Covid-19 : le traçage des cas contacts au défi de la reprise épidémique
Depuis le début du dispositif, 1,1 million de personnes « à risque » ont été identifiées par la Caisse nationale d’assurance-maladie, pour 390 000 cas positifs recensés. Mais l’engorgement des tests remet en cause l’efficacité du système.
Par Chloé Hecketsweiler et François Béguin Publié aujourd’hui à 04h59, mis à jour à 14h19
C’est le cœur de la stratégie du gouvernement pour tenter de contenir l’épidémie de Covid-19. Depuis le mois de mai, des milliers de salariés de la Caisse nationale d’assurance-maladie (CNAM) et des agences régionales de santé (ARS) appellent chaque jour les personnes testées positives et les « cas contacts » qu’elles veulent bien signaler. Pour « détecter et briser prospectivement les chaînes de transmission le plus rapidement possible », les membres de ces « brigades » prescrivent des tests (réalisés dans 86 % des cas), déterminent si un isolement est nécessaire, délivrent des arrêts de travail.
Les chiffres sont impressionnants. Lors de la semaine du 21 au 27 septembre, 210 000 personnes contacts ont été appelées. Au total, depuis le début du dispositif, 1,1 million de cas contacts « à risque » – par exemple ayant eu un échange de plus de quinze minutes sans masque avec une personne positive – ont été identifiés par la CNAM, pour 390 000 cas positifs recensés.https://www.dailymotion.com/embed/video/k2fjwZVyd3n5iqwdaMR?ads_params=&api=postMessage&autoplay=false&id=player-k2fjwZVyd3n5iqwdaMR&mute=false&origin=https%3A%2F%2Fwww.lemonde.fr&queue-autoplay-next=false&queue-enable=false
Un filet de grande taille à qui, à l’heure de la reprise épidémique, il est désormais reproché des mailles trop lâches. « On a le sentiment que le système est un peu dépassé et un peu débordé », a fait valoir, mercredi 30 septembre, à l’Assemblée nationale, Eric Ciotti, député (Les Républicains) des Alpes-Maritimes et rapporteur de la commission d’enquête parlementaire sur le Covid-19.
Le 28 septembre, l’Académie de médecine soulignait une stratégie tester-tracer-isoler « devenue inefficiente à cause de l’engorgement des filières de diagnostic et de dépistage, entraînant des retards inacceptables dans le rendu des résultats ».
« L’enquête commence beaucoup trop tard »
Tenir les délais, c’est la faiblesse du dispositif, pointée depuis l’été. Les scientifiques estiment à une dizaine de jours la période de contagiosité : quatre jours avant l’apparition des symptômes et six jours après. Or, avec la possibilité pour tout un chacun de se faire tester gratuitement et sans ordonnance, les files d’attente devant les laboratoires se sont allongées, avec des délais à l’avenant pour obtenir un résultat.
Selon le dernier bulletin épidémiologique de l’agence de sécurité sanitaire Santé publique France (SPF), il s’écoule en moyenne trois jours entre les premiers symptômes cliniques et le prélèvement, puis 2,6 à 4,5 jours supplémentaires pour obtenir les résultats selon les régions.
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Conséquence : « L’enquête commence beaucoup trop tard », estime l’épidémiologiste Renaud Piarroux. « Quand une personne est appelée tardivement pour donner ses contacts, ceux-ci sont déjà contagieux depuis plusieurs jours. Cela ne sert à rien de faire du contact tracing si on part avec huit jours de retard, regrette le médecin. Pour raccourcir les délais, il faut réduire les indications des tests à ceux qui en ont vraiment besoin : les malades, les cas contacts, ou encore les soignants. »
L’Assurance-maladie, elle, assure faire sa part. « Nous tenons nos engagements de délai, plaide Thomas Fatome, le directeur général de la CNAM. Nous réussissons en moyenne à appeler dans les vingt-quatre heures les cas contacts dès lors que l’appel avec le patient positif a permis de les identifier. »
« Chaînes de transmission non identifiées »
Pour gagner du temps, la CNAM n’attend plus que les médecins signalent leurs patients positifs mais va directement chercher leur identité dans la base de données SI-DEP, dans laquelle les laboratoires rentrent tous les résultats de tests. « Un listing des patients zéros ne figurant pas dans Contact Covid [la base de données de contact tracing] nous est transmis chaque jour, depuis la mi-août. Cela nous permet d’être plus rapides », indique Juliette Chatelut, responsable du dispositif de contact tracing à la CPAM de l’Essonne.
