectués depuis le début de la crise avec la création du tableau de bord officiel de Santé publique France, qui rassemble des informations sur les hospitalisations, les décès ou encore les tests. Mais de nombreux indicateurs sont encore indisponibles, faute de système d’information adapté, de moyens humains ou encore de cadre légal pour leur diffusion.
Déclaration de décès en Ehpad et dans les établissements médicaux-sociaux.
En l’état des données de Santé Publique France, des valeurs négatives peuvent apparaître. Elles correspondent à des corrections apportées par l’organisme.
avril 2020mai 2020juin 2020juillet 2020août 2020septembre 2020octobre 2020-250 250 750
Source : Santé Publique France
C’est le cas des données qui permettraient d’évaluer l’efficacité du contact tracing,un dispositif-clé dans le contrôle de l’épidémie qui vise à repérer et isoler le plus vite possible les personnes infectées. Le test de dépistage du virus RT-PCR doit être en principe réalisé dans les vingt-quatre heures après l’apparition des symptômes, et le résultat rendu en vingt-quatre heures. Le Monde a cherché, en vain, à connaître ce délai, département par département, pour savoir s’il était bien tenu.
Les autorités sont d’autant plus dans le brouillard, qu’elles n’ont aucun moyen de savoir si les cas contacts se font bien tester
Ces données sont consignées dans une base de données, baptisée Sidep pour système d’information de dépistage du Covid-19 et analysées chaque semaine par Santé publique France dans son point épidémiologique. Le 1er octobre, ce document indiquait que le délai constaté entre le début des signes cliniques et la date de prélèvement était en moyenne de 3,3 jours, auxquels s’ajoute le délai de remise de résultat (2,7 à 5,2 jours selon les régions).
Tout compris, cela signifie que, dans de nombreux cas, l’enquête démarre alors que le « patient zéro » n’est déjà plus très contagieux, et que ses contacts ont déjà eu le temps de contaminer d’autres personnes. Mais, en l’absence de données localisées sur les délais de tests, difficile de mettre en place des politiques plus ciblées, ou de repérer les zones « à risque », où le contact tracing ne permet plus de contrôler la circulation du virus.
Informations sensibles
Les autorités sont d’autant plus dans le brouillard, qu’elles n’ont aucun moyen de savoir si les cas contacts se font bien tester. En effet, l’Assurance-maladie n’a pas la possibilité de croiser sa base, Contact Covid, avec la base des tests Sidep pour voir s’il y a bien un résultat pour chacun d’eux. « C’est un peu compliqué côté système d’information. On aimerait obtenir ce type de données de façon plus systématique mais, pour l’instant, on ne peut pas le faire », avance Thomas Fatome, directeur général de l’Assurance-maladie.
Le sujet embarrasse. « C’est vrai que pour mesurer l’efficacité du dispositif, cet indicateur serait à étendre », reconnaît Cécile Somarriba, de la direction veille et sécurité sanitaire de l’agence régionale de santé (ARS) d’Ile-de-France. En août, l’Assurance-maladie s’est résolue à mener une enquête auprès d’un échantillon d’assurés : elle a révélé que 86 % des cas contacts avaient bien réalisé le test prescrit. Mais impossible de savoir si ce pourcentage a évolué dans le temps, ou si l’adhésion au dispositif varie d’une région à l’autre.
Pas de croisement des bases de données
A l’heure d’annoncer de nouvelles restrictions, une autre inconnue brille par son absence : l’analyse des chaînes de contamination. Les agents de l’Assurance-maladie, lors de leur enquête, ont bien eu connaissance des circonstances dans lesquelles le « patient zéro » a potentiellement contaminé ses contacts. En allant chercher l’information dans Sidep, il serait aussi possible de savoir lesquels de ces contacts ont été infectés. Mais, là encore, aucun croisement n’est fait. L’Assurance-maladie explique ce retard par des contraintes juridiques, liées à la loi Informatique et libertés. « Cela prend un peu de temps. On est très attentifs à ces fichiers qui sont des données sensibles », souligne Thomas Fatome.Article réservé Lire aussi Ce que contiendront Sidep et Contact Covid, les fichiers de suivi des « cas contacts »
Seuls les clusters, qui représentent une faible part des cas détectés, sont connus : les cas groupés en entreprise, dans les écoles, ou encore les réunions familiales. Mais là aussi, difficile d’obtenir des informations précises, notamment le nombre de personnes infectées dans chacune de ces situations.
Difficultés techniques
Dès le début de la crise, les autorités sanitaires ont rencontré des difficultés pour centraliser les données éparpillées dans le millefeuille du système de santé français. Si cinq data scientists ont été appelés en renfort par le Centre opérationnel de réception et de régulation des urgences sanitaires et sociales (Corruss), Santé publique France s’est vite retrouvé débordé : « Nous avons eu une pression importante pour produire des données très rapidement », raconte Yann Le Strat, responsable de la direction appui, traitements et analyses des données (DATA) de Santé publique France, qui compte 50 personnes.
D’autant plus qu’en mars, l’organisme public ne disposait pas d’un outil de crise permettant une gestion, au niveau national, d’une pandémie. Sidep a par exemple été créé « en un mois et demi, explique Yann Le Strat. En temps normal, cela nous aurait pris plusieurs années ». Ce système d’information est à la base des différents indicateurs livrés quotidiennement au grand public, comme le taux d’incidence – nombre de nouveaux cas confirmés pour 100 000 habitants sur une période de sept jours – décliné par classe d’âge ou encore par département.