Autre difficulté : comment circonscrire l’épidémie lorsque seuls 20 % des nouveaux cas identifiés étaient précédemment connus comme contact patient zéro, comme le note SPF dans son bulletin épidémique du 17 septembre ? Dans la mesure où huit cas positifs sur dix ne figurent pas sur le radar de la CNAM, cela suggère « l’existence de nombreuses chaînes de transmission non identifiées et non rattachées à des clusters », estime SPF. Cette situation indique qu’une grande partie des cas est « attrapée » de façon aléatoire au gré des opérations de dépistage, ce que regrettent plusieurs épidémiologistes qui plaident pour une approche plus ciblée.
Depuis la rentrée, d’autres questions se font jour sur l’acceptabilité du dispositif. La CNAM constate une légère érosion du pourcentage de personnes répondant à ses appels : 94 % en juin, 91 % en juillet, 89 % en août et 89,5 % en septembre.
Depuis le début du mois, Sylvain (le prénom a été modifié), membre d’une « brigade Covid » en Nouvelle-Aquitaine, dit avoir « ressenti un changement de mentalité assez notable » lorsqu’il appelle des cas contacts : « En milieu rural, on est plutôt bien accueilli, mais dans les grandes villes il y a des gens – plutôt des jeunes – qui font tout pour nous éviter. On peut les appeler neuf à dix fois et ils ne décrochent jamais. On dirait que certaines personnes ont compris le “truc” et refusent d’être tracées pour ne pas subir de contrainte d’isolement. »
« Augmentation du refus de suivi »
Une enquête menée dans le courant de l’été par la direction générale de la santé (DGS) pointait « une augmentation du refus de suivi des cas et des personnes contacts à risque ainsi qu’une augmentation du nombre de personnes impossibles à joindre dans plusieurs régions ». Cette consultation notait aussi « le refus de cas à transmettre les listes de personnes contacts à risque ».
Parmi les motifs identifiés : l’absence de symptômes, le refus d’isolement, la pression de l’employeur ou encore la méfiance et l’impression de démarchage téléphonique. « Je viens d’avoir une jeune femme qui m’a dit qu’elle avait une promesse d’embauche au 1er octobre et qu’elle ne voulait pas faire la mesure d’isolement. Je crois que j’ai réussi à la convaincre que son employeur préférerait sûrement qu’elle ne contamine pas les autres salariés dès son arrivée », témoigne Sylvain.
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A la CNAM, on estime que le phénomène est marginal : une mesure réalisée sur un échantillon d’assurés montre que seuls 3 % à 4 % de ceux qui ont été appelés refusent de communiquer leurs cas contact.
Dernière faiblesse du dispositif : l’absence de contrôle de l’isolement. Le premier ministre, Jean Castex, dans son discours du 11 septembre, avait promis qu’il y en aurait. Dans les faits, ARS et CNAM se renvoient la balle. « Quand on contrôle un arrêt de travail, on convoque la personne. Ce qui dans le cas d’une personne Covid positive ne me semble pas ressembler au cahier des charges », justifie Thomas Fatome. Pour la CNAM, c’est aux ARS de s’assurer par l’envoi de messages ou des appels du respect des consignes d’isolement.
« Les gens s’isolent peu ou pas bien »
A l’ARS d’Ile-de-France, on précise cependant que le suivi se fait sur la base du volontariat, par le biais d’un dispositif baptisé « Covi Contact » d’abord destiné à accompagner l’isolement par des mesures concrètes (hébergement, courses, garde d’enfants, etc.). L’objectif est plutôt d’accroître « l’adhésion » des participants. « Il faudrait arriver à faire passer ce message de prévention : en l’absence de médicaments, le seul moyen dont on dispose pour rompre une chaîne de transmission est l’isolement », souligne Cécile Somarriba, de la direction « Veille et sécurité sanitaire » de l’ARS Ile-de-France.
Le conseil scientifique notait dans son avis du 3 septembre que le « non-respect des mesures d’isolement par une partie (…) possiblement importante des personnes atteintes par le virus ou contacts à risque fragilise notre capacité à maîtriser les chaînes de transmission ». « Les gens s’isolent peu ou pas bien », confirme l’infectiologue Renaud Piarroux, qui pilote depuis le mois de mai un dispositif de traçage baptisé « Covisan », avec des équipes visitant les malades chez eux.« L’objectif ne devrait pas être de faire 1 million de PCR mais bien d’isoler les personnes symptomatiques et leurs contacts, ajoute-t-il. Cela réglerait déjà une partie du problème. »
Tests RT-PCR : les tensions d’approvisionnement demeurent
Faute d’une production suffisante de machines et de réactifs en France, les laboratoires d’analyse sont dépendants de l’étranger. Parviennent à s’approvisionner ceux qui ont parié sur la bonne stratégie dès le début de la crise du Covid-19, et ceux qui fonctionnent en réseau.
Par Chloé Aeberhardt Publié aujourd’hui à 03h30, mis à jour à 18h31
Le discours officiel ne varie pas, et il est optimiste. « Il n’y a pas de pénurie de réactifs, mais des tensions ponctuelles sur quelques laboratoires », garantit au Monde le cabinet du ministre de la santé Olivier Véran. « Des tensions existent, sur un faible nombre de fournisseurs. Elles n’entravent pas la stratégie de dépistage », renchérit-on à la Direction générale de la santé (DGS). En France, 1,3 million de tests PCR de dépistage du coronavirus sont réalisés chaque semaine, essentiellement dans des laboratoires privés qui ne parviennent pas toujours à rendre les résultats dans des délais raisonnables.
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Avant l’arrêté de mars les autorisant à pratiquer ces tests, les 4 000 laboratoires de ville étaient peu équipés en automates de PCR, des machines onéreuses (entre 50 000 et 200 000 euros pièce) utilisées pour dépister des infections relativement peu fréquentes comme le portage de la chlamydia.
« On est parti de quasiment zéro », se souvient Dominique Lunte, présidente du réseau des biologistes indépendants. Certains laboratoires ont choisi de ne pas investir, pensant que l’épidémie ne durerait pas. D’autres n’ont pas eu les moyens de le faire. Parmi ceux qui ont passé commande, certains possédaient déjà des machines, d’autres non.
« Aucune souplesse »
« Chaque laboratoire a fait ses arbitrages, qui se révèlent déterminants aujourd’hui », poursuit Dominique Lunte. En fonction de leur choix de fournisseurs, de leur capacité à dimensionner leur outil de production à la demande, et à s’organiser en réseau, les laboratoires réussissent à s’approvisionner, ou sous-traitent l’analyse à d’autres, ce qui allonge les délais de remise des résultats. Pour Lionel Barrand, président du Syndicat des jeunes biologistes médicaux (SJBM), « il y a encore des pénuries, et ce, de façon générale ».
L’exemple de son confrère Arthur Clément, à la tête de quatre sites en région parisienne, est emblématique des problèmes rencontrés par les 1 500 laboratoires dits « indépendants » (à la différence des 2 500 intégrés à des groupes financiarisés comme Labco ou Cerba). Avant l’épidémie, ce biologiste possédait une machine de la marque américaine Cepheid.
« J’ai fini par acheter une machine chinoise basée sur une technologie qui n’utilise pas le type de réactifs en tension actuellement » Arthur Clément, directeur de quatre laboratoires
« En juillet, Cepheid m’a fait savoir qu’ils ne seraient pas en mesure d’augmenter leurs capacités de production de réactif. Or, à ce moment-là, ils ne me livraient que 20 % du volume nécessaire pour prendre en charge la totalité de mes patients. » Impossible de se fournir ailleurs : cet automate est « fermé », c’est-à-dire qu’il ne fonctionne qu’avec un réactif spécifique fabriqué par la marque, comme certaines imprimantes ou machines à café.
« Les laboratoires de ville ont favorisé ces systèmes automatisés “presse-bouton” car ils sont très pratiques : tout est dans la même boîte, explique le professeur honoraire de pharmacie clinique Alain Astier. Malheureusement, ces kits n’autorisent aucune souplesse. » Arthur Clément s’est alors tourné vers l’industriel sud-coréen Seegene, une piste qu’il a abandonnée lorsqu’on lui a annoncé que la livraison, prévue fin septembre, était repoussée à avril 2021.
« J’ai fini par acheter une machine chinoise basée sur une technologie qui n’utilise pas le type de réactifs en tension actuellement. » Avant de la recevoir, il sous-traitait à Cerba 80 % des prélèvements réalisés, et le délai de rendu des résultats pour ces tests pouvait aller jusqu’à treize jours. Aujourd’hui, il gère 95 % des tests en 24 heures, 36 heures pour la totalité.
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« Les laboratoires qui s’en sortent le mieux sont ceux qui ont diversifié leurs fournisseurs d’automates “fermés”, et ceux qui ont acheté des automates “ouverts”, comme on en trouve dans les laboratoires vétérinaires, habitués à dépister des cheptels entiers lors d’épisodes épidémiques », résume Mme Lunte. Plus adaptables et moins coûteux à l’achat, ils nécessitent néanmoins plus de manipulations.