Système de surveillance sommaire
Fin août, Jean Castex se félicitait des « progrès » accomplis. « Lors de la première vague (…) on avait des indicateurs, d’abord assez rustiques, et nationaux (…) mais nous avons su nous doter d’outils de suivi territorialisé », avançait-il sur les ondes de France Inter. Ces chiffres ne sont cependant pas disponibles à une échelle plus fine que celle du département, quand le virus circule surtout dans les grandes métropoles. Et font l’objet de corrections importantes pour intégrer les résultats de tests arrivés tardivement.
Le système de surveillance mis en place dans les maisons de retraite est, lui, assez sommaire. Il s’agit d’un questionnaire en ligne « très basique », reconnaît Yann Le Strat. Les établissements sont invités à indiquer le nombre de cas concernés et le nombre de décès, mais il s’agit de nombres agrégés : impossible de connaître l’âge et le sexe des victimes, au contraire des personnes décédées du Covid-19 dans les hôpitaux. « Il faudrait que tous les Ehpad soient bien informatisés (…) et qu’on ait une saisie individuelle de bonne qualité », pour pouvoir obtenir ces données, relève Yann Le Strat.
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Coronavirus : par âge ou département, visualisez l’évolution des contaminations
Par Maxime Vaudano , Léa Sanchez et Raphaëlle Aubert
Publié le 17 juillet 2020 à 16h55 – Mis à jour le 28 septembre 2020 à 15h21
FACTUEL« Le Monde » compile chaque semaine les données des autorités sanitaires, afin de suivre l’évolution du dépistage du coronavirus et de son taux d’incidence.
Depuis le 18 mai, un fichier nommé Sidep rassemble les données liées aux tests virologiques dits « RT-PCR » (ou « réaction en chaîne par polymérase »), qui permettent de déterminer si la personne testée est infectée, au moment du test, par le SARS-CoV-2.
Plusieurs indicateurs permettent de suivre l’évolution de la situation en France, notamment :
- le nombre de personnes testées pour 100 000 habitants ;
- le taux d’incidence, qui correspond au nombre de nouveaux cas positifs détectés pour 100 000 habitants sur une période de sept jours ;
- le taux de positivité, c’est-à-dire le nombre de tests positifs rapporté au nombre total de tests réalisés.
860 438 personnes ont été testées la semaine du 28 septembre dont 77 980déclarées positives au Covid-19Données Sidep hebdomadaires pour la France, hors résultats ininterprétables. Si un patient est prélevé plusieurs fois, c’est la « première date pour les PCR ayant le même résultat » qui est prise en compte ou « la première PCR positive » en cas de résultats discordants, précise Santé Publique France.
Des données à interpréter avec précaution
L’observation de ces différents indicateurs peut être complétée par un suivi des nouveaux cas de Covid-19 détectés par classes d’âge. Il convient cependant de garder en tête que ces données doivent être comparées avec précaution, la politique de dépistage ayant considérablement évolué en France depuis le mois de mars.
Pour le Tarn
Source : Santé Publique France
Coronavirus : visualisez le nombre de personnes hospitalisées en France et département par département
Par Pierre Breteau
Publié le 01 avril 2020 à 16h16 – Mis à jour le 16 septembre 2020
DÉCRYPTAGES
A partir des données des hospitalisations en France, département par département, visualisez où se situent les zones en tension, là où le virus s’est le plus étendu.
Un article mis à jour tous les jours a priori à 19 heures
Les données de cet article de suivi sont automatiquement mises à jour toutes les 24 heures à partir les chiffres consolidés du jour publiés par Santé publique France.
Dès le début du confinement généralisé en France, mardi 17 mars à midi, les autorités sanitaires ont recensé les personnes admises à l’hôpital pour des raisons liées au Covid-19 (quelle que soit la gravité de leur état). Ces données nous permettent d’analyser la situation département par département et de voir où se trouvent les territoires en tension
Ce graphique représente le nombre de personnes prises en charge à l’hôpital – sans les victimes dans les Ehpad – depuis le 18 mars en France métropolitaine et outre-mer.
Pour le Tarn
Une analyse des taux d’incidence par département permet également de suivre la dynamique de l’épidémie en France. Attention aux biais potentiels : les campagnes de tests lancées après signalement d’un foyer épidémique, ou sur des publics susceptibles d’être infectés par le SARS-CoV-2, peuvent avoir une influence sur les résultats. Selon l’agence régionale de santé du Grand-Est, « à niveau de circulation virale équivalente, le nombre de nouveaux cas diagnostiqués sera plus important dans un territoire où le nombre de tests est plus important ».
En outre, la période estivale peut être influencée par la méthode de décompte : « les personnes en vacances hors de leur département et qui acquièrent l’infection dans leur lieu de vacances sont comptabilisés dans (…) leur commune de résidence habituelle », rappelle Santé publique France dans son point épidémiologique du 6 août.Dans votre départementCette carte représente le taux d’incidence de Covid-19 par département (nombre de nouveaux cas positifs pour 100 000 habitants), d’après les données de Santé Publique France, actualisées chaque semaine.
Les personnes testées sont comptabilisées dans leur département de résidence.
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