Pour acheter l’une ou l’autre machine, encore faut-il réussir à entrer sur le marché. Avec l’explosion de la demande mondiale, « tous les tarifs ont augmenté », affirme François Blanchecotte, président du Syndicat national des biologistes. Pour espérer décrocher des contrats et négocier les prix, les laboratoires indépendants n’ont d’autre choix que de grouper leurs achats dans des coopératives. Environ la moitié procède de cette façon.
« Nous produisons actuellement plus d’un million de tests par jour. Ce n’est toujours pas suffisant pour répondre à la demande mondiale » Le fabricant américain Becton Dickinson
Les gros acteurs, eux, sont déjà dimensionnés pour le marché international. « Nous pouvons nous engager sur du volume, en donnant de la visibilité aux fournisseurs, explique Laurent Kbaier, directeur d’un laboratoire Biogroup à Hyères (Var). Pour sa première commande en mars, le groupe a dit “On veut 1,5 million de tests, on vous les paie maintenant, et vous nous en livrez tant tous les quinze jours.” » Premier groupement de biologie médicale en France, Biogroup se fournit auprès de six fabricants asiatiques, américains et européens, dont deux français que Laurent Kbaier préfère ne pas nommer − « j’aime autant rester discret, car on reste en tension ».
Parmi ces six fabricants, deux livrent leurs réactifs au compte-gouttes : le suisse Roche et l’américain Becton Dickinson (BD). Interrogé, ce dernier ne cache pas recourir à une politique de quotas par pays. « Nous produisons actuellement plus d’un million de tests par jour. Ce n’est toujours pas suffisant pour répondre à la demande mondiale, c’est pourquoi nous avons mis en place des stratégies d’allocations qui fournissent des kits de test aux pays en fonction du nombre de machines BD Max présentes sur leur territoire, et de la situation sanitaire liée au Covid-19. »
Evaluer la situation
Les Etats-Unis étant le pays du monde déplorant le plus de victimes du Covid-19, les réactifs BD, comme ceux de Cepheid, sont livrés en priorité dans ce pays.
Outre l’obstacle des quotas, se pose la question du prix. En France, le tarif des tests est régulé par la Sécurité sociale – autrement dit, les fournisseurs peuvent les vendre plus cher ailleurs que chez nous. « Les choses seraient tellement plus simples si ces produits étaient fabriqués dans l’Hexagone, soupire le pharmacologue Alain Astier. La France est le pays d’Europe qui compte le plus de laboratoires privés, et pourtant l’industrie du réactif y est très faible. »
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Cette activité est représentée en France par le Syndicat de l’industrie du diagnostic in vitro (Sidiv). Parmi ses 80 adhérents, qui réalisent près de 90 % du chiffre d’affaires du secteur dans le pays, treize commercialisent des tests RT-PCR. La plupart sont des revendeurs, « moins de cinq » des producteurs. En août, le Sidiv a réalisé une étude auprès de ses adhérents, sur laquelle se fonde la DGS pour évaluer la situation. « Nous voulions prouver que, si certains laboratoires connaissent des tensions d’approvisionnement, le marché français dans son ensemble n’est pas en pénurie », explique sa présidente Isabelle Tongio.
L’étude, que le Sidiv refuse de rendre publique, « a confirmé une capacité d’approvisionnement globale en tests RT-PCR nasopharyngés, pour les mois de septembre et octobre 2020, supérieure de plus de deux fois aux besoins exprimés dans le cadre de la stratégie nationale de diagnostic ». « Le Sidiv a fait ses calculs en mettant tout dans un pot commun, imagine Lionel Barrand, du SJBM. Peut-être que les industriels peuvent fournir plus de réactif X ou Y, mais si dans votre laboratoire vous avez besoin de réactif Z, vous n’êtes pas plus avancé. »
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Selon deux fabricants français de tests non adhérents au Sidiv, ID-solutions et Biocentric, il existe des tensions sur les billes magnétiques nécessaires à l’extraction, qu’ils importent d’Allemagne ou de Chine, ainsi que sur le plastique qui recouvre les automates, mais « pas de pénurie ».
En début de semaine, plusieurs syndicats de biologistes étaient entendus par la direction interministérielle de la transformation publique, missionnée par le cabinet du ministre de la santé pour « identifier à courte échéance les pistes d’action possibles pour améliorer les délais dans le processus de tests RT-PCR ». Preuve que si la ligne officielle est à l’optimisme, la situation n’est pas tout à fait réglée sur le terrain.
